genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.284.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  284  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87840829--87841196	191	1.9	189	84	6	485	33	8	21	36	1.84
87845588--87845667	3	28.0	3	75	14	80	37	1	1	60	1.13
87845913--87845940	5	5.6	5	100	0	56	78	0	21	0	0.75
87846490--87846557	34	1.9	36	88	11	106	39	1	23	35	1.64
87846487--87846562	18	4.4	17	77	14	84	42	1	23	32	1.63
87846487--87846568	34	2.4	33	82	13	105	41	1	23	34	1.62
87846487--87846575	17	5.1	18	80	9	80	41	1	23	33	1.62
87850990--87851102	41	2.7	44	81	10	137	34	25	15	24	1.94
87850943--87851102	43	3.8	42	76	12	141	33	25	13	27	1.93
87860080--87860142	27	2.3	26	89	5	90	20	19	25	34	1.96
87860080--87860166	27	3.3	26	83	4	84	19	20	22	36	1.95
87862510--87862551	21	2.2	20	83	12	52	26	4	7	61	1.42
87872145--87872197	27	1.9	27	84	3	70	41	13	11	33	1.80
87872154--87872252	27	3.7	27	83	5	103	40	18	11	30	1.85
87872154--87872260	54	2.0	54	83	7	137	38	18	11	31	1.86
87872178--87872257	27	3.0	27	87	3	108	38	20	11	30	1.87
87872249--87872485	27	8.8	27	87	0	251	28	23	8	39	1.84
87872478--87872737	27	9.6	27	74	11	176	41	18	8	30	1.81
87872478--87872657	81	2.2	81	89	5	269	41	20	8	30	1.81
87872478--87872685	81	2.6	81	85	10	268	41	19	9	29	1.82
87872798--87872890	27	3.4	27	83	2	107	34	19	25	20	1.96
87874049--87874096	25	1.9	25	82	0	60	35	25	14	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87874140--87874194	20	2.8	20	94	0	92	34	14	20	30	1.92
87874249--87874415	24	7.0	23	87	6	228	29	22	21	26	1.99
87874249--87874415	47	3.5	47	88	4	230	29	22	21	26	1.99
87874249--87874414	71	2.3	71	91	3	262	28	22	21	26	1.99
87874607--87874670	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
87877380--87877432	27	1.9	27	84	3	70	41	13	11	33	1.80
87877389--87877487	27	3.7	27	83	5	103	40	18	11	30	1.85
87877389--87877495	54	2.0	54	83	7	137	38	18	11	31	1.86
87877413--87877492	27	3.0	27	87	3	108	38	20	11	30	1.87
87877484--87877694	27	7.8	27	85	2	208	27	22	9	40	1.85
87877674--87877865	27	7.1	27	76	8	131	41	21	8	29	1.82
87877687--87877865	54	3.3	53	82	4	198	42	20	8	29	1.81
87877687--87877867	81	2.2	81	89	4	269	41	20	8	29	1.81
87877710--87877872	27	6.0	27	77	8	161	39	19	9	31	1.83
87877735--87877893	54	2.9	54	78	9	148	41	20	8	29	1.81
87877687--87877895	81	2.6	81	85	9	268	41	20	9	29	1.82
87878008--87878099	27	3.4	27	83	3	105	33	19	26	20	1.96
87879259--87879306	25	1.9	25	82	0	60	35	25	14	25	1.94
87879350--87879404	20	2.8	20	94	0	92	34	14	20	30	1.92
87879459--87879625	24	7.0	23	86	6	219	29	22	21	26	1.99
87879459--87879625	47	3.5	47	87	4	221	29	22	21	26	1.99
87879459--87879624	71	2.3	71	90	3	253	28	22	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87879818--87879881	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
87899917--87900124	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
87899918--87900124	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
87903253--87903300	23	2.1	23	84	7	62	39	16	8	35	1.79
87909161--87909202	21	2.0	21	100	0	84	33	0	23	42	1.55
87911007--87911041	18	1.9	18	100	0	70	42	17	0	40	1.49
87915696--87915732	17	2.2	17	90	0	56	16	0	5	78	0.93
87918227--87918312	44	1.9	45	95	2	156	33	29	16	20	1.95
87929193--87929232	20	2.0	20	95	0	71	35	12	20	32	1.90
87940742--87940793	2	26.0	2	92	0	86	1	0	46	51	1.12
87942318--87942480	45	3.7	44	81	6	175	32	27	17	22	1.96
87947878--87949396	506	3.0	501	90	1	2347	29	17	21	30	1.96
87955048--87955107	26	2.3	26	91	0	93	21	21	23	33	1.97
87972928--87972957	15	2.0	15	100	0	60	46	0	20	33	1.51
87973703--87973806	26	4.0	26	91	0	145	34	6	23	35	1.81
87975407--87975546	27	5.2	26	77	13	140	18	22	22	35	1.95
