genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62272990--62273160	93	1.8	93	92	0	288	21	20	28	29	1.98
62277405--62277441	19	1.9	19	100	0	74	16	13	37	32	1.87
62277407--62277450	19	2.3	19	92	0	70	18	15	36	29	1.92
62280438--62280472	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
62281286--62281395	42	2.7	38	84	8	130	21	22	24	30	1.99
62281285--62281364	42	1.9	42	94	0	142	21	21	25	32	1.98
62284074--62284114	21	2.0	21	90	9	66	46	19	0	34	1.50
62285742--62285787	21	2.1	22	84	4	58	23	13	2	60	1.43
62292415--62292471	16	3.6	16	83	4	71	19	7	0	73	1.05
62294720--62294862	49	2.9	47	83	7	178	23	20	27	27	1.99
62299740--62299907	40	4.2	40	80	3	169	26	23	26	23	2.00
62307537--62307646	40	2.8	40	84	0	139	24	26	22	26	2.00
62309539--62309713	46	3.8	45	76	10	174	29	29	20	21	1.98
62309547--62309718	93	1.8	93	89	0	272	28	30	20	20	1.98
62309590--62309720	47	2.8	45	73	11	122	29	30	19	20	1.97
62314325--62314397	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
62316376--62316473	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
62319920--62320022	52	2.0	52	86	0	143	25	30	28	16	1.97
62321787--62321972	40	4.7	40	86	5	207	27	27	20	23	1.99
62324882--62325053	93	1.8	93	91	4	285	28	30	20	20	1.98
62324874--62325049	46	3.8	47	80	11	211	29	29	19	21	1.98
62332743--62332812	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62337562--62337691	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
62337562--62337725	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
62343791--62343860	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
62345845--62345977	53	2.5	53	86	1	185	30	21	19	28	1.97
62347977--62348051	24	3.1	24	96	0	132	34	4	40	21	1.72
62349457--62349567	27	4.2	26	87	5	141	17	24	22	36	1.95
62351631--62351781	77	1.9	78	91	2	250	23	21	31	23	1.99
62351630--62351781	39	3.9	39	89	2	234	23	21	31	23	1.98
62351631--62351811	39	4.6	40	86	2	226	23	22	30	23	1.99
62361342--62361397	23	2.5	22	82	8	76	26	5	30	37	1.79
62365036--62365201	46	3.6	46	76	15	180	28	28	22	20	1.98
62365036--62365205	92	1.8	93	93	1	297	28	28	22	20	1.99
62365030--62365214	46	4.0	46	70	18	125	28	29	20	21	1.98
62365623--62365682	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
62369167--62369374	40	5.2	39	82	1	209	25	25	22	25	2.00
62369167--62369372	80	2.6	81	83	3	238	25	26	22	25	2.00
62377243--62377450	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
62377243--62377448	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
62385291--62385457	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
62385291--62385457	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
62386283--62386328	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
62387422--62387604	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62401694--62401770	33	2.4	33	93	2	138	57	15	7	19	1.63
62405299--62405482	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
62405339--62405527	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
62413415--62413598	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
62413455--62413643	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
62415044--62415086	22	2.0	22	85	0	59	13	20	48	16	1.80
62425518--62425565	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
62425604--62425660	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
62425602--62425668	20	3.3	20	95	0	125	35	11	19	32	1.88
62425613--62425668	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
62425719--62425836	23	5.1	22	85	10	148	28	19	20	31	1.97
62433498--62433681	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
62433538--62433726	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
62437738--62437807	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
62437738--62437819	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
