genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75296262--75296355	29	3.2	29	95	0	161	29	15	28	25	1.96
75296258--75296391	58	2.3	58	82	3	155	26	14	32	25	1.95
75302932--75302986	18	3.0	18	80	19	69	76	1	16	5	1.06
75304139--75304299	29	5.6	29	80	5	148	26	16	33	24	1.95
75308713--75308738	12	2.2	12	100	0	52	42	0	0	57	0.98
75312569--75312621	22	2.2	24	87	9	74	47	0	3	49	1.19
75312575--75312640	34	1.9	34	85	11	91	42	0	3	54	1.15
75313650--75313691	9	4.8	9	94	5	77	9	9	0	80	0.89
75313650--75313691	17	2.4	17	96	4	75	9	9	0	80	0.89
75313707--75313780	36	2.0	36	85	12	98	21	5	4	68	1.26
75313734--75313781	18	2.7	17	75	9	51	27	4	2	66	1.21
75313777--75313852	21	3.7	20	77	10	73	44	0	1	53	1.08
75313975--75314013	13	3.1	13	85	7	53	41	2	0	56	1.13
75314052--75314083	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
75314117--75314163	18	2.8	18	75	15	55	59	0	0	40	0.97
75314340--75314402	26	2.4	27	83	2	74	50	3	1	44	1.27
75314671--75314717	18	2.8	18	81	15	64	61	0	0	38	0.96
75317669--75317761	30	3.1	30	84	0	96	23	18	29	29	1.98
75321224--75321297	33	2.2	32	83	11	96	45	1	0	52	1.09
75321267--75321354	9	9.4	9	76	11	70	44	1	2	52	1.21
75321303--75321364	28	2.2	28	88	5	90	41	0	3	54	1.16
75321267--75321354	19	4.7	18	78	9	70	44	1	2	52	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75321937--75321980	15	2.9	16	80	10	56	77	0	4	18	0.94
75322113--75322153	21	2.0	21	86	13	59	65	0	0	34	0.93
75322112--75322185	23	3.4	22	76	10	62	56	2	0	40	1.13
75322181--75322225	14	3.3	14	82	17	51	64	0	4	31	1.13
75322183--75322234	18	2.9	18	82	0	59	65	0	3	30	1.10
75322210--75322288	18	4.5	17	74	13	54	69	2	7	20	1.25
75322285--75322327	19	2.3	19	92	4	70	79	0	9	11	0.95
75322285--75322327	9	4.7	9	91	5	68	79	0	9	11	0.95
75323434--75323563	64	2.0	64	98	0	251	30	11	28	30	1.92
75328528--75328553	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
75335374--75335433	30	2.0	31	90	3	95	25	23	5	46	1.72
75340689--75340848	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
75340689--75340848	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
75348496--75348655	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
75348496--75348655	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
75354270--75354429	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
75354270--75354429	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
75357691--75357860	46	3.7	46	77	10	202	30	30	18	20	1.97
75357699--75357870	93	1.8	93	92	0	290	29	29	19	21	1.98
75369632--75369793	26	6.2	26	97	0	270	32	6	25	35	1.81
75371276--75371328	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
75374403--75374862	133	3.5	131	78	4	431	28	19	18	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75374403--75374917	133	3.9	133	78	3	390	27	19	18	34	1.95
75376009--75376047	2	19.5	2	100	0	78	0	0	48	51	1.00
75377653--75377711	30	2.0	30	86	0	82	57	11	1	28	1.44
75378026--75378119	46	2.0	46	100	0	188	45	19	14	20	1.85
75381245--75381419	90	1.9	90	82	4	219	25	17	27	29	1.97
75386876--75386909	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
75390402--75390486	42	2.0	42	95	0	152	50	15	4	29	1.64
75390402--75390508	42	2.5	42	85	7	101	50	14	5	29	1.65
75390511--75390550	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
75395086--75395170	42	2.0	42	90	0	134	50	15	4	29	1.64
75395101--75395192	42	2.2	42	80	9	98	55	13	5	26	1.59
75395195--75395234	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
75396390--75396422	17	1.9	17	100	0	66	30	12	18	39	1.87
75397346--75397393	21	2.3	20	82	7	51	20	0	8	70	1.12
75397372--75397420	26	2.0	24	88	8	71	30	0	6	63	1.19
75399370--75399477	35	3.1	35	100	0	216	32	8	30	28	1.87
75411684--75411730	18	2.6	18	89	0	76	21	19	14	44	1.86
