genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21919224--21919460	27	8.7	27	79	3	152	40	21	8	29	1.83
21919482--21919533	27	1.9	27	84	7	70	38	23	21	17	1.93
21920365--21920434	25	2.8	24	86	4	95	25	25	24	24	2.00
21920364--21920447	25	3.4	24	80	8	89	28	22	23	25	1.99
21920582--21920828	42	5.9	42	97	0	458	31	15	18	34	1.93
21920859--21920937	31	2.5	31	97	0	149	29	18	26	25	1.98
21924793--21924940	42	3.5	42	77	5	138	32	15	22	29	1.95
21936666--21936729	27	2.4	27	89	0	101	26	20	17	35	1.94
21941347--21941397	21	2.5	20	73	14	50	64	1	1	31	1.15
21941362--21941401	20	2.0	20	85	5	53	65	0	2	32	1.06
21941445--21941493	25	1.9	26	83	4	64	69	4	0	26	1.06
21941772--21941803	5	6.8	5	89	10	50	0	15	0	84	0.63
21942001--21942045	22	2.0	22	100	0	90	15	22	13	48	1.79
21946990--21947029	21	1.9	21	89	0	62	40	10	15	35	1.80
21949794--21949841	24	2.0	24	95	0	87	43	10	8	37	1.69
21950509--21950545	13	2.8	13	95	0	65	10	32	35	21	1.88
21954425--21954462	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
21973376--21973540	64	2.6	63	89	3	258	36	5	12	45	1.65
21976483--21976895	206	2.0	206	100	0	826	37	16	13	32	1.88
21980713--21980813	51	2.0	51	100	0	202	41	18	5	33	1.75
21982284--21982324	15	2.7	15	80	0	55	39	0	0	60	0.96
21984148--21984172	13	1.9	13	100	0	50	48	4	8	40	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21984755--21984874	26	4.6	26	96	0	222	12	30	30	26	1.93
21989365--21989389	12	2.1	12	100	0	50	52	0	16	32	1.44
21992362--21992395	17	1.9	18	88	5	52	47	2	2	47	1.32
22001394--22001428	13	2.6	14	86	4	54	57	2	5	34	1.37
22001827--22001861	18	1.9	18	94	0	61	77	0	22	0	0.78
22003133--22003450	92	3.5	92	78	4	340	26	13	26	34	1.93
22007532--22007632	50	2.0	51	88	1	150	40	21	21	15	1.91
22008003--22008064	27	2.3	27	76	17	67	77	3	11	8	1.09
22008004--22008055	20	2.5	20	81	9	61	78	3	9	7	1.06
22008032--22008064	12	2.7	12	95	4	57	81	3	9	6	0.95
22009511--22009554	21	2.1	21	83	8	54	65	20	9	4	1.38
22013218--22013281	6	10.7	6	77	9	60	79	1	14	4	0.96
22013220--22013273	22	2.5	22	85	11	69	79	1	14	3	0.95
22013218--22013281	26	2.4	28	82	12	80	79	1	14	4	0.96
22019579--22019765	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
22019602--22019765	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
22019602--22019799	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
22027145--22027331	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
22027168--22027331	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
22027168--22027365	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
22029861--22029993	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
22029891--22029993	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22037382--22037513	59	2.2	59	89	2	194	35	14	24	25	1.93
22037412--22037513	30	3.5	29	94	4	179	37	14	23	24	1.93
22040835--22040887	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
22046242--22046610	48	7.6	48	76	9	288	26	19	27	26	1.99
22046235--22046512	96	2.9	96	87	0	385	26	19	28	25	1.99
22046241--22046609	144	2.5	144	83	4	438	26	19	27	26	1.99
22046241--22046610	96	3.8	95	82	4	377	26	19	27	26	1.99
22047073--22047121	24	2.0	24	100	0	98	38	8	20	32	1.82
22048372--22048444	30	2.4	30	95	0	128	17	24	36	20	1.94
22052994--22053085	48	1.9	48	95	0	166	22	13	31	32	1.92
22054156--22054243	30	2.9	30	93	3	151	13	30	35	20	1.91
22060211--22060374	44	3.6	44	81	12	168	32	14	22	29	1.94
22060262--22060378	51	2.3	51	93	0	198	35	11	23	29	1.91
22076047--22076146	50	2.0	50	100	0	200	38	8	14	40	1.75
22077315--22077341	13	2.1	13	100	0	54	29	18	14	37	1.91
22080810--22081053	124	2.0	124	92	0	407	38	13	14	33	1.86
