genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10895580--10895629	20	2.4	22	86	10	77	40	0	30	30	1.57
10895580--10895631	11	4.9	11	83	9	72	42	0	28	28	1.56
10895580--10895643	31	2.1	31	85	5	85	42	0	26	31	1.56
10896356--10896394	18	2.2	17	86	4	51	23	0	7	69	1.14
10896349--10896412	19	3.5	19	81	10	71	25	1	9	64	1.33
10899578--10899640	3	21.3	3	74	9	58	68	1	28	1	1.08
10899578--10899625	18	2.7	18	90	3	71	72	0	25	2	0.95
10900153--10900242	20	4.5	20	92	0	153	41	12	4	42	1.62
10900480--10900596	42	2.8	42	78	18	111	66	6	0	26	1.16
10900516--10900566	22	2.4	21	75	9	50	68	7	0	23	1.15
10910509--10910547	18	2.2	19	90	9	64	2	23	0	74	0.94
10916624--10916651	13	2.2	13	100	0	56	71	0	14	14	1.15
10919803--10919875	25	2.9	25	100	0	146	10	24	20	43	1.84
10925486--10925529	23	1.9	23	90	0	70	27	4	38	29	1.76
10925627--10925684	29	2.0	28	83	9	73	10	22	25	41	1.85
10927624--10927688	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
10927794--10927883	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
10928346--10928384	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
10935354--10935412	31	1.9	32	86	6	86	47	0	23	28	1.52
10935810--10935945	26	5.2	26	96	0	236	33	5	25	36	1.80
10937430--10937482	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
10938981--10939025	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10941139--10941486	91	3.8	91	92	0	579	43	15	21	19	1.88
10941138--10941535	46	8.7	46	82	7	447	43	15	21	19	1.88
10941139--10941553	91	4.6	91	89	2	541	43	15	20	19	1.87
10945133--10945170	10	3.8	10	83	13	51	65	2	7	23	1.32
10946411--10946479	35	2.0	35	97	0	129	43	13	5	37	1.67
10950122--10950184	30	2.1	31	82	8	76	39	1	6	52	1.37
10953236--10953411	88	2.0	88	100	0	352	31	10	11	46	1.73
10953880--10953928	22	2.2	22	77	0	53	8	8	22	61	1.51
10954127--10954161	16	2.1	17	89	5	54	48	0	0	51	1.00
10963091--10963122	15	2.1	15	94	0	55	43	6	21	28	1.77
10966028--10966081	12	4.5	12	72	25	51	53	0	3	42	1.18
10966624--10966648	8	3.1	8	100	0	50	84	0	0	16	0.63
10975375--10975419	20	2.3	21	85	11	60	37	2	0	60	1.09
10975988--10976023	17	2.1	17	90	10	56	27	0	2	69	1.02
10978808--10978867	31	1.9	31	86	6	86	28	13	10	48	1.74
10986210--10986425	46	4.7	46	91	0	315	39	15	23	21	1.91
10986160--10986425	138	2.0	130	87	5	379	39	15	23	21	1.92
10989263--10989304	11	3.7	11	78	15	50	28	0	0	71	0.86
10989263--10989300	19	2.0	19	94	0	67	28	0	0	71	0.87
10991487--10991745	45	5.7	46	91	3	382	39	15	23	21	1.91
10996710--10996873	46	3.8	40	85	13	197	36	17	24	21	1.94
10996748--10996917	46	3.7	46	91	0	259	39	15	23	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11002722--11002790	27	2.6	27	88	0	93	15	23	23	37	1.93
11005350--11005381	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
11005492--11005565	36	2.0	37	94	2	132	17	4	13	64	1.42
11006776--11006847	14	5.4	14	83	12	98	34	13	5	45	1.67
11006800--11006847	24	2.0	24	100	0	96	37	16	4	41	1.68
11012887--11012942	27	2.1	27	96	0	103	44	17	19	17	1.87
11015092--11015150	29	2.1	28	81	9	66	22	11	3	62	1.43
11025891--11025970	36	2.3	35	82	6	99	37	25	6	31	1.81
11027364--11027406	22	1.9	22	85	4	59	23	16	0	60	1.35
11028383--11028726	107	3.2	107	84	2	411	24	21	14	39	1.90
11028383--11028726	54	6.4	54	85	2	388	24	21	14	39	1.90
11028780--11028879	23	4.4	23	75	10	89	39	18	9	34	1.82
11028776--11028868	46	2.0	46	87	0	132	36	17	10	35	1.84
11028911--11028959	24	2.1	24	88	3	73	32	14	10	42	1.79
11030535--11030606	16	4.5	15	84	6	81	40	6	23	29	1.81
11030588--11030681	44	2.1	44	88	7	136	32	6	25	35	1.81
