genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  246  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77199308--77199697	43	9.2	43	97	0	680	11	23	34	30	1.90
77199854--77200012	29	5.5	28	71	10	124	22	20	28	28	1.98
77199883--77200037	29	5.4	28	70	9	89	21	18	31	27	1.97
77199851--77200019	58	2.9	58	95	0	295	22	19	29	28	1.98
77203953--77204025	35	2.1	35	100	0	146	35	5	19	39	1.75
77204319--77204399	40	2.0	40	97	0	153	20	9	18	50	1.75
77207239--77207263	11	2.3	11	100	0	50	28	40	16	16	1.89
77207348--77207376	15	1.9	15	100	0	58	13	24	6	55	1.63
77208735--77208852	23	5.0	24	90	5	170	27	22	21	28	1.99
77208905--77208966	20	3.1	20	92	0	106	32	20	12	33	1.91
77214726--77214908	49	3.7	49	79	3	204	30	26	16	25	1.97
77217632--77217667	17	2.0	19	89	10	58	66	0	0	33	0.92
77221792--77221836	19	2.4	18	86	13	65	66	0	33	0	0.92
77222662--77222704	20	2.2	20	87	8	61	51	4	11	32	1.59
77222655--77222691	19	2.0	19	89	5	58	48	2	10	37	1.52
77223084--77223181	18	5.4	18	75	4	81	36	13	14	35	1.85
77223084--77223181	36	2.7	36	79	3	108	36	13	14	35	1.85
77225115--77225234	43	2.8	43	84	1	161	21	29	21	27	1.99
77227507--77227616	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
77229219--77229331	27	4.2	27	82	3	120	17	23	22	36	1.95
77229217--77229331	54	2.1	54	87	3	160	17	23	22	36	1.95
77233762--77233809	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77233849--77233901	9	5.4	9	75	16	52	32	9	20	37	1.85
77233843--77233909	20	3.3	20	89	0	107	32	11	20	34	1.90
77233958--77234124	24	7.0	23	87	6	228	29	22	21	26	1.99
77233958--77234124	47	3.5	47	88	4	230	29	22	21	26	1.99
77233958--77234123	71	2.3	71	91	3	262	28	22	21	26	1.99
77234315--77234378	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
77235959--77236047	44	2.0	46	89	8	139	35	26	4	32	1.77
77236033--77236103	16	4.4	16	83	3	90	28	23	7	40	1.81
77236033--77236104	32	2.2	32	92	0	117	27	23	6	41	1.80
77236651--77236697	25	1.9	24	100	0	85	61	19	8	10	1.53
77237569--77237600	13	2.5	13	94	0	55	56	15	6	21	1.62
77244003--77244053	12	4.5	12	73	14	54	41	0	3	54	1.19
77244064--77244111	10	4.7	10	82	12	53	60	12	22	4	1.49
77245376--77245414	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
77245912--77245952	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
77249456--77249614	43	3.7	43	77	5	169	32	24	13	28	1.94
77253395--77253657	47	5.6	47	82	10	247	24	28	18	28	1.98
77253441--77253661	46	4.7	46	79	13	177	24	28	18	28	1.98
77253975--77254057	30	2.8	30	96	0	148	24	25	14	36	1.93
77259728--77259845	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
77259696--77259859	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
77266837--77266954	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77266805--77266968	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
77273174--77273390	47	4.6	48	81	11	247	22	30	20	27	1.98
77273171--77273436	47	5.7	48	81	10	241	22	29	20	27	1.99
77273174--77273436	140	1.9	141	83	8	349	22	29	20	27	1.99
77274131--77274155	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
77274709--77274760	26	2.0	26	100	0	104	30	15	7	46	1.74
77275016--77275046	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
77276247--77276303	26	2.2	26	90	0	87	29	12	10	47	1.74
77276466--77276499	6	5.7	6	92	0	50	20	23	0	55	1.43
77283010--77283158	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
77283051--77283158	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
77287089--77287136	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
77287179--77287239	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
77287288--77287454	24	7.0	24	93	3	257	28	22	22	26	1.99
77287288--77287455	71	2.3	71	90	4	257	29	22	22	26	1.99
77287646--77287740	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
