genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.297.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90960186--90960247	25	2.4	26	86	2	81	32	17	12	37	1.88
90962246--90962355	26	4.2	26	94	4	179	35	3	23	37	1.73
90964124--90964408	137	2.1	135	97	1	534	24	19	24	31	1.98
90968144--90968251	25	4.2	26	94	2	184	34	4	24	37	1.76
90968144--90968251	51	2.1	51	93	3	182	34	4	24	37	1.76
90973457--90973530	36	2.1	36	97	0	139	20	33	21	24	1.97
90979958--90980046	46	2.0	45	91	4	144	32	13	25	28	1.94
90987290--90987378	46	2.0	45	91	4	144	32	13	25	28	1.94
90999788--90999825	20	1.9	20	84	10	51	18	34	10	36	1.85
91003391--91003863	131	3.6	131	79	5	359	34	18	20	27	1.96
91003611--91003864	133	1.9	132	89	2	393	31	17	21	29	1.96
91008619--91008726	40	2.7	39	78	7	110	24	22	18	35	1.96
91008597--91008877	157	1.8	155	84	1	391	26	18	18	36	1.94
91009058--91009105	15	3.3	15	85	5	71	16	0	35	47	1.47
91009058--91009120	29	2.2	28	88	2	90	19	0	36	44	1.51
91009058--91009120	15	4.4	15	80	7	69	19	0	36	44	1.51
91009068--91009174	15	7.3	15	69	14	53	21	0	36	42	1.53
91009104--91009163	22	2.7	22	87	5	86	23	0	36	40	1.55
91009072--91009199	29	4.4	28	74	13	80	21	0	35	42	1.53
91009058--91009230	7	24.0	7	72	10	73	21	0	36	41	1.54
91016044--91016196	43	3.6	43	81	3	148	26	15	25	32	1.96
91019650--91019688	19	2.1	19	100	0	78	35	15	23	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91021797--91021864	9	7.6	9	77	6	75	44	17	8	29	1.79
91021884--91021930	6	7.5	6	81	9	58	17	0	6	76	0.98
91021885--91021930	12	3.7	12	86	11	65	17	0	6	76	1.00
91048269--91048314	21	2.2	21	92	0	74	45	19	2	32	1.62
91049011--91049198	92	2.1	90	84	3	241	56	11	14	17	1.66
91057131--91057241	37	2.9	38	74	11	118	45	11	17	26	1.82
91060695--91060741	22	2.1	22	92	0	76	38	8	29	23	1.84
91066024--91066154	68	1.9	68	82	0	163	34	11	19	34	1.88
91066313--91066593	104	2.7	104	84	2	303	32	20	18	29	1.96
91066687--91066903	105	2.1	105	83	0	263	33	17	17	30	1.94
91066696--91066964	105	2.6	103	76	5	261	34	17	17	30	1.93
91076339--91076400	28	2.2	28	85	0	88	40	9	22	27	1.85
91080670--91080737	33	2.1	33	100	0	136	38	2	2	55	1.30
91080673--91080725	16	3.2	16	71	23	56	43	1	3	50	1.30
91082527--91082556	13	2.3	13	100	0	60	43	0	0	56	0.99
91085475--91085521	24	2.0	24	100	0	94	25	17	12	44	1.84
91087704--91087729	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
91092702--91092794	23	3.8	23	71	16	71	15	3	34	47	1.61
91092675--91092758	28	3.0	28	87	1	123	19	2	30	47	1.62
91092963--91093025	23	3.0	21	79	6	65	14	17	25	42	1.87
91094108--91094276	46	3.5	48	75	15	161	24	14	29	30	1.95
91102014--91102134	37	3.3	37	94	1	208	21	33	19	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91102235--91102550	49	6.5	49	93	1	546	30	30	8	30	1.88
91118477--91118525	15	3.5	13	79	17	53	18	0	0	81	0.69
91118477--91118524	6	8.7	6	78	17	50	18	0	0	81	0.70
91118477--91118526	14	3.5	14	83	5	64	18	0	0	82	0.68
91132632--91132731	44	2.3	43	83	10	105	37	23	20	20	1.95
91133772--91133812	13	3.3	13	87	12	52	58	0	0	41	0.98
91133631--91133922	157	1.9	157	80	2	345	41	9	4	44	1.57
91134953--91135066	43	2.7	43	81	8	108	26	14	25	34	1.94
91136411--91136581	93	1.8	93	94	0	306	28	28	22	21	1.99
91136403--91136578	46	3.8	46	79	12	216	28	28	21	21	1.98
91140801--91140847	24	1.9	25	91	4	78	38	0	0	61	0.96
91140803--91140851	11	4.3	11	80	10	62	34	0	0	65	0.93
91142972--91143245	46	6.0	46	91	0	379	40	14	23	21	1.90
91144155--91144211	29	2.0	29	89	0	87	21	19	7	52	1.69
91144182--91144478	46	6.5	46	89	3	411	19	19	13	47	1.82
91144287--91144356	22	3.1	22	65	15	61	17	18	14	50	1.79
91144182--91144478	138	2.2	138	89	2	454	19	19	13	47	1.82
