genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26481907--26482074	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
26481923--26482072	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
26486240--26486271	15	2.1	16	88	11	50	71	3	3	21	1.13
26494853--26495134	50	5.6	50	81	3	300	29	26	18	24	1.98
26494853--26495085	101	2.3	99	85	4	299	28	27	19	24	1.98
26503255--26503313	27	2.2	27	81	6	66	30	18	18	32	1.95
26503265--26503367	27	3.8	27	83	3	127	27	17	17	37	1.92
26506258--26506284	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
26507816--26507991	46	3.8	46	81	11	225	20	21	29	28	1.98
26507812--26507983	93	1.8	93	95	2	310	20	21	30	27	1.98
26509435--26509474	20	2.0	21	85	5	55	52	2	5	40	1.37
26511759--26511816	21	2.7	21	75	2	62	51	3	3	41	1.35
26511790--26511847	30	1.9	30	82	10	73	48	1	6	43	1.40
26512115--26512151	17	2.1	18	90	5	58	37	2	0	59	1.12
26515007--26515173	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
26522994--26523160	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
26527086--26527251	40	4.2	40	81	3	176	24	27	22	25	2.00
26535047--26535213	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
26543033--26543200	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
26550021--26550053	15	2.2	15	100	0	66	45	12	12	30	1.78
26551906--26551944	14	3.0	13	82	10	53	17	10	10	61	1.55
26556111--26556148	12	3.1	12	88	3	58	71	2	2	23	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26557958--26558574	94	6.6	94	79	3	580	27	19	17	35	1.94
26557957--26558611	188	3.5	188	81	3	694	27	19	17	35	1.94
26570695--26570870	46	3.8	46	81	4	219	19	21	30	27	1.98
26570691--26570863	93	1.9	93	95	0	310	20	21	31	26	1.98
26573820--26573899	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
26573811--26573898	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
26575816--26575991	46	3.8	46	81	4	219	19	21	30	27	1.98
26575812--26575984	93	1.9	93	95	0	310	20	21	31	26	1.98
26584520--26584548	8	3.6	8	100	0	58	79	0	0	20	0.74
26584659--26584704	23	1.9	25	86	8	69	4	8	4	82	0.93
26584931--26584979	17	2.7	18	84	6	64	16	0	10	73	1.09
26585581--26585623	18	2.4	18	100	0	86	37	9	6	46	1.63
26592466--26592509	20	2.2	20	87	0	61	15	18	4	61	1.50
26596492--26596678	56	3.4	56	94	0	313	27	15	24	33	1.95
26596492--26596711	111	2.0	111	83	4	282	27	15	24	31	1.96
26598280--26598321	21	2.0	21	81	9	50	38	0	16	45	1.48
26603778--26603807	9	3.3	9	90	0	51	46	13	10	30	1.75
26603876--26603948	20	3.7	19	80	10	76	60	6	0	32	1.23
26603877--26603938	18	3.2	19	84	6	63	61	6	0	32	1.21
26603876--26604006	19	6.9	19	72	17	80	61	4	0	33	1.16
26603929--26603975	24	2.0	24	87	8	69	55	2	0	42	1.12
26603935--26604019	20	4.1	20	77	14	84	63	2	0	34	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26603925--26604019	19	4.8	18	69	20	55	63	2	0	34	1.07
26606546--26606625	3	26.7	3	100	0	160	32	0	0	67	0.91
26606947--26607087	44	2.9	51	71	20	147	26	22	19	30	1.98
26606923--26607215	94	3.1	94	87	0	406	27	20	19	32	1.97
26607001--26607165	44	3.6	44	72	19	131	29	17	20	32	1.96
26606968--26607119	50	3.2	50	70	21	142	28	20	19	30	1.97
26624849--26625174	50	6.5	49	80	4	303	28	28	18	24	1.98
26624841--26625181	150	2.3	150	94	1	603	28	28	18	24	1.98
26624847--26625174	101	3.3	96	80	7	334	28	28	17	24	1.98
26627367--26627453	43	2.0	43	85	12	117	21	19	31	27	1.98
26629029--26629055	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
26629874--26629919	22	2.1	22	100	0	92	28	13	26	32	1.93
26635440--26635525	43	2.0	43	82	13	106	23	19	30	26	1.98
26654306--26654503	96	2.1	96	96	0	360	30	18	8	42	1.79
26656552--26656715	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
26656552--26656749	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
26663735--26663898	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
