genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83104763--83104994	33	7.0	33	90	0	356	34	8	21	35	1.83
83104763--83104994	99	2.3	99	93	0	392	34	8	21	35	1.83
83115833--83115895	27	2.1	32	83	13	82	31	6	3	58	1.39
83130737--83130838	21	4.9	21	81	0	114	33	17	12	36	1.88
83130992--83131029	17	2.2	17	95	0	67	26	18	15	39	1.91
83131844--83131888	22	2.0	22	83	8	56	20	8	28	42	1.82
83132194--83132259	27	2.4	27	80	5	71	24	10	36	28	1.89
83132958--83132991	12	2.8	12	90	0	50	26	2	38	32	1.71
83136050--83136112	31	2.0	31	81	6	74	30	9	15	44	1.79
83137316--83137404	35	2.4	37	88	9	137	37	14	11	37	1.82
83137328--83137383	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
83137316--83137404	19	4.8	19	87	8	139	37	14	11	37	1.82
83137797--83138713	207	4.4	207	93	0	1489	28	23	18	29	1.98
83139887--83139951	1	65.0	1	76	0	58	0	10	1	87	0.61
83139887--83139948	8	7.8	8	82	10	74	0	11	1	87	0.62
83139887--83139951	16	4.1	16	88	7	89	0	10	1	87	0.61
83139887--83139929	15	2.8	15	92	3	68	0	13	0	86	0.58
83139887--83139951	19	3.2	21	81	12	82	0	10	1	87	0.61
83145686--83145764	35	2.2	37	84	13	112	35	16	10	37	1.82
83146551--83146588	19	2.0	19	85	10	51	34	5	2	57	1.35
83147163--83147215	7	7.7	7	91	4	90	71	0	26	1	0.96
83150312--83150395	24	3.3	26	73	15	84	48	10	3	36	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83150290--83150394	51	2.1	51	87	1	149	50	11	2	35	1.53
83152769--83152812	23	1.9	23	90	0	70	59	0	34	6	1.24
83156438--83156783	126	2.7	125	84	4	410	29	17	18	34	1.94
83156478--83156783	127	2.4	127	83	6	381	28	19	16	35	1.94
83169654--83169725	22	3.2	23	84	9	78	76	0	5	18	0.97
83169661--83169721	29	2.2	29	91	5	99	78	0	3	18	0.88
83169661--83169725	17	3.9	16	88	9	94	78	0	3	18	0.88
83169660--83169725	6	11.5	6	85	6	84	78	0	3	18	0.87
83171063--83171109	23	2.0	23	83	0	58	36	8	31	23	1.85
83176258--83176382	45	2.8	45	80	6	139	28	18	26	27	1.98
83179509--83179578	34	2.1	34	94	0	122	31	5	25	37	1.80
83180974--83181279	126	2.4	126	86	6	406	30	17	16	34	1.93
83191643--83191689	22	2.1	22	96	0	85	51	4	10	34	1.56
83193611--83193673	29	2.2	29	97	2	119	34	6	36	22	1.80
83196453--83196735	104	2.7	104	83	1	334	31	18	18	30	1.95
83196686--83196756	37	1.9	37	83	11	92	28	16	15	39	1.89
83205021--83205061	18	2.2	20	86	8	59	43	12	2	41	1.55
83205545--83205574	15	2.0	15	93	0	51	66	10	0	23	1.21
83205628--83206403	369	2.1	370	90	2	1193	38	21	9	30	1.85
83218104--83218144	20	2.0	21	90	9	68	58	2	0	39	1.11
83218111--83218182	19	3.8	18	81	5	72	55	1	0	43	1.08
83218397--83218447	17	2.9	18	83	11	61	25	3	0	70	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83218397--83218444	9	5.2	9	80	10	53	22	4	0	72	1.01
83221017--83221081	34	2.0	34	84	6	89	30	26	16	26	1.97
83220994--83221275	136	2.1	136	97	0	528	34	25	15	24	1.95
83223058--83223192	26	5.2	26	94	1	227	36	25	5	33	1.78
83223058--83223192	51	2.6	52	96	1	245	36	25	5	33	1.78
83226954--83227231	134	2.1	134	96	2	515	33	25	15	25	1.95
83229015--83229150	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
83230168--83230207	17	2.4	17	86	0	62	15	25	32	27	1.95
83232643--83232697	20	2.5	22	85	8	69	0	38	0	61	0.96
83232638--83232697	23	2.6	24	87	10	81	0	38	0	61	0.96
83235989--83236036	25	2.0	24	83	4	60	41	14	4	39	1.65
83238146--83238200	26	2.2	26	86	3	76	43	0	7	49	1.30
83245519--83245569	12	4.2	12	82	7	59	27	1	7	62	1.33
83246339--83246445	39	2.9	37	77	5	110	37	7	3	51	1.48
83250779--83251093	49	6.6	48	77	9	249	24	27	19	28	1.98
83251757--83251795	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
83256886--83256911	9	2.9	9	100	0	52	92	0	0	7	0.39
83257685--83257930	49	4.9	50	81	2	280	26	17	26	29	1.98
