genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.122.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36746339--36746522	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
36746379--36746567	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
36759207--36759303	6	16.3	6	80	10	92	16	5	2	76	1.06
36759468--36759560	45	2.1	45	100	0	186	43	18	21	17	1.89
36763163--36763338	46	3.8	46	76	15	200	21	21	27	30	1.98
36763160--36763329	93	1.8	93	94	0	304	21	21	27	29	1.99
36763559--36763596	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
36765013--36765045	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
36769780--36769849	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
36769780--36769861	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
36779091--36779144	25	2.1	27	83	10	69	33	5	1	59	1.31
36781405--36781481	38	2.0	38	94	0	136	31	9	14	45	1.76
36784504--36784530	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
36791046--36791093	25	1.9	25	82	0	60	12	14	25	47	1.79
36792871--36792917	23	2.0	23	100	0	94	36	25	4	34	1.76
36801245--36801322	37	2.1	37	100	0	156	32	29	23	15	1.95
36804790--36804871	39	2.1	39	97	0	155	23	34	14	28	1.94
36810023--36810073	25	2.0	26	85	11	70	49	9	9	31	1.69
36811226--36811251	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
36813664--36813735	28	2.6	28	90	0	108	29	25	12	33	1.92
36817708--36817733	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
36822181--36822224	19	2.4	18	84	3	61	22	25	0	52	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36822190--36822224	12	3.0	12	91	4	54	22	22	0	54	1.45
36824705--36824816	49	2.3	49	93	4	192	51	10	19	17	1.74
36826066--36826320	40	6.5	40	87	4	342	23	23	28	25	1.99
36826066--36826320	78	3.2	79	88	4	347	23	23	28	25	1.99
36826072--36826320	118	2.1	117	87	5	351	23	22	27	26	2.00
36832850--36832976	51	2.5	51	96	1	227	51	10	22	16	1.74
36834217--36834473	40	6.5	40	87	2	333	23	22	28	25	1.99
36836939--36836994	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
36840668--36840734	27	2.3	29	78	12	68	50	2	2	43	1.32
36840863--36840935	10	7.1	10	69	17	51	61	0	4	34	1.15
36840868--36840956	17	5.3	17	72	17	62	61	0	3	34	1.12
36848114--36848173	18	3.4	17	70	20	52	61	0	1	36	1.06
36848116--36848178	17	3.7	17	77	6	56	63	0	1	34	1.04
36848676--36848714	20	2.0	20	90	5	62	69	2	12	15	1.30
36849235--36849555	151	2.1	151	90	4	522	29	7	5	57	1.49
36853876--36853910	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
36857354--36857395	21	2.0	21	100	0	84	47	19	0	33	1.49
36858081--36858599	88	6.0	86	80	5	399	32	12	10	43	1.78
36858376--36858537	84	1.9	84	91	2	263	29	11	10	48	1.73
36858122--36858708	88	6.9	83	78	8	348	31	13	10	44	1.77
36858573--36858746	77	2.2	78	81	3	197	28	14	12	44	1.82
36859182--36859270	40	2.2	40	89	0	133	31	24	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36859187--36859368	98	1.9	98	88	2	276	32	21	21	24	1.98
36859273--36859385	40	2.8	40	78	2	120	35	18	21	24	1.96
36859641--36859691	14	3.6	14	76	5	50	19	0	31	49	1.49
36859641--36859692	21	2.5	21	84	6	61	21	0	30	48	1.51
36859904--36859939	14	2.8	13	91	8	56	5	0	52	41	1.24
36860736--36860795	22	2.7	22	74	5	59	63	5	0	31	1.16
36862345--36862546	39	5.2	39	79	11	175	26	25	20	27	1.99
36862384--36862559	78	2.3	79	80	10	202	25	26	22	26	2.00
36862405--36862546	39	3.6	39	86	7	182	26	24	21	27	1.99
36870410--36870573	40	4.1	38	81	7	168	26	27	21	25	1.99
36876640--36876669	15	1.9	16	93	6	53	53	3	6	36	1.44
36880417--36881138	48	15.0	48	81	9	832	35	6	27	31	1.82
36880417--36881138	96	7.5	96	88	7	1040	35	6	27	31	1.82
36880573--36880729	41	3.7	41	81	11	206	34	7	28	30	1.84
36880417--36881138	144	5.0	144	85	10	972	35	6	27	31	1.82
