genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64805714--64805743	14	2.1	14	100	0	60	46	0	13	40	1.43
64808954--64809060	42	2.5	42	96	0	196	28	14	33	22	1.94
64809068--64809137	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
64810776--64810931	40	3.9	40	89	0	222	25	28	23	23	2.00
64820518--64820693	46	3.8	46	79	10	214	21	20	28	28	1.98
64820515--64820685	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	28	1.98
64822014--64822192	41	4.3	41	84	4	209	36	24	15	23	1.93
64822599--64822664	29	2.3	29	81	5	71	30	25	1	42	1.64
64825480--64825632	43	3.6	42	79	9	150	27	28	19	24	1.99
64827514--64827543	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
64831593--64831753	42	3.8	42	77	6	164	30	25	13	31	1.93
64834258--64834297	17	2.3	18	91	4	64	20	2	2	75	1.04
64838834--64839008	27	6.6	27	80	3	176	29	24	6	38	1.81
64838839--64839008	54	3.2	53	83	4	200	29	24	7	39	1.81
64838817--64839012	80	2.4	81	84	3	236	29	24	7	38	1.83
64838834--64839033	80	2.5	80	81	6	183	31	23	7	38	1.83
64839043--64839220	27	6.6	27	86	3	234	42	21	7	28	1.81
64839198--64839283	27	3.1	27	76	17	86	39	15	10	34	1.81
64840202--64840316	25	4.8	25	77	15	118	26	21	24	26	1.99
64840243--64840278	18	2.0	18	88	0	54	33	16	27	22	1.95
64840217--64840304	43	2.0	44	95	2	160	28	20	25	26	1.99
64840461--64840552	42	2.2	42	92	0	148	30	13	21	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64840576--64840654	31	2.6	31	95	2	142	30	18	24	26	1.98
64841502--64841590	28	3.1	27	90	7	133	26	12	29	31	1.93
64843890--64844071	40	4.6	40	88	1	125	26	24	26	21	2.00
64843931--64844081	40	3.8	40	91	1	223	23	25	28	23	1.99
64847994--64848200	40	5.2	40	81	3	220	26	22	27	24	2.00
64847994--64848181	79	2.4	80	83	2	227	26	22	27	23	2.00
64855999--64856206	40	5.2	40	82	2	229	25	23	26	24	2.00
64859121--64859184	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
64859378--64859494	23	5.0	24	86	7	143	30	20	19	29	1.97
64859544--64859610	20	3.3	20	91	0	107	32	19	11	35	1.88
64859647--64859694	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
64863980--64864027	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
64864075--64864130	11	5.5	11	73	16	57	37	14	17	30	1.90
64864064--64864130	20	3.3	20	89	0	98	35	13	19	31	1.90
64864175--64864291	23	5.0	24	83	9	152	31	20	18	29	1.97
64864484--64864547	31	2.1	31	87	0	92	35	15	23	25	1.94
64866210--64866243	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
64867359--64867442	29	2.9	29	83	1	116	27	32	15	25	1.95
64867661--64867697	16	2.4	16	90	4	58	8	16	21	54	1.68
64871866--64871950	29	3.0	29	82	1	109	28	32	15	23	1.95
64873565--64873646	42	1.9	43	82	7	105	28	21	24	25	1.99
64880876--64880978	42	2.4	43	79	4	111	29	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64885486--64885526	21	2.0	21	100	0	82	43	14	2	39	1.59
64895604--64895635	15	2.1	15	94	0	55	56	25	0	18	1.42
64900541--64900572	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
64900771--64901315	50	10.9	50	76	7	471	29	24	19	26	1.98
64900771--64901315	101	5.4	101	76	9	465	29	24	19	26	1.98
64900774--64901315	151	3.6	151	93	0	908	29	24	19	26	1.98
64904599--64904770	43	4.0	43	74	11	145	22	19	26	31	1.98
64907205--64907297	46	2.0	46	93	0	159	35	13	4	46	1.64
64908801--64908839	12	3.2	12	82	13	53	28	0	48	23	1.51
64910464--64910738	27	10.2	27	83	3	347	26	21	10	40	1.86
64910464--64910738	81	3.4	81	86	3	383	26	21	10	40	1.86
64910743--64910938	27	7.3	27	85	0	239	35	18	20	26	1.95
64911137--64911219	27	3.1	26	86	5	112	20	22	20	36	1.95
64911307--64911365	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
64911522--64911603	27	3.1	27	85	5	96	15	23	24	36	1.94
64911750--64911907	6	26.2	6	74	15	139	20	15	13	50	1.77
