genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17697475--17697530	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
17697464--17697530	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
17697580--17697746	23	7.1	23	93	2	271	28	22	20	28	1.98
17697579--17697768	24	8.0	23	90	4	265	28	22	21	27	1.99
17697579--17697768	47	4.0	46	88	6	274	28	22	21	27	1.99
17697961--17698024	31	2.1	31	84	0	83	35	17	25	21	1.95
17705641--17705696	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
17705630--17705696	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
17705746--17705841	47	2.1	47	94	2	167	28	20	19	31	1.97
17705745--17705862	23	5.0	24	89	5	170	27	21	21	29	1.98
17706056--17706119	31	2.1	31	84	0	83	34	17	25	23	1.96
17713036--17713151	50	2.3	50	95	0	205	44	18	11	25	1.83
17715924--17715965	15	3.0	14	79	6	50	50	0	35	14	1.43
17717332--17717362	15	2.1	15	93	0	53	41	22	16	19	1.89
17736237--17736287	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
17736924--17737139	44	4.9	44	78	2	207	23	16	27	32	1.96
17736982--17737187	45	4.6	45	75	3	173	25	11	25	36	1.90
17736968--17737144	90	2.0	89	85	1	237	24	14	27	33	1.94
17736913--17737269	134	2.7	134	89	0	543	24	14	26	34	1.94
17736930--17737144	89	2.4	88	81	2	250	23	15	27	33	1.95
17738138--17738203	33	2.0	33	93	0	114	39	15	27	18	1.90
17738141--17738212	33	2.2	33	87	0	99	37	15	26	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17739978--17740094	43	2.8	41	70	10	92	33	23	15	27	1.95
17744253--17744370	59	2.0	59	98	0	227	47	12	15	24	1.80
17749172--17749223	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
17749270--17749329	27	2.3	26	85	2	75	23	20	20	36	1.95
17763023--17763152	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
17765821--17765851	16	1.9	16	93	0	53	6	9	9	74	1.23
17774549--17774720	43	4.0	42	71	14	127	33	23	16	26	1.96
17782154--17782314	46	3.5	45	85	5	207	46	14	20	18	1.83
17791541--17791595	28	2.0	28	85	7	76	29	12	25	32	1.93
17791612--17791711	42	2.4	42	100	0	200	29	17	21	33	1.95
17792355--17792386	16	2.0	16	100	0	64	37	6	18	37	1.76
17799210--17799264	28	2.0	28	89	7	85	27	12	27	32	1.93
17799281--17799377	41	2.3	42	94	3	178	29	16	20	32	1.95
17807351--17807500	43	3.6	42	84	5	189	26	16	27	30	1.96
17807351--17807525	83	2.1	86	81	7	207	28	16	26	29	1.96
17813116--17813152	18	2.0	19	89	5	58	67	0	0	32	0.91
17813430--17813500	35	2.0	36	97	2	135	36	14	11	38	1.81
17813423--17813508	19	4.7	19	91	8	151	36	15	11	37	1.83
17813847--17814046	45	4.5	45	84	1	249	26	27	13	33	1.93
17813847--17814030	89	2.1	90	86	1	253	27	27	13	31	1.93
17814060--17814354	78	3.8	78	85	3	396	26	23	18	31	1.98
17814227--17814653	208	2.0	209	89	2	653	25	22	19	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17822384--17822417	17	1.9	18	88	5	52	67	0	0	32	0.91
17822706--17822761	19	2.9	19	97	0	103	33	16	12	37	1.86
17824877--17825052	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
17824873--17825044	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
17828009--17828077	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
17828000--17828087	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
17830469--17830644	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
17830465--17830636	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
17832630--17832691	19	3.2	19	95	4	106	37	9	17	35	1.83
17833623--17833664	21	2.0	22	85	4	59	26	19	7	47	1.74
17835217--17835243	14	1.9	14	100	0	54	40	7	0	51	1.30
17839171--17839231	7	8.7	7	78	18	65	85	0	14	0	0.60
17839174--17839232	8	7.9	8	80	14	72	84	0	15	0	0.62
17840233--17840370	41	3.3	41	67	22	124	31	23	21	23	1.98
17840181--17840792	84	7.3	84	86	4	837	31	23	20	24	1.98
