genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82547646--82547914	45	5.7	47	72	15	150	27	18	29	24	1.98
82547788--82547916	50	2.6	50	85	2	172	27	18	30	24	1.98
82547645--82547951	48	6.5	48	74	13	169	27	17	30	24	1.98
82548480--82548522	21	2.0	21	82	8	52	72	2	2	23	1.08
82550591--82550622	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
82550685--82550732	22	2.1	23	81	11	55	31	8	2	58	1.39
82552792--82552837	19	2.4	19	85	7	58	19	17	13	50	1.78
82557362--82557489	64	2.0	64	92	0	211	31	18	13	36	1.89
82557550--82557959	86	4.7	87	81	5	361	32	20	23	22	1.98
82557539--82558047	173	2.9	172	77	9	478	33	21	23	22	1.98
82557929--82558217	44	6.6	44	69	10	155	36	19	23	20	1.95
82557538--82558050	87	5.9	86	78	8	429	33	21	23	22	1.97
82557926--82558209	131	2.2	129	82	3	327	36	19	23	20	1.95
82557842--82558264	218	1.9	217	84	2	553	36	20	22	20	1.95
82558067--82558268	87	2.3	87	92	0	278	37	19	23	19	1.94
82558427--82558775	45	7.8	44	71	14	214	32	17	20	29	1.95
82560694--82560739	2	23.0	2	95	0	83	52	0	0	47	1.00
82560801--82560848	22	2.1	23	81	11	55	31	8	2	58	1.39
82562613--82562679	35	1.9	35	84	6	91	34	0	0	65	0.93
82566589--82566623	16	2.2	16	89	0	52	77	0	0	22	0.78
82587386--82587557	93	1.8	93	91	0	281	27	29	20	22	1.99
82587378--82587553	46	3.8	46	78	10	187	28	28	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82587429--82587572	46	3.1	44	70	21	107	29	27	20	22	1.98
82597072--82597163	32	2.7	32	79	20	98	44	0	1	54	1.07
82598116--82598413	102	2.9	102	91	0	479	32	17	30	19	1.94
82604811--82604855	21	2.2	20	84	4	54	11	33	28	26	1.91
82605080--82605110	9	3.4	9	95	0	53	61	22	3	12	1.46
82607031--82607071	19	2.2	19	95	0	73	21	19	17	41	1.90
82614586--82614632	2	24.0	2	91	4	78	46	0	0	53	1.00
82615585--82615645	28	2.2	28	82	5	70	34	36	9	19	1.85
82620988--82621013	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
82621072--82621156	40	2.1	40	87	8	120	41	1	4	52	1.30
82623241--82623271	16	1.9	16	93	0	53	80	0	0	19	0.71
82623255--82623350	19	5.2	18	75	17	90	64	3	1	31	1.16
82623243--82623350	9	12.2	9	71	17	68	66	2	0	29	1.12
82623265--82623350	36	2.4	37	80	11	106	63	3	1	31	1.18
82626355--82626424	29	2.4	29	87	0	95	22	20	27	30	1.98
82627541--82627579	20	2.0	20	89	0	60	51	7	10	30	1.64
82633088--82633153	30	2.2	29	89	2	96	33	6	1	59	1.31
82644568--82644746	39	4.6	39	90	0	268	38	23	24	13	1.91
82650085--82650169	44	1.9	44	92	4	145	27	14	32	25	1.94
82649842--82650445	177	3.4	176	80	3	620	28	17	26	26	1.98
82650083--82650357	44	6.2	44	69	12	141	28	17	25	28	1.97
82652413--82652461	16	3.2	16	67	21	50	26	8	2	63	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82652403--82652461	30	2.0	29	90	6	93	27	8	3	61	1.41
82659522--82659590	20	3.6	20	73	13	56	36	1	2	59	1.21
82659620--82659678	20	2.9	20	80	12	66	25	0	3	71	1.02
82659623--82659680	30	2.0	29	90	10	91	24	0	3	72	1.00
82659620--82659680	10	6.1	10	75	19	56	26	0	3	70	1.02
82660875--82661286	132	3.2	129	82	5	370	33	18	20	27	1.96
82660934--82661320	132	3.0	131	84	3	442	34	18	19	28	1.95
82661914--82661941	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
82662351--82662390	2	21.0	2	90	10	66	50	0	0	50	1.00
82662357--82662393	18	2.1	18	100	0	74	51	0	0	48	1.00
82663829--82664250	133	3.2	132	87	4	591	27	23	18	29	1.98
82665494--82665550	6	9.7	6	88	7	73	0	19	0	80	0.71
82666696--82666777	43	1.9	43	85	5	112	41	3	21	32	1.71
82668022--82668069	19	2.5	19	89	0	78	41	16	22	18	1.90
82669692--82669749	27	2.1	27	96	0	107	39	10	15	34	1.81
82669720--82670100	132	2.9	130	84	5	421	34	18	19	28	1.95
