genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60404849--60404905	17	3.4	17	68	18	55	40	22	1	35	1.65
60404848--60404916	34	2.0	34	100	0	138	37	24	2	34	1.71
60404882--60405338	96	4.8	96	96	0	842	31	27	6	34	1.83
60404882--60405338	144	3.2	144	96	0	842	31	27	6	34	1.83
60408692--60408770	32	2.5	32	89	0	113	26	21	26	25	1.99
60412910--60412942	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
60414353--60414387	17	2.0	18	88	5	54	17	25	40	17	1.90
60414978--60415061	32	2.6	32	81	3	98	23	20	27	28	1.99
60416962--60417003	21	1.9	23	85	9	61	45	28	0	26	1.54
60419278--60419475	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
60419344--60419461	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
60419312--60419475	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
60426832--60427029	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
60426898--60427015	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
60426866--60427029	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
60432718--60432758	21	2.0	21	95	0	73	39	7	24	29	1.82
60436982--60437041	30	2.0	30	96	0	111	33	5	31	30	1.79
60438175--60438205	12	2.6	12	89	0	53	74	0	19	6	1.03
60439300--60439369	27	2.5	28	90	2	115	30	14	25	30	1.95
60439302--60439381	27	2.9	27	83	9	65	30	16	22	31	1.96
60444877--60444903	14	1.9	14	100	0	54	85	0	14	0	0.61
60445380--60445546	40	4.2	40	78	6	171	26	22	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60452585--60452751	40	4.2	40	78	6	171	26	22	27	23	1.99
60463880--60463906	10	2.7	10	100	0	54	18	11	29	40	1.85
60468493--60468718	80	2.8	80	81	7	280	26	20	26	27	1.99
60468493--60468690	40	4.9	40	86	3	249	26	20	25	27	1.99
60468493--60468725	40	5.8	40	83	7	174	26	20	26	27	1.99
60474477--60474578	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
60477952--60478123	93	1.9	90	93	6	301	25	18	27	28	1.98
60477952--60478128	45	3.8	47	83	9	222	26	18	27	28	1.98
60481069--60481133	27	2.4	27	85	12	80	7	13	18	60	1.57
60481073--60481134	13	4.4	15	72	23	55	8	14	14	62	1.52
60483263--60483447	49	3.8	48	83	7	239	26	17	25	30	1.97
60488688--60488800	28	4.0	28	78	5	111	29	15	28	27	1.96
60503436--60503548	28	4.0	28	78	5	111	28	16	28	26	1.97
60511540--60511625	24	3.5	24	77	3	91	29	27	17	25	1.97
60511491--60511625	49	2.8	47	83	8	139	25	29	17	27	1.97
60532984--60533209	40	5.7	40	87	4	219	26	25	20	27	1.99
60533012--60533209	80	2.5	79	86	8	283	25	25	20	28	1.99
60535956--60536107	40	3.8	39	84	1	151	23	26	23	26	2.00
60535956--60536107	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
60537285--60537389	54	2.0	53	83	5	131	27	13	19	40	1.88
60543935--60544086	40	3.8	39	84	1	151	23	26	23	26	2.00
60543935--60544086	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60547455--60547622	40	4.2	40	80	7	162	23	26	23	26	2.00
60547471--60547622	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
60556007--60556229	40	5.6	40	87	4	204	26	26	19	28	1.99
60556045--60556226	80	2.3	80	91	7	298	25	24	19	29	1.99
60561692--60561888	40	4.9	40	90	4	267	28	19	25	25	1.99
60561700--60561916	40	5.4	40	87	4	155	29	19	25	25	1.99
60561703--60561923	80	2.8	80	83	6	218	28	19	25	25	1.99
60564423--60564531	37	2.9	37	90	0	164	27	29	18	24	1.98
60564677--60564820	50	2.9	48	85	8	182	29	25	7	36	1.84
60564785--60564928	47	3.1	47	89	2	200	26	29	10	34	1.89
60568400--60568465	33	2.0	33	82	8	80	31	22	19	25	1.98
60576326--60576390	22	3.0	22	71	13	62	32	21	24	21	1.98
60576530--60576654	41	3.0	40	89	2	169	29	28	20	21	1.98
60576892--60577142	27	9.3	27	73	4	139	33	13	17	34	1.89
60577137--60577172	18	1.9	19	88	5	56	25	2	27	44	1.68
60577156--60577225	26	2.6	27	90	4	115	31	7	21	40	1.80
