genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.279.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86574050--86574719	137	4.9	137	81	6	743	38	23	4	32	1.77
86574007--86574672	183	3.7	181	86	4	770	38	23	5	32	1.77
86574019--86574706	46	15.0	46	78	7	636	38	23	5	32	1.77
86578791--86578824	7	4.9	7	89	10	52	14	0	0	85	0.60
86578792--86578823	13	2.4	14	94	5	57	15	0	0	84	0.63
86580138--86580232	40	2.4	40	89	0	136	32	24	20	23	1.98
86580311--86580401	40	2.3	41	86	3	123	23	19	18	38	1.93
86580456--86580489	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
86582978--86583263	127	2.3	127	98	1	547	27	20	18	32	1.96
86583232--86583690	44	10.4	44	74	4	323	29	19	16	34	1.94
86583189--86583649	89	5.2	89	80	2	415	29	19	16	34	1.94
86583296--86583689	178	2.2	177	83	4	497	29	19	15	35	1.93
86592138--86592214	38	2.0	38	89	0	118	22	16	15	45	1.85
86603746--86603797	19	2.7	19	82	5	61	50	15	1	32	1.55
86609958--86610000	22	2.0	22	86	4	61	62	0	2	34	1.08
86610450--86610561	57	1.9	59	83	7	149	53	5	8	33	1.53
86614344--86614422	23	3.3	24	76	3	70	11	22	24	41	1.86
86617011--86617145	35	3.7	37	78	10	152	31	12	22	33	1.92
86621747--86621923	50	3.5	50	91	0	282	35	15	22	26	1.94
86621899--86622078	31	5.8	31	90	2	281	27	20	27	25	1.99
86622100--86622236	49	2.8	49	86	6	183	29	13	26	29	1.94
86622100--86622263	49	3.6	47	84	9	182	29	14	26	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86622193--86622304	41	2.7	41	88	5	154	31	15	25	28	1.95
86626981--86627157	50	3.5	50	88	0	246	37	16	20	25	1.93
86627133--86627312	31	5.8	31	88	3	247	28	21	25	25	1.99
86627365--86627495	49	2.8	48	86	8	184	29	14	26	29	1.95
86627377--86627538	42	3.7	43	81	9	159	30	14	25	29	1.95
86629262--86629301	20	2.0	20	90	4	64	40	7	5	47	1.54
86633700--86633766	29	2.3	29	94	0	116	20	16	22	40	1.91
86633730--86633950	70	3.2	70	81	2	212	24	20	22	32	1.98
86635130--86635181	23	2.4	21	75	15	52	23	5	5	65	1.36
86635494--86635603	29	3.1	35	66	30	90	20	18	21	39	1.93
86635449--86635760	70	4.5	69	80	4	277	24	20	22	33	1.97
86635494--86635604	35	3.2	35	66	19	86	21	18	21	38	1.93
86647676--86647742	23	2.9	23	71	4	62	35	11	4	47	1.61
86649460--86649532	25	3.2	25	60	28	63	38	12	9	39	1.76
86649459--86649542	42	2.0	42	100	0	168	40	11	9	38	1.75
86652529--86652553	7	3.6	7	100	0	50	0	12	0	88	0.53
86654450--86654511	20	3.2	20	76	19	69	51	11	8	29	1.66
86658865--86658894	6	5.0	6	91	0	51	83	3	0	13	0.77
86672210--86672269	30	2.0	30	86	0	84	71	5	5	18	1.23
86693093--86693204	57	2.0	57	94	3	199	35	8	13	41	1.76
86699039--86699210	35	4.9	35	86	8	233	29	13	22	34	1.92
86703651--86703742	47	2.0	47	86	0	130	41	18	4	35	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86720668--86720711	20	2.2	20	87	0	61	36	25	4	34	1.76
86733351--86733402	2	26.5	2	84	3	70	51	1	0	46	1.12
86733840--86733883	22	2.0	23	86	8	65	40	0	0	59	0.98
86733834--86733884	22	2.3	23	80	13	61	39	0	3	56	1.18
86740711--86740774	3	21.3	3	100	0	128	67	0	0	32	0.91
86741792--86741901	6	18.8	6	87	5	73	11	0	20	66	1.29
86741802--86741874	3	24.3	3	91	0	119	4	0	28	67	1.09
86741873--86741903	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
86756656--86757043	50	7.7	50	81	1	436	27	17	26	28	1.97
86756807--86757077	100	2.7	100	83	2	267	27	17	28	27	1.98
86757243--86757274	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
86757606--86757958	180	2.0	180	86	2	494	37	10	19	32	1.86
86762755--86762786	14	2.3	14	94	0	55	0	25	0	75	0.81
86762853--86762887	2	17.5	2	93	0	61	51	0	0	48	1.00
86766169--86766575	45	9.1	44	76	6	320	35	16	17	30	1.92
86766165--86766425	89	2.9	88	81	3	290	34	16	18	31	1.93
