genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17951630--17951687	21	2.8	21	89	5	82	36	0	3	60	1.14
17951636--17951702	21	3.0	23	82	8	68	43	0	1	55	1.09
17951654--17951702	22	2.2	21	80	16	55	48	0	0	51	1.00
17952076--17952133	20	3.0	20	82	5	73	50	0	8	41	1.33
17952090--17952133	19	2.3	19	92	4	70	40	0	11	47	1.39
17952150--17952204	20	2.8	20	82	0	65	61	1	1	34	1.17
17952281--17952317	12	2.9	14	80	19	53	59	0	2	37	1.12
17952188--17952614	161	2.7	161	95	1	768	51	3	3	42	1.32
17952591--17952645	20	2.7	21	86	10	71	58	0	1	40	1.09
17952591--17952715	21	5.8	21	74	15	87	58	0	1	39	1.13
17952606--17952715	33	3.2	33	85	11	143	58	0	1	39	1.15
17952589--17952733	21	6.7	21	72	16	75	55	2	1	40	1.23
17952760--17952789	15	1.9	15	93	6	51	73	0	10	16	1.09
17966475--17966577	53	2.0	52	86	5	145	28	14	25	32	1.95
17966488--17966616	53	2.6	50	79	8	140	27	16	27	29	1.97
17969324--17969496	93	1.9	93	88	0	265	21	19	29	29	1.98
17969337--17969503	46	3.6	46	75	10	160	20	18	29	31	1.96
17972439--17972490	15	3.5	15	76	10	61	9	13	21	55	1.66
17974918--17975093	46	3.8	46	78	7	167	21	20	28	29	1.98
17974914--17975086	93	1.9	93	88	0	265	21	20	29	28	1.98
17986843--17986902	28	2.1	28	84	0	75	30	30	10	30	1.90
17986891--17987030	42	3.4	42	88	2	196	32	27	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17991976--17992064	43	2.1	43	85	4	117	26	12	26	33	1.92
17997811--17997940	40	3.2	40	81	4	156	24	28	23	23	2.00
18000397--18000437	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
18002980--18003069	25	3.6	25	80	0	99	24	15	24	35	1.94
18003911--18003944	4	8.5	4	100	0	68	76	0	0	23	0.79
18009541--18009608	28	2.5	28	90	2	102	20	8	25	45	1.80
18011732--18011853	61	2.0	61	98	0	235	36	21	23	18	1.94
18011857--18012007	43	3.5	42	78	7	124	33	24	15	26	1.95
18015280--18015309	14	2.1	15	93	6	53	56	0	43	0	0.99
18015441--18015483	22	2.0	22	81	9	52	20	16	6	55	1.64
18015441--18015478	11	3.4	11	92	3	58	18	15	7	57	1.62
18029087--18029129	20	2.2	20	100	0	86	34	18	13	32	1.90
18031889--18032033	43	3.4	42	74	14	113	29	26	17	25	1.98
18031913--18032049	43	3.2	43	80	7	147	33	25	16	24	1.95
18034946--18034985	6	6.8	6	94	5	73	70	0	30	0	0.88
18037003--18037169	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
18037019--18037169	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
18037992--18038037	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
18044987--18045152	40	4.2	40	82	4	185	25	27	21	25	2.00
18045975--18046020	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
18052474--18052523	21	2.5	21	81	15	61	46	10	8	36	1.67
18065644--18065744	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18068746--18068878	37	3.6	37	71	11	128	36	20	14	29	1.92
18068718--18068876	74	2.1	74	95	0	282	37	19	13	29	1.91
18074457--18074481	13	1.9	13	100	0	50	36	0	16	48	1.46
18078962--18079062	40	2.6	39	88	3	157	27	21	18	31	1.97
18078848--18079218	195	1.9	194	88	2	557	27	19	19	33	1.96
18079110--18079306	105	1.9	104	89	1	304	26	15	20	37	1.93
18079262--18079361	40	2.6	38	81	10	98	30	21	16	33	1.94
18080061--18080108	15	3.3	15	82	5	62	18	0	37	43	1.51
18080056--18080105	22	2.3	21	82	3	64	22	0	34	44	1.53
18083515--18084651	23	49.7	23	75	9	851	31	6	24	37	1.82
18083725--18084650	137	6.7	137	72	12	160	31	7	24	37	1.82
18083515--18084486	229	4.2	227	88	3	1179	31	6	24	37	1.82
18084156--18084656	183	2.7	183	96	0	914	31	6	23	37	1.82
18084179--18084619	114	3.9	114	76	11	289	31	6	23	37	1.81
18085390--18085501	42	2.6	42	82	10	138	25	13	27	33	1.93
18085483--18085674	43	4.5	43	87	3	262	26	29	17	26	1.98
18085832--18085901	27	2.6	27	86	0	86	34	17	31	17	1.93
18086791--18086824	8	4.5	8	89	10	54	79	0	0	20	0.73
