genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.303.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92672670--92672728	26	2.3	26	97	2	111	35	0	10	54	1.34
92676815--92676871	29	1.9	29	85	3	78	35	5	8	50	1.56
92680967--92681004	13	2.9	14	84	11	53	7	0	21	71	1.11
92680998--92681027	15	1.9	15	93	6	51	23	0	3	73	0.98
92682171--92682196	4	6.5	4	100	0	52	26	23	23	26	2.00
92682907--92682931	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
92683158--92683202	21	2.0	23	83	8	58	33	11	8	46	1.70
92683564--92683629	22	2.9	23	77	8	73	13	0	22	63	1.29
92685703--92686207	250	2.0	250	99	0	1001	33	15	11	39	1.83
92688157--92688333	94	1.9	94	84	4	241	37	14	5	42	1.67
92688275--92688432	69	2.3	69	83	2	183	34	18	5	41	1.74
92688734--92689008	141	1.9	144	85	2	385	32	15	13	39	1.85
92701101--92701131	14	2.2	14	94	0	53	22	0	9	67	1.19
92701744--92701835	45	2.0	45	100	0	184	38	17	4	40	1.69
92703826--92703872	24	1.9	25	86	4	69	34	0	2	63	1.06
92708203--92708253	25	2.1	25	82	10	61	49	3	3	43	1.39
92720568--92720599	6	5.7	6	96	3	50	0	0	25	75	0.81
92721057--92721117	22	2.7	22	80	12	70	60	3	0	36	1.13
92721638--92721692	27	2.0	27	86	6	76	49	32	0	18	1.48
92721993--92722052	30	2.0	30	96	0	111	38	8	13	40	1.75
92730210--92730249	19	2.2	19	86	4	55	35	0	10	55	1.34
92730222--92730265	20	2.2	20	88	4	63	38	0	9	52	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92732047--92732073	13	2.1	13	100	0	54	0	14	0	85	0.61
92735088--92735154	10	6.7	10	77	6	64	59	0	2	37	1.13
92735049--92735193	60	2.4	59	78	7	143	59	2	6	32	1.34
92735157--92735214	19	3.0	19	71	19	57	60	3	8	27	1.42
92735405--92735461	19	3.2	19	68	14	57	33	3	0	63	1.12
92736667--92736696	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
92737502--92737572	28	2.5	28	90	6	117	5	1	21	71	1.14
92737502--92737572	27	2.6	27	90	4	106	5	1	21	71	1.14
92738443--92739897	72	18.7	72	74	14	786	34	19	16	29	1.94
92738443--92740662	240	9.5	215	73	16	1030	34	20	17	28	1.95
92738933--92739184	91	2.8	90	80	10	268	35	19	17	27	1.94
92739294--92739898	77	7.7	75	74	15	396	34	19	16	29	1.93
92739726--92740374	165	3.9	164	92	2	984	32	20	18	27	1.97
92739902--92740443	73	6.9	75	66	20	248	31	22	19	27	1.97
92739978--92740151	91	2.0	88	86	6	244	33	20	20	26	1.97
92739726--92740654	329	3.0	327	84	9	1052	33	21	18	27	1.96
92740209--92740243	14	2.5	14	90	0	52	57	5	20	17	1.60
92740219--92740672	72	6.3	72	71	11	342	37	21	16	24	1.94
92740263--92740846	211	2.9	194	79	11	638	35	22	15	26	1.94
92740547--92740792	121	2.0	124	88	3	374	39	22	13	24	1.91
92740672--92740846	71	2.5	68	84	8	210	33	23	14	28	1.94
92749281--92749314	10	3.4	10	87	0	50	50	11	0	38	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92755379--92755406	4	7.0	4	100	0	56	50	0	25	25	1.50
92759887--92759917	16	1.9	16	93	0	53	58	0	0	41	0.98
92760380--92760426	16	3.1	16	81	6	53	42	0	57	0	0.98
92760513--92760563	18	2.7	20	81	9	70	19	3	1	74	1.07
92760513--92760573	12	4.9	12	77	15	61	19	3	1	75	1.03
92764130--92764176	15	3.3	13	81	18	58	80	2	6	10	0.96
92768594--92768695	51	2.0	51	98	0	195	44	19	8	27	1.80
92770616--92770687	36	2.0	36	100	0	144	33	11	16	38	1.84
92778170--92778199	15	1.9	16	93	6	53	20	0	3	76	0.92
92778172--92778228	8	7.5	8	78	9	50	31	1	1	64	1.13
92778189--92778233	16	3.1	15	84	12	58	37	4	0	57	1.19
92778197--92778248	24	2.2	24	83	13	63	44	5	1	48	1.38
92783183--92783229	22	2.2	21	81	11	51	21	2	17	59	1.47
92786088--92786216	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
92793470--92793598	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
92803200--92803255	14	4.1	14	76	2	51	53	0	5	41	1.24
