genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.280.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86920821--86920876	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
86922184--86922222	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
86922462--86922596	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
86922718--86922758	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
86927240--86927279	11	3.6	11	82	0	53	20	10	10	60	1.57
86928062--86928223	81	2.0	81	88	0	243	28	9	12	50	1.71
86933322--86933388	24	2.7	25	81	9	84	67	1	2	28	1.14
86935203--86935326	41	3.0	40	80	3	131	34	19	22	23	1.96
86935325--86935483	41	3.9	41	86	0	192	25	18	25	30	1.98
86936046--86936085	14	2.9	14	84	0	53	32	0	20	47	1.50
86936565--86936605	18	2.4	17	88	8	57	46	0	2	51	1.14
86936568--86936608	17	2.3	18	83	12	57	46	0	2	51	1.14
86941905--86941984	31	2.6	32	81	16	98	26	2	3	67	1.20
86941929--86941975	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
86942082--86942106	10	2.5	10	100	0	50	36	0	0	64	0.94
86942037--86942130	48	1.9	50	83	10	124	29	7	5	57	1.48
86947280--86947337	30	1.9	30	92	0	98	17	29	37	15	1.90
86947686--86947739	24	2.2	25	83	3	65	29	1	0	68	1.00
86947823--86947876	18	2.9	18	86	8	65	29	0	7	62	1.22
86947844--86947886	3	14.3	3	90	9	70	30	0	0	69	0.88
86948902--86948934	13	2.7	12	90	9	57	78	0	12	9	0.95
86949736--86949796	30	2.0	30	87	0	86	26	34	26	13	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86959118--86959156	19	2.0	20	85	5	53	30	0	0	69	0.89
86966725--86966780	27	2.1	26	83	3	67	1	26	1	69	1.08
86966604--86966897	137	2.1	139	91	4	479	13	22	3	60	1.48
86974732--86974764	17	1.9	17	93	0	57	21	0	9	69	1.15
86977306--86977338	16	2.0	17	88	5	50	18	24	0	57	1.40
86978315--86978352	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
86981455--86981510	22	2.6	21	85	5	67	41	5	0	53	1.24
86981478--86982129	3	216.3	3	67	20	202	31	3	3	61	1.30
86981478--86981536	23	2.5	23	78	13	57	33	5	1	59	1.29
86981617--86981837	23	9.2	23	66	24	70	33	2	6	57	1.36
86981625--86982086	142	3.3	142	95	2	817	32	2	4	60	1.32
86983478--86983528	25	2.0	25	84	7	66	35	0	1	62	1.06
86983483--86983547	30	2.2	28	78	10	67	32	4	1	61	1.26
86983557--86983631	12	6.2	12	73	25	61	28	0	2	69	1.02
86983576--86983640	19	3.7	19	69	26	61	30	0	4	64	1.14
86983560--86983642	33	2.6	32	83	11	98	28	0	3	67	1.07
86983656--86983696	13	2.9	15	75	10	50	41	4	0	53	1.22
86984018--86984060	18	2.4	18	88	3	70	25	0	4	69	1.07
86984082--86984217	71	1.9	73	83	6	179	29	2	11	55	1.50
86984145--86984244	48	2.1	48	85	9	132	29	4	15	52	1.60
86984171--86984261	48	2.0	46	83	12	116	31	3	15	49	1.61
86988447--86988483	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86996844--86997110	45	6.0	44	85	3	295	30	14	28	26	1.95
86996863--86997110	88	2.8	88	83	4	302	31	14	29	25	1.94
86996847--86997110	133	2.0	133	85	3	361	30	14	28	26	1.95
86998575--86998629	25	2.2	25	83	6	67	32	0	1	65	1.03
86998584--86998648	30	2.2	28	78	10	67	32	4	1	61	1.26
86998676--86998740	19	3.7	19	69	26	61	30	0	4	64	1.14
86998665--86998742	33	2.4	34	84	6	106	29	0	3	66	1.09
86998658--86998740	26	3.2	28	77	13	88	28	0	3	67	1.07
86998665--86998731	7	9.7	7	73	14	59	28	0	2	68	1.04
86998658--86998731	12	6.2	13	69	27	58	28	0	2	68	1.03
86998756--86998796	13	2.9	15	75	10	50	41	4	0	53	1.22
87008127--87008356	75	3.2	74	84	10	275	24	16	21	36	1.94
87008228--87008412	65	2.9	65	93	2	302	23	18	25	31	1.98
87008701--87008861	88	1.8	88	90	0	259	26	25	20	27	1.99
87010169--87010224	22	2.6	21	85	5	67	41	5	0	53	1.24
87010192--87011085	3	299.0	3	71	19	512	31	2	3	62	1.24
