genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8493268--8493470	110	1.8	110	92	0	343	30	24	26	18	1.98
8493265--8493496	110	2.1	110	84	1	313	29	25	26	18	1.98
8493938--8493977	18	2.2	18	100	0	80	5	45	0	50	1.23
8493930--8493968	18	2.4	16	80	19	53	5	38	0	56	1.22
8495826--8495851	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
8500363--8500397	18	1.9	18	94	0	61	37	25	14	22	1.92
8503595--8503718	44	2.7	47	84	8	159	26	28	20	25	1.99
8503553--8503812	47	5.6	46	73	14	178	23	28	20	28	1.99
8503595--8503854	94	2.8	92	83	4	283	23	29	20	26	1.99
8521705--8521741	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
8527190--8527230	21	2.0	21	85	9	57	26	21	14	36	1.93
8528087--8528342	124	2.1	122	89	3	388	37	9	19	33	1.84
8530010--8530056	21	2.2	22	85	11	62	14	0	21	63	1.30
8530856--8530957	51	2.0	51	88	3	152	29	3	35	31	1.76
8531456--8531507	20	2.6	20	84	0	68	13	28	34	23	1.92
8531700--8531733	17	1.9	18	88	5	52	47	20	0	32	1.51
8534704--8534748	21	2.2	20	84	11	56	42	15	15	26	1.87
8539681--8539847	29	5.6	30	69	10	110	22	25	17	34	1.96
8539701--8539884	58	3.1	58	76	9	192	21	25	17	35	1.95
8544875--8544938	28	2.2	29	83	2	76	56	3	20	20	1.56
8545214--8545259	21	2.2	21	88	0	65	39	4	8	47	1.54
8546449--8546813	190	1.9	190	84	0	478	30	16	24	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8548459--8548497	16	2.4	16	100	0	78	20	20	28	30	1.98
8550311--8550344	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
8550425--8550663	121	1.9	125	87	4	351	51	14	1	33	1.52
8550718--8550755	17	2.2	17	86	9	51	57	2	0	39	1.12
8552350--8552397	16	2.9	17	85	11	64	29	2	2	66	1.14
8553183--8553673	249	2.0	249	97	0	919	34	16	13	36	1.88
8558300--8558329	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
8559941--8559998	29	2.0	29	96	0	107	31	5	17	46	1.70
8563353--8563735	175	2.2	175	91	0	615	26	19	20	33	1.97
8569435--8569717	18	15.3	18	69	12	144	36	15	12	35	1.85
8569422--8569705	36	7.7	36	70	14	159	36	15	12	34	1.86
8569520--8569581	19	3.4	19	78	10	67	43	12	11	32	1.79
8569516--8569718	72	2.8	71	79	5	203	37	15	11	35	1.84
8569828--8569993	53	3.2	52	82	13	211	39	22	19	18	1.92
8571607--8571645	16	2.4	16	91	0	60	0	30	0	69	0.89
8571713--8571750	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
8579444--8579498	26	2.0	28	86	6	78	61	5	1	30	1.29
8581162--8581317	43	3.6	43	85	3	181	25	20	30	23	1.99
8581207--8581397	43	4.6	41	75	8	147	26	20	29	23	1.99
8585734--8585790	6	9.2	6	84	7	78	78	1	3	15	0.96
8606706--8606741	17	2.1	18	90	10	58	25	13	0	61	1.33
8610025--8610075	26	2.0	26	92	0	84	37	21	21	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8613405--8613538	67	2.0	68	85	1	180	32	15	21	29	1.95
8615268--8615366	33	3.1	33	82	2	112	50	1	5	43	1.30
8616604--8616654	25	2.0	25	88	0	75	74	0	0	25	0.82
8616604--8616652	16	3.1	16	79	5	55	75	0	0	24	0.80
8616758--8616799	9	4.6	9	82	5	57	64	0	2	33	1.07
8616761--8616818	19	3.3	18	79	15	59	62	0	5	32	1.18
8617896--8618010	42	2.7	42	82	6	144	27	26	14	31	1.95
8617981--8618104	47	2.7	46	86	2	167	29	27	16	27	1.97
8618129--8618308	31	5.8	31	88	5	274	25	27	20	27	1.99
8618284--8618412	50	2.5	51	88	5	190	26	22	16	34	1.95
8627307--8627359	26	2.0	26	96	0	97	35	9	22	32	1.86
8634964--8635005	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
8635879--8635921	18	2.4	18	80	0	50	34	13	11	39	1.82
8635870--8635938	36	1.9	36	84	0	93	39	14	8	37	1.77
8635959--8636125	18	9.3	18	77	6	133	37	13	10	38	1.79
8635958--8636108	54	2.8	54	81	4	171	37	13	10	38	1.80
8636049--8636143	36	2.6	36	80	3	111	37	13	9	38	1.78
