genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72932395--72932592	108	1.8	110	86	4	294	23	25	17	34	1.96
72935413--72935451	20	2.0	20	84	0	51	46	2	17	33	1.62
72937617--72937685	25	2.7	25	86	8	86	24	21	28	24	1.99
72944584--72944660	40	1.9	41	86	2	111	35	15	22	27	1.94
72946438--72946509	27	2.7	27	86	0	108	33	16	20	29	1.95
72946491--72946549	26	2.2	26	90	3	91	38	16	10	33	1.83
72946542--72946748	27	7.7	27	78	4	177	42	20	7	28	1.79
72946511--72946812	54	5.6	53	78	7	245	41	20	8	29	1.83
72946491--72946810	27	11.9	26	77	5	169	40	20	9	30	1.83
72947073--72947151	41	1.9	41	89	0	122	20	24	27	27	1.99
72950205--72950277	27	2.7	27	91	0	110	35	15	20	28	1.93
72950292--72950554	27	9.7	27	78	8	193	42	18	8	30	1.80
72950292--72950580	107	2.7	107	76	8	253	41	19	8	30	1.82
72950319--72950581	27	9.7	27	76	8	176	40	19	9	31	1.82
72950319--72950582	80	3.3	81	77	10	227	40	18	9	31	1.83
72950824--72950926	41	2.5	42	81	7	122	26	21	23	29	1.99
72951070--72951133	22	2.9	21	75	13	58	23	23	20	32	1.98
72952372--72952448	31	2.5	31	84	0	109	14	32	35	18	1.91
72956360--72956670	49	6.4	49	93	1	527	28	9	32	29	1.88
72956360--72956675	145	2.2	147	93	1	546	29	8	32	29	1.87
72956772--72956856	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
72958887--72959048	29	5.6	29	97	0	297	25	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72959532--72959630	41	2.4	41	80	11	114	26	24	24	25	2.00
72962353--72962614	49	5.4	49	93	1	438	29	8	32	29	1.87
72962365--72962614	97	2.6	97	96	0	455	29	8	32	29	1.87
72962353--72962667	146	2.2	145	84	4	411	30	8	31	29	1.87
72962716--72962800	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
72973065--72973216	39	3.9	39	92	0	241	23	30	25	21	1.99
72976094--72976274	40	4.6	40	90	2	276	23	20	30	25	1.99
72984085--72984225	40	3.5	40	83	2	169	24	19	29	26	1.98
72990276--72990395	42	2.9	41	76	5	123	30	24	12	32	1.92
73002229--73002302	27	2.7	27	87	2	94	18	24	21	35	1.96
73003114--73003171	28	2.0	30	86	6	84	37	6	25	29	1.82
73018891--73018932	21	2.0	20	86	4	57	30	19	35	14	1.91
73024315--73024370	18	3.2	18	74	2	51	44	16	8	30	1.78
73033748--73033843	40	2.4	40	82	5	113	35	20	19	23	1.96
73033958--73034036	40	2.0	40	84	0	104	35	22	18	22	1.96
73033790--73034141	193	1.8	193	82	4	449	31	22	19	26	1.98
73034399--73034513	7	16.4	7	71	10	56	24	0	28	46	1.59
73034399--73034457	14	4.2	14	88	0	73	23	0	28	47	1.52
73034404--73034514	35	3.2	36	74	13	97	24	0	29	45	1.60
73034521--73034683	14	11.5	14	64	12	57	24	1	35	38	1.64
73034521--73034586	21	3.1	21	69	18	55	25	1	39	33	1.65
73034612--73034684	7	10.3	7	77	2	56	24	0	36	38	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73034601--73034654	21	2.5	22	84	3	65	27	1	25	44	1.64
73035098--73035139	21	2.0	21	85	0	57	52	4	4	38	1.44
73035329--73035480	73	2.1	74	88	6	229	35	6	22	35	1.80
73045510--73045572	26	2.4	26	83	0	81	36	26	9	26	1.87
73045872--73045917	20	2.3	21	75	14	53	28	17	26	28	1.98
73045910--73046046	60	2.3	59	83	8	161	30	20	23	25	1.98
73047415--73047461	22	2.1	23	88	7	71	29	6	23	40	1.79
73051208--73051399	39	4.9	39	94	0	321	24	22	31	21	1.98
73053014--73053128	29	4.0	29	88	4	99	25	22	15	36	1.94
73053026--73053128	29	3.5	29	94	2	179	23	24	15	36	1.93
73053025--73053158	59	2.2	60	88	1	198	24	25	14	35	1.94
73059947--73060061	29	4.0	29	86	4	90	26	22	14	36	1.93
73059959--73060061	29	3.5	29	92	2	170	24	24	14	36	1.93
73062204--73062233	14	2.1	14	93	0	51	60	16	0	23	1.36
73064442--73064548	35	3.1	35	78	5	110	49	16	21	12	1.78
73066160--73066362	91	2.2	92	83	1	257	32	13	22	31	1.93
73072776--73073049	137	2.0	137	97	0	521	31	21	14	31	1.94
73079235--73079283	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