83257685--83257963	150	1.9	150	84	1	380	26	17	26	29	1.98
83260049--83260949	44	19.6	44	72	10	428	34	16	18	30	1.93
83260048--83260537	133	3.6	131	74	10	396	35	15	17	30	1.92
83260596--83260822	51	4.6	51	78	11	229	33	16	18	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83260596--83260767	95	1.8	95	88	0	263	31	17	19	30	1.95
83262578--83262618	12	3.4	12	86	6	57	24	2	7	65	1.30
83263642--83263696	24	2.3	24	90	0	83	7	20	41	30	1.79
83267932--83267961	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
83268054--83268151	39	2.6	37	77	4	99	54	4	6	35	1.45
83268638--83268701	19	3.8	18	66	28	50	3	3	25	68	1.18
83268630--83268697	31	2.2	30	87	5	100	4	2	17	75	1.10
83269518--83269578	30	2.0	30	90	6	97	42	27	9	19	1.83
83269673--83269707	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
83269602--83269763	88	1.8	88	86	2	236	35	19	17	26	1.94
83269899--83270247	79	4.6	74	84	7	443	33	18	16	32	1.93
83269899--83270247	151	2.3	148	87	4	486	33	18	16	32	1.93
83270201--83270296	49	2.0	49	95	0	174	32	19	16	31	1.94
83270129--83270368	121	2.0	121	94	0	417	34	18	16	31	1.93
83270250--83270390	72	2.0	72	97	0	264	33	18	14	33	1.92
83270439--83270544	54	1.9	55	84	5	144	38	19	14	27	1.90
83270524--83270557	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
83270395--83270963	140	4.0	140	95	1	998	37	19	17	25	1.93
83270719--83270824	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
83270913--83271109	74	2.7	71	86	6	270	35	22	14	27	1.93
83270982--83271231	122	2.0	122	83	6	315	39	22	13	25	1.90
83271109--83271303	72	2.7	71	87	3	268	39	24	12	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83270815--83271477	194	3.4	192	87	3	869	37	22	14	26	1.92
83271178--83271424	122	2.0	124	90	3	392	39	22	13	24	1.90
83271303--83271477	71	2.5	70	86	3	228	34	23	14	28	1.94
83276494--83276529	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
83278201--83278287	19	4.3	19	71	17	68	57	5	3	33	1.39
83278206--83278273	26	2.7	26	75	11	70	55	4	4	35	1.40
83278206--83278269	13	4.6	14	74	20	55	54	4	4	35	1.42
83279119--83279173	16	3.5	15	77	22	60	65	1	1	30	1.13
83279119--83279173	23	2.3	23	81	9	67	65	1	1	30	1.13
83279123--83279162	8	5.3	7	85	14	53	65	2	0	32	1.06
83279119--83279169	8	6.5	8	84	8	52	64	1	1	31	1.15
83279325--83279389	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
83280914--83280946	15	2.2	15	94	0	57	69	0	9	21	1.15
83280993--83281256	77	3.5	76	89	5	385	34	21	18	26	1.96
83281056--83281977	246	3.8	237	79	11	957	34	19	17	28	1.94
83281349--83281407	29	2.0	29	87	6	84	44	27	6	22	1.78
83280993--83281737	75	9.4	81	75	13	464	35	19	16	28	1.94
83281066--83281682	322	1.9	319	81	10	754	36	18	16	28	1.93
83281388--83281758	79	4.7	76	78	11	365	35	18	17	28	1.94
83281662--83281847	90	2.1	88	83	8	223	35	18	19	25	1.95
83281602--83281923	167	1.9	166	86	5	463	33	19	18	28	1.96
83281752--83282313	73	7.6	75	77	8	476	33	18	16	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83281752--83282339	151	4.0	148	73	12	541	33	18	16	31	1.93
83282118--83282339	73	2.9	77	90	4	330	33	18	16	31	1.93
83281834--83282758	289	3.2	290	89	6	1319	35	18	16	28	1.93
83282393--83282426	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
83281981--83282890	140	6.5	140	85	7	1182	36	19	16	27	1.93
83282448--83282553	54	1.9	54	83	9	135	37	18	15	28	1.91
83282272--83282890	279	2.2	280	95	0	1127	37	19	16	25	1.93
83282727--83282832	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
83282823--83282847	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
83282823--83282988	72	2.3	72	87	6	248	40	21	15	22	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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