genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78391761--78391799	12	3.0	13	88	7	53	0	48	0	51	1.00
78392351--78392381	13	2.3	14	94	5	55	41	0	6	51	1.27
78392583--78392671	11	7.4	12	71	24	64	37	3	1	58	1.22
78392595--78392633	20	2.0	20	90	10	62	35	0	2	61	1.10
78392647--78392683	2	19.5	2	83	10	51	45	2	0	51	1.15
78396788--78396854	29	2.3	29	84	0	89	32	2	32	31	1.73
78396850--78397289	188	2.3	187	87	0	610	33	16	22	27	1.95
78397641--78397674	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
78398070--78398111	22	1.9	22	90	0	66	42	0	9	47	1.36
78398065--78398116	22	2.4	21	81	6	59	42	0	11	46	1.40
78399715--78399794	42	1.9	41	87	12	119	23	27	28	20	1.99
78402587--78402630	20	2.2	20	100	0	88	25	9	31	34	1.87
78405775--78405817	21	2.0	22	90	4	70	44	16	6	32	1.74
78405891--78405942	21	2.5	21	96	0	95	42	13	21	23	1.88
78406646--78406681	17	2.1	17	90	10	56	36	0	0	63	0.94
78406767--78406811	22	2.0	22	83	8	56	28	0	4	66	1.11
78409883--78409961	41	1.9	42	82	12	101	27	10	1	60	1.36
78409985--78410051	3	22.3	3	100	0	134	32	0	0	67	0.91
78420480--78420593	56	2.0	56	84	3	149	39	13	16	30	1.87
78425332--78425361	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
78430962--78430990	15	2.0	15	93	6	51	62	0	10	27	1.28
78437042--78437095	28	1.9	28	81	7	65	66	1	25	5	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78441256--78441291	19	2.0	17	89	10	54	38	0	25	36	1.56
78443598--78443755	30	5.3	30	78	5	117	39	12	24	24	1.89
78443624--78443844	30	7.4	30	77	4	160	41	11	25	21	1.87
78443598--78443827	60	3.9	60	70	5	164	39	13	25	21	1.89
78443598--78443844	90	2.8	90	78	6	236	40	12	25	21	1.88
78443830--78443906	30	2.5	31	79	4	86	40	9	23	27	1.84
78445626--78445791	43	3.9	43	79	5	158	26	16	25	31	1.96
78447504--78447542	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
78449494--78449643	40	3.8	39	76	10	126	22	27	24	26	1.99
78452787--78452971	40	4.7	40	87	6	218	25	21	27	25	2.00
78455060--78455089	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
78455892--78455917	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
78458486--78458703	40	5.5	40	98	0	420	22	21	29	26	1.99
78460131--78460242	43	2.6	43	83	4	138	29	19	29	21	1.98
78462414--78462572	69	2.3	69	92	5	261	33	18	28	19	1.95
78465697--78465804	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
78473770--78473918	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
78473811--78473918	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
78487718--78487911	40	4.9	40	94	0	336	26	23	28	22	1.99
78495724--78495917	40	4.9	40	92	0	300	26	22	27	22	1.99
78495738--78495944	80	2.6	80	88	2	301	27	24	26	21	1.99
78507749--78508057	155	2.0	155	99	0	609	35	14	11	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78519586--78519627	18	2.3	19	87	4	68	38	0	0	61	0.96
78520364--78520400	2	18.5	2	100	0	74	51	48	0	0	1.00
78525759--78525815	6	9.3	6	80	3	60	49	3	3	43	1.36
78525995--78526019	10	2.5	10	100	0	50	52	8	8	32	1.60
78533407--78533558	60	2.5	60	79	9	152	26	23	20	30	1.98
78537452--78537580	49	2.6	49	82	2	152	26	27	19	26	1.99
78537608--78537779	46	3.7	46	91	3	263	21	30	19	28	1.97
78537608--78537823	94	2.3	92	85	6	276	21	29	19	29	1.98
78537608--78537820	46	4.6	48	87	4	204	21	29	19	29	1.98
78539483--78539507	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
78556026--78556066	21	1.9	22	90	5	66	43	7	2	46	1.44
78559545--78559587	22	1.9	23	90	4	70	67	6	2	23	1.27
78559704--78559752	20	2.5	20	77	9	55	61	2	0	36	1.08
78559709--78559751	9	4.6	9	80	8	50	62	2	0	34	1.08
78560097--78560155	29	2.0	29	100	0	118	47	6	3	42	1.46
78560606--78560674	33	2.1	33	94	0	120	47	20	1	30	1.59
78566821--78567007	81	2.3	80	82	4	223	33	25	14	25	1.95