87010532--87010947	182	2.3	183	97	0	782	32	1	3	62	1.22
87017528--87017568	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
87020618--87020717	3	33.3	3	95	4	184	34	0	0	66	0.92
87024121--87024158	15	2.5	15	91	4	58	73	2	0	23	0.95
87031857--87032100	3	80.7	3	75	4	177	61	2	5	29	1.32
87032013--87032111	15	6.6	15	75	9	85	66	1	5	27	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87033434--87033575	60	2.3	60	84	8	182	26	25	19	28	1.99
87033436--87033536	28	3.4	27	71	19	78	24	27	20	26	1.99
87040899--87040962	21	3.1	21	84	10	89	51	6	21	20	1.69
87042564--87042836	46	5.9	46	91	0	404	23	23	13	39	1.91
87048259--87048337	30	2.6	30	83	0	86	30	13	15	40	1.86
87049137--87049173	20	1.9	20	88	5	58	43	0	5	51	1.24
87051334--87051652	46	7.0	46	88	0	388	38	15	24	21	1.92
87051334--87051675	137	2.5	138	85	3	433	39	15	23	21	1.92
87052874--87052937	21	3.1	21	84	10	89	51	6	21	20	1.69
87056225--87056275	25	2.0	26	84	3	68	39	1	9	49	1.47
87057129--87057159	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
87057815--87057844	6	5.0	6	100	0	60	33	50	0	16	1.46
87061379--87061447	29	2.4	29	82	2	95	27	5	7	59	1.47
87061798--87061978	89	2.0	89	96	0	335	24	16	9	49	1.75
87062164--87062407	128	1.9	128	93	0	418	25	13	22	37	1.91
87063668--87063713	19	2.4	19	85	10	58	65	2	13	19	1.37
87063680--87063722	21	2.2	19	87	8	59	58	2	13	25	1.48
87064540--87064581	13	3.2	13	80	16	50	14	2	2	80	0.90
87064852--87064914	31	2.0	31	81	0	72	46	11	9	33	1.72
87070764--87071279	125	4.2	125	80	5	568	30	15	16	37	1.90
87071357--87071464	34	3.1	32	78	12	108	44	15	0	38	1.53
87075864--87075918	12	4.9	11	75	18	51	41	3	1	52	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87077574--87077652	41	1.9	41	89	0	122	35	20	20	24	1.96
87077586--87077747	41	4.0	41	72	6	125	33	20	19	26	1.97
87077815--87077850	17	2.1	18	89	5	56	25	0	13	61	1.33
87078325--87078366	22	2.0	21	85	4	57	14	2	33	50	1.56
87078488--87078518	7	4.4	7	95	0	53	16	0	35	48	1.46
87078843--87079206	165	2.2	165	83	2	446	35	15	23	25	1.94
87081007--87081048	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
87087118--87087190	29	2.5	28	80	6	74	28	15	15	41	1.87
87087378--87087423	24	2.0	23	86	4	65	65	2	4	28	1.23
87087562--87087727	90	1.8	90	81	2	208	49	13	14	22	1.78
87087644--87087728	29	2.9	29	78	14	95	49	10	15	24	1.76
87087562--87087750	90	2.1	91	80	3	202	48	13	13	23	1.79
87088116--87088145	13	2.3	13	94	0	51	33	23	10	33	1.88
87088765--87088804	11	3.6	11	79	0	53	20	12	10	57	1.63
87088844--87088902	30	2.0	30	93	0	100	32	3	6	57	1.41
87089287--87089347	13	4.7	13	83	0	77	37	24	3	34	1.72
87099292--87099351	30	2.0	30	100	0	120	23	16	26	33	1.96
87103751--87103805	2	27.5	2	100	0	110	50	49	0	0	1.00
87107646--87107708	31	2.0	31	93	0	108	26	20	14	38	1.91
87123208--87123316	26	4.2	26	93	0	191	35	23	7	33	1.83
87128866--87128905	21	1.9	21	90	10	64	47	20	15	17	1.83
87130449--87130556	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87130889--87130929	16	2.7	16	77	7	50	36	2	0	60	1.10
87130964--87130998	14	2.6	13	86	8	52	34	0	0	65	0.93
87131338--87131381	19	2.4	19	85	7	56	52	0	2	45	1.13
87140837--87140877	11	3.7	11	83	0	55	46	0	0	53	1.00
87153445--87153503	27	2.2	27	81	6	66	66	3	6	23	1.32
87153615--87153699	38	2.2	38	83	8	102	56	8	5	29	1.52
87154126--87154221	10	9.6	10	70	12	54	28	1	2	68	1.07
87154126--87154388	48	5.4	47	71	16	162	32	1	2	63	1.15
87154195--87154311	19	5.9	19	68	24	64	35	0	1	61	1.12
87154217--87154283	28	2.4	29	79	18	79	37	1	0	61	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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