genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.111.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32986305--32986384	27	2.9	27	83	5	97	20	22	22	35	1.96
32986305--32986395	27	3.2	28	79	4	76	20	24	20	34	1.97
32986847--32986885	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
32992873--32992930	30	1.9	30	86	13	84	12	15	13	58	1.63
32992866--32992928	15	4.2	15	72	22	60	12	14	14	58	1.63
32992873--32992935	15	4.4	13	75	16	54	11	14	15	58	1.63
32995073--32995259	49	3.8	49	85	0	239	24	16	27	31	1.96
32997925--32998002	41	1.9	41	97	0	147	44	23	6	25	1.76
32999387--32999423	17	2.3	17	86	9	51	43	0	13	43	1.44
32999883--32999982	48	2.1	48	86	3	139	24	17	27	32	1.96
33006395--33006502	38	2.8	38	87	0	117	21	22	26	29	1.99
33006483--33006606	43	2.9	43	90	2	189	12	23	33	31	1.91
33006495--33006619	43	2.9	43	90	0	187	12	24	33	29	1.92
33008125--33008228	48	2.2	48	82	6	122	29	22	30	17	1.96
33023839--33024013	46	3.8	45	75	11	176	21	19	29	29	1.98
33023836--33024005	92	1.8	93	89	1	270	21	20	29	28	1.98
33028006--33028107	29	3.5	28	75	12	91	26	34	17	21	1.96
33033671--33034202	47	11.3	47	94	0	893	33	9	29	27	1.88
33034320--33034402	37	2.2	37	91	0	130	24	22	32	20	1.98
33036315--33036636	40	8.1	40	95	0	538	27	20	25	26	1.99
33039776--33040258	47	10.3	47	93	0	790	33	9	29	27	1.88
33040376--33040458	37	2.2	37	91	0	130	24	22	32	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33051888--33051942	26	2.1	26	100	0	110	45	3	20	30	1.68
33054176--33054303	40	3.2	40	78	5	143	25	22	26	25	2.00
33059085--33059261	40	4.5	40	83	4	180	23	25	22	28	1.99
33067107--33067283	40	4.5	40	83	4	180	23	25	22	28	1.99
33075071--33075183	39	2.8	39	74	10	104	26	23	29	21	1.99
33075032--33075216	79	2.3	82	82	9	222	24	24	28	23	2.00
33075033--33075224	40	4.8	40	78	8	160	24	24	28	22	1.99
33079990--33080032	17	2.5	17	92	0	68	27	27	30	13	1.95
33085189--33085364	46	3.8	45	78	10	194	21	19	29	29	1.98
33085186--33085356	93	1.8	93	92	0	288	21	20	29	28	1.98
33088440--33088602	39	4.2	39	90	0	254	22	19	33	24	1.97
33089221--33089245	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
33094041--33094212	46	3.7	46	77	10	188	22	19	28	30	1.98
33098339--33098383	19	2.3	19	85	11	56	64	6	2	26	1.30
33098898--33098969	19	3.7	20	68	22	62	37	0	2	59	1.12
33103801--33103926	43	3.0	43	85	3	166	34	26	15	23	1.94
33103813--33103945	43	3.1	43	79	6	153	34	24	15	24	1.95
33104221--33104249	11	2.6	11	100	0	58	48	20	6	24	1.74
33105962--33106049	30	2.9	30	73	13	81	39	5	3	51	1.43
33108212--33108370	40	3.9	40	74	2	138	25	20	15	39	1.91
33108271--33108370	40	2.5	41	86	1	139	25	20	15	40	1.90
33108211--33108370	81	2.0	81	85	2	214	25	20	15	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33110187--33110228	21	2.0	21	100	0	84	28	14	14	42	1.84
33110244--33110638	126	3.1	126	88	1	592	28	16	16	37	1.91
33110751--33110799	6	8.2	6	95	0	89	32	48	0	18	1.48
33117227--33117357	29	4.5	29	96	0	244	29	14	29	26	1.95
33117227--33117415	87	2.2	87	82	3	229	26	15	31	25	1.96
33121718--33121862	76	1.9	73	93	4	245	22	25	24	27	2.00
33122789--33122838	24	2.1	24	100	0	100	40	24	4	32	1.73
33129639--33129707	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
33129630--33129717	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
33132104--33132279	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
33132100--33132271	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
33137812--33137840	12	2.3	13	94	5	51	72	0	3	24	1.00
33138764--33138872	25	4.4	24	84	6	121	26	21	22	30	1.98
33138777--33138871	25	3.8	25	90	0	136	27	21	23	28	1.99
33141195--33141255	3	20.3	3	100	0	122	65	0	0	34	0.93
33142454--33142508	20	2.8	20	97	0	101	58	0	29	12	1.35
33142455--33142508	9	5.6	9	81	16	63	59	0	27	12	1.34
33143373--33143407	17	2.1	17	88	0	52	37	2	25	34	1.71
