Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  5  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1122669--1122724
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3.8
15
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0
0
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1.00
1122901--1122968
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102
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1.76
1127758--1127810
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1.9
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33
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11
0
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0
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28
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0
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0
0
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16.3
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100
0
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0
0
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2.1
22
100
0
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3.5
15
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5
61
42
5
0
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1.25
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14
3.4
14
80
13
53
43
6
0
50
1.27
1148583--1148650
25
2.8
24
80
10
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67
2
0
29
1.05
1148608--1148650
16
2.4
18
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11
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2
0
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1.06
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31
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29
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1157691--1157789
28
3.5
29
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28
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28
3.5
28
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148
31
27
13
28
1.94
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21
1.9
20
84
5
51
41
0
2
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1.13
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19
2.1
19
100
0
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15
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1.70
1171251--1171279
2
14.5
2
100
0
58
51
0
0
48
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1175838--1176853
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34.1
31
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326
23
19
17
40
1.91
1175850--1176017
29
5.8
29
73
11
137
23
17
19
39
1.92
1175858--1176179
162
2.0
162
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1
502
21
18
18
40
1.92
1176058--1176720
60
11.2
60
71
10
357
24
19
16
39
1.92
1176050--1176326
145
1.9
145
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4
344
23
20
15
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1176066--1176710
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7.3
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663
24
19
16
39
1.92
1176243--1176554
29
10.7
29
72
11
118
23
19
17
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1.92
1176068--1176855
60
13.4
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70
14
335
24
19
16
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1.91
1180259--1180302
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2.0
22
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0
0
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50
0
0
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1180411--1180447
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59
0
0
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2.0
20
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5
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55
0
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1187700--1187757
22
2.6
22
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7
64
41
17
5
36
1.72
1187727--1187774
19
2.5
19
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25
55
33
16
8
41
1.78
1187739--1187816
36
2.2
36
88
9
115
37
12
12
37
1.82
1187736--1187808
19
3.9
19
92
7
132
35
15
10
38
1.82
1188421--1188538
61
1.9
61
84
3
157
17
19
36
26
1.94
1189408--1189435
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5.6
5
100
0
56
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0
0
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5
100
0
66
18
0
0
81
0.68
1197940--1197989
20
2.5
20
77
6
57
18
6
4
72
1.22
1201667--1201708
13
2.9
14
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13
50
54
0
0
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0.99
1201671--1201707
16
2.3
16
86
13
58
59
0
0
40
0.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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3.5
15
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50
0
0
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1.00
1201747--1201792
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2.5
20
76
23
55
56
0
0
43
0.99
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38
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100
44
0
0
54
1.06
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45
2.0
47
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10
118
44
1
0
54
1.07
1202827--1202909
23
3.4
25
76
15
86
48
1
0
50
1.08
1202837--1202912
16
4.8
16
68
18
59
47
1
0
51
1.09
1202958--1202999
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15
79
10
50
52
0
0
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1.00
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17
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50
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0
0
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5
58
64
0
2
33
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1206937--1206971
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2
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0
61
48
0
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11
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33
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31
11
23
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2.3
75
83
9
204
32
11
22
33
1.90
1216964--1217127
35
4.6
35
83
10
172
31
11
23
33
1.90
1218690--1219055
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4.3
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89
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19
22
21
36
1.95
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21
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42
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135
22
22
21
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1.97
1218685--1219100
172
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170
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22
20
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43
12
21
21
1.86
1231291--1231349
12
5.2
12
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12
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62
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1
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1.21
1231303--1231363
34
1.9
33
83
12
83
59
3
4
32
1.35
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1231744--1231784
2
20.5
2
94
0
73
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0
2
48
1.14
1233332--1233379
23
2.0
23
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4
60
43
4
0
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1.20
1235632--1235746
44
2.6
44
85
2
149
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13
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27
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3.0
45
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153
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14
23
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1.93
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44
2.6
44
85
2
149
35
13
22
27
1.92
1236853--1236986
46
3.0
45
82
4
153
35
14
23
26
1.93
1245796--1246283
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3.8
126
86
4
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33
18
19
29
1.95
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252
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18
19
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0
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0
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0
56
67
0
32
0
0.91
1273366--1273597
127
1.8
127
82
5
299
36
18
15
28
1.92
1274241--1274336
50
1.9
49
83
6
122
61
6
4
28
1.39
1274121--1274338
26
8.8
25
70
12
103
59
4
5
30
1.40
1274411--1274452
22
1.9
22
85
9
59
64
4
7
23
1.38
1274448--1274632
20
9.4
20
70
14
68
58
1
7
32
1.36
1274561--1274640
3
27.0
3
87
7
119
67
0
1
31
0.99
1290216--1290253
18
2.2
17
86
9
51
68
0
0
31
0.90
1297234--1297282
18
2.5
18
83
12
53
24
6
2
67
1.24
1301260--1301298
16
2.4
18
80
20
50
15
5
28
51
1.64
1303122--1303152
16
1.9
16
100
0
62
41
0
0
58
0.98
1304350--1304421
32
2.3
30
83
9
83
40
9
11
38
1.74
1305428--1305507
29
2.7
29
86
5
106
35
1
11
52
1.45
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1305428--1305507
31
2.6
30
88
5
108
35
1
11
52
1.45
1306009--1306038
2
15.0
2
100
0
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50
0
0
50
1.00
1306498--1306563
22
3.0
22
90
2
105
37
12
9
40
1.74
1316721--1316750
4
7.5
4
92
0
51
73
0
23
3
0.98
1319639--1319672
17
1.9
18
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5
52
61
2
0
35
1.11
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2
21.0
2
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0
75
52
0
0
47
1.00
1327185--1327324
50
2.8
50
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0
253
43
20
10
26
1.83
1335181--1335223
22
1.9
23
85
4
61
62
2
4
30
1.28
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34
1.9
34
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0
121
55
0
0
44
0.99
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17
3.7
17
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0
54
52
0
0
47
1.00
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2
20.0
2
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0
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5
0
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1.23
1342590--1342628
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2.4
16
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0
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53
5
0
41
1.23
1342892--1342956
28
2.4
28
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2
69
52
7
6
33
1.55
1343218--1343319
21
4.9
21
71
20
79
61
2
2
32
1.26
1343446--1343499
24
2.3
24
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18
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64
1
9
24
1.32
1343557--1343612
28
2.0
29
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10
71
62
5
1
30
1.28
1343672--1343717
18
2.6
18
82
6
58
56
0
6
36
1.25
1344328--1344383
22
2.6
21
77
8
67
71
1
14
12
1.23
1348491--1348561
32
2.2
33
87
7
101
42
8
9
39
1.69
1354401--1354429
14
2.1
14
100
0
58
34
0
20
44
1.52
1362615--1362654
16
2.5
16
100
0
80
45
5
17
32
1.70
1362685--1362742
3
19.3
3
78
7
64
62
3
0
34
1.12
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1362883--1363024
63
2.2
66
82
12
177
62
5
7
23
1.44
1362899--1363086
63
3.1
62
80
11
210
64
5
6
23
1.38
1362898--1363079
62
2.9
60
80
12
206
63
5
6
24
1.40
1364336--1364366
7
4.6
7
96
4
55
25
0
0
74
0.82
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2.1
41
83
8
106
31
4
4
59
1.38
1367928--1367966
19
2.1
19
90
0
60
23
0
2
74
0.94
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2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
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1.00
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131
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3
328
35
19
17
27
1.94
1371823--1371857
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100
0
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0
0
0.90
1371856--1371904
3
16.0
3
91
4
80
63
0
2
34
1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          321   322   323   324   325