genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71131281--71131379	27	3.7	27	87	2	128	35	32	9	23	1.86
71131771--71132138	109	3.4	109	82	3	445	36	11	26	24	1.90
71132900--71132940	21	1.9	22	85	14	59	34	2	26	36	1.70
71136681--71136815	67	2.0	67	100	0	270	34	10	23	31	1.89
71146611--71146671	3	20.3	3	75	6	52	60	4	0	34	1.18
71152732--71152769	17	2.2	17	100	0	76	47	15	10	26	1.78
71162288--71162312	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
71174193--71174258	13	5.1	13	84	0	96	27	7	28	36	1.84
71174753--71174787	18	1.9	18	100	0	70	28	17	25	28	1.97
71180454--71180597	40	3.7	40	83	9	163	24	22	27	25	2.00
71180465--71180629	40	4.2	38	78	9	147	26	21	26	25	1.99
71188403--71188548	40	3.7	40	84	7	163	23	22	27	26	2.00
71188403--71188571	80	2.1	80	81	7	193	25	21	26	26	2.00
71192312--71192353	18	2.3	18	100	0	84	28	4	35	30	1.78
71202708--71202766	30	2.0	29	86	3	82	38	6	25	28	1.81
71222508--71222765	46	5.5	46	78	7	209	29	19	27	23	1.98
71222789--71222920	49	2.7	49	82	3	140	27	20	28	23	1.99
71234620--71234685	33	2.0	33	100	0	132	30	18	6	45	1.73
71238310--71238523	46	4.6	46	82	8	236	21	21	28	28	1.99
71238307--71238477	93	1.8	93	91	0	279	21	21	28	28	1.99
71241258--71241388	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
71241257--71241388	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71249396--71249525	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
71249396--71249562	40	4.2	40	79	5	153	22	27	23	25	2.00
71257418--71257584	40	4.2	40	78	6	160	23	27	23	25	2.00
71260003--71260072	27	2.5	28	93	2	115	30	14	25	30	1.95
71260027--71260084	27	2.1	27	84	6	73	31	15	22	31	1.95
71262087--71262114	14	2.0	14	100	0	56	50	0	21	28	1.49
71272685--71272926	50	4.9	50	85	6	273	27	17	26	27	1.98
71283379--71283442	33	1.9	33	93	0	110	39	6	18	35	1.76
71283878--71283917	21	1.9	21	84	0	53	62	2	15	20	1.43
71289931--71289958	14	2.0	14	100	0	56	21	0	14	64	1.29
71296749--71296811	20	3.2	20	84	4	76	39	1	7	50	1.41
71297290--71297481	91	2.1	92	84	0	242	16	20	17	45	1.85
71306462--71306652	29	6.6	29	82	3	197	26	33	14	25	1.94
71310745--71310886	49	2.9	49	81	4	162	28	23	24	23	1.99
71316010--71316133	46	2.7	46	81	9	155	28	18	29	23	1.98
71320346--71320448	29	3.6	28	81	5	116	21	17	33	28	1.96
71326694--71326811	54	2.2	53	80	7	139	17	0	33	48	1.48
71326830--71327000	41	4.2	41	88	3	245	19	19	25	35	1.95
71334304--71334532	49	4.5	49	84	8	296	28	8	32	29	1.87
71334384--71334500	57	2.1	57	98	0	225	28	6	34	30	1.83
71334335--71334526	106	1.8	106	97	0	366	28	7	33	30	1.85
71334628--71334749	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71336804--71336995	29	6.7	29	98	1	359	26	16	32	24	1.96
71337479--71337577	41	2.4	41	80	11	114	26	24	24	25	2.00
71340298--71340512	49	4.4	49	96	0	385	28	9	32	29	1.88
71340614--71340698	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
71342752--71342915	29	5.7	29	98	0	310	26	16	32	24	1.96
71343399--71343497	41	2.4	41	80	11	114	26	24	24	25	2.00
71346222--71346484	49	5.4	49	96	0	456	28	9	33	29	1.88
71346586--71346706	37	3.3	37	96	1	217	25	19	33	21	1.97
71367308--71367350	20	2.2	19	83	4	50	58	0	23	18	1.40
71369662--71369726	28	2.3	29	84	12	91	33	23	18	24	1.96
71369748--71369918	28	6.1	27	69	11	112	27	25	16	30	1.97
71369777--71369962	57	3.3	55	74	7	160	27	24	15	32	1.95
71372182--71372404	47	4.8	46	74	15	188	28	19	28	23	1.98
71372182--71372404	94	2.4	93	87	5	297	28	19	28	23	1.98
71374641--71374851	46	4.5	45	77	12	160	30	18	27	23	1.97
71374686--71374906	47	4.7	48	77	11	192	28	17	29	25	1.97
71377836--71377897	29	2.1	30	93	6	108	17	29	24	29	1.97
71377876--71377978	40	2.6	38	86	9	127	20	29	26	24	1.99