62445536--62445605	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
62445536--62445617	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
62453906--62454150	55	4.6	53	77	9	234	36	17	24	21	1.95
62453906--62454113	55	3.8	53	80	7	249	36	16	25	22	1.94
62453913--62454113	108	1.8	110	87	4	300	35	16	25	22	1.95
62461251--62461295	19	2.4	19	92	0	72	62	13	13	11	1.55
62470143--62470192	22	2.3	22	92	0	82	12	32	24	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62477053--62477086	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
62477795--62477974	40	4.5	39	85	10	190	26	22	26	23	2.00
62480865--62480913	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
62488819--62488929	52	2.1	53	94	1	197	23	7	15	54	1.66
62490582--62490630	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
62491453--62491619	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
62497684--62497891	40	5.2	40	81	2	193	25	24	25	24	2.00
62497686--62497891	80	2.6	80	82	3	227	25	24	26	24	2.00
62505700--62505907	40	5.2	40	81	2	193	25	24	25	24	2.00
62505702--62505907	80	2.6	80	82	3	227	25	24	26	24	2.00
62507654--62507809	43	3.6	43	77	5	154	30	25	17	26	1.98
62512426--62512484	26	2.3	26	85	8	77	64	1	13	20	1.37
62514129--62514166	20	2.0	20	89	5	60	34	0	63	2	1.09
62524484--62524586	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
62532554--62532656	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
62540576--62540690	27	4.3	27	80	7	126	39	21	22	16	1.92
62541925--62541967	22	2.0	22	90	0	68	67	0	23	9	1.19
62544096--62544122	13	2.1	13	100	0	54	37	7	7	48	1.59
62549173--62549251	27	2.9	27	88	0	113	39	15	17	27	1.90
62549238--62549296	26	2.2	26	87	3	82	38	15	10	35	1.81
62549289--62549440	81	1.9	81	83	5	200	43	21	6	28	1.77
62549238--62549579	54	6.3	53	77	6	217	41	18	8	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62549238--62549579	27	12.7	27	76	9	169	41	18	8	31	1.80
62549845--62549965	41	3.0	41	85	9	174	20	22	28	28	1.99
62550109--62550162	22	2.5	22	82	11	74	20	24	22	33	1.97
62550109--62550173	22	3.0	21	80	13	69	20	23	23	33	1.97
62553016--62553095	40	2.0	40	95	0	142	38	18	6	36	1.76
62564109--62564279	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
62572149--62572319	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
62573841--62573901	27	2.3	27	91	0	95	31	22	16	29	1.96
62574564--62574613	23	2.2	23	88	0	73	38	8	30	24	1.84
62583431--62583488	27	2.1	27	90	0	89	27	17	18	36	1.94
62583529--62583573	22	2.0	22	83	8	56	35	13	20	31	1.91
62587741--62587794	26	2.1	26	100	0	108	31	14	11	42	1.81
62589489--62589532	21	2.1	21	100	0	88	31	31	9	27	1.88
62592431--62592487	29	1.9	30	82	10	73	35	7	3	54	1.45
62592761--62593005	49	4.9	49	80	3	274	30	26	17	26	1.97
62592762--62592998	101	2.4	98	82	3	269	31	26	16	25	1.97
62613675--62613865	40	4.8	40	78	8	169	25	20	27	25	1.99
62618964--62619119	68	2.2	68	77	13	149	34	16	28	20	1.94
62629505--62629636	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
62631950--62632072	40	3.1	39	80	6	133	29	24	24	21	1.99
62631950--62632137	80	2.3	80	78	12	197	26	22	27	23	2.00
62638302--62638483	40	4.7	39	82	9	212	23	21	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62638352--62638503	40	3.8	40	83	9	125	24	21	27	26	1.99
62638352--62638516	79	2.1	79	83	6	201	25	21	27	26	1.99
62642033--62642062	14	2.1	14	93	0	51	46	0	6	46	1.29
62648746--62648818	34	2.1	34	82	0	83	26	26	23	24	2.00
62651181--62651205	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
62653205--62653265	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
62656236--62656399	40	4.2	39	82	6	174	25	26	21	26	2.00
62656252--62656399	77	1.9	76	83	6	192	24	26	22	27	2.00
62657222--62657267	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
62664196--62664361	40	4.2	40	82	3	185	24	27	21	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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