genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34078400--34078645	120	2.1	119	86	3	341	25	23	26	24	2.00
34086446--34086692	40	6.2	40	85	2	300	25	23	26	24	2.00
34089424--34089467	19	2.4	19	84	3	54	38	2	11	47	1.52
34090159--34090231	36	2.0	36	100	0	146	38	2	24	34	1.70
34092865--34093035	93	1.8	93	93	0	297	20	21	29	28	1.98
34092869--34093040	46	3.7	46	81	10	215	20	21	28	29	1.98
34103544--34103581	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
34106528--34106560	14	2.3	15	85	15	52	0	24	0	75	0.80
34107801--34107902	27	3.7	27	82	10	118	18	24	22	34	1.96
34107801--34107911	54	2.1	54	83	6	136	17	24	23	35	1.95
34109662--34109824	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
34109662--34109854	39	4.9	39	88	0	251	22	21	32	23	1.98
34126036--34126169	69	1.9	69	100	0	268	32	23	11	32	1.90
34131203--34131260	18	3.4	16	69	17	53	29	12	8	50	1.69
34131189--34131260	36	2.0	36	100	0	144	33	13	8	44	1.74
34131194--34131251	18	3.2	18	68	18	57	32	15	8	43	1.77
34135811--34135897	34	2.6	34	83	3	95	24	22	26	26	2.00
34143245--34143328	43	2.0	43	97	0	159	38	4	22	34	1.75
34143522--34143698	49	3.6	49	86	3	223	26	15	27	29	1.96
34148867--34148901	16	2.1	17	89	5	54	68	0	5	25	1.11
34158841--34159008	40	4.2	40	80	3	169	25	26	21	26	1.99
34160759--34160888	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34160775--34160926	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
34160775--34160924	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
34164458--34164518	31	2.0	31	100	0	122	32	34	6	26	1.82
34168811--34168978	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
34175511--34175637	35	3.5	34	78	16	123	33	11	22	33	1.89
34179838--34179989	39	3.9	39	89	0	223	24	23	29	23	1.99
34185839--34185982	39	3.7	40	84	0	175	23	29	22	23	1.99
34193395--34193576	40	4.6	40	77	1	168	28	23	25	23	1.99
34193397--34193582	80	2.3	80	85	3	232	27	23	25	23	2.00
34193397--34193618	80	2.8	77	78	11	214	27	22	26	23	2.00
34193395--34193618	40	5.6	38	74	10	155	27	22	25	24	2.00
34197164--34197346	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
34199740--34199778	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
34200216--34200303	28	3.1	29	79	10	94	35	21	22	20	1.96
34200409--34200472	28	2.3	28	91	2	103	31	7	28	32	1.85
34207554--34207592	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
34208000--34208087	28	3.1	29	79	10	94	35	21	22	20	1.96
34208193--34208256	28	2.3	28	91	2	103	31	7	28	32	1.85
34211477--34211515	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
34211947--34212009	28	2.2	29	88	8	94	31	23	22	22	1.98
34212115--34212179	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
34227382--34227512	29	4.6	29	85	1	156	29	16	30	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34227383--34227503	57	2.1	58	85	1	163	31	16	28	23	1.96
34232133--34232167	12	2.9	12	86	0	52	65	0	14	20	1.26
34232133--34232167	18	1.9	18	88	0	52	65	0	14	20	1.26
34235903--34235927	13	1.9	13	100	0	50	20	24	32	24	1.98
34238334--34238390	26	2.1	29	84	15	77	50	7	3	38	1.46
34246684--34246851	46	3.7	46	92	0	275	39	12	24	23	1.89
34246825--34246878	26	2.0	27	96	3	101	48	7	22	22	1.75
34246786--34246919	72	1.9	72	88	3	207	44	11	23	20	1.84
34249861--34250178	158	2.0	158	99	0	627	31	9	18	40	1.82
34250290--34250429	57	2.5	57	85	0	199	29	18	20	31	1.97
34252804--34252861	29	2.0	29	100	0	116	34	10	20	34	1.87
34261168--34261305	57	2.4	57	87	0	204	29	18	19	31	1.96
34261918--34261956	19	2.0	21	85	10	55	35	7	17	38	1.79
34264275--34264307	16	2.0	17	88	5	50	15	0	3	81	0.80
34266405--34266524	43	2.8	41	80	7	150	30	24	14	31	1.94
34272745--34272952	40	5.2	40	86	1	267	25	27	21	24	1.99