17840608--17840745	41	3.3	41	68	17	113	31	21	20	26	1.98
17841535--17841629	19	5.0	19	89	7	149	38	9	15	35	1.80
17841537--17841629	36	2.5	37	89	8	143	38	9	16	35	1.81
17843220--17843250	10	3.1	10	90	0	53	45	0	25	29	1.54
17843661--17843720	30	2.0	30	100	0	120	26	20	26	26	1.99
17854190--17854656	132	3.5	131	78	8	412	34	19	18	26	1.96
17854292--17854656	129	2.8	133	79	6	395	33	19	19	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17857259--17857661	44	9.2	44	87	1	551	25	27	15	31	1.95
17859747--17859792	24	1.9	24	100	0	92	21	30	19	28	1.98
17866786--17866858	36	2.0	36	92	5	121	36	23	8	31	1.84
17866822--17866875	25	2.1	26	96	3	101	37	27	3	31	1.75
17873859--17873933	37	2.0	37	97	0	141	36	24	9	30	1.87
17873896--17873950	26	2.1	26	96	0	101	36	27	5	30	1.79
17879633--17879975	129	2.6	129	78	6	284	33	18	19	27	1.96
17879716--17879975	129	2.0	133	83	3	339	32	17	20	30	1.95
17880838--17881026	27	7.0	27	85	0	234	35	18	20	25	1.95
17881224--17881306	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
17881394--17881452	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
17881617--17881690	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
17885956--17885993	20	1.9	20	84	10	51	36	36	0	26	1.57
17889754--17889810	9	6.3	9	80	13	55	68	1	5	24	1.20
17891898--17891998	19	5.3	19	75	13	66	24	3	4	66	1.29
17891910--17891998	10	9.3	10	73	10	71	24	3	3	68	1.20
17891910--17891998	29	3.1	29	80	6	110	24	3	3	68	1.20
17891929--17892038	28	3.9	28	75	8	87	30	2	3	63	1.25
17896018--17896060	20	2.2	19	84	12	52	25	0	2	72	0.97
17899766--17899800	17	2.0	18	88	5	54	48	0	0	51	1.00
17900550--17900609	27	2.2	28	85	8	79	30	0	3	66	1.07
17900655--17900772	27	4.4	27	87	0	119	22	23	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17900651--17900774	54	2.3	54	77	0	131	21	25	25	28	1.99
17906664--17906742	28	2.7	30	71	16	76	53	12	7	26	1.65
17906861--17906947	30	2.8	33	71	18	87	55	10	0	34	1.34
17906829--17906947	60	2.0	60	86	3	168	52	11	0	35	1.38
17907011--17907049	14	3.0	13	82	10	53	64	0	0	35	0.94
17907955--17908028	3	23.3	3	79	17	71	0	32	0	67	0.91
17917310--17917479	46	3.7	46	77	10	170	26	18	30	25	1.98
17917259--17917478	94	2.4	94	79	11	224	27	18	28	25	1.98
17918453--17918531	41	2.0	40	89	2	122	21	22	39	16	1.92
17920315--17920400	16	5.7	16	72	19	60	68	24	3	3	1.21
17920334--17920367	15	2.3	15	90	5	52	88	2	8	0	0.62
17920363--17920400	17	2.3	16	95	4	67	63	31	0	5	1.17
17922725--17922760	12	3.0	12	87	0	54	25	22	5	47	1.73
17935855--17936118	71	3.7	69	83	6	323	25	14	22	37	1.92
17935997--17936243	122	2.0	124	90	3	392	24	13	22	39	1.90
17935688--17936280	263	2.3	257	94	2	1033	25	14	22	36	1.93
17936118--17936283	72	2.3	71	88	4	244	22	15	21	41	1.89
17936508--17936652	74	1.9	76	87	5	215	31	17	22	28	1.97
17936348--17936965	165	3.8	163	82	9	680	29	18	20	32	1.96
17936682--17937398	88	9.0	76	72	17	433	28	16	19	35	1.93
17936682--17937187	79	6.5	76	77	10	434	29	16	19	34	1.94
17937172--17937231	30	2.0	30	90	6	95	20	6	28	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17936822--17937398	252	2.3	246	85	6	756	27	16	19	36	1.93
17938044--17938077	16	2.2	16	89	5	52	88	2	8	0	0.62
17938073--17938108	16	2.3	16	95	4	65	66	27	0	5	1.13
17938068--17938109	15	2.5	17	85	14	61	69	23	2	4	1.20
17938027--17938122	41	2.2	42	83	10	115	75	16	5	3	1.12
17945562--17945731	46	3.7	45	79	11	150	29	17	27	25	1.98
17948114--17948171	24	2.4	24	82	0	71	37	3	34	24	1.72
17951442--17951475	16	2.1	16	89	10	52	5	11	0	82	0.83
17951534--17951632	23	4.2	24	80	6	103	42	1	4	52	1.27
17951566--17951632	23	2.8	24	90	6	109	41	0	1	56	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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