Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  8  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1757870--1757946
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2.8
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3
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1.9
19
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12
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0
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1.9
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100
0
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2.0
25
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1777442--1777548
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2.1
52
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189
36
23
7
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0
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0
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2
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5
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55
0
0
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11
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6
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1779177--1779241
19
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19
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1.24
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1.9
112
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5
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1783845--1783961
24
5.4
23
72
20
67
58
5
2
33
1.33
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1785601--1785656
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0
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1786027--1786123
21
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122
15
23
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1786247--1786355
21
5.1
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128
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25
22
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1.93
1786725--1786781
15
3.8
15
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89
50
12
0
36
1.40
1786728--1786785
29
2.1
27
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53
12
0
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1.38
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0
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0
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0
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19
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63
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21
12
33
32
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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3.2
31
64
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23
11
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3
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0
0
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15
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53
30
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7
53
1.57
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2.1
27
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69
33
3
3
59
1.31
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2.7
11
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0
3
56
1.16
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23
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6
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1.42
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19
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10
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0
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3.2
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32
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20
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19
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0
0
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2
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16
32
22
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1871991--1872589
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16
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22
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54
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0
4
9
0.71
1872880--1872922
17
2.7
15
82
13
50
86
0
4
9
0.71
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1873196--1873221
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
1874107--1874144
19
2.0
19
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0
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31
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10
34
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2.0
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8
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60
11
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1.42
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12
2.6
12
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22
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1.9
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1.76
1883218--1883302
32
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31
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12
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21
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19
90
0
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5
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21
24
19
1.96
1891430--1891519
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3.2
27
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32
23
24
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1.98
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0
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19
2.1
19
85
0
51
71
7
5
15
1.26
1898777--1898828
22
2.4
22
93
0
86
44
30
9
15
1.78
1899057--1899126
27
2.5
28
83
4
79
34
20
22
22
1.97
1899252--1899316
28
2.3
28
94
0
112
32
7
27
32
1.85
1904409--1904464
29
1.9
29
85
0
76
46
5
0
48
1.25
1904681--1904714
17
2.0
17
88
0
50
47
8
2
41
1.50
1905454--1905514
31
2.0
31
90
0
95
49
13
19
18
1.79
1905663--1905727
27
2.4
27
84
5
87
35
24
23
16
1.95
1906309--1906620
27
11.6
27
84
0
365
24
17
19
38
1.93
1906611--1906890
27
10.4
27
71
7
140
30
9
21
39
1.84
1906610--1906890
54
5.2
54
79
4
273
29
9
20
39
1.84
1906712--1906890
81
2.2
81
82
2
207
29
9
20
40
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1909058--1909089
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
1911039--1911123
29
3.0
28
81
11
95
68
2
3
25
1.18
1911154--1911229
22
3.0
25
73
21
68
59
3
9
27
1.46
1911173--1911227
28
2.0
28
85
0
74
60
3
7
29
1.41
1911051--1911359
3
101.3
3
67
14
98
60
3
8
27
1.41
1921232--1921264
2
17.0
2
87
6
50
45
0
3
51
1.16
1922614--1922926
38
8.1
38
86
2
437
22
22
24
30
1.99
1922614--1922926
78
4.1
76
86
3
437
22
22
24
30
1.99
1922615--1922926
116
2.7
116
92
0
516
22
22
25
30
1.99
1922903--1923005
43
2.4
43
83
3
129
15
24
32
28
1.95
1923322--1923429
45
2.5
42
85
8
128
23
24
26
25
2.00
1925843--1925875
8
4.1
8
96
0
57
54
0
0
45
0.99
1927189--1927281
18
5.2
18
90
2
57
62
1
5
31
1.25
1927205--1927308
3
35.0
3
84
5
140
62
0
4
32
1.16
1927481--1927560
13
5.9
13
71
20
58
61
2
1
35
1.18
1927481--1927531
25
2.1
24
88
3
75
64
1
0
33
1.05
1927499--1927565
29
2.3
29
80
17
77
59
1
1
37
1.16
1927761--1927817
24
2.4
24
81
0
69
61
8
3
26
1.42
1929342--1929956
44
14.2
44
86
4
822
22
30
16
30
1.96
1929345--1929949
216
2.8
215
87
3
855
22
31
16
30
1.96
1929342--1929956
260
2.4
260
88
1
907
22
30
16
30
1.96
1942711--1942848
26
5.2
26
95
1
231
33
4
24
37
1.75
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1944333--1944386
26
2.1
26
86
6
74
37
22
14
25
1.93
1944633--1945055
137
3.1
137
98
0
812
24
19
24
31
1.98
1948830--1948964
26
5.2
26
96
0
236
34
4
24
37
1.76
1950743--1951166
137
3.1
137
98
0
812
25
19
24
31
1.98
1952077--1952132
3
19.0
3
78
10
62
62
0
5
32
1.18
1952092--1952158
29
2.3
29
79
5
73
65
0
7
26
1.19
1952085--1952158
32
2.3
32
79
9
80
66
0
6
27
1.17
1952311--1952356
23
1.9
23
86
8
65
63
2
0
34
1.07
1952312--1952388
39
2.0
39
87
5
111
59
2
1
36
1.19
1952327--1952367
16
2.6
16
92
3
66
58
2
0
39
1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325