genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60727031--60727091	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
60733015--60733084	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
60733015--60733096	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
60741097--60741166	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
60741097--60741178	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
60747761--60747863	29	3.6	29	90	0	152	25	32	15	27	1.96
60747732--60747863	58	2.3	58	82	0	156	25	33	15	25	1.95
60751117--60751168	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
60751098--60751237	67	2.1	68	87	2	201	18	28	22	30	1.97
60764662--60764846	43	4.3	43	94	0	325	22	30	23	23	1.99
60765091--60765131	19	2.2	19	86	4	57	70	4	2	21	1.18
60765057--60765130	31	2.4	31	78	13	82	66	4	2	27	1.23
60770699--60770751	24	2.2	24	83	6	63	16	5	1	75	1.08
60770783--60770883	8	13.0	8	83	15	115	39	0	0	60	0.97
60770783--60770884	7	14.3	7	79	12	102	40	0	0	59	0.97
60770783--60770883	15	6.5	15	81	14	116	39	0	0	60	0.97
60771780--60771900	41	3.0	41	88	1	172	21	27	21	29	1.98
60774188--60774332	40	3.6	40	77	3	130	24	23	25	26	2.00
60779818--60779985	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
60779818--60779985	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
60785416--60785520	40	2.6	40	86	3	140	27	22	24	24	2.00
60787667--60787740	29	2.6	29	82	4	87	25	13	32	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60791609--60791772	46	3.5	46	74	17	167	29	28	18	23	1.98
60791754--60791787	16	2.1	16	100	0	68	35	35	11	17	1.87
60791661--60791881	109	2.0	109	95	0	397	30	28	17	23	1.97
60791770--60791909	46	3.0	44	76	14	124	30	27	17	23	1.97
60792313--60792372	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
60797183--60797249	20	3.3	20	87	0	98	34	10	20	34	1.87
60797299--60797403	24	4.4	24	85	2	149	30	22	20	26	1.98
60797298--60797403	47	2.2	48	86	1	151	31	22	19	26	1.98
60797613--60797676	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
60799651--60799682	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
60799881--60800224	50	6.9	50	75	4	282	32	24	17	25	1.97
60799906--60800000	49	1.9	49	84	0	127	36	21	14	27	1.92
60799884--60800218	151	2.2	150	90	0	517	32	24	17	25	1.96
60800841--60800899	30	2.0	30	82	0	73	27	23	6	42	1.79
60806404--60806449	23	2.0	23	100	0	92	47	13	8	30	1.72
60809130--60809257	64	2.0	64	100	0	256	39	17	4	39	1.70
60815874--60816049	46	3.8	46	78	12	198	20	21	29	28	1.98
60815871--60816041	93	1.8	93	92	0	288	20	21	29	28	1.98
60818568--60818780	46	4.7	45	79	7	202	24	21	30	23	1.98
60818618--60818820	46	4.5	45	77	12	193	24	21	30	24	1.99
60822194--60822369	46	3.8	46	78	12	198	20	21	29	28	1.98
60822191--60822361	93	1.8	93	92	0	288	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60824605--60824683	30	2.6	30	82	7	97	56	15	16	11	1.66
60824605--60824674	15	4.7	15	82	5	88	58	12	17	11	1.63
60824606--60824683	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
60827625--60827794	92	1.8	93	91	3	281	28	29	20	21	1.98
60827617--60827791	46	3.8	46	76	14	189	29	29	20	21	1.98
60827671--60827810	46	3.0	46	74	16	121	30	28	19	22	1.98
60830272--60830416	42	3.4	42	77	8	123	28	24	17	28	1.98
60843658--60843692	16	2.2	16	94	0	61	25	0	28	45	1.54
60844166--60844210	21	2.2	21	84	11	58	31	2	24	42	1.67
60845746--60845894	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
60845787--60845894	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
60853395--60853543	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
60853436--60853543	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
60858798--60858972	96	1.8	96	82	2	226	28	20	28	23	1.99
60864886--60864921	8	4.2	8	86	13	54	75	0	0	25	0.81
60873483--60873532	19	2.6	19	90	3	73	30	10	8	52	1.64
