genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9371896--9371929	16	2.1	16	88	0	50	38	0	23	38	1.55
9376613--9376643	12	2.6	12	100	0	62	25	41	25	6	1.79
9379190--9379278	41	2.2	39	77	13	99	35	24	22	16	1.95
9379271--9379457	41	4.6	41	89	0	268	24	20	26	28	1.99
9379828--9379879	21	2.4	21	78	9	52	25	0	26	48	1.52
9379892--9379934	22	2.0	22	85	0	59	23	0	34	41	1.55
9379932--9379996	23	2.9	23	80	13	73	20	0	43	36	1.52
9379904--9380022	21	5.5	21	71	9	87	20	0	38	41	1.52
9379903--9380047	7	20.1	7	70	10	69	20	0	39	39	1.58
9382166--9382211	23	2.0	23	91	8	76	28	6	30	34	1.82
9382917--9383052	26	5.2	26	97	0	236	33	5	24	36	1.78
9384833--9385119	137	2.1	137	96	0	529	23	19	25	31	1.98
9387509--9387550	21	2.0	21	100	0	84	47	4	19	28	1.69
9388537--9388579	22	1.9	23	85	4	61	58	4	0	37	1.19
9388600--9388754	43	3.6	43	88	1	222	27	16	26	29	1.97
9396763--9396908	57	2.6	57	83	2	177	39	12	22	26	1.89
9399658--9399700	9	4.4	9	78	16	50	41	9	11	37	1.74
9404633--9404747	31	3.7	31	92	1	196	29	26	16	27	1.97
9404771--9404862	42	2.2	42	96	0	166	31	20	16	31	1.95
9404997--9405080	25	3.4	24	82	9	98	27	23	21	27	1.99
9405885--9405971	27	3.2	27	74	9	79	21	19	18	40	1.92
9405979--9406222	27	9.0	27	76	7	161	31	8	19	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9406010--9406216	81	2.5	81	76	6	204	30	7	19	42	1.78
9406210--9406366	27	5.8	27	86	0	197	40	7	21	30	1.80
9406181--9406357	81	2.2	81	83	0	210	40	7	20	32	1.80
9406210--9406366	81	1.9	81	89	0	242	40	7	21	30	1.80
9406199--9406377	81	2.2	81	84	0	241	38	6	21	32	1.80
9406210--9406385	54	3.3	53	81	3	190	39	7	20	32	1.80
9411028--9411203	46	3.8	46	74	12	180	21	19	28	30	1.97
9411025--9411196	93	1.8	93	92	0	290	21	19	29	29	1.98
9416072--9416122	22	2.3	22	96	0	93	47	13	9	29	1.75
9417068--9417146	32	2.5	32	91	4	126	45	21	11	21	1.83
9424774--9424806	16	2.1	16	94	0	57	33	18	9	39	1.82
9427305--9427394	23	4.0	23	76	15	80	17	20	20	42	1.90
9427345--9427394	22	2.2	23	89	3	75	16	22	18	44	1.87
9428568--9428638	22	3.4	22	66	15	60	25	29	18	26	1.98
9430398--9430454	16	3.4	16	77	15	62	70	1	5	22	1.17
9430759--9430820	28	2.2	27	81	13	72	56	0	4	38	1.21
9432739--9432825	44	2.0	44	86	4	122	27	28	14	28	1.96
9432618--9433048	178	2.4	178	89	1	623	27	27	17	26	1.98
9432917--9433003	44	2.0	44	84	4	113	31	31	11	26	1.91
9448420--9448474	17	3.3	16	80	14	58	70	3	5	20	1.22
9448421--9448496	34	2.3	34	84	6	93	69	2	3	23	1.18
9448565--9448599	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9448807--9448835	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
9451950--9451995	22	2.1	22	95	0	83	39	17	0	43	1.49
9452684--9452750	34	2.0	34	100	0	134	17	23	10	47	1.79
9471379--9471446	34	2.0	34	100	0	136	23	11	14	50	1.76
9474178--9474241	10	6.1	10	72	20	51	56	3	6	34	1.40
9475300--9475537	127	1.9	127	91	0	395	37	5	12	43	1.67
9477876--9477907	7	4.9	7	88	11	50	25	0	0	75	0.81
9477877--9477913	17	2.2	17	90	9	58	27	0	0	72	0.84
9479814--9479868	21	2.6	21	79	0	65	3	49	18	29	1.64
9480278--9480306	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
9485362--9485769	74	5.5	74	94	0	710	36	3	14	45	1.61
9485875--9486311	106	4.2	105	90	4	672	54	4	6	34	1.48
9487401--9487475	39	1.9	39	91	0	123	52	13	10	24	1.72
9489840--9489920	37	2.2	37	97	0	153	40	2	0	56	1.12
9489895--9489926	15	2.1	15	94	0	55	28	6	0	65	1.16
9491191--9491282	46	2.0	45	91	6	150	28	17	7	46	1.75
9500660--9500781	47	2.5	51	71	21	118	59	2	0	37	1.17