73080106--73080272	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
73087242--73087290	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
73088112--73088278	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
73091284--73091393	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73091284--73091433	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
73099328--73099437	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
73099328--73099476	40	3.8	39	79	7	124	26	22	26	24	2.00
73105347--73105469	47	2.6	48	83	6	164	27	29	15	27	1.96
73110218--73110281	27	2.3	26	80	15	67	7	20	1	70	1.21
73113817--73113847	7	4.4	7	91	0	53	41	29	0	29	1.56
73120107--73120186	23	3.6	23	76	6	92	35	1	17	46	1.56
73120090--73120184	44	2.2	44	98	0	181	33	2	16	47	1.59
73121886--73122024	48	2.9	48	88	2	199	28	16	28	27	1.97
73121887--73122053	48	3.5	47	82	6	160	28	16	26	27	1.97
73126816--73126917	29	3.6	27	81	5	96	29	32	16	21	1.95
73133122--73133188	28	2.4	28	82	7	75	32	7	22	37	1.82
73133912--73134033	47	2.6	47	94	0	208	36	14	24	24	1.93
73134012--73134409	54	7.5	54	76	10	374	35	16	24	23	1.95
73134020--73134410	109	3.7	108	79	7	478	35	16	24	23	1.95
73133959--73134410	109	4.3	105	78	9	435	35	15	24	24	1.94
73133959--73134405	209	2.1	209	95	0	804	35	15	24	24	1.94
73153974--73154273	49	6.1	49	95	0	519	34	9	27	29	1.88
73157321--73157431	27	4.1	27	86	5	145	36	22	25	15	1.93
73157321--73157431	54	2.1	53	89	1	168	36	22	25	15	1.93
73158863--73158922	24	2.6	24	82	10	72	23	40	5	31	1.76
73165159--73165269	27	4.1	27	85	5	127	39	21	22	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73165159--73165269	54	2.1	53	84	1	141	39	21	22	16	1.92
73167554--73167623	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
73175249--73175445	9	24.1	8	67	24	60	36	3	0	59	1.18
73175247--73175277	15	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
73175240--73175336	51	1.9	50	81	10	117	36	2	1	60	1.15
73175303--73175370	26	2.6	27	79	13	79	32	2	0	64	1.08
73175417--73175497	26	3.0	26	70	15	65	35	6	1	56	1.32
73177363--73177435	23	3.3	23	76	5	78	31	4	1	63	1.22
73183655--73183835	39	4.6	38	81	7	159	23	25	22	27	2.00
73191668--73191850	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
73196026--73196199	46	3.8	46	78	13	203	19	20	30	29	1.97
73196021--73196192	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	28	1.98
73197774--73197861	27	3.2	27	84	7	124	36	23	22	17	1.94
73199095--73199133	16	2.4	17	87	12	55	76	0	23	0	0.78
73205573--73205682	27	4.1	26	81	8	112	37	20	22	19	1.94
73213989--73214104	46	2.5	45	80	8	128	23	29	18	29	1.97
73215348--73215447	51	2.0	51	85	0	137	27	23	19	31	1.98
73227087--73227219	60	2.3	58	82	5	151	24	31	15	27	1.96
73227137--73227219	29	2.9	29	100	0	166	26	28	14	30	1.95
73228373--73228433	24	2.8	21	76	23	63	4	13	1	80	0.95
73228384--73228439	23	2.3	26	87	9	82	7	14	1	76	1.07
73228377--73228439	30	2.1	29	82	14	74	6	14	1	77	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73228372--73228418	19	2.6	17	78	18	51	4	14	2	78	0.99
73236944--73237061	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
73236912--73237075	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
73244426--73244570	40	3.6	40	83	4	175	24	25	24	25	2.00
73245277--73245304	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
73251016--73251071	27	2.1	27	89	0	85	28	16	23	32	1.96
73251089--73251450	27	13.4	27	78	4	239	40	19	9	31	1.83
73251688--73251804	41	2.9	41	89	0	171	21	16	32	29	1.95
73253016--73253085	34	2.1	34	88	0	104	32	24	17	25	1.96
73258432--73258619	103	1.8	103	83	4	254	30	14	23	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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