78566824--78567007	40	4.5	39	77	9	172	34	25	14	26	1.94
78570696--78570805	50	2.2	50	83	3	141	18	20	31	30	1.96
78576580--78576690	44	2.5	45	79	4	118	33	7	1	57	1.36
78576846--78576938	37	2.6	37	80	11	95	32	8	1	58	1.36
78576895--78576976	20	4.0	20	78	12	85	30	8	1	59	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78576817--78576941	63	2.1	61	81	13	143	31	8	1	59	1.36
78576590--78576941	3	117.3	3	67	14	97	30	8	3	57	1.44
78580481--78580506	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
78582288--78582830	86	6.2	86	83	3	622	33	21	21	23	1.97
78582288--78582830	172	3.1	173	85	3	714	33	21	21	23	1.97
78584602--78584808	40	5.2	40	87	2	276	23	20	28	27	1.99
78586182--78586551	68	5.4	68	84	0	461	25	25	22	25	2.00
78586570--78587087	45	11.4	45	70	13	330	32	19	19	28	1.97
78586561--78586966	181	2.3	179	89	0	614	31	19	20	28	1.97
78586752--78587142	134	2.9	138	87	3	583	32	18	19	28	1.96
78586929--78587142	45	4.5	48	74	14	158	33	17	19	29	1.95
78588487--78588572	44	1.9	45	83	6	113	32	8	2	56	1.41
78588729--78588821	37	2.6	37	80	11	95	32	8	1	58	1.36
78588778--78588859	20	4.0	20	78	12	85	30	8	1	59	1.35
78588700--78588824	63	2.1	61	81	13	143	31	8	1	59	1.36
78588478--78588824	3	115.3	3	66	15	85	29	8	3	57	1.45
78601671--78601734	31	2.1	31	100	0	128	12	29	18	39	1.88
78604566--78604610	14	3.2	14	96	0	81	24	46	0	28	1.53
78604566--78604610	7	6.4	7	81	0	54	24	46	0	28	1.53
78621512--78621666	43	3.7	43	77	6	154	30	27	15	25	1.96
78626827--78626900	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
78626768--78626900	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78634702--78634775	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
78634643--78634775	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
78640693--78640717	13	1.9	13	100	0	50	8	44	32	16	1.76
78646745--78646912	40	4.2	40	84	3	196	26	28	20	24	1.99
78646761--78646912	80	1.9	80	87	2	225	25	27	21	25	1.99
78649714--78649856	40	3.6	40	85	6	184	25	24	26	23	2.00
78657762--78657906	40	3.6	40	84	4	175	25	23	26	24	2.00
78667413--78667662	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
78675582--78675831	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
78686077--78686134	29	2.0	28	83	3	71	39	8	20	31	1.83
78686640--78686793	67	2.3	65	84	7	184	31	16	29	22	1.95
78690733--78690872	41	3.4	42	83	6	171	20	20	24	34	1.97
78702654--78702836	40	4.6	39	75	8	138	26	24	27	21	1.99
78702694--78702881	80	2.4	81	77	5	186	23	24	29	22	1.99
78710586--78710770	40	4.6	39	76	7	140	26	23	27	22	2.00
78710629--78710779	80	1.9	80	81	2	187	22	24	29	23	1.99
78712361--78712527	40	4.2	40	79	2	158	23	27	22	26	2.00
78728339--78728473	43	3.2	42	80	5	103	23	28	20	28	1.99
78728365--78728519	43	3.6	42	79	10	145	25	29	19	26	1.98
78730199--78730229	15	2.1	15	93	0	53	32	16	9	41	1.80
78742729--78742762	13	2.6	13	85	0	50	14	26	41	17	1.88
78747684--78747747	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78747937--78748078	69	2.0	72	87	6	211	26	22	21	28	1.99
78747937--78748078	24	6.0	23	87	8	198	26	22	21	28	1.99
78748129--78748188	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
78748129--78748183	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
78748231--78748278	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
78757236--78757457	124	1.8	122	83	3	293	31	11	23	32	1.90
78757416--78757566	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
78757453--78757582	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
78757415--78757582	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
78765410--78765560	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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