87975406--87975546	54	2.6	53	88	2	192	18	23	22	35	1.96
87985492--87985601	42	2.6	42	89	0	139	20	27	27	25	1.99
87993000--87993029	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
87993183--87993450	47	5.7	48	80	8	270	24	29	17	28	1.98
87993181--87993448	140	1.9	141	85	5	373	24	29	17	28	1.98
87997738--87998969	620	2.0	620	97	0	2331	27	25	17	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88001611--88001836	40	5.7	40	90	4	282	26	22	26	24	2.00
88009672--88009719	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
88009767--88009822	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
88009756--88009822	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
88009756--88009830	40	1.9	39	86	5	107	36	12	20	32	1.89
88009870--88009998	24	5.4	24	94	1	206	29	21	21	27	1.99
88017698--88017745	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
88017793--88017848	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
88017782--88017848	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
88017897--88018048	24	6.4	23	93	3	232	28	21	21	27	1.99
88017897--88018048	47	3.2	46	89	5	232	28	21	21	27	1.99
88017897--88018048	71	2.1	71	95	1	268	28	21	21	27	1.99
88025774--88025821	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
88025869--88025924	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
88025858--88025924	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
88025972--88026123	24	6.4	23	93	3	232	28	21	21	27	1.99
88025972--88026123	47	3.2	46	89	5	232	28	21	21	27	1.99
88025972--88026123	71	2.1	71	95	1	268	28	21	21	27	1.99
88028913--88029136	120	1.9	120	84	9	305	27	22	25	24	2.00
88028913--88029138	40	5.7	40	88	4	273	27	22	25	24	2.00
88032119--88032341	46	4.8	46	80	10	220	22	29	19	28	1.98
88032119--88032342	94	2.4	90	83	8	254	22	29	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88045573--88045710	41	3.4	40	79	7	138	21	20	21	36	1.95
88050350--88050444	27	3.5	27	80	5	111	42	20	7	30	1.79
88050449--88050510	27	2.3	27	94	0	106	33	22	6	37	1.80
88050462--88050575	27	4.2	27	79	0	111	37	25	6	30	1.80
88050462--88050577	54	2.1	54	82	3	135	37	25	6	31	1.82
88050559--88050807	27	9.3	27	86	1	277	35	17	20	26	1.95
88050532--88050788	81	3.2	79	80	9	263	36	19	17	26	1.94
88051462--88051527	27	2.5	27	87	7	91	21	24	18	36	1.95
88051665--88051753	6	14.3	6	73	19	76	17	17	15	48	1.82
88051665--88051769	31	3.4	31	84	5	124	18	17	15	49	1.80
88052086--88052110	7	3.6	7	100	0	50	40	0	12	48	1.40
88054298--88054364	32	2.1	32	86	2	91	25	28	32	13	1.93
88060999--88061061	30	2.1	30	100	0	126	30	9	23	36	1.87
88060997--88061047	15	3.5	14	74	10	57	31	7	27	33	1.85
88061007--88061055	15	3.3	15	72	11	55	30	10	22	36	1.87
88062616--88062731	43	2.7	43	94	1	198	25	22	27	24	2.00
88069945--88070053	43	2.5	43	89	4	166	23	22	28	25	1.99
88075464--88075970	46	11.0	46	88	2	703	41	13	23	21	1.89
88076251--88076283	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
88091906--88091944	18	2.2	18	86	4	53	46	0	0	53	1.00
88091935--88091971	19	2.0	19	89	5	58	37	0	5	56	1.22
88095103--88095132	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88098930--88099071	9	15.0	9	70	15	76	62	1	4	30	1.25
88098916--88098971	19	2.8	20	73	13	53	64	1	5	28	1.26
88098921--88099015	29	3.3	28	79	5	84	64	1	5	29	1.22
88098931--88099015	28	3.0	27	80	13	84	63	1	4	30	1.22
88098986--88099030	21	2.1	21	84	8	56	62	2	8	26	1.37
88099255--88099402	25	5.4	26	75	17	115	37	2	1	59	1.17
88099302--88099402	51	2.0	52	84	9	136	40	0	0	58	1.05
88099366--88099430	19	3.6	17	82	13	76	33	3	0	63	1.10
88099302--88099400	25	3.9	25	85	7	121	41	1	0	57	1.05
88099410--88099442	10	3.1	11	86	8	50	24	3	0	72	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325