82670750--82670782	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
82670846--82670914	22	3.3	21	72	15	72	59	11	5	23	1.53
82670832--82670918	40	2.2	40	95	2	158	58	10	6	24	1.55
82671241--82671266	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
82672353--82672387	17	2.1	17	89	5	54	2	0	14	82	0.77
82678200--82678225	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82680512--82680580	35	2.0	35	85	0	93	50	4	4	40	1.42
82680653--82680702	22	2.2	22	82	7	55	52	0	4	44	1.20
82680660--82680710	22	2.3	23	82	3	59	52	3	1	41	1.31
82698798--82698843	24	1.9	24	83	16	60	36	13	8	41	1.75
82699328--82699412	39	2.2	39	95	0	152	37	31	11	18	1.87
82700611--82700671	18	3.3	18	70	17	61	16	11	6	65	1.44
82700595--82700672	38	2.1	38	100	0	156	20	11	5	62	1.47
82700595--82700653	20	3.0	20	67	18	61	23	10	3	62	1.42
82703515--82703548	17	1.9	18	88	5	52	26	2	2	67	1.19
82703649--82703747	49	2.0	49	98	0	189	27	15	8	49	1.72
82704491--82704522	17	1.9	17	93	6	57	78	0	12	9	0.97
82709501--82709602	29	3.5	29	95	0	177	28	15	30	25	1.96
82709497--82709623	58	2.2	58	84	4	168	28	15	31	24	1.96
82717346--82717439	29	3.2	29	96	0	170	29	15	28	25	1.96
82720867--82720933	33	2.1	32	97	2	125	26	11	26	34	1.91
82723005--82723052	12	4.2	11	84	15	62	77	2	20	0	0.88
82723004--82723039	4	9.0	4	88	11	56	75	2	22	0	0.94
82724837--82724947	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
82730885--82730989	37	2.8	37	77	0	120	31	27	16	24	1.96
82733270--82733352	27	3.1	27	61	19	64	24	10	21	43	1.84
82733270--82733382	54	2.1	55	94	1	201	23	13	22	40	1.89
82740805--82740874	30	2.4	29	76	11	79	34	4	1	60	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82740883--82740945	16	4.3	14	75	23	58	30	0	3	66	1.07
82740895--82740945	12	4.5	12	73	14	54	33	0	1	64	1.05
82740900--82740956	16	3.2	19	67	25	52	33	0	3	63	1.12
82740879--82740956	33	2.4	32	89	4	111	32	0	3	64	1.12
82740970--82741010	13	2.9	15	75	10	50	41	4	0	53	1.22
82741157--82741186	13	2.2	14	94	5	53	40	0	3	56	1.16
82741405--82741618	112	1.8	112	82	6	266	30	5	12	51	1.61
82751121--82751231	40	2.8	40	90	4	163	24	28	23	23	1.99
82751206--82751256	25	2.0	25	100	0	102	23	25	23	27	2.00
82751166--82751296	65	2.0	65	98	0	253	24	27	24	23	2.00
82758115--82758210	43	2.2	45	83	7	126	34	16	20	28	1.95
82758066--82758896	176	4.7	177	89	1	1100	32	17	23	27	1.97
82761357--82761387	8	3.9	8	100	0	62	38	22	0	38	1.54
82762683--82762736	5	10.2	5	76	11	54	20	5	1	72	1.14
82763477--82763506	11	2.7	11	89	0	51	16	26	6	50	1.70
82766878--82766958	28	2.9	27	83	9	92	19	14	19	45	1.85
82769741--82769798	29	2.0	29	86	3	80	43	13	15	27	1.85
82774732--82774891	26	6.2	26	88	0	239	31	8	24	35	1.85
82774732--82774891	52	3.1	52	94	0	266	31	8	24	35	1.85
82781376--82781418	19	2.4	17	84	7	59	25	0	2	72	0.97
82790712--82790810	50	2.0	49	94	2	171	47	10	20	22	1.79
82791378--82791426	20	2.5	20	87	9	73	63	8	0	28	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82791382--82791427	22	2.2	20	84	7	56	67	8	0	23	1.18
82793227--82793335	19	5.4	19	70	14	67	59	3	6	30	1.40
82793265--82793335	10	7.3	9	77	13	61	63	2	4	29	1.27
82797598--82797627	15	2.0	15	93	0	51	63	0	3	33	1.11
82798505--82798554	24	2.0	25	92	3	84	34	12	8	46	1.70
82803982--82804040	29	2.0	30	83	3	75	37	13	22	27	1.91
82808600--82808654	10	5.9	10	75	14	55	63	1	1	32	1.15
82808615--82808657	18	2.5	18	88	7	63	65	2	2	30	1.18
82808600--82808677	19	4.2	17	78	15	66	65	1	1	32	1.09
82808635--82808715	20	3.6	22	75	20	62	59	0	1	39	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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