60875068--60875108	21	2.0	21	85	9	57	51	0	19	29	1.47
60876144--60876328	43	4.3	43	87	0	271	24	14	28	32	1.95
60876307--60876615	56	5.6	56	87	2	446	26	13	25	34	1.93
60878303--60878504	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
60878302--60878453	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
60886383--60886584	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60886382--60886533	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
60890146--60890217	23	3.3	21	66	17	56	29	18	25	27	1.98
60890364--60890489	27	4.7	27	86	2	173	42	18	13	26	1.87
60892168--60892200	13	2.4	14	90	5	50	24	0	12	63	1.28
60896040--60896143	38	2.7	39	86	4	147	25	20	31	22	1.98
60900764--60900893	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
60904616--60904766	76	2.0	75	98	1	293	26	23	17	33	1.96
60908639--60908768	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
60914566--60914748	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
60916725--60916855	65	2.0	65	98	0	253	41	17	15	25	1.88
60916738--60916838	30	3.2	30	67	26	82	42	16	16	23	1.88
60916858--60916914	26	2.2	26	81	9	62	28	17	19	35	1.94
60917160--60917206	16	3.1	15	83	16	62	27	0	0	72	0.85
60918794--60918837	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
60920015--60920046	16	2.0	16	100	0	64	12	18	18	50	1.78
60924028--60924383	43	8.3	43	89	2	484	25	15	27	31	1.96
60924362--60924632	56	4.8	56	83	2	305	28	13	23	35	1.92
60924362--60924632	112	2.4	112	83	1	346	28	13	23	35	1.92
60934710--60934738	12	2.5	12	94	5	51	31	10	13	44	1.78
60938757--60938928	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
60938750--60938925	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
60946243--60946423	46	3.9	46	76	5	204	29	29	19	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60953167--60953230	32	2.0	32	84	0	83	34	23	14	28	1.93
60954600--60954771	93	1.8	93	87	0	254	22	19	28	29	1.98
60954605--60954779	46	3.8	46	73	13	160	22	19	28	30	1.98
60960105--60960280	46	3.8	44	78	10	174	21	19	28	30	1.97
60960101--60960272	93	1.8	93	90	2	274	20	19	29	29	1.97
60963335--60963373	20	1.9	21	84	5	53	30	2	17	48	1.61
60976230--60976427	40	4.9	40	93	2	319	29	20	24	25	1.99
60976230--60976462	80	2.9	80	87	5	276	29	20	24	26	1.99
60976230--60976462	120	1.9	120	83	6	303	29	20	24	26	1.99
60980435--60980472	19	2.0	20	89	5	60	39	2	13	44	1.57
60982522--60982628	42	2.5	42	100	0	214	27	10	20	42	1.84
60988420--60988509	46	2.0	45	82	2	108	26	23	14	35	1.93
60994008--60994154	29	5.1	29	83	4	149	29	14	28	26	1.96
61001047--61001154	27	4.0	28	90	2	150	33	20	25	21	1.97
61001046--61001155	55	2.0	54	87	5	159	34	20	24	20	1.96
61004259--61004406	29	5.2	29	82	4	151	29	14	30	26	1.95
61009817--61009958	40	3.5	40	82	1	124	27	24	26	21	1.99
61009855--61009984	40	3.3	39	78	11	147	23	24	26	24	2.00
61012943--61012986	23	1.9	23	85	0	61	25	22	29	22	1.99
61018235--61018354	29	4.6	25	88	11	156	25	15	32	26	1.96
61018233--61018354	57	2.3	55	86	13	170	25	15	31	27	1.96
61026322--61026513	29	6.6	29	86	4	253	27	14	30	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61029584--61029686	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
61037585--61037687	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
61044970--61045346	81	4.7	81	86	2	515	35	20	19	25	1.96
61044973--61045363	27	14.5	27	85	2	464	35	19	19	25	1.96
61058649--61058695	20	2.3	20	100	0	94	23	40	27	8	1.83
61061920--61062050	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
61061919--61062050	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
61069875--61070005	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
61069874--61070005	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
61079497--61079622	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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