11030784--11030952	63	2.8	61	84	8	193	52	2	2	42	1.29
11031657--11031714	25	2.4	25	85	2	91	24	25	13	36	1.92
11039701--11039736	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
11040039--11040091	23	2.4	22	84	6	70	32	5	18	43	1.74
11046320--11046379	10	6.0	10	84	7	68	68	1	5	25	1.19
11046320--11046377	30	1.9	30	86	6	82	68	1	5	24	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11046997--11047027	10	3.1	10	90	0	53	0	12	0	87	0.55
11047039--11047219	95	1.9	96	87	4	267	33	24	14	27	1.94
11048115--11048216	4	25.8	4	72	19	72	70	0	1	27	0.98
11048136--11048216	24	3.2	24	80	13	92	71	0	1	27	0.93
11048121--11048215	7	13.3	7	75	16	88	69	0	2	28	1.00
11048135--11048225	43	2.1	45	82	12	109	71	0	2	26	0.97
11051923--11051982	10	6.0	10	84	7	68	68	1	5	25	1.19
11051923--11051980	30	1.9	30	86	6	82	68	1	5	24	1.19
11054507--11054539	17	1.9	17	100	0	66	33	24	6	36	1.80
11055608--11055738	68	1.9	68	95	0	235	23	26	17	32	1.97
11074159--11074295	55	2.5	55	75	0	148	28	32	25	13	1.93
11085347--11085376	13	2.4	12	89	10	51	46	36	0	16	1.47
11101741--11101946	27	7.6	27	78	5	166	38	23	10	27	1.87
11101741--11102003	81	3.2	81	80	6	239	38	22	9	29	1.86
11101766--11102000	27	8.7	27	76	7	136	39	22	8	29	1.84
11101993--11102152	27	5.9	27	85	2	205	35	18	20	26	1.95
11101982--11102152	54	3.2	54	89	0	252	36	17	18	27	1.94
11102550--11102683	42	3.2	42	96	0	250	32	14	19	33	1.92
11102707--11102883	31	5.7	31	91	0	284	29	16	24	28	1.97
11103461--11103510	14	3.6	14	84	10	66	12	2	2	84	0.80
11103467--11103512	8	6.2	8	87	10	55	10	2	0	86	0.64
11103461--11103503	13	3.2	13	87	9	59	13	0	2	83	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11103471--11103503	7	4.9	7	92	7	59	12	0	0	87	0.53
11104722--11104767	18	2.6	18	82	3	58	21	26	36	15	1.93
11104977--11105135	27	5.9	27	87	0	183	31	23	8	37	1.84
11104964--11105143	54	3.3	54	82	3	200	34	23	7	34	1.84
11104977--11105132	81	1.9	81	88	2	233	31	22	8	37	1.84
11105085--11105336	27	9.3	27	78	6	163	39	20	8	31	1.83
11104964--11105143	81	2.2	81	80	2	227	34	23	7	34	1.84
11105099--11105336	54	4.4	54	74	8	198	40	19	8	31	1.82
11105100--11105360	81	3.2	79	69	10	204	40	19	9	30	1.83
11106213--11106282	25	2.8	24	91	4	104	24	27	24	24	2.00
11106212--11106295	25	3.4	24	83	8	98	27	23	23	25	2.00
11106428--11106519	42	2.2	42	98	0	175	31	15	20	32	1.94
11106542--11106682	29	4.7	31	91	7	231	28	16	26	29	1.97
11106542--11106670	59	2.2	58	94	4	222	28	15	26	29	1.96
11108908--11109120	27	7.9	27	77	7	150	38	22	9	29	1.86
11108908--11109249	54	6.3	54	74	8	185	37	21	11	29	1.89
11108908--11109113	81	2.5	80	79	3	216	38	22	9	29	1.86
11108933--11109167	27	8.7	27	77	6	152	38	22	8	30	1.84
11109150--11109319	54	3.1	54	90	0	268	37	16	18	27	1.93
11109160--11109320	27	6.0	27	88	0	232	35	18	19	26	1.95
11109717--11109808	42	2.2	42	98	0	175	32	14	19	33	1.92
11109832--11109915	31	2.7	31	94	1	143	27	16	27	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11112390--11112565	46	3.8	46	75	14	173	21	18	29	30	1.97
11112386--11112557	93	1.8	93	91	2	283	20	19	30	29	1.97
11115995--11116055	30	2.0	30	93	0	104	32	21	6	39	1.79
11116987--11117032	22	2.1	22	91	0	74	54	4	0	41	1.20
11120278--11120342	22	3.0	22	88	4	87	27	21	29	21	1.99
11145036--11145117	42	2.0	42	100	0	164	53	3	14	28	1.58
11151065--11151166	42	2.4	42	83	6	116	27	25	19	27	1.99
11161560--11161593	6	5.7	6	86	13	52	0	14	0	85	0.60
11161631--11161819	86	2.2	86	84	2	245	39	21	8	30	1.83
11161835--11161922	9	9.7	9	69	10	63	60	1	1	37	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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