genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79091401--79091505	27	3.9	27	75	9	72	34	9	18	38	1.83
79094521--79094683	23	7.0	23	85	7	213	26	22	23	27	2.00
79094542--79094683	46	3.1	47	94	2	243	26	21	23	28	1.99
79094521--79094685	70	2.3	71	87	7	230	26	22	23	27	1.99
79094742--79094798	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
79094730--79094800	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
79094735--79094789	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
79094837--79094884	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
79095765--79095829	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
79095883--79096112	27	8.4	27	79	3	129	33	10	19	36	1.85
79095863--79096083	54	4.0	54	72	8	178	31	9	20	37	1.86
79096063--79096273	27	7.9	27	87	5	252	39	8	23	27	1.84
79096270--79096367	27	3.7	25	76	10	88	30	9	20	39	1.84
79096263--79096365	53	2.0	52	83	9	129	31	9	21	37	1.86
79099424--79099590	24	7.0	24	85	6	225	26	22	23	28	1.99
79099445--79099588	47	3.1	47	95	0	252	27	21	22	28	1.99
79099424--79099590	71	2.3	72	86	7	225	26	22	23	28	1.99
79099647--79099703	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
79099635--79099705	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
79099640--79099694	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
79099742--79099789	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
79100674--79100738	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79100792--79101021	27	8.4	27	79	3	129	33	10	19	36	1.85
79100772--79100992	54	4.0	54	72	8	178	31	9	20	37	1.86
79100972--79101183	27	7.9	27	87	5	252	39	8	24	27	1.84
79101180--79101278	27	3.7	26	76	10	92	30	9	20	40	1.83
79101172--79101276	54	2.0	53	83	5	131	30	9	21	38	1.86
79102606--79102664	31	1.9	31	96	0	109	32	13	13	40	1.84
79102878--79102938	17	3.6	17	93	4	106	14	34	37	13	1.85
79111027--79111989	517	1.9	517	89	1	1500	28	18	18	34	1.95
79116215--79116456	50	4.8	50	81	6	267	29	26	18	26	1.98
79116218--79116456	101	2.4	99	83	6	279	29	25	18	25	1.98
79123677--79123858	51	3.6	50	81	7	194	29	24	19	26	1.99
79123673--79123854	101	1.8	100	89	3	285	29	24	19	26	1.98
79131425--79131509	5	17.8	5	79	16	76	77	1	2	18	0.94
79131425--79131509	8	8.9	10	76	20	76	77	1	2	18	0.94
79131426--79131509	29	2.9	28	81	13	91	77	1	2	19	0.95
79131423--79131509	34	2.5	35	85	5	106	75	2	2	19	1.01
79131445--79131512	23	2.9	24	87	10	88	79	1	1	17	0.88
79136777--79136804	13	2.2	13	100	0	56	46	14	7	32	1.71
79143659--79143774	39	3.0	39	97	0	214	23	25	28	23	1.99
79149078--79149104	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
79155436--79155645	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
79163571--79163780	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79166882--79167091	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
79175019--79175228	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
79191303--79191360	30	1.9	30	96	0	107	24	27	22	25	2.00
79192168--79192293	47	2.7	46	80	11	132	25	28	18	27	1.98
79192072--79192245	92	1.9	95	83	7	230	24	29	17	28	1.97
79192781--79192837	30	1.9	30	100	0	114	31	22	1	43	1.64
79193567--79193696	47	2.8	45	84	11	165	23	30	19	27	1.98
79199032--79199076	16	2.9	15	80	9	54	26	2	24	46	1.64
79203042--79203085	20	2.1	21	84	12	56	45	0	13	40	1.44
79203383--79203589	56	3.7	56	85	4	285	26	14	24	35	1.93
79203382--79203622	112	2.2	110	80	5	288	26	14	24	34	1.94
79204327--79204433	38	2.8	38	97	0	196	26	22	13	38	1.90
79204349--79204450	31	3.1	31	84	9	114	25	23	13	37	1.92
79204671--79204739	26	2.7	26	95	0	120	26	23	26	24	2.00
79204793--79204869	20	3.8	20	92	0	136	35	18	11	35	1.87
79204793--79204868	11	7.5	11	71	16	74	34	18	11	35	1.87
79212487--79212595	38	2.9	38	94	0	182	23	22	14	38	1.92