64911725--64911907	30	6.2	30	80	9	198	20	16	13	50	1.78
64911725--64911907	85	2.2	85	92	2	305	20	16	13	50	1.78
64912585--64912625	22	1.9	22	95	5	75	17	29	43	9	1.80
64915587--64915770	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
64915627--64915815	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
64923703--64923886	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64923743--64923931	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
64926149--64926320	46	3.7	46	75	9	161	31	18	25	24	1.98
64926243--64926370	46	2.8	43	80	11	141	28	19	26	25	1.99
64933674--64933803	64	2.0	64	98	0	251	20	31	20	28	1.97
64941982--64942039	27	2.1	27	96	0	107	18	25	3	51	1.62
64946903--64947112	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
64954277--64954466	40	4.9	40	90	4	302	22	28	22	26	1.99
64954277--64954466	39	4.9	39	91	5	298	22	28	22	26	1.99
64954277--64954466	77	2.4	79	91	4	307	22	28	22	26	1.99
64962349--64962569	40	5.6	40	92	2	340	21	27	23	26	1.99
64972300--64972567	46	5.7	45	79	10	220	23	30	19	27	1.98
64972301--64972575	94	2.9	94	80	9	321	24	30	18	26	1.98
64975106--64975236	29	4.5	29	80	5	131	25	16	32	25	1.96
64978046--64978327	48	5.8	49	78	5	263	26	27	16	29	1.97
64978046--64978327	96	2.9	96	88	3	379	26	27	16	29	1.97
64984483--64984521	17	2.3	17	81	0	51	35	28	12	23	1.91
64984796--64984835	21	2.0	21	85	5	55	22	20	40	17	1.92
64986066--64986234	48	3.5	48	77	12	184	28	27	14	28	1.95
64986050--64986224	96	1.8	96	92	0	296	28	28	14	29	1.96
64987830--64987875	24	1.9	24	81	0	56	45	13	19	21	1.84
64988100--64988224	29	4.3	29	87	1	171	25	15	29	29	1.96
64993283--64993358	23	3.6	23	63	26	67	19	18	39	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64993924--64993971	13	3.8	13	80	5	62	12	16	16	54	1.72
64993924--64993972	6	7.8	6	86	13	64	14	16	16	53	1.74
65002058--65002083	7	3.7	7	100	0	52	26	11	0	61	1.30
65002627--65003765	631	1.8	629	81	5	1348	32	13	18	35	1.90
65006741--65006803	31	2.0	31	100	0	126	28	28	15	26	1.96
65008409--65008595	49	3.8	49	80	7	198	28	23	19	28	1.98
65009414--65009474	30	2.0	30	87	0	86	29	22	4	42	1.75
65010895--65010950	20	2.8	20	86	0	76	10	30	41	17	1.84
65012832--65012863	16	1.9	17	93	6	57	43	0	0	56	0.99
65018305--65018474	92	1.8	94	87	5	256	27	17	28	26	1.97
65021356--65021466	47	2.4	46	79	10	118	28	18	27	25	1.98
65027808--65027859	24	2.1	25	85	3	70	50	7	21	21	1.73
65034171--65034229	30	2.0	30	86	0	82	35	10	20	33	1.86
65034610--65034834	46	4.8	46	77	9	161	28	21	30	20	1.98
65034565--65034834	47	5.8	46	73	12	196	28	20	29	21	1.98
65034568--65034833	140	1.9	141	82	5	342	28	20	29	21	1.98
65042750--65042828	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
65049376--65049412	18	2.1	19	90	10	60	29	8	27	35	1.85
65056836--65056870	18	1.9	19	88	11	56	22	8	31	37	1.85
65057995--65058095	24	4.2	24	88	5	150	32	2	42	21	1.68
65059454--65059559	54	2.0	53	88	1	158	19	22	20	36	1.95
65059453--65059563	27	4.2	26	82	7	125	18	23	21	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65072482--65072553	20	3.6	20	86	3	101	25	30	26	18	1.98
65075510--65075670	29	5.6	29	93	0	259	26	14	32	26	1.95
65075506--65075727	87	2.6	87	83	3	252	25	14	32	27	1.94
65083478--65083609	29	4.6	29	91	0	201	26	15	32	25	1.95
65097104--65097190	24	3.6	24	69	9	77	29	26	16	27	1.96
65097053--65097188	49	2.8	47	80	10	125	26	29	16	27	1.97
65101378--65101499	43	2.9	42	75	7	138	33	13	22	30	1.92
65111180--65111204	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
65111177--65111245	29	2.3	31	80	9	81	60	4	0	34	1.16
65112692--65112867	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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