26663735--26663932	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
26667686--26667821	40	3.4	39	84	8	166	12	16	25	45	1.82
26670697--26670761	12	5.1	13	71	15	55	43	0	9	47	1.35
26676738--26676769	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
26682614--26682652	14	2.7	14	88	4	51	25	2	2	69	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26688231--26688283	6	8.7	6	76	19	56	79	3	15	1	0.96
26691159--26691187	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
26693571--26694039	3	157.3	3	71	17	209	61	1	7	29	1.32
26693727--26693788	17	3.8	16	82	17	58	62	1	6	29	1.29
26693760--26693825	19	3.0	23	71	28	70	68	0	7	24	1.15
26693739--26693811	17	4.1	18	82	10	80	65	1	6	26	1.25
26694678--26694722	22	2.0	22	100	0	90	46	4	8	40	1.55
26697995--26698032	18	2.1	18	95	0	67	34	13	31	21	1.91
26704237--26704297	32	1.9	31	83	3	77	54	3	11	31	1.52
26704460--26704502	20	2.2	19	87	8	59	69	4	9	16	1.31
26708355--26708467	54	2.1	54	88	3	165	37	22	23	16	1.94
26708355--26708467	27	4.2	26	87	5	145	37	22	23	16	1.94
26710048--26710209	26	6.2	26	97	0	270	36	24	6	32	1.80
26714156--26714270	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
26714156--26714270	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
26715858--26716015	26	6.2	25	97	2	264	37	24	5	33	1.77
26718700--26718800	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
26726655--26726755	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
26730692--26730842	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
26730729--26730858	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
26730691--26730858	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
26744502--26744706	54	3.9	54	82	5	229	21	23	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26750932--26750964	16	2.0	17	94	5	59	36	24	3	36	1.71
26751081--26751274	55	3.6	53	80	6	212	23	24	17	35	1.95
26755769--26755827	26	2.2	25	80	11	64	40	16	8	33	1.79
26755775--26755854	26	3.0	26	83	9	81	37	17	10	35	1.83
26755784--26755926	27	5.3	27	81	3	119	34	19	9	36	1.85
26755864--26756061	54	3.7	54	88	0	270	29	19	8	42	1.81
26755865--26756062	27	7.3	27	83	0	234	29	20	8	41	1.81
26755867--26756061	81	2.4	82	89	2	295	28	20	8	42	1.81
26756040--26756151	27	4.2	27	81	11	106	41	22	7	28	1.80
26755875--26756090	81	2.7	81	83	1	227	30	20	8	41	1.81
26756054--26756153	27	3.7	27	90	2	157	44	21	7	28	1.78
26756054--26756195	27	5.3	27	87	3	103	41	18	11	28	1.86
26759727--26759816	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
26759768--26760033	27	9.9	27	80	0	163	31	20	8	39	1.82
26759768--26760033	54	4.9	54	80	1	192	31	20	8	39	1.82
26759768--26760004	81	2.9	81	84	6	250	29	19	8	41	1.82
26759819--26760034	81	2.7	80	84	2	279	31	19	7	41	1.79
26759984--26760096	27	4.2	27	84	6	113	43	22	6	28	1.77
26759998--26760124	54	2.4	54	81	6	141	44	19	8	27	1.80
26760023--26760142	27	4.4	27	83	4	109	40	18	13	27	1.88
26762849--26763130	48	5.9	48	81	5	220	26	16	28	29	1.97
26762849--26763094	96	2.6	96	83	3	273	26	16	27	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26764675--26764773	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
26772639--26772737	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
26782723--26782796	30	2.5	30	95	0	130	43	6	21	28	1.78
26783271--26783497	96	2.4	95	79	11	245	26	18	29	25	1.98
26787371--26787410	17	2.4	17	86	0	53	42	0	42	15	1.46
26790423--26790457	14	2.5	14	95	0	61	40	0	28	31	1.57
26797269--26797314	14	3.3	14	90	6	67	36	2	28	32	1.69
26803109--26803382	46	5.8	48	76	9	251	26	20	31	21	1.98
26806365--26806416	20	2.6	21	79	14	65	71	1	5	21	1.17
26806365--26806416	10	5.1	11	75	15	58	71	1	5	21	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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