9500687--9500771	13	6.1	13	75	12	71	65	1	1	31	1.07
9500789--9500823	18	1.9	18	88	0	52	45	0	8	45	1.34
9504710--9504782	26	2.8	26	78	0	74	31	30	15	23	1.95
9506626--9506732	39	2.7	39	81	11	128	24	23	28	24	2.00
9506622--9506732	40	2.8	40	82	9	129	23	24	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9514628--9514779	40	3.8	40	79	9	143	23	23	28	25	1.99
9518071--9518104	7	4.5	8	85	14	54	91	0	8	0	0.43
9518069--9518115	11	4.3	11	86	10	69	89	0	10	0	0.49
9518069--9518115	13	3.5	13	88	5	67	89	0	10	0	0.49
9518069--9518115	14	3.4	14	85	8	69	89	0	10	0	0.49
9518107--9518150	19	2.4	18	85	14	56	61	31	2	4	1.28
9519271--9519658	194	2.0	194	97	1	742	30	20	23	25	1.99
9522187--9522447	69	3.8	68	82	8	303	26	14	22	37	1.92
9522187--9522860	140	4.9	136	71	20	485	25	15	22	36	1.93
9522336--9522573	123	1.9	123	88	5	361	23	14	23	37	1.92
9522470--9522887	72	5.8	72	70	10	291	25	17	22	34	1.96
9522678--9522888	74	2.9	74	84	6	268	27	18	23	30	1.97
9522879--9522912	14	2.4	14	90	0	50	17	20	5	55	1.62
9522893--9523053	73	2.1	76	85	5	211	28	19	20	31	1.97
9522732--9523385	165	4.0	164	85	6	807	28	17	20	33	1.95
9523074--9523218	75	1.9	75	87	10	217	32	17	20	28	1.96
9523245--9523578	75	4.5	73	78	9	306	30	17	19	32	1.95
9523245--9523944	86	9.0	76	71	17	368	28	16	19	35	1.94
9523245--9523616	153	2.5	145	77	9	380	30	16	19	33	1.94
9523597--9523626	13	2.3	13	94	0	51	16	13	6	63	1.50
9523723--9523776	28	2.0	28	92	3	92	22	9	29	38	1.85
9523370--9523944	244	2.4	242	85	5	754	27	16	18	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9530305--9530455	40	3.8	40	80	6	164	26	22	27	23	2.00
9532543--9532786	39	6.2	39	80	0	272	19	19	29	31	1.97
9535242--9535298	24	2.2	25	81	9	62	29	14	22	33	1.93
9540250--9540289	20	2.0	21	85	5	55	52	10	0	37	1.35
9550922--9550971	20	2.5	20	83	0	64	38	14	14	34	1.85
9551302--9551366	33	2.0	33	84	3	87	33	23	4	38	1.75
9552882--9553025	51	2.9	49	84	4	173	27	20	23	28	1.99
9555005--9555029	12	2.1	12	100	0	50	32	8	16	44	1.76
9556199--9556278	37	2.2	38	81	4	101	33	23	7	35	1.83
9558438--9558474	7	5.3	7	86	0	56	32	0	51	16	1.45
9560062--9560188	68	1.9	68	86	6	186	42	3	3	51	1.33
9560756--9560798	21	2.0	21	100	0	86	27	13	37	20	1.91
9561061--9561101	20	2.0	20	95	0	73	39	9	12	39	1.76
9562732--9562898	45	3.7	45	86	0	226	22	14	27	35	1.93
9562732--9562953	45	5.0	45	82	5	222	22	15	27	34	1.94
9571755--9571900	68	2.1	68	98	0	283	34	17	4	44	1.67
9575982--9576050	7	9.4	8	82	9	60	46	2	1	49	1.25
9575982--9576050	16	4.7	15	71	12	63	46	2	1	49	1.25
9576076--9576147	4	18.0	4	78	16	78	70	2	25	1	1.08
9578584--9578615	16	2.0	16	93	0	55	25	3	0	71	1.00
9582865--9582911	17	2.6	18	86	6	60	42	2	4	51	1.33
9590629--9590661	16	2.0	16	94	5	57	0	15	0	84	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9590629--9590666	13	2.9	13	81	14	51	0	18	0	81	0.69
9590962--9590993	16	2.1	16	94	5	57	46	6	0	46	1.27
9594868--9594909	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
9595667--9595711	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
9595728--9595760	12	2.8	12	90	9	50	78	0	21	0	0.75
9595721--9595770	16	3.1	15	85	8	55	76	0	22	2	0.89
9597607--9597660	20	2.7	20	94	0	90	22	33	29	14	1.94
9602779--9602826	20	2.4	20	80	13	55	35	4	18	41	1.70
9604974--9605027	20	2.7	20	94	0	99	20	35	31	12	1.90
9607832--9607871	20	2.0	21	90	5	64	77	0	5	17	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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