8636356--8636405	26	1.9	26	83	0	64	40	18	20	22	1.92
8638141--8638208	5	12.4	5	86	13	82	58	0	0	41	0.98
8638140--8638195	18	3.2	18	85	14	82	57	0	0	42	0.99
8638141--8638208	11	6.2	10	86	13	82	58	0	0	41	0.98
8638143--8638208	16	4.3	16	88	11	95	59	0	0	40	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8638296--8638348	21	2.5	22	78	9	65	58	3	0	37	1.16
8643460--8643501	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
8646678--8646745	35	1.9	35	81	0	82	48	19	4	27	1.68
8654400--8654491	35	2.6	35	79	3	105	45	22	6	25	1.76
8658822--8658992	93	1.8	93	93	0	297	27	29	21	21	1.99
8658814--8658989	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
8660915--8661003	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
8660915--8660994	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
8660926--8661003	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
8663808--8663871	21	3.0	21	81	0	65	14	34	32	18	1.91
8664201--8664240	14	2.9	14	84	0	53	35	30	10	25	1.88
8666230--8666359	47	2.8	46	85	3	163	35	27	16	20	1.94
8674246--8674312	28	2.4	27	80	11	75	38	20	22	17	1.93
8693936--8693968	12	2.8	12	95	0	57	54	0	9	36	1.32
8695440--8695569	60	2.2	59	78	9	138	44	12	2	40	1.54
8696011--8696088	27	2.9	27	86	0	102	20	28	25	25	1.99
8696308--8696347	11	3.6	11	83	9	55	20	0	2	77	0.88
8700952--8701027	21	3.7	21	87	3	93	18	21	18	42	1.90
8700952--8701032	42	2.0	40	87	4	117	17	20	18	43	1.88
8704279--8704315	16	2.3	17	90	9	60	59	8	0	32	1.27
8704293--8704903	103	6.0	103	91	2	890	55	14	0	29	1.43
8704292--8704931	204	3.1	204	88	4	921	56	14	0	29	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8705062--8705131	30	2.3	31	87	5	106	0	34	0	65	0.93
8705068--8705131	27	2.4	26	89	2	92	0	34	0	65	0.93
8705059--8705110	4	14.5	4	95	4	62	0	26	0	73	0.84
8705405--8705447	22	2.0	22	95	0	77	58	2	0	39	1.11
8713952--8714033	28	2.9	27	78	10	76	19	18	8	53	1.69
8714037--8714098	28	2.2	29	77	13	67	22	11	6	59	1.54
8714640--8714779	45	3.1	45	75	10	135	19	20	20	39	1.93
8714627--8714756	45	2.9	44	81	5	154	19	19	22	39	1.93
8715654--8715769	20	5.9	20	72	17	84	21	19	11	47	1.80
8716267--8716318	21	2.5	20	78	6	59	61	7	13	17	1.54
8716202--8716374	20	8.6	20	69	15	90	52	12	16	19	1.75
8717731--8717786	25	2.2	24	79	14	60	50	17	0	32	1.47
8722760--8722813	25	2.3	23	84	12	65	66	1	1	29	1.12
8722756--8722808	17	3.2	16	75	24	56	62	1	1	33	1.17
8722756--8722806	18	3.1	16	74	23	52	62	1	1	33	1.17
8722756--8722822	33	2.1	33	85	2	91	68	1	1	28	1.07
8731693--8731797	52	2.0	52	98	0	201	54	27	5	12	1.60
8734994--8735101	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
8742036--8742143	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
8745687--8745724	18	2.1	18	95	0	67	36	5	5	52	1.47
8747127--8747156	11	2.9	10	90	9	51	23	10	10	56	1.62
8751229--8751326	25	3.8	26	93	4	173	32	6	25	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8751229--8751332	51	2.1	49	94	3	181	32	6	25	35	1.82
8753417--8753523	26	4.2	26	91	2	180	32	6	24	36	1.81
8753417--8753523	51	2.1	52	94	1	189	32	6	24	36	1.81
8756309--8756338	11	2.9	10	90	9	51	23	10	10	56	1.62
8760457--8760564	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
8764116--8764149	17	2.0	17	94	0	59	38	5	5	50	1.51
8771201--8771251	14	3.6	14	82	10	59	60	0	3	35	1.15
8771338--8771379	22	1.9	22	85	9	59	28	0	9	61	1.27
8771444--8771481	20	1.9	20	84	10	51	31	7	10	50	1.66
8773928--8773963	18	2.1	17	90	10	56	30	8	0	61	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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