genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  188  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57817097--57817213	25	4.8	25	95	2	188	26	20	23	29	1.99
57817411--57817474	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
57832322--57832426	43	2.4	43	92	3	176	28	32	26	12	1.92
57832400--57832442	16	2.7	16	96	0	77	25	27	37	9	1.87
57832445--57832597	38	4.0	38	91	1	245	30	26	22	21	1.99
57841597--57841698	27	3.8	27	75	2	80	23	19	18	38	1.93
57842250--57842274	7	3.6	7	100	0	50	16	0	12	72	1.13
57849065--57849115	22	2.3	22	80	6	59	43	9	13	33	1.77
57856012--57856317	11	28.5	11	71	19	88	34	3	2	59	1.30
57856012--57856142	13	9.6	13	68	21	63	36	3	3	56	1.33
57856015--57856231	55	3.7	55	78	10	197	34	3	4	57	1.35
57856049--57856317	21	11.7	22	69	19	85	34	3	2	59	1.27
57856111--57856206	42	2.3	42	79	15	110	35	3	3	58	1.30
57856245--57856314	3	23.3	3	94	5	124	32	0	0	67	0.91
57856012--57856317	12	24.5	12	71	21	97	34	3	2	59	1.30
57856548--57856592	17	2.4	18	82	17	56	31	6	6	55	1.52
57856926--57856965	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
57860110--57860285	46	3.8	45	78	10	185	22	19	28	29	1.98
57860106--57860277	93	1.8	93	90	2	274	22	20	29	28	1.98
57862599--57862683	21	4.0	21	78	4	80	38	25	22	12	1.90
57863559--57863588	13	2.2	14	94	5	53	13	13	0	73	1.10
57863786--57863838	23	2.3	22	81	15	63	33	11	5	49	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57864081--57864157	3	26.3	3	78	10	79	61	3	0	35	1.15
57874710--57874769	30	2.0	29	87	3	84	55	13	5	26	1.59
57877170--57877211	2	22.0	2	90	9	70	50	0	0	50	1.00
57884472--57884506	17	2.1	17	94	0	61	17	0	22	60	1.37
57884471--57884509	9	4.4	9	90	6	62	20	0	20	58	1.39
57886955--57887079	56	2.3	55	86	6	164	26	15	26	32	1.95
57890202--57890264	30	2.1	30	84	0	81	31	7	22	38	1.83
57890637--57890854	46	4.6	46	80	12	178	29	18	29	22	1.97
57892978--57893128	39	3.9	39	92	1	241	23	22	31	21	1.98
57892984--57893158	78	2.2	78	86	3	235	23	24	32	20	1.98
57900116--57900266	39	3.9	39	93	2	250	23	21	31	22	1.98
57900116--57900266	77	1.9	79	91	2	252	23	21	31	22	1.98
57900116--57900296	39	4.6	39	88	2	229	23	22	31	22	1.98
57908534--57908574	14	2.9	14	80	20	50	14	19	0	65	1.26
57918615--57918690	40	1.9	40	86	0	107	14	11	34	39	1.83
57927478--57927503	13	2.0	13	100	0	52	15	7	0	76	0.99
57938616--57938771	43	3.7	43	76	6	149	26	20	26	26	1.99
57938613--57938771	85	1.9	85	85	5	223	25	20	26	27	1.99
57952201--57952381	54	3.4	54	87	0	236	31	23	8	37	1.84
57952226--57952381	27	5.8	27	87	3	215	30	23	8	38	1.84
57952201--57952408	81	2.6	81	82	4	249	32	22	8	37	1.84
57952226--57952382	54	2.9	55	91	1	246	29	22	8	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57952187--57952424	27	8.8	27	79	3	138	33	22	8	35	1.85
57952201--57952411	54	3.9	54	84	0	224	32	22	8	36	1.85
57952385--57952552	27	6.2	27	83	2	203	38	22	10	28	1.87
57952375--57952552	81	2.2	81	83	2	232	39	20	10	29	1.86
57952375--57952610	81	2.9	81	81	4	210	37	20	12	29	1.89
57952402--57952663	54	4.9	54	79	6	194	38	21	12	27	1.90
57952572--57952759	27	7.0	27	85	2	234	37	18	19	25	1.94
57952963--57953029	25	2.7	25	85	0	80	31	25	20	22	1.98
57952988--57953059	25	3.0	24	80	13	76	29	22	22	26	1.99
57957850--57957913	32	2.0	32	96	0	119	31	7	21	39	1.82
57959880--57959913	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
57963266--57963413	51	2.9	51	90	2	244	27	27	15	30	1.96
57963437--57963555	52	2.3	52	91	2	195	26	21	15	36	1.94
57963437--57963552	24	4.4	27	80	17	138	25	22	15	36	1.94
57965893--57966208	46	6.7	48	74	10	242	25	18	30	25	1.98
57967972--57968052	43	1.9	42	82	2	99	17	28	39	14	1.89
57968148--57968187	21	1.9	21	84	0	53	30	17	10	42	1.82
