Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  46  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11513339--11513427
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3.0
30
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11513339--11513418
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1.62
11513350--11513427
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20
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30
21
21
1.98
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4.1
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20
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28
29
20
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4.2
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4.2
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11531181--11531288
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2.1
52
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3
182
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23
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2.3
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0
134
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1.72
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1.8
109
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0
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2.3
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19
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510
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18
27
1.96
11559393--11559982
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2.2
262
81
4
670
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19
18
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1.8
110
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1.95
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16
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0
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41
0
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1.54
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
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131
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1.9
55
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20
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11619481--11619721
24
10.1
24
95
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414
20
17
25
36
1.94
11627489--11627731
24
10.1
24
97
0
432
20
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3
70
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4
13
0
0.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1
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23
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50
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1
25
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1.52
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11
11
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10
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72
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60
62
3
3
30
1.29
11661973--11662055
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4.3
19
75
17
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62
3
3
30
1.29
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18
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2
5
33
1.34
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111
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1
5
30
1.31
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10.7
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60
1
5
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1.31
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3.7
19
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1.34
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2
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1.38
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17
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0
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12
0
54
1.37
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11683463--11683534
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0
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34
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29
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0
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12
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2.1
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94
0
122
52
11
14
21
1.72
11695505--11695543
18
2.2
18
86
4
53
25
0
2
71
0.98
11697149--11697196
24
2.0
24
83
0
60
47
4
12
35
1.60
11697733--11697775
2
21.5
2
100
0
86
48
0
0
51
1.00
11698718--11699114
149
2.6
152
86
4
534
29
22
12
35
1.92
11701711--11701770
21
2.8
21
78
14
52
45
5
3
46
1.41
11701718--11701770
21
2.5
21
84
9
63
45
3
1
49
1.31
11702638--11702685
21
2.2
23
81
7
55
58
4
0
37
1.18
11707834--11707858
12
2.1
12
100
0
50
32
0
0
68
0.90
11711493--11711596
23
4.6
23
76
11
97
34
18
27
19
1.95
11714697--11714747
20
2.6
19
79
11
59
13
13
25
47
1.80
11740100--11740181
41
2.0
41
90
0
128
23
12
26
37
1.90
11755886--11755922
19
1.9
19
88
0
56
18
8
2
70
1.25
11758947--11758986
20
2.0
20
85
0
53
32
22
35
10
1.87
11759567--11759629
31
2.0
31
81
6
74
17
11
1
69
1.25
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11761105--11761156
6
8.7
6
82
0
59
11
5
3
78
1.05
11761105--11761158
18
3.0
18
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0
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11
7
3
77
1.09
11772804--11772833
15
2.0
15
100
0
60
60
13
6
20
1.55
11773187--11773221
2
17.5
2
100
0
70
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0
0
51
1.00
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22
2.0
22
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8
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59
2
6
31
1.36
11776240--11776272
17
1.9
17
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0
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63
6
6
24
1.40
11783480--11783509
16
1.9
16
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63
6
6
23
1.43
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30
2.0
30
100
0
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20
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1.77
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4.0
22
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19
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25
18
21
35
1.95
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2.4
13
100
0
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1.93
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2.4
41
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119
27
27
15
28
1.96
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2.0
24
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4
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65
0
2
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1.05
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630
3.0
630
98
0
3581
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20
24
22
1.98
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43
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16
185
28
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23
26
1.99
11819282--11819802
132
3.9
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1
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28
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22
26
1.99
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265
1.9
265
97
0
958
28
22
22
26
1.99
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110
2.2
109
87
5
341
36
15
19
29
1.92
11823850--11824061
111
1.9
110
89
2
327
33
19
15
31
1.93
11825133--11825193
32
1.9
32
82
0
77
57
8
4
29
1.49
11826612--11826650
15
2.6
15
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0
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43
15
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30
1.80
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20
2.6
20
93
0
95
55
0
5
38
1.24
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11830626--11830670
22
2.0
22
87
8
65
46
17
2
33
1.61
11837201--11837245
22
2.0
22
91
0
72
33
2
15
48
1.57
11837667--11837709
20
2.2
20
100
0
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20
9
18
1.74
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6
4.7
6
100
0
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85
14
0
0
0.59
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2.3
41
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143
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26
14
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11850883--11851053
43
4.0
43
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1
254
22
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1.98
11855240--11855295
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2.2
26
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1
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0
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0.92
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28
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3
2
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1.32
11856396--11856425
4
7.5
4
100
0
60
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0
23
0
0.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322   323   324   325