genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65112688--65112859	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
65118944--65119050	42	2.5	42	93	0	187	29	14	32	22	1.94
65119058--65119127	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
65122968--65123120	39	3.9	39	91	0	234	23	31	21	23	1.98
65122937--65123119	78	2.3	78	86	2	242	22	30	22	24	1.99
65125378--65125524	37	4.0	37	94	0	240	27	29	19	23	1.98
65125730--65125923	47	4.1	47	89	0	280	26	28	10	34	1.90
65137139--65137289	40	3.8	40	80	6	164	26	22	27	23	2.00
65145138--65145254	33	3.3	34	80	17	130	24	23	26	25	2.00
65147625--65147694	27	2.5	28	90	6	108	28	28	14	28	1.95
65152409--65152450	20	2.1	20	86	8	59	42	16	0	40	1.48
65155467--65155754	40	7.2	40	86	1	353	25	26	23	25	2.00
65162191--65162253	27	2.3	27	80	0	72	34	17	20	26	1.95
65162871--65162934	25	2.6	25	89	0	92	18	23	14	43	1.86
65162868--65162998	6	21.3	6	69	16	81	20	20	12	45	1.84
65162890--65162977	37	2.4	37	88	0	131	21	21	12	44	1.85
65166058--65166117	29	2.1	28	84	3	75	28	26	1	43	1.65
65167683--65167843	41	3.9	41	96	0	286	48	5	22	23	1.71
65169111--65169153	18	2.4	18	82	14	54	16	18	6	58	1.60
65172873--65172969	29	3.4	29	82	1	115	25	35	14	24	1.94
65174804--65174887	24	3.5	24	81	3	98	20	14	22	42	1.88
65184296--65184407	40	2.8	40	85	5	147	24	25	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65192562--65192728	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
65197262--65197321	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
65198038--65198128	27	3.4	27	75	14	89	26	23	14	36	1.93
65200845--65201011	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
65208836--65209002	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
65217128--65217197	29	2.4	29	85	4	88	31	17	25	25	1.97
65218956--65219008	27	2.0	27	85	7	72	33	20	24	20	1.97
65219661--65219738	27	2.9	27	78	5	77	28	20	16	34	1.94
65219689--65219750	27	2.3	27	88	0	97	25	17	16	40	1.90
65220668--65220725	27	2.1	27	80	0	62	32	17	20	29	1.95
65222974--65223079	23	4.7	21	77	12	95	25	19	18	35	1.95
65222974--65223079	46	2.3	45	80	9	108	25	19	18	35	1.95
65223019--65223080	24	2.7	24	87	5	83	29	20	14	35	1.93
65224632--65224724	48	1.9	48	97	0	177	20	12	25	40	1.88
65226696--65226733	19	2.0	19	94	0	67	31	23	26	18	1.97
65231184--65231238	26	2.1	26	100	0	110	38	16	10	34	1.84
65233667--65233721	25	2.2	25	80	6	67	47	30	10	10	1.73
65234836--65234959	51	2.4	51	93	0	212	29	24	12	33	1.92
65234935--65234973	7	5.6	7	90	0	60	20	30	7	41	1.80
65234935--65234973	14	2.8	14	96	0	69	20	30	7	41	1.80
65234884--65235022	65	2.1	65	90	2	217	28	25	13	32	1.94
65237565--65237590	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65253872--65254030	44	3.7	43	74	12	130	28	21	23	26	1.99
65253884--65254030	42	3.4	43	73	11	113	28	22	23	25	1.99
65258220--65258253	11	3.0	11	91	4	50	26	38	11	23	1.89
65258225--65258254	11	2.7	11	94	0	51	26	46	6	20	1.75
65259172--65259209	18	2.2	18	85	4	51	52	23	0	23	1.47
65260318--65260387	35	2.0	36	85	2	97	40	21	10	28	1.85
65262370--65262541	29	6.0	29	78	6	208	37	11	26	24	1.90
65262372--65262531	55	2.8	56	82	5	196	38	9	27	24	1.86
65262370--65262536	84	2.0	84	89	0	253	37	10	27	24	1.88
65272500--65272540	20	2.0	20	100	0	82	31	24	14	29	1.95
65278842--65278867	11	2.4	11	100	0	52	84	7	0	7	0.77
65282537--65282614	29	2.7	28	72	18	70	42	12	11	33	1.79
65284461--65284505	8	5.6	8	81	0	54	66	0	2	31	1.04
65284463--65284516	24	2.2	25	84	12	76	72	0	3	24	1.01
65293704--65293747	19	2.4	18	88	7	70	45	11	2	40	1.53
65296090--65296134	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
65299895--65299939	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