57969563--57969595	10	3.4	10	87	4	50	9	0	15	75	1.03
57971968--57972066	29	3.7	27	71	21	75	65	3	2	29	1.18
57971969--57972136	9	18.3	9	67	14	58	64	4	1	29	1.21
57972113--57972157	22	2.0	22	86	0	63	73	2	2	22	1.05
57972312--57972355	14	3.2	14	77	3	54	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57972717--57972785	19	3.7	19	70	16	56	33	0	4	62	1.15
57972818--57972853	14	2.6	14	100	0	72	41	0	0	58	0.98
57973152--57973213	32	1.9	32	87	12	92	41	4	17	35	1.71
57975877--57976226	39	9.0	39	91	0	520	24	28	25	22	1.99
57990751--57990810	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
57990805--57990832	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
57990832--57990867	2	18.0	2	100	0	72	0	0	50	50	1.00
58006734--58006780	18	2.7	17	87	6	67	23	2	4	70	1.16
58006741--58006779	18	2.2	18	95	0	69	20	2	5	71	1.17
58015792--58015941	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
58015816--58015999	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
58017086--58017118	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
58018611--58018646	17	2.1	17	100	0	72	41	30	11	16	1.83
58023071--58023101	14	2.2	14	94	0	53	9	12	38	38	1.77
58024931--58024968	19	2.0	19	100	0	76	47	10	5	36	1.61
58031354--58031502	40	3.7	37	83	10	136	31	23	21	23	1.98
58031378--58031504	42	3.1	42	89	2	186	33	22	19	25	1.97
58034034--58034069	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
58034370--58034456	43	2.0	43	82	12	108	29	28	17	24	1.97
58036982--58037100	28	4.2	28	93	0	193	20	18	37	23	1.94
58037438--58037709	27	10.1	27	82	7	252	37	19	11	31	1.87
58037438--58037681	54	4.5	54	82	4	285	38	20	10	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58037555--58037749	27	7.2	26	85	3	147	37	17	12	31	1.88
58042599--58042693	25	3.8	25	83	2	102	27	20	24	28	1.99
58042599--58042693	50	1.9	50	84	0	127	27	20	24	28	1.99
58042744--58042787	20	2.2	20	92	8	72	34	18	11	36	1.86
58046169--58046313	40	3.6	40	79	9	136	24	24	28	23	2.00
58050259--58050460	40	5.1	40	89	1	289	27	27	23	21	1.99
58054036--58054145	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
58058813--58059036	40	5.7	40	85	5	260	26	27	20	24	1.99
58058813--58059036	118	1.9	120	81	7	278	26	27	20	24	1.99
58064271--58064343	36	2.0	36	100	0	146	38	10	8	42	1.70
58068286--58068345	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
58079498--58079595	37	2.6	39	77	17	102	40	3	4	52	1.36
58079506--58079656	68	2.3	67	82	11	168	40	3	3	52	1.34
58079582--58079654	38	1.9	38	88	5	112	41	2	2	53	1.29
58080803--58080862	22	2.7	22	84	0	75	35	45	8	11	1.71
58081089--58081140	24	2.2	23	89	6	77	13	13	0	73	1.11
58088560--58088603	23	2.0	22	86	4	61	25	22	11	40	1.87
58090645--58090669	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
58097969--58098006	5	7.4	5	88	5	58	15	2	0	81	0.80
58099022--58099114	44	2.1	44	97	0	177	10	24	4	60	1.48
58105499--58105539	21	2.0	20	86	9	57	41	4	4	48	1.46
58106966--58107128	70	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58114051--58114213	70	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
58115844--58115892	5	10.4	5	91	8	77	20	0	0	79	0.73
58115844--58115891	9	5.2	9	90	9	71	20	0	0	79	0.74
58115844--58115892	14	3.5	14	91	8	82	20	0	0	79	0.73
58120300--58120327	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
58120858--58120950	40	2.3	39	85	10	125	29	19	23	27	1.98
58121009--58121133	40	3.1	40	84	2	153	29	20	20	28	1.98
58121215--58121350	40	3.4	40	81	5	123	30	21	19	27	1.98
58121257--58121350	39	2.4	39	85	3	125	29	22	19	28	1.98
58122189--58122243	7	7.9	7	76	8	58	41	36	1	20	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325