genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80138996--80139183	54	3.5	54	87	0	268	25	19	19	36	1.95
80138996--80139183	27	7.0	27	86	0	241	25	19	19	36	1.95
80139196--80139631	27	16.2	27	82	8	505	40	10	22	26	1.86
80139201--80139628	54	7.9	54	87	3	596	40	10	22	26	1.86
80139201--80139631	81	5.3	81	88	3	577	40	10	22	26	1.86
80143295--80143327	17	1.9	17	88	11	50	48	18	0	33	1.48
80143636--80143692	21	2.7	20	76	10	51	8	17	1	71	1.19
80143915--80143961	20	2.3	20	82	14	60	51	2	0	46	1.13
80143901--80143955	25	2.2	25	83	9	67	50	1	0	47	1.11
80149845--80150064	49	4.5	49	93	2	347	30	8	30	30	1.86
80150166--80150287	37	3.3	37	96	0	217	26	19	32	21	1.97
80152109--80152141	17	1.9	17	88	11	50	48	18	0	33	1.48
80152682--80152728	20	2.3	20	82	14	60	46	4	0	48	1.21
80160141--80160467	47	7.0	47	91	1	496	33	12	28	25	1.92
80160141--80160467	140	2.3	141	89	2	496	33	12	28	25	1.92
80160441--80160577	46	3.0	46	91	0	211	34	10	32	23	1.88
80182792--80182834	22	2.0	22	90	0	68	9	9	11	69	1.36
80184823--80184971	27	5.5	27	88	0	208	28	22	8	40	1.83
80184823--80184971	81	1.8	81	91	0	244	28	22	8	40	1.83
80184830--80185000	54	3.2	54	82	3	148	30	22	9	38	1.85
80184831--80184999	81	2.1	81	82	2	205	30	22	8	38	1.85
80184964--80185226	27	9.8	27	82	3	194	38	19	13	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80185135--80185269	54	2.5	54	92	0	225	36	21	20	22	1.95
80185124--80185269	27	5.4	27	87	0	195	37	20	19	22	1.94
80185470--80185539	25	2.8	25	84	4	88	27	21	22	28	1.99
80187882--80188216	27	12.4	27	80	5	149	34	20	9	35	1.85
80187901--80188057	54	2.9	54	87	0	224	29	22	8	40	1.83
80187888--80188085	81	2.4	80	81	3	243	32	21	8	37	1.84
80188050--80188203	54	2.8	53	84	5	175	38	19	10	31	1.85
80188039--80188231	81	2.4	80	78	5	201	37	20	10	31	1.87
80188219--80188381	27	6.0	27	88	0	236	34	20	20	23	1.96
80188583--80188652	25	2.8	24	80	8	77	27	21	22	28	1.99
80191020--80191149	27	4.8	27	92	1	190	28	24	9	37	1.86
80191009--80191186	54	3.3	54	80	1	160	33	24	8	34	1.85
80190975--80191186	81	2.6	81	75	1	210	33	23	8	34	1.84
80191128--80191308	27	6.7	27	79	6	170	38	19	9	32	1.84
80191142--80191292	54	2.8	54	88	0	212	41	19	9	30	1.82
80191142--80191308	81	2.1	81	82	4	203	40	18	9	31	1.83
80191311--80191506	27	7.3	27	84	1	259	35	19	20	23	1.96
80191312--80191512	54	3.7	54	89	0	287	34	19	20	25	1.96
80191729--80191798	25	2.8	25	88	0	104	25	25	24	24	2.00
80194830--80194943	40	2.8	39	84	2	138	25	28	22	22	1.99
80196265--80196289	10	2.5	10	100	0	50	0	8	0	92	0.40
80202827--80202977	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80202827--80202977	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
80204266--80204291	11	2.4	11	100	0	52	0	7	0	92	0.39
80205308--80205364	25	2.3	26	85	11	75	38	14	10	36	1.80
80211805--80211980	46	3.8	46	75	15	182	30	28	19	21	1.97
80211814--80211984	93	1.8	93	92	0	288	29	29	19	21	1.98
80217445--80217514	25	2.8	25	88	0	104	32	20	25	21	1.97
80223632--80223712	27	3.0	27	83	0	90	34	18	18	28	1.95
80223697--80223980	81	3.5	81	78	6	231	41	19	9	30	1.82
80223697--80223987	27	10.9	27	77	8	195	40	18	9	30	1.84
80224246--80224367	41	3.0	42	79	8	160	25	20	26	27	1.99
80228426--80228488	30	2.1	31	87	3	92	25	25	14	34	1.94
80228679--80228819	24	6.0	24	90	7	209	27	21	21	28	1.99
80228678--80228819	47	3.0	47	89	6	209	27	21	21	28	1.99
80228877--80228933	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
80228873--80228935	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
80228971--80229018	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
80234030--80234198	74	2.3	72	94	5	295	18	27	17	35	1.94
80241614--80241777	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