77292195--77292242	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
77292285--77292345	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
77292395--77292536	24	6.0	24	90	5	200	28	21	22	26	1.99
77292395--77292536	46	3.0	47	88	7	198	28	21	22	26	1.99
77292728--77292791	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
77300776--77300945	92	1.8	92	96	0	313	28	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77300771--77300942	46	3.7	46	80	11	217	29	27	21	21	1.99
77300773--77300961	46	4.1	46	73	17	151	28	28	21	21	1.99
77301355--77301414	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
77311067--77311160	40	2.4	40	80	3	111	14	13	31	39	1.86
77320723--77320819	40	2.5	40	81	3	126	12	13	36	38	1.82
77326812--77326857	22	2.1	22	84	8	58	36	8	15	39	1.78
77327414--77327497	44	1.9	44	82	4	107	26	20	21	32	1.98
77328157--77328184	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
77338049--77338084	14	2.5	15	86	9	56	44	0	2	52	1.15
77340743--77340776	14	2.3	15	90	5	52	55	0	0	44	0.99
77341200--77341266	29	2.3	28	77	10	71	47	1	1	49	1.19
77347608--77347644	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
77348339--77348645	127	2.4	127	83	2	400	24	16	20	38	1.93
77354672--77354815	43	3.3	43	89	0	216	30	15	20	33	1.94
77361140--77361294	54	2.9	52	81	10	197	25	24	16	33	1.96
77363536--77363681	43	3.4	43	89	0	229	30	14	20	34	1.92
77372111--77372172	9	6.9	9	78	9	56	66	0	3	30	1.08
77372110--77372148	8	4.6	8	87	9	51	66	0	0	33	0.92
77372212--77372270	18	3.2	18	82	2	64	69	5	5	20	1.27
77374354--77374563	105	2.0	104	86	3	296	39	18	10	31	1.85
77376956--77377023	28	2.4	28	95	0	118	25	32	13	29	1.93
77377257--77377290	16	2.1	16	88	0	50	11	23	17	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77378019--77378047	14	2.0	15	93	6	51	89	10	0	0	0.48
77382012--77382036	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
77386712--77386754	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
77386982--77387043	23	2.8	22	90	4	90	14	20	17	46	1.83
77387799--77387834	13	2.8	14	84	16	51	55	0	2	41	1.14
77387865--77387889	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
77387947--77387980	17	1.9	17	94	5	59	76	0	23	0	0.79
77389757--77389836	41	1.9	42	85	7	110	22	22	32	22	1.98
77393070--77393183	57	2.0	57	94	0	201	27	12	26	34	1.92
77396247--77396279	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
77401332--77401380	5	9.8	5	100	0	98	40	0	0	59	0.98
77401694--77401750	30	2.0	28	83	13	71	43	1	15	38	1.57
77403467--77403503	18	2.1	18	89	0	56	27	29	35	8	1.85
77405802--77405835	15	2.1	17	89	10	54	44	29	0	26	1.55
77413555--77413621	31	2.2	31	88	0	98	43	4	7	44	1.52
77413612--77413636	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
77418801--77418825	13	1.9	13	100	0	50	56	0	4	40	1.18
77419000--77419159	59	2.7	59	84	3	189	26	20	13	40	1.89
77419038--77419219	59	3.1	60	80	7	178	26	17	13	42	1.86
77419254--77419324	31	2.3	31	82	0	88	36	22	19	21	1.95
77422206--77422654	231	1.9	231	98	0	871	19	27	28	24	1.98
77428879--77428934	27	2.1	27	93	0	94	37	12	17	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77429399--77429450	18	2.9	17	80	5	50	23	1	36	38	1.66
77431674--77432034	181	2.0	181	84	1	472	43	22	8	24	1.82
77432389--77432441	26	2.0	26	86	13	74	54	0	3	41	1.18
77446540--77446584	20	2.2	20	88	0	63	40	13	11	35	1.80
77459381--77459462	40	2.0	40	83	0	101	30	7	32	29	1.85
77463038--77463080	16	2.5	18	81	11	54	37	34	9	18	1.83
77466549--77466938	202	1.9	200	93	1	672	32	25	8	33	1.86
77472994--77473082	18	4.9	19	72	12	64	55	3	0	41	1.17
77472984--77473082	19	4.9	19	69	21	67	55	4	1	39	1.25
77477381--77477420	12	3.3	12	85	0	62	45	0	0	55	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325