92806455--92806509	20	2.4	23	74	22	62	38	1	3	56	1.28
92809546--92809867	131	2.5	133	85	2	411	30	19	17	32	1.95
92810795--92810865	35	2.0	35	88	0	106	26	25	9	38	1.87
92814869--92815093	46	4.8	46	88	3	281	42	12	23	21	1.87
92816939--92816988	21	2.5	19	72	27	50	50	0	2	48	1.12
92817126--92817157	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92820436--92820485	21	2.5	19	72	27	50	48	2	0	50	1.12
92820611--92820657	19	2.4	21	79	13	55	48	4	0	46	1.21
92824058--92824144	32	2.7	32	90	0	147	27	5	19	47	1.72
92824082--92824149	18	4.0	18	74	14	72	29	5	17	47	1.71
92824804--92824879	31	2.4	32	88	4	109	59	21	6	13	1.56
92825102--92825142	21	2.0	21	90	0	64	2	51	19	26	1.59
92825554--92825582	14	2.1	14	93	6	51	55	6	0	37	1.27
92827451--92827516	32	2.1	32	84	15	86	63	0	1	34	1.04
92827451--92827516	31	2.1	30	84	15	82	63	0	1	34	1.04
92827461--92827519	17	3.5	17	73	21	61	66	0	1	32	1.02
92828006--92828104	17	5.6	17	80	7	117	38	12	10	39	1.76
92828006--92828112	35	3.0	35	90	4	160	38	13	9	39	1.76
92828009--92828120	52	2.1	54	83	6	140	39	11	10	38	1.77
92832699--92832856	9	18.1	9	69	13	107	34	1	18	45	1.60
92832702--92832856	16	9.4	16	74	12	118	33	1	18	46	1.60
92832807--92832864	25	2.3	25	84	0	71	36	0	17	46	1.48
92832717--92832856	34	4.2	34	75	10	128	34	1	17	46	1.57
92834107--92834155	25	2.0	25	83	0	62	38	12	36	12	1.80
92834113--92834172	25	2.4	25	80	0	66	35	18	35	11	1.87
92835244--92836314	357	3.0	357	96	0	1973	37	18	12	32	1.87
92836877--92836927	17	2.9	17	77	11	59	27	0	35	37	1.57
92836877--92836929	18	3.0	18	76	13	65	28	0	33	37	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92837858--92837919	7	8.3	7	75	18	54	43	35	0	20	1.53
92837855--92837918	22	2.9	22	77	13	69	42	35	0	21	1.54
92837859--92837918	15	3.9	15	76	10	68	41	36	0	21	1.54
92838212--92838290	36	2.2	36	88	0	122	26	2	25	45	1.66
92838541--92838920	41	9.4	42	78	8	342	26	16	20	36	1.94
92838540--92838922	82	4.7	82	83	8	446	26	16	20	36	1.94
92845245--92845296	9	5.3	9	80	8	50	63	1	0	34	1.06
92845886--92845941	18	3.1	19	80	10	64	55	0	1	42	1.10
92845887--92845932	9	5.1	9	87	12	60	56	0	0	43	0.99
92845887--92845947	17	3.5	17	80	8	68	57	1	1	39	1.18
92849566--92850098	266	2.0	266	99	0	1057	32	8	17	42	1.79
92850684--92850767	40	2.1	40	100	0	168	28	22	14	34	1.93
92850734--92850814	28	2.9	28	78	7	101	25	19	17	37	1.94
92852697--92852757	29	2.1	29	93	0	104	29	16	6	47	1.72
92852707--92852771	29	2.2	29	83	8	78	32	15	7	44	1.75
92856903--92856949	24	2.0	24	83	8	60	38	2	2	57	1.23
92876873--92876901	14	2.1	14	100	0	58	31	6	13	48	1.69
92883274--92883318	20	2.2	20	92	0	72	24	6	11	57	1.57
92883771--92883814	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
92886962--92887001	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
92887471--92887536	31	2.1	31	85	0	87	45	10	9	34	1.70
92888159--92888195	18	2.1	18	89	0	56	51	13	8	27	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92888229--92888285	22	2.6	22	75	10	64	22	35	0	42	1.54
92888399--92888469	30	2.3	31	88	7	101	19	42	0	38	1.52
92890841--92890873	16	2.1	16	94	0	57	21	0	0	78	0.75
92891422--92891450	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
92895256--92895280	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
92898485--92898546	32	1.9	32	83	0	79	43	6	6	43	1.55
92899655--92899683	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
92905236--92905295	31	1.9	31	100	0	120	36	25	5	33	1.78
92907744--92907858	26	4.6	24	75	8	77	60	6	6	26	1.47
92907768--92907892	26	5.1	24	72	9	83	60	5	7	27	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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