79212547--79212610	31	2.1	31	90	0	101	21	18	17	42	1.89
79212928--79213004	20	3.8	20	92	0	136	33	18	11	36	1.87
79212928--79213003	11	7.5	11	71	16	74	32	18	11	36	1.87
79222084--79222202	23	5.1	23	94	2	211	29	21	21	27	1.98
79222082--79222202	47	2.6	47	94	1	217	28	21	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79222261--79222337	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
79222249--79222339	20	4.6	20	95	0	164	32	20	10	35	1.88
79222254--79222328	11	7.4	11	71	17	72	32	20	12	36	1.89
79230422--79230610	23	8.1	23	92	2	315	30	21	21	27	1.98
79230420--79230612	47	4.1	47	93	2	318	29	21	21	27	1.98
79230422--79230612	70	2.7	70	89	4	314	29	20	21	27	1.98
79230657--79230707	20	2.5	20	96	0	93	33	21	9	35	1.86
79233184--79233213	9	3.2	9	95	4	51	23	13	10	53	1.69
79233401--79233506	25	4.2	25	70	9	81	30	27	18	23	1.98
79233881--79233914	16	2.1	17	89	10	54	61	0	14	23	1.33
79234947--79235088	57	2.5	58	77	3	153	30	17	22	29	1.97
79238132--79238447	157	2.0	158	91	1	519	36	24	11	28	1.90
79245572--79245663	25	3.7	24	81	5	94	29	19	25	26	1.99
79246510--79246554	23	2.0	23	86	8	65	22	11	2	64	1.36
79250278--79250403	47	2.7	47	80	8	148	28	19	29	23	1.98
79250275--79250585	49	6.6	46	72	10	175	27	18	28	24	1.98
79250323--79250589	142	1.9	140	82	7	335	28	19	28	24	1.98
79255450--79255635	27	6.9	27	81	4	189	38	22	9	29	1.86
79255450--79255635	81	2.3	80	83	5	214	38	22	9	29	1.86
79255674--79256363	27	26.0	27	83	4	769	35	20	20	24	1.95
79255894--79255935	19	2.2	19	100	0	84	35	23	14	26	1.93
79255840--79255987	73	2.0	73	88	0	215	36	20	18	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79256790--79256854	22	3.0	22	75	8	69	21	23	21	33	1.97
79257013--79257096	27	3.1	27	83	6	73	19	21	21	38	1.94
79257035--79257114	27	3.0	26	87	3	97	20	22	21	36	1.95
79257262--79257367	6	17.2	6	73	16	74	18	17	16	47	1.83
79257280--79257367	31	2.8	31	89	0	131	18	19	15	46	1.84
79257259--79257334	37	2.1	37	92	0	125	18	14	17	50	1.79
79258019--79258068	25	2.0	25	88	7	75	42	6	24	28	1.78
79262112--79262230	47	2.5	46	85	5	157	31	19	26	21	1.97
79262106--79262469	49	7.7	49	74	12	230	29	18	27	24	1.98
79262158--79262414	142	1.8	140	85	6	358	28	19	28	24	1.98
79264185--79264223	20	1.9	21	89	5	62	30	17	7	43	1.77
79265256--79265316	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
79268048--79268178	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
79268047--79268178	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
79273337--79273438	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
79281189--79281266	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
79283116--79283198	31	2.7	31	94	3	143	27	25	16	30	1.97
79284390--79284475	27	3.1	27	80	11	102	36	9	15	39	1.79
79284452--79284575	27	4.7	26	79	5	122	29	8	20	41	1.81
79284595--79284671	27	2.9	27	86	5	86	41	12	19	25	1.87
79284607--79284671	27	2.4	27	92	0	112	43	10	21	24	1.84
79288803--79289021	46	4.7	46	76	14	184	22	29	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79293262--79293364	27	3.8	27	84	5	127	30	22	7	39	1.82
79293235--79293375	54	2.6	54	79	0	147	32	24	7	35	1.84
79293343--79293619	54	5.1	53	78	6	200	39	21	8	30	1.83
79293359--79293551	81	2.4	80	84	2	244	40	21	8	29	1.83
79293359--79293538	27	6.7	27	82	3	202	39	22	9	28	1.85
79294988--79295044	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
79294986--79295056	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
79294997--79295051	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
79295103--79295271	25	7.0	24	86	6	211	28	20	22	28	1.99
79295102--79295271	49	3.5	47	81	11	202	28	20	22	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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