60577214--60577317	27	3.9	27	85	0	136	28	20	17	33	1.95
60580291--60580355	22	3.0	22	82	8	78	32	18	26	23	1.97
60580497--60580619	41	3.0	41	92	0	192	26	30	22	20	1.98
60580864--60580920	27	2.1	27	83	0	69	33	12	15	38	1.85
60580876--60581145	27	10.0	27	74	7	147	30	8	19	41	1.80
60581124--60581163	18	2.2	18	90	0	62	27	2	25	45	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60580939--60581145	54	3.8	54	73	9	163	29	7	20	42	1.79
60581146--60581208	26	2.4	26	91	2	99	31	4	22	41	1.74
60581205--60581308	27	3.9	27	84	2	129	29	21	15	33	1.94
60584242--60584303	22	2.8	23	85	7	83	30	20	25	22	1.98
60584448--60584570	41	3.0	41	92	0	192	26	29	21	22	1.99
60584826--60585061	27	8.7	27	80	6	190	30	7	19	42	1.78
60584826--60585007	54	3.4	54	85	5	215	29	7	19	43	1.77
60584879--60585061	81	2.3	81	80	5	210	30	7	19	42	1.79
60584910--60585078	54	3.1	54	82	2	171	31	8	18	41	1.80
60584910--60585078	27	6.3	27	79	2	135	31	8	18	41	1.80
60585088--60585156	25	2.6	26	77	9	77	28	7	20	43	1.78
60585151--60585236	27	3.2	27	86	0	118	29	17	17	36	1.93
60589075--60589193	40	3.0	40	87	0	184	29	27	21	21	1.98
60605518--60605587	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
60607188--60607362	46	3.8	45	76	7	172	29	28	20	22	1.98
60607196--60607366	93	1.8	93	91	0	279	28	28	20	22	1.98
60607786--60607845	30	2.0	30	86	0	84	33	25	3	38	1.72
60614676--60614849	46	3.8	46	75	9	174	31	27	18	22	1.97
60614684--60614854	93	1.8	93	91	2	281	30	26	19	22	1.98
60615274--60615333	30	2.0	30	90	0	93	31	25	5	38	1.77
60622376--60622573	43	4.6	43	89	0	297	30	31	24	13	1.94
60622566--60622640	38	2.0	38	91	0	123	29	26	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60626849--60626979	43	3.1	42	86	6	176	33	32	22	12	1.91
60635776--60635801	12	2.2	12	100	0	52	7	23	26	42	1.81
60644332--60644405	29	2.6	29	84	4	96	27	16	31	25	1.96
60649519--60649551	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
60650478--60650534	18	3.4	16	77	17	55	17	3	1	77	1.00
60650490--60650576	12	7.5	11	77	13	63	18	5	1	74	1.07
60650499--60650576	5	14.8	5	73	21	54	17	5	1	75	1.05
60650490--60650556	6	10.8	6	77	6	62	16	5	1	76	1.06
60654235--60654337	29	3.6	29	86	0	134	27	15	32	25	1.96
60662603--60662766	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
60662603--60662800	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
60667213--60667373	24	6.6	24	91	5	234	35	24	19	20	1.96
60674903--60675061	24	6.6	24	94	0	228	33	25	19	22	1.97
60674881--60675061	48	3.8	47	86	4	179	32	24	19	23	1.97
60676486--60676586	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
60680574--60680634	29	2.1	28	87	3	86	29	13	27	29	1.94
60680600--60680697	29	3.4	29	81	2	99	28	13	28	29	1.94
60682803--60682834	15	2.1	15	94	0	55	43	6	12	37	1.68
60682975--60683035	29	2.1	29	100	0	122	29	13	6	50	1.66
60688362--60688404	10	4.3	10	82	11	61	20	27	0	51	1.48
60690167--60690337	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
60696320--60696389	25	2.8	24	77	10	61	54	0	4	41	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60696336--60696390	17	3.3	17	76	19	53	52	0	5	41	1.24
60702884--60702938	26	2.1	26	100	0	110	12	16	29	41	1.85
60707044--60707107	30	2.2	29	85	2	83	26	15	21	35	1.94
60715323--60715597	39	7.1	39	91	0	444	24	23	29	22	1.99
60715323--60715602	116	2.4	117	95	0	499	24	23	28	23	1.99
60717772--60717813	21	2.0	21	100	0	84	19	9	19	52	1.72
60721422--60721451	14	2.1	14	100	0	60	36	6	13	43	1.70
60722033--60722185	39	3.9	39	89	0	216	24	18	31	25	1.98
60722034--60722216	39	4.6	39	86	0	213	24	20	30	24	1.99
60725012--60725038	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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