genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22228209--22228244	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
22232328--22232357	13	2.3	13	94	0	51	23	30	23	23	1.99
22235013--22235056	23	2.0	21	82	8	52	56	4	6	31	1.46
22235194--22235253	27	2.3	26	85	2	84	55	6	5	33	1.48
22235487--22235527	16	2.6	17	85	11	52	56	2	4	36	1.34
22235813--22235872	12	4.6	13	78	15	54	60	3	5	31	1.35
22235824--22235905	29	2.9	29	76	10	71	60	2	4	31	1.30
22236583--22236644	30	2.0	31	84	12	83	22	0	4	72	1.03
22237652--22237944	88	3.3	86	73	11	272	36	21	16	26	1.94
22237653--22238204	89	6.4	85	72	14	250	35	20	16	27	1.94
22239366--22239418	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
22247798--22247853	26	2.2	26	96	0	103	35	25	7	32	1.83
22248191--22248368	76	2.4	75	86	2	234	34	23	14	27	1.94
22252109--22252343	41	5.8	41	80	2	285	21	22	27	28	1.99
22252124--22252343	81	2.7	81	94	0	368	21	22	27	28	1.99
22252109--22252335	122	1.9	122	85	1	321	21	23	27	27	1.99
22258965--22259301	168	2.0	168	99	0	665	17	28	16	37	1.92
22263260--22263337	25	2.9	27	77	11	79	53	5	6	34	1.48
22263401--22263444	23	2.0	21	82	8	52	56	4	6	31	1.46
22263530--22263624	43	2.2	42	80	15	106	55	6	3	34	1.41
22263581--22263640	27	2.3	26	85	2	84	55	6	5	33	1.48
22263873--22263913	16	2.6	17	85	11	52	56	2	4	36	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22272846--22272901	24	2.1	29	84	15	77	58	7	7	26	1.50
22273153--22273266	56	2.0	56	96	0	210	36	13	19	30	1.90
22274301--22274411	56	2.0	57	94	1	197	32	8	16	43	1.77
22279916--22279972	21	2.8	21	91	2	89	26	31	31	10	1.90
22281111--22281240	49	2.6	48	84	9	165	20	25	23	30	1.98
22284747--22284855	20	5.2	21	80	6	98	49	22	11	15	1.77
22284739--22284841	42	2.5	42	90	0	152	49	22	11	16	1.78
22284767--22284855	20	4.3	20	84	5	115	51	22	12	13	1.74
22287361--22287536	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
22287358--22287529	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
22301656--22301702	24	2.0	24	95	0	85	2	34	10	53	1.48
22311477--22311571	44	2.2	44	98	1	183	24	15	10	49	1.76
22316830--22316871	17	2.5	17	96	0	75	50	0	16	33	1.46
22317168--22317251	28	3.0	28	91	1	132	19	3	30	46	1.66
22317172--22317265	28	3.6	24	78	18	91	15	4	34	45	1.66
22326110--22326238	38	3.4	38	89	0	195	22	20	24	32	1.98
22328900--22329009	40	2.7	41	84	8	129	20	28	26	24	1.99
22330281--22330318	20	1.9	20	88	0	58	0	15	2	81	0.80
22330289--22330324	16	2.1	18	90	10	58	0	13	5	80	0.88
22337750--22337957	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
22337752--22337957	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
22345970--22346097	40	3.3	39	78	8	136	24	28	24	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22345970--22346131	40	4.1	40	77	6	127	22	27	24	25	2.00
22354217--22354345	40	3.2	40	81	5	156	24	28	24	23	1.99
22362673--22362770	41	2.3	43	85	3	137	32	25	18	23	1.97
22369584--22369646	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
22377463--22377579	41	2.8	41	81	8	130	30	26	13	29	1.94
22382423--22382455	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
22385367--22385446	6	13.7	6	72	15	69	77	2	3	16	1.02
22385367--22385448	16	5.1	16	77	16	80	76	2	3	17	1.03
22391746--22391796	22	2.3	22	93	0	84	11	23	41	23	1.87
22396352--22396527	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
22396349--22396520	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
22403920--22404094	46	3.8	46	77	14	198	21	20	29	29	1.98
22409523--22409639	42	2.8	42	75	10	123	28	17	22	31	1.97
22409837--22409932	46	2.1	46	100	0	192	44	0	15	39	1.47
22422731--22422823	44	2.2	42	86	7	125	25	15	25	33	1.95
22422744--22422892	43	3.5	42	75	14	108	24	14	26	34	1.94
22429856--22429916	30	2.0	30	100	0	122	31	26	19	22	1.98