65314184--65314368	40	4.6	40	79	4	194	27	22	25	25	2.00
65314188--65314368	80	2.2	81	80	4	215	26	22	25	24	2.00
65318180--65318363	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
65318220--65318408	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
65322440--65322602	70	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65322440--65322636	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	33	1.95
65329979--65330142	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
65329979--65330176	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
65336058--65336095	14	2.7	14	95	0	67	57	31	2	7	1.41
65338884--65338921	16	2.4	17	86	13	62	52	21	21	5	1.66
65338892--65338926	16	2.2	16	94	0	61	51	17	22	8	1.72
65339149--65339288	29	4.9	29	83	4	158	25	17	30	26	1.97
65342596--65342664	27	2.5	28	93	4	115	28	13	27	30	1.94
65342619--65342676	27	2.1	27	84	6	73	31	15	22	31	1.95
65350404--65350473	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
65350404--65350485	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
65354571--65354628	30	1.9	30	89	0	89	12	25	36	25	1.91
65356457--65356511	17	3.2	18	80	7	62	80	0	3	16	0.86
65356457--65356511	6	9.7	6	80	7	62	80	0	3	16	0.86
65356457--65356511	11	4.8	12	80	8	62	80	0	3	16	0.86
65361488--65361668	39	4.6	39	90	2	247	22	31	22	23	1.98
65361518--65361668	77	1.9	79	91	2	252	22	31	21	23	1.98
65361518--65361668	39	3.9	39	93	2	250	22	31	21	23	1.98
65369463--65369643	39	4.6	39	90	2	247	22	31	22	23	1.98
65369493--65369643	77	1.9	79	91	2	252	22	31	21	23	1.98
65369493--65369643	39	3.9	39	93	2	250	22	31	21	23	1.98
65383544--65383589	14	3.1	15	81	9	58	28	21	4	45	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65385888--65385941	20	2.7	20	91	0	90	44	25	24	5	1.75
65387396--65387500	27	3.9	27	84	0	129	36	18	18	27	1.94
65387483--65387745	27	9.8	26	75	10	140	42	17	8	31	1.79
65387483--65387743	54	4.8	54	78	7	208	42	17	8	31	1.79
65387483--65387746	81	3.2	80	79	10	220	42	17	8	31	1.79
65391066--65391134	27	2.6	27	97	0	129	31	20	21	26	1.98
65391119--65391177	26	2.2	26	81	3	73	37	15	10	37	1.81
65391170--65391348	27	6.6	27	86	6	159	45	19	6	28	1.74
65391170--65391348	54	3.3	54	81	7	202	45	19	6	28	1.74
65391165--65391348	81	2.3	81	81	1	235	45	19	5	29	1.74
65391305--65391362	27	2.1	27	87	6	82	48	18	6	25	1.73
65392951--65393134	49	3.7	49	85	2	260	26	19	25	28	1.98
65392946--65393133	100	1.9	100	94	0	331	26	19	25	28	1.99
65394473--65394673	25	8.0	25	77	3	208	18	15	26	39	1.90
65394462--65394657	50	3.9	50	95	0	349	19	13	26	40	1.89
65400332--65400925	296	2.0	297	94	0	1037	39	19	4	36	1.73
65404331--65404457	28	4.7	28	75	10	111	37	19	15	27	1.92
65406303--65406394	45	2.0	47	82	8	116	27	15	26	31	1.95
65412634--65412740	29	3.7	29	81	5	108	23	30	15	29	1.96
65413897--65413953	19	3.2	17	79	15	62	5	15	1	77	1.03
65413897--65413951	18	3.0	18	80	19	69	5	16	1	76	1.06
65420546--65420652	29	3.7	29	81	5	108	23	30	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65421808--65421864	21	3.0	20	80	14	59	5	15	1	77	1.03
65425642--65425715	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
65425699--65425773	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
65425642--65425773	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
65431709--65431782	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
65431766--65431840	28	2.6	29	77	8	82	22	21	34	21	1.97
65435476--65435507	16	2.0	16	93	0	55	40	25	6	28	1.79
65444097--65444150	24	2.2	24	86	0	81	35	5	38	20	1.76
65445522--65445632	27	4.2	26	89	5	159	14	25	23	36	1.93
65448634--65448659	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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