36880760--36880788	14	2.1	14	100	0	58	31	13	34	20	1.92
36880712--36880836	62	2.0	62	100	0	250	32	8	28	30	1.86
36881183--36881253	37	1.9	37	94	0	124	23	16	32	26	1.96
36885201--36885518	47	6.7	48	93	2	475	33	7	30	28	1.86
36890801--36890857	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
36890799--36890869	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
36890810--36890864	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36890914--36891126	24	9.0	24	89	5	310	28	22	21	27	1.99
36890916--36891105	47	4.1	47	97	0	355	28	22	21	28	1.99
36894902--36895069	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
36895780--36895832	24	2.2	24	100	0	106	49	20	7	22	1.74
36899370--36899758	49	8.0	49	94	1	656	34	7	28	29	1.85
36899369--36899758	145	2.7	145	93	0	663	34	7	28	29	1.85
36899821--36899893	37	2.0	37	97	0	137	23	20	31	24	1.98
36902139--36902258	51	2.4	51	83	4	145	25	17	26	30	1.97
36902238--36902279	21	2.0	21	100	0	84	23	14	33	28	1.94
36920495--36920679	79	2.3	82	82	9	222	24	24	27	23	2.00
36920496--36920687	40	4.8	40	77	8	169	25	24	28	22	2.00
36920495--36920712	79	2.7	79	78	7	176	25	23	27	23	2.00
36923155--36923204	26	1.9	26	95	0	91	32	8	18	42	1.79
36929866--36930230	46	7.7	46	70	15	150	26	18	30	24	1.97
36930055--36930228	49	3.6	47	75	11	138	25	16	31	26	1.97
36934059--36934186	40	3.2	39	81	6	141	24	26	21	27	1.99
36938433--36938474	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
36938465--36938512	15	3.2	15	77	11	53	54	4	0	41	1.20
36947958--36947988	8	3.9	8	100	0	62	9	38	12	38	1.77
36955595--36955671	25	3.1	25	98	0	145	28	20	24	25	1.99
36959485--36959616	56	2.4	56	96	0	237	28	13	24	33	1.93
36959485--36959649	56	2.9	56	90	3	217	26	14	25	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36962983--36963014	15	2.1	15	100	0	64	37	0	21	40	1.54
36965847--36965878	16	1.9	17	93	6	57	43	15	9	31	1.78
36969572--36969612	17	2.4	17	95	0	73	9	29	34	26	1.88
36970183--36970221	13	3.0	12	82	17	51	20	17	15	46	1.84
36973071--36973219	57	2.5	59	79	7	153	20	20	21	38	1.94
36982847--36983150	48	6.3	48	78	6	283	29	18	27	24	1.98
36982834--36983149	144	2.2	144	83	2	384	28	18	28	24	1.98
36982846--36983117	96	2.8	96	86	3	370	28	18	28	23	1.98
36982844--36983149	96	3.2	95	80	7	332	29	19	28	23	1.98
36984734--36984805	6	11.8	6	78	14	76	47	16	16	19	1.83
36984748--36984828	31	2.6	31	94	2	135	50	14	16	18	1.78
36984965--36985066	27	3.8	26	85	5	123	36	20	23	19	1.95
36985225--36985288	22	2.9	22	79	9	76	34	23	21	20	1.97
36985733--36985882	27	5.6	27	80	3	140	25	22	18	33	1.97
36985717--36985882	54	3.1	54	84	2	192	26	23	16	33	1.96
36985920--36986286	27	13.7	26	80	6	367	32	8	20	39	1.82
36985974--36986286	53	5.8	53	86	6	427	33	7	19	39	1.81
36988224--36988320	6	15.8	6	72	16	74	47	15	17	19	1.83
36988233--36988335	31	3.3	31	90	0	143	48	15	17	18	1.81
36988480--36988566	27	3.2	26	79	11	77	36	20	20	21	1.95
36988739--36988802	22	2.9	22	79	9	76	34	23	21	20	1.97
36989203--36989370	27	6.3	27	80	7	173	26	20	19	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36989354--36989751	27	14.7	27	79	8	151	32	8	19	38	1.82
36989493--36989884	81	4.8	81	93	0	633	32	7	19	40	1.80
36989493--36989884	27	14.5	27	87	0	532	32	7	19	40	1.80
36991823--36991919	6	15.8	6	72	16	74	46	14	18	20	1.84
36991832--36991942	31	3.5	31	90	1	150	46	14	18	20	1.83
36992079--36992180	27	3.8	26	80	5	96	37	20	21	20	1.95
36992830--36992996	27	6.2	28	78	10	170	27	20	17	33	1.96
36992980--36993192	27	7.9	27	76	11	132	33	9	19	37	1.85
36995448--36995615	40	4.2	39	77	8	153	23	26	24	25	2.00
36998662--36999278	48	12.9	48	98	0	1081	34	7	28	29	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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