91144450--91144573	45	2.8	45	86	2	151	23	25	15	36	1.94
91144492--91144591	45	2.2	42	81	14	128	20	24	19	37	1.94
91144600--91144645	22	2.1	22	88	8	67	21	23	19	34	1.96
91145880--91145957	24	3.3	24	72	13	90	19	26	0	53	1.45
91145867--91145960	46	2.0	46	100	0	188	20	28	0	51	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91145863--91145937	24	3.2	24	70	14	84	22	28	0	49	1.50
91155602--91155638	17	2.2	17	90	0	56	8	8	2	81	0.97
91164340--91164429	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
91164340--91164446	54	2.0	54	81	7	128	38	20	10	30	1.86
91164435--91164697	27	9.8	26	86	5	314	28	22	8	40	1.83
91164435--91164697	54	4.9	54	90	1	368	28	22	8	40	1.83
91164676--91164761	27	3.2	27	86	6	86	41	24	5	27	1.78
91164690--91164815	54	2.4	52	80	10	146	42	19	9	27	1.82
91164690--91164833	27	5.4	26	83	5	128	41	18	11	27	1.86
91164715--91164833	53	2.2	54	79	4	134	40	18	13	27	1.88
91168529--91168618	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
91168529--91168635	54	2.0	54	81	7	128	38	20	10	30	1.86
91168624--91168942	27	11.8	27	86	0	305	28	21	8	41	1.83
91168570--91168860	81	3.6	81	83	1	208	29	22	9	38	1.85
91168624--91168942	54	5.9	54	90	0	422	28	21	8	41	1.83
91168624--91168942	81	4.0	80	87	2	386	28	21	8	41	1.83
91168921--91169006	27	3.2	27	86	6	86	41	24	5	27	1.78
91168935--91169061	54	2.4	53	79	11	141	43	19	9	27	1.82
91168935--91169033	27	3.7	27	87	5	121	45	20	7	27	1.76
91168960--91169079	27	4.4	27	83	4	109	40	18	13	27	1.88
91173804--91173872	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
91178543--91178589	19	2.6	18	77	16	51	61	2	0	36	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91182892--91182935	2	22.0	2	95	0	79	47	0	2	50	1.13
91183317--91183351	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
91184012--91184329	127	2.5	125	85	4	413	26	17	20	35	1.95
91185010--91185054	2	22.5	2	95	0	81	48	0	2	48	1.13
91185061--91185116	27	2.1	27	86	3	78	62	1	3	32	1.23
91187861--91187895	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
91188014--91188073	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
91188051--91188147	25	4.0	23	75	14	88	56	5	5	32	1.43
91188131--91188197	2	34.5	2	74	16	52	56	1	2	38	1.24
91188126--91188195	23	3.1	23	85	6	90	58	1	2	37	1.22
91188093--91188191	13	7.9	13	70	18	61	58	3	4	34	1.32
91188130--91188204	23	3.2	23	77	19	66	56	2	4	37	1.32
91188223--91188274	24	2.2	23	83	10	61	59	0	3	36	1.16
91188753--91188848	30	3.2	30	95	0	174	17	6	50	26	1.70
91189502--91189800	88	3.4	85	80	7	298	36	19	15	29	1.92
91189484--91189800	176	1.8	175	82	6	417	35	19	15	29	1.93
91189729--91190278	71	7.2	74	79	10	486	34	19	16	29	1.94
91189761--91190116	77	4.8	76	84	6	428	33	21	16	28	1.95
91189807--91190364	155	3.6	151	79	12	503	35	19	16	28	1.93
91190407--91190764	75	4.8	74	86	6	449	32	21	16	29	1.95
91190407--91190830	150	2.8	146	83	9	478	32	21	16	29	1.95
91190933--91190976	13	3.3	13	81	6	61	68	4	11	15	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91190762--91191048	99	2.9	101	86	4	397	39	18	17	24	1.92
91198126--91198160	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
91198282--91198341	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
91198297--91198402	48	2.2	49	83	5	126	59	5	6	28	1.45
91198398--91198441	14	3.1	14	78	18	54	56	0	4	38	1.20
91198367--91198451	29	3.0	28	79	5	82	55	3	7	34	1.44
91198457--91198513	22	2.8	21	80	19	59	57	3	5	33	1.38
91198994--91199091	30	3.3	30	90	5	162	18	6	50	25	1.70
91198998--91199051	18	3.3	18	66	28	57	22	7	48	22	1.75
91199551--91199588	15	2.6	15	87	4	51	63	5	5	26	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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