71392974--71393122	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
71393015--71393122	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
71407642--71407683	22	1.9	22	85	0	57	50	9	4	35	1.56
71411594--71411757	71	2.3	71	96	0	301	19	28	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71411594--71411791	71	2.8	70	89	3	240	21	28	17	32	1.96
71415655--71415757	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
71419367--71419426	12	5.2	12	76	15	72	46	15	1	36	1.55
71421283--71421514	49	4.7	49	79	2	248	24	18	28	29	1.98
71425933--71426075	22	6.4	22	82	4	153	27	23	16	32	1.95
71425933--71426075	45	3.2	45	80	4	173	27	23	16	32	1.95
71428742--71428877	29	4.7	29	86	3	157	24	30	15	29	1.95
71428717--71428876	58	2.8	58	81	0	176	23	33	15	27	1.95
71436517--71436652	29	4.7	29	84	3	148	24	30	15	30	1.95
71436492--71436651	58	2.8	58	79	0	167	23	32	15	28	1.95
71437134--71437427	143	2.1	143	98	0	572	39	29	10	21	1.86
71439131--71439408	27	10.1	27	80	9	267	29	24	12	33	1.92
71439140--71439408	113	2.4	110	82	5	330	28	25	12	33	1.92
71444360--71444462	40	2.6	40	85	3	136	26	22	26	25	2.00
71452318--71452467	40	3.8	39	78	6	151	23	23	27	26	2.00
71458671--71458798	49	2.5	51	88	3	179	26	28	15	28	1.96
71461735--71461774	20	2.0	21	85	5	55	32	2	5	60	1.32
71464429--71464856	43	10.0	43	83	1	500	26	17	25	29	1.98
71466983--71467028	20	2.1	23	84	11	62	30	0	10	58	1.32
71476719--71476819	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
71476760--71476868	38	2.8	38	86	8	139	26	22	27	22	1.99
71484815--71484987	39	4.5	38	80	10	129	26	23	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71484853--71484961	36	2.9	36	88	9	148	24	22	27	24	2.00
71487897--71487956	30	2.0	30	86	0	84	28	25	6	40	1.80
71492275--71492341	14	4.7	14	87	3	98	38	5	16	38	1.73
71492486--71492533	16	3.0	16	84	6	62	50	0	0	50	1.00
71492500--71492539	19	2.1	19	85	4	53	52	0	0	47	1.00
71493220--71493248	3	9.7	3	100	0	58	65	0	34	0	0.93
71496634--71496814	67	2.8	63	78	8	195	28	17	30	23	1.97
71502002--71502033	17	1.9	17	93	6	57	56	0	12	31	1.37
71505364--71505396	14	2.5	13	90	9	57	60	12	15	12	1.59
71507461--71507587	63	2.0	63	100	0	254	33	32	7	26	1.85
71517781--71518645	48	18.0	48	94	0	1480	35	6	26	31	1.81
71518786--71518888	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
71529232--71529450	27	8.2	26	78	8	167	30	9	20	39	1.84
71529232--71529449	54	4.1	54	79	8	198	30	9	20	39	1.84
71536066--71536235	92	1.8	92	91	1	277	28	28	20	22	1.99
71547302--71547452	40	3.8	39	78	6	144	25	27	23	23	2.00
71554535--71554572	20	1.9	20	100	0	76	44	15	15	23	1.85
71557638--71557786	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
71557679--71557786	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
71560140--71560337	40	4.9	40	87	4	251	25	24	21	28	1.99
71561043--71561072	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
71570071--71570173	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71572418--71572448	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
71583065--71583231	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
71585526--71585758	49	4.7	50	77	6	240	25	18	26	29	1.98
71589170--71589281	54	2.1	54	80	6	120	39	18	23	18	1.92
71596959--71597048	27	3.3	27	85	10	121	38	17	23	20	1.93
71604483--71604514	16	2.0	16	93	0	55	56	40	0	3	1.15
71606277--71606331	27	2.1	27	82	3	67	43	21	18	16	1.88
71607050--71607084	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
71609580--71609730	43	3.5	43	79	8	139	25	19	24	30	1.98
71612592--71612773	39	4.6	39	90	0	247	21	31	23	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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