75412513--75412695	66	2.8	66	88	2	251	25	28	18	27	1.98
75418284--75418327	14	3.1	14	80	3	52	54	4	4	36	1.41
75418291--75418336	24	1.9	24	90	0	74	54	2	6	36	1.39
75418284--75418342	19	3.1	20	80	7	61	54	5	5	35	1.45
75418286--75418342	24	2.4	24	80	13	73	52	5	5	36	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75418562--75418611	25	2.0	25	100	0	100	24	12	20	44	1.85
75419277--75419313	2	18.5	2	94	0	65	51	2	0	45	1.15
75424140--75424179	13	3.0	13	86	13	55	22	15	20	42	1.88
75425028--75425219	29	6.7	28	75	8	147	38	21	14	25	1.91
75425028--75425224	87	2.3	87	79	8	213	39	21	14	24	1.91
75425065--75425176	28	3.9	28	79	6	82	38	21	13	26	1.90
75425055--75425217	58	2.8	58	77	8	179	38	22	13	26	1.91
75428555--75428586	16	2.1	16	88	11	50	15	12	21	50	1.77
75429132--75429232	26	3.8	26	85	1	130	27	24	21	25	1.99
75430352--75430426	34	2.2	34	95	2	134	28	22	21	28	1.99
75430848--75430884	18	2.1	19	90	10	60	18	43	27	10	1.83
75433071--75433101	16	1.9	16	93	0	53	77	0	16	6	0.97
75435894--75435925	16	2.0	16	93	0	55	43	15	25	15	1.86
75436135--75436208	28	2.6	28	82	4	96	25	16	33	24	1.95
75438306--75438375	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
75450091--75450318	46	5.0	46	98	0	429	33	7	27	31	1.84
75450322--75450432	47	2.4	47	89	0	168	36	9	27	27	1.87
75452980--75453243	40	6.6	40	95	0	429	25	21	28	25	1.99
75453907--75454007	40	2.5	40	82	6	107	26	22	25	24	2.00
75453945--75454041	40	2.5	40	78	8	99	27	24	24	22	2.00
75456708--75456935	46	5.0	46	98	0	429	33	7	27	31	1.84
75456939--75457049	47	2.4	47	89	0	168	36	9	27	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75460402--75460471	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
75462485--75462518	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
75467845--75467887	21	2.0	21	90	0	68	27	9	30	32	1.88
75467865--75467940	28	2.7	28	84	8	100	28	13	30	27	1.94
75467865--75467958	28	3.3	29	78	14	90	32	12	29	24	1.92
75469191--75469226	18	2.1	18	89	5	56	44	11	16	27	1.82
75472554--75472607	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
75472847--75473086	49	4.8	50	79	4	261	25	16	26	31	1.97
75476076--75476217	51	2.8	51	89	4	207	30	27	16	26	1.96
75478694--75478751	29	2.0	29	83	6	73	46	0	20	32	1.51
75486557--75486693	29	4.8	28	75	13	104	25	32	14	27	1.95
75486557--75486680	57	2.2	57	81	11	139	24	31	15	29	1.95
75491056--75491194	29	4.9	28	75	10	115	25	33	15	25	1.95
75496410--75496444	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
75501652--75501680	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
75505633--75505882	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
75513808--75514057	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
75515798--75515880	42	2.0	42	85	0	112	45	18	20	15	1.85
75519859--75520022	42	3.9	42	85	1	211	31	23	14	31	1.94
75520835--75520863	12	2.3	13	94	5	51	20	6	13	58	1.58
75526538--75526573	10	3.6	10	92	7	56	16	0	11	72	1.12
75531737--75531806	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75539672--75539741	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
75542361--75542476	26	4.5	26	97	0	196	32	5	25	37	1.78
75544100--75544214	27	4.3	26	80	7	113	19	24	20	35	1.95
75544100--75544214	54	2.1	54	82	3	133	19	24	20	35	1.95
75549669--75549717	24	2.0	24	100	0	98	46	0	4	48	1.20
75553798--75553984	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
75553821--75553984	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
75553821--75554018	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
75557591--75557719	40	3.2	39	83	6	143	24	22	27	24	2.00
75564513--75564699	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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