80241614--80241811	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
80245741--80245860	24	5.0	24	86	10	165	28	21	20	30	1.98
80245762--80245859	47	2.1	47	92	5	162	29	20	19	30	1.97
80245918--80245974	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80245914--80245976	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
80246013--80246060	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
80248744--80248961	48	4.6	48	84	6	164	26	28	16	27	1.97
80248783--80249018	48	5.0	48	85	6	268	26	27	18	27	1.98
80254769--80254906	40	3.5	40	83	0	150	24	27	22	25	2.00
80276266--80276297	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
80279563--80279685	49	2.5	49	92	1	203	29	27	17	26	1.97
80283136--80283180	21	2.3	19	79	17	56	60	4	8	26	1.46
80283141--80283189	21	2.4	20	86	6	71	61	6	10	22	1.50
80289455--80289687	95	2.5	95	88	4	344	26	30	18	25	1.98
80289458--80289688	48	4.8	48	89	1	347	26	29	18	25	1.98
80304969--80305008	19	2.1	19	100	0	80	42	10	10	37	1.72
80307683--80307727	23	2.0	22	86	4	63	44	26	8	20	1.80
80308448--80308618	43	4.0	43	77	8	170	33	22	16	27	1.95
80308456--80308618	86	1.9	86	81	7	197	33	22	16	27	1.95
80310852--80310901	21	2.4	21	96	0	91	26	10	20	44	1.82
80312087--80312142	20	2.8	20	86	0	76	7	21	26	44	1.78
80312916--80313345	214	2.0	214	99	0	842	29	10	25	35	1.89
80314176--80314409	113	2.1	113	93	0	396	21	18	20	39	1.92
80323823--80323940	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
80323791--80323954	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
80325341--80325504	71	2.3	71	97	0	319	19	28	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80325341--80325538	71	2.8	70	88	5	233	21	28	16	33	1.95
80337274--80337361	27	3.3	27	83	1	88	35	19	25	20	1.96
80337311--80337376	27	2.5	27	85	11	100	37	19	19	22	1.94
80341117--80341188	26	2.7	26	81	10	92	37	18	20	23	1.94
80348537--80348579	22	2.0	22	85	0	59	41	46	2	9	1.48
80358103--80358231	50	2.5	51	88	1	188	31	27	17	24	1.97
80361375--80361698	48	6.8	48	79	7	277	29	19	27	23	1.98
80361375--80361648	144	1.9	144	82	5	349	29	18	27	23	1.98
80361369--80361698	144	2.3	144	78	6	339	29	19	27	24	1.98
80361369--80361698	96	3.4	94	79	7	342	29	19	27	24	1.98
80365899--80365937	20	2.0	20	85	9	55	15	33	30	20	1.94
80371124--80371287	40	4.1	40	81	4	179	25	28	21	25	1.99
80373213--80373380	40	4.2	40	80	7	162	23	26	23	26	2.00
80373229--80373380	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
80384187--80384436	40	6.2	40	89	1	376	25	24	28	22	1.99
80385949--80386111	40	4.1	40	77	6	150	26	27	20	25	1.99
80389580--80389643	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
80389837--80390049	24	9.0	24	86	3	272	26	22	22	28	1.99
80389858--80390050	71	2.7	70	90	2	296	26	21	22	29	1.99
80390095--80390165	20	3.5	20	92	0	115	32	19	11	36	1.87
80391399--80391454	27	2.1	27	83	6	69	19	23	25	32	1.98
80391492--80391744	27	9.3	27	76	5	177	32	9	19	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80391575--80391729	81	1.9	81	84	5	206	30	9	20	40	1.84
80391523--80391744	81	2.7	79	75	8	196	31	9	19	40	1.83
80391724--80391933	27	7.8	27	86	5	273	39	9	23	27	1.86
80391696--80391856	54	3.0	54	85	0	142	39	11	21	28	1.87
80391696--80391926	81	2.8	80	82	7	211	39	10	21	28	1.86
80391943--80392029	29	3.1	29	73	15	76	32	10	16	41	1.82
80399738--80399901	71	2.3	71	94	0	292	32	18	29	18	1.95
80408919--80408963	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
80409037--80409291	55	4.8	53	81	9	236	21	23	17	36	1.94
80409084--80409284	108	1.8	110	88	4	309	22	23	17	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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