33145964--33146002	21	1.9	20	84	5	51	33	2	20	43	1.65
33148214--33148343	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
33148230--33148381	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
33148230--33148379	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33159385--33159455	24	3.0	24	91	0	115	35	2	38	23	1.70
33159385--33159478	48	1.9	48	81	10	111	35	5	37	22	1.77
33160876--33160988	27	4.2	26	84	8	136	16	23	23	37	1.94
33160876--33160988	55	2.1	54	86	5	156	16	23	23	37	1.94
33164825--33164912	44	2.0	44	100	0	176	22	11	31	34	1.90
33177581--33177763	40	4.6	39	85	8	203	25	25	22	26	2.00
33185585--33185770	40	4.7	40	86	5	227	25	26	22	25	2.00
33193933--33194208	40	6.9	40	80	4	254	32	14	29	22	1.94
33193888--33194204	119	2.7	120	81	2	354	33	14	29	23	1.94
33198730--33198799	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
33206511--33206580	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
33208669--33208693	11	2.3	11	100	0	50	20	0	24	56	1.43
33211401--33211567	49	3.4	49	87	2	210	31	27	16	24	1.96
33211549--33211581	14	2.4	14	94	0	57	24	21	21	33	1.97
33212467--33212597	29	4.5	29	93	4	212	26	25	13	34	1.93
33212467--33212597	59	2.3	57	93	5	219	26	25	13	34	1.93
33212467--33212627	59	2.8	57	88	5	180	27	25	13	32	1.94
33212467--33212627	88	1.8	87	85	5	225	27	25	13	32	1.94
33215242--33215304	15	4.4	15	76	13	62	63	14	12	9	1.52
33217952--33218130	49	3.7	49	87	3	245	30	28	17	24	1.97
33220253--33220315	15	4.4	15	76	13	62	63	14	12	9	1.52
33222978--33223158	49	3.7	49	90	0	254	30	29	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33234967--33235067	28	3.5	28	87	4	130	28	12	27	30	1.93
33243848--33244014	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
33243848--33244014	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
33244840--33244885	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
33254647--33254833	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
33254670--33254833	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
33254670--33254867	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
33259835--33259863	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
33261860--33261920	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
33264937--33265112	46	3.8	46	80	10	205	20	19	29	30	1.97
33264934--33265105	93	1.8	93	93	0	299	20	19	29	29	1.97
33268911--33268937	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
33285418--33285605	100	1.9	100	94	2	333	28	26	20	25	1.99
33285417--33285607	49	3.9	48	80	5	202	28	26	19	25	1.99
33293340--33293537	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
33293406--33293523	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
33293374--33293537	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
33300906--33301103	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
33300972--33301089	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
33300940--33301103	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
33303527--33303562	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
33303961--33304003	22	2.0	22	86	9	61	39	27	11	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33312321--33312589	47	5.8	44	76	13	211	21	30	20	27	1.98
33312324--33312591	94	2.9	94	78	13	302	22	30	20	27	1.98
33312921--33312977	30	1.9	30	92	0	96	31	24	12	31	1.92
33319177--33319210	17	2.0	17	94	0	59	32	5	44	17	1.73
33319954--33320013	26	2.4	24	83	8	75	68	3	0	28	1.05
33319984--33320042	21	2.8	22	85	7	70	69	6	0	23	1.12
33320448--33320498	17	2.8	19	77	17	54	62	1	0	35	1.06
33321259--33321339	31	2.6	31	82	1	101	48	9	13	28	1.74
33322135--33322233	50	2.0	50	97	0	189	48	4	23	24	1.68
33325928--33325971	20	2.0	20	83	12	52	27	9	22	40	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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