86766206--86766575	89	4.1	90	78	4	313	35	15	17	30	1.92
86766253--86766604	89	3.9	90	78	1	316	34	15	18	31	1.92
86766252--86766604	134	2.6	133	80	3	377	34	15	18	31	1.92
86770951--86770986	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
86770938--86770978	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
86771475--86771513	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86772831--86772883	5	10.0	5	84	11	70	58	0	0	41	0.98
86772830--86772885	12	4.5	12	81	16	69	57	0	0	42	0.99
86773843--86774265	45	9.4	44	69	13	281	31	16	25	25	1.96
86773804--86774307	90	5.6	90	90	1	762	31	16	25	26	1.96
86773639--86774307	180	3.8	180	87	4	888	31	15	26	26	1.96
86775706--86775764	30	2.0	30	89	0	91	32	1	0	66	1.02
86775796--86775963	31	5.4	32	71	23	103	32	1	0	66	1.04
86775796--86775968	44	3.6	49	74	19	177	32	1	0	65	1.04
86775796--86775965	79	2.2	79	85	10	226	32	1	0	65	1.04
86775796--86775973	34	5.4	34	75	20	150	32	1	1	65	1.08
86776282--86776323	18	2.4	18	84	4	50	21	2	7	69	1.25
86778440--86778484	18	2.5	18	82	7	56	6	2	26	64	1.30
86778475--86778508	16	2.1	16	89	10	52	0	8	2	88	0.62
86779440--86779718	74	3.8	74	89	2	377	28	22	18	31	1.97
86779395--86779718	74	4.5	72	86	5	354	29	22	17	31	1.96
86779744--86780109	71	4.9	71	70	15	279	30	22	16	30	1.96
86779586--86780038	159	2.8	160	92	2	716	30	22	17	29	1.96
86779745--86780199	232	2.0	233	96	0	849	30	21	17	29	1.96
86797378--86797407	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
86798253--86798286	15	2.3	15	90	10	52	0	8	2	88	0.62
86800571--86800616	20	2.3	20	81	3	58	56	4	0	39	1.19
86800643--86800687	19	2.4	19	84	0	54	64	2	0	33	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86801341--86801415	13	5.8	13	80	3	80	30	6	25	37	1.82
86801341--86801415	39	1.9	39	86	0	105	30	6	25	37	1.82
86802537--86802578	16	2.6	16	81	14	50	38	21	11	28	1.89
86808802--86808836	7	5.0	7	96	0	52	14	5	0	80	0.89
86809717--86809829	3	38.0	3	98	1	219	33	0	0	66	0.92
86810068--86810115	22	2.1	22	84	7	60	35	14	2	47	1.56
86810081--86810122	22	1.9	22	85	0	57	33	19	0	47	1.49
86810533--86810617	38	2.2	37	81	8	100	36	4	5	52	1.46
86810702--86810732	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
86813634--86813717	26	3.2	26	93	0	132	35	21	5	36	1.78
86814727--86814781	19	3.0	18	73	19	51	38	0	3	58	1.16
86814749--86814805	30	1.9	30	89	7	89	38	0	3	57	1.16
86835279--86835303	13	1.9	13	100	0	50	88	0	4	8	0.64
86840242--86840306	33	2.0	33	93	0	112	36	24	12	26	1.91
86844998--86845031	7	4.9	7	100	0	68	44	0	41	14	1.45
86848124--86848157	18	1.9	18	88	5	52	26	0	26	47	1.53
86852960--86853036	37	2.1	37	92	0	127	27	24	6	41	1.79
86869498--86869539	20	2.1	20	86	0	57	38	23	16	21	1.93
86878892--86878928	16	2.4	15	90	4	56	27	8	0	64	1.21
86880565--86880636	6	12.3	6	72	4	58	15	2	8	73	1.18
86880573--86880636	18	3.6	18	78	2	67	15	3	9	71	1.24
86889110--86889138	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86893060--86893095	2	18.0	2	88	11	56	47	2	0	50	1.15
86895595--86895664	33	2.2	33	84	7	90	27	4	7	61	1.41
86897145--86897213	3	22.3	3	94	5	120	66	0	33	0	0.92
86898067--86898117	3	17.0	3	100	0	102	0	33	0	66	0.92
86898187--86898228	21	2.0	21	95	0	75	23	26	23	26	2.00
86904509--86904714	80	2.6	80	83	5	238	26	22	25	25	2.00
86904508--86904714	40	5.2	39	83	4	209	27	22	25	25	2.00
86915365--86915487	61	2.0	62	91	1	203	41	17	11	30	1.84
86920823--86920875	5	10.0	5	80	11	61	41	0	1	56	1.10
86920820--86920876	8	6.6	9	74	22	59	43	0	1	54	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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