18086795--18086823	15	1.9	15	100	0	58	75	0	0	24	0.80
18092395--18092443	14	3.8	12	81	13	53	81	4	2	12	0.91
18092396--18092433	18	2.2	17	90	4	58	84	2	2	10	0.83
18092396--18092443	18	2.8	18	84	6	55	83	4	2	10	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18093581--18093772	64	3.0	64	94	0	330	31	18	13	36	1.90
18094086--18094185	44	2.2	45	87	1	139	26	23	22	29	1.99
18094262--18094345	44	1.9	44	80	9	100	30	16	25	27	1.97
18093950--18094603	176	3.7	176	82	3	667	28	18	24	27	1.98
18094753--18094777	6	4.2	6	100	0	50	68	32	0	0	0.90
18094774--18094817	22	2.0	22	86	8	63	77	6	0	15	0.97
18096420--18096454	17	2.1	17	89	5	54	37	5	5	51	1.50
18103036--18103091	21	2.7	21	85	0	67	30	26	3	39	1.73
18103623--18103698	36	2.1	36	88	7	111	65	2	1	30	1.14
18103869--18103908	21	2.0	20	85	5	53	30	7	5	57	1.48
18103879--18103967	29	3.1	29	76	15	103	31	4	2	61	1.28
18103883--18104005	58	2.1	57	83	7	151	31	4	3	60	1.31
18103894--18104026	58	2.3	58	79	8	137	34	3	2	60	1.25
18113860--18113982	33	3.8	33	79	7	117	33	11	23	31	1.90
18115164--18115238	36	2.1	36	97	0	141	53	10	12	24	1.69
18116194--18116356	38	4.4	38	87	11	250	23	22	15	38	1.93
18116217--18116330	31	3.5	31	89	8	147	24	21	14	40	1.90
18116217--18116356	69	2.0	69	97	0	262	24	21	15	39	1.91
18116548--18116642	24	4.0	24	85	10	124	26	24	21	28	1.99
18116548--18116641	47	2.0	49	85	12	133	26	24	21	27	1.99
18116693--18116752	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
18116795--18116844	25	2.0	25	88	0	73	26	16	24	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18124541--18124702	38	4.5	37	86	10	228	22	22	16	38	1.93
18124564--18124677	31	3.5	31	89	8	147	23	21	14	40	1.90
18124564--18124702	69	2.0	68	97	1	260	23	21	15	39	1.92
18124894--18124988	24	4.0	24	85	10	124	26	24	21	28	1.99
18124894--18124987	47	2.0	49	85	12	133	26	24	21	27	1.99
18125039--18125098	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
18125141--18125188	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
18129588--18129792	80	2.6	80	82	3	227	25	23	26	24	2.00
18129586--18129792	40	5.2	40	80	4	188	25	23	26	24	2.00
18137634--18137838	80	2.6	80	82	3	227	25	23	26	24	2.00
18137632--18137838	40	5.2	40	80	4	188	25	23	26	24	2.00
18140918--18140969	23	2.3	23	96	0	95	34	13	23	28	1.92
18141595--18141625	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
18149435--18149516	22	3.6	22	80	9	85	34	17	20	28	1.95
18153004--18153106	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
18161012--18161114	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
18169760--18169871	27	4.2	26	79	7	107	16	22	22	38	1.93
18177600--18177709	27	4.1	27	83	8	134	15	23	23	37	1.93
18177600--18177709	54	2.0	54	87	3	159	15	23	23	37	1.93
18178570--18178602	16	2.1	16	88	5	50	60	6	9	24	1.49
18185360--18185463	27	3.9	27	80	9	115	16	23	23	37	1.93
18192191--18192237	23	2.0	23	100	0	94	31	12	17	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18195283--18195505	46	4.8	45	74	17	174	28	18	30	22	1.97
18197781--18197959	39	4.5	39	90	4	263	18	21	29	30	1.97
18204243--18204291	19	2.6	18	84	15	64	44	2	8	44	1.45
18204044--18204655	307	2.0	307	90	1	958	37	8	15	38	1.78
18210284--18210331	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
18210374--18210414	20	2.0	20	95	0	73	34	9	21	34	1.87
18210465--18210560	47	2.1	47	92	2	158	30	20	18	30	1.97
18210464--18210567	23	4.4	24	93	3	158	30	20	20	28	1.97
18210775--18210838	31	2.1	31	84	0	83	37	14	21	26	1.92
18215536--18215703	22	7.2	21	65	25	72	32	11	29	26	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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