34278251--34278400	39	3.8	39	90	0	237	24	31	20	24	1.98
34286083--34286264	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
34286113--34286265	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
34291939--34292146	40	5.2	40	86	1	267	25	27	21	24	1.99
34296043--34296109	31	2.2	31	79	12	77	32	17	1	47	1.57
34296407--34296452	23	2.0	23	100	0	92	69	8	4	17	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34299811--34299942	29	4.6	29	88	0	165	24	31	15	29	1.95
34307618--34307749	29	4.6	29	88	0	165	24	31	15	29	1.95
34307561--34307748	58	3.3	58	78	3	175	24	32	15	26	1.96
34309166--34309425	92	2.7	93	80	7	256	27	19	29	23	1.98
34309293--34309468	96	1.8	96	87	6	264	26	19	30	23	1.98
34309293--34309471	49	3.7	49	79	9	179	26	20	29	24	1.99
34313949--34314065	58	2.0	58	98	0	225	20	18	16	44	1.87
34323101--34323282	39	4.6	39	90	0	247	21	31	23	23	1.98
34323131--34323282	39	3.9	39	93	0	250	22	31	22	23	1.98
34331324--34331509	40	4.7	40	86	5	227	25	26	22	25	2.00
34340387--34340537	40	3.8	40	75	13	132	26	24	27	21	2.00
34340430--34340578	80	1.9	80	80	2	174	22	24	29	22	1.99
34342351--34342385	16	2.2	16	100	0	70	28	5	17	48	1.69
34342707--34342892	40	4.7	40	86	5	227	25	26	22	25	2.00
34350675--34350766	39	2.3	38	80	10	105	26	28	21	23	1.99
34350675--34350859	40	4.7	40	81	6	191	25	27	21	24	1.99
34355549--34355615	25	2.7	25	78	0	80	29	23	19	26	1.98
34357042--34357320	43	6.6	43	86	4	388	25	15	29	29	1.96
34357116--34357343	43	5.3	43	84	4	154	25	16	27	30	1.96
34357077--34357349	129	2.2	125	84	4	350	26	15	27	31	1.96
34357309--34357596	56	5.1	56	85	0	387	29	13	23	33	1.93
34357295--34357622	56	5.9	56	80	3	221	29	13	23	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34362076--34362269	40	4.9	39	83	4	228	24	20	30	25	1.98
34362087--34362239	79	1.9	79	89	5	238	24	20	30	24	1.99
34363997--34364043	24	2.0	24	100	0	94	14	21	17	46	1.83
34364110--34364239	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
34364110--34364273	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
34368681--34368851	46	3.7	45	75	12	168	23	21	26	29	1.99
34372757--34372798	21	2.0	22	85	4	59	9	30	0	59	1.29
34376192--34376223	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
34376935--34377075	27	5.2	27	85	0	183	28	21	15	34	1.94
34377001--34377134	27	5.0	28	85	5	116	33	14	15	36	1.88
34376934--34377102	54	3.1	54	82	1	169	29	19	15	34	1.93
34377071--34377134	26	2.4	27	92	2	103	35	7	15	40	1.76
34380807--34381146	27	12.6	27	82	3	281	40	20	7	31	1.80
34380900--34381174	81	3.4	78	79	7	239	41	21	7	29	1.80
34381290--34381381	27	3.4	27	86	8	125	34	20	26	18	1.96
34382180--34382376	26	7.7	26	90	2	283	27	22	22	27	1.99
34382622--34382750	26	5.1	26	95	1	201	25	22	23	28	1.99
34382256--34383004	371	2.0	371	97	0	1426	25	19	27	27	1.98
34382969--34383081	31	3.7	31	85	9	137	31	17	23	27	1.97
34383874--34383923	25	2.0	25	92	7	84	36	4	24	36	1.74
34384065--34384106	21	2.0	22	90	4	68	7	30	0	61	1.22
34385741--34385766	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34390775--34390813	19	2.0	20	85	14	55	38	15	0	46	1.46
34390990--34391107	42	2.8	42	82	5	139	34	25	16	23	1.95
34390989--34391107	43	2.8	42	80	2	148	34	25	15	24	1.95
34390989--34391149	85	1.9	85	81	2	198	35	26	14	23	1.94
34397981--34398056	38	2.0	38	100	0	152	39	7	10	42	1.69
34398208--34398446	55	4.5	54	75	10	199	38	17	22	22	1.93
34398215--34398417	108	1.9	110	84	4	277	35	17	22	23	1.95
34403777--34403923	73	2.0	73	100	0	294	49	17	2	29	1.61
34409261--34409419	43	3.7	43	79	5	162	30	24	19	25	1.98
34416447--34416533	43	2.0	43	93	0	147	31	24	31	13	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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