22442331--22442497	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
22450250--22450416	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
22452285--22452317	18	1.9	17	88	11	50	60	3	0	36	1.12
22462693--22462949	83	3.1	83	85	3	340	28	20	16	34	1.95
22462885--22463195	119	2.6	119	90	0	460	30	19	16	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22463004--22463380	202	1.9	202	91	0	619	30	19	16	33	1.94
22462827--22463438	321	1.9	321	96	0	1136	29	19	16	33	1.94
22463206--22463433	119	1.9	119	96	0	420	30	20	16	32	1.94
22464253--22464301	9	5.3	9	83	11	64	0	12	0	87	0.54
22464253--22464301	20	2.6	19	87	9	73	0	12	0	87	0.54
22464254--22464292	14	2.7	14	88	4	51	0	15	0	84	0.62
22481759--22481803	24	1.9	23	90	4	72	26	0	2	71	0.98
22481761--22481807	12	3.9	12	75	10	51	25	0	2	72	0.96
22482598--22482667	34	2.0	35	97	2	133	35	8	17	38	1.80
22489076--22489193	51	2.3	51	94	1	209	32	6	27	33	1.83
22489166--22489213	15	3.1	16	72	22	57	35	0	27	37	1.57
22489156--22489213	30	1.9	30	100	0	116	34	0	29	36	1.58
22489186--22489397	96	2.2	97	97	1	399	33	7	28	30	1.85
22489077--22489309	126	1.8	128	96	3	434	32	6	28	32	1.83
22489186--22489397	49	4.4	49	96	2	401	33	7	28	30	1.85
22489232--22489526	96	3.1	97	82	9	288	33	7	28	30	1.85
22489389--22489540	48	3.2	48	87	0	232	35	6	26	30	1.82
22489585--22489707	37	3.3	37	93	0	210	23	18	32	25	1.97
22493414--22493597	40	4.6	40	84	2	244	23	26	23	26	2.00
22499236--22499367	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
22504824--22505007	40	4.6	40	84	2	235	25	25	23	25	2.00
22509339--22509427	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22509339--22509418	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
22509350--22509427	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
22515231--22515304	28	2.6	28	91	4	114	29	13	24	32	1.93
22521839--22521874	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
22534893--22534979	29	3.0	29	87	0	129	28	27	13	29	1.94
22539438--22539555	29	4.1	29	81	4	130	29	25	13	31	1.94
22540971--22541002	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
22543887--22543997	43	2.6	43	82	2	143	30	21	17	30	1.96
22551544--22551681	43	3.2	43	79	6	138	31	23	15	28	1.95
22552935--22552988	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
22553215--22553453	49	4.8	49	81	5	264	27	17	25	29	1.98
22553214--22553453	101	2.4	98	81	6	277	27	17	25	29	1.98
22560500--22560635	69	2.0	69	91	0	218	39	22	8	30	1.83
22564027--22564275	49	5.1	49	96	0	426	33	8	28	29	1.87
22564344--22564430	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
22572254--22572307	6	9.6	5	81	18	54	18	1	5	74	1.11
22572254--22572296	17	2.4	18	85	11	54	16	2	6	74	1.14
22575291--22575451	43	3.8	42	81	6	180	33	26	16	23	1.96
22577719--22577848	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
22577719--22577882	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
22585968--22586097	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
22585968--22586131	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22591458--22591498	21	2.0	20	95	4	73	24	4	21	48	1.69
22592080--22592124	20	2.2	20	84	4	54	24	11	13	51	1.73
22593902--22593946	23	2.0	23	81	0	54	17	17	0	64	1.29
22595417--22595703	50	5.7	50	77	1	288	35	26	15	22	1.94
22595467--22595540	25	3.0	25	69	0	67	37	21	13	27	1.91
22595424--22595703	100	2.8	100	85	2	348	35	25	15	23	1.94
22595567--22595703	25	5.5	25	65	0	67	36	27	14	21	1.93
22595400--22595689	150	1.9	150	81	2	350	34	25	16	24	1.95
22598855--22598955	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
22606816--22606916	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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