22087230--22087297	18	3.6	19	81	16	79	63	4	0	32	1.14
22087398--22087428	16	1.9	16	93	0	53	29	6	16	48	1.70
22088332--22088380	21	2.3	21	89	0	71	48	24	8	18	1.75
22093369--22093402	16	2.1	16	94	0	59	17	8	20	52	1.71
22098536--22098575	20	2.0	21	90	5	64	37	27	10	25	1.88
22099964--22100232	48	5.7	46	78	10	174	25	29	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22100891--22100928	20	2.0	18	90	10	58	34	18	0	47	1.49
22102993--22103039	13	3.6	13	100	0	94	34	36	29	0	1.58
22111013--22111058	23	2.0	23	100	0	92	13	34	13	39	1.83
22113196--22113340	41	3.6	41	81	3	195	28	27	23	20	1.99
22123763--22123832	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
22131678--22131747	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
22134190--22134376	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
22134213--22134376	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
22134213--22134410	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
22141757--22141943	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
22141780--22141943	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
22141780--22141977	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
22146013--22146125	39	2.9	39	93	0	190	23	29	23	23	1.99
22147857--22147893	20	1.9	20	88	5	58	13	10	0	75	1.04
22148166--22148191	11	2.4	11	100	0	52	61	0	11	26	1.30
22168000--22168043	22	2.0	22	90	0	70	40	0	4	54	1.21
22176771--22176870	23	4.2	24	77	11	84	35	20	22	23	1.96
22179007--22179392	92	4.2	92	84	4	474	25	13	26	34	1.93
22179001--22179405	184	2.2	184	88	3	591	25	13	25	34	1.93
22180020--22180059	16	2.5	15	84	11	53	80	2	2	15	0.93
22181556--22181621	26	2.5	26	78	9	71	19	6	4	69	1.27
22183497--22183579	41	2.0	41	100	0	166	21	14	26	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22184501--22184531	14	2.2	14	94	0	53	70	12	0	16	1.16
22184493--22184530	20	1.9	20	88	0	58	68	15	0	15	1.22
22185878--22185932	26	2.1	26	86	0	74	34	3	1	60	1.25
22185981--22186050	36	2.1	35	78	10	83	31	4	1	62	1.23
22185892--22186136	134	1.8	134	81	6	307	28	4	4	62	1.33
22186084--22186139	26	2.1	27	80	9	62	25	3	5	66	1.29
22186016--22186156	25	5.6	25	72	9	117	25	4	4	65	1.31
22191043--22191128	3	28.7	3	92	0	145	69	0	29	1	0.96
22191667--22191909	46	5.3	46	86	2	299	33	14	26	25	1.94
22192259--22192428	45	3.8	44	79	4	182	28	17	25	28	1.98
22192351--22192920	143	4.0	143	85	4	781	31	18	22	27	1.97
22192352--22192920	286	2.0	286	89	2	883	31	18	22	27	1.97
22193398--22193435	20	1.9	20	94	0	67	71	13	0	15	1.16
22194796--22194945	27	5.7	25	69	14	97	28	4	5	61	1.38
22195011--22195079	19	3.5	19	75	11	66	24	5	0	69	1.10
22199906--22199937	15	2.1	16	88	11	50	21	18	15	43	1.87
22207625--22207665	20	2.0	20	85	0	55	82	0	4	12	0.81
22208226--22208347	3	40.7	3	96	0	226	68	0	31	0	0.89
22209062--22209304	46	5.3	46	85	1	272	32	14	26	26	1.95
22209654--22209969	45	6.9	45	69	10	174	29	19	24	26	1.99
22209746--22210202	143	3.2	143	88	0	689	29	20	23	27	1.99
22210172--22210504	179	1.9	179	88	1	506	30	20	17	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22210659--22210696	20	1.9	20	100	0	76	71	10	0	18	1.14
22212433--22212583	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
22212470--22212599	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
22220458--22220608	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
22220495--22220624	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
22223294--22223348	26	2.1	26	93	0	92	36	1	1	60	1.18
22223300--22223430	26	5.3	25	72	14	110	31	3	4	61	1.32
22223388--22223456	36	2.0	36	82	5	88	36	4	1	57	1.27
22223504--22223576	27	2.7	26	77	10	76	24	1	5	68	1.19
22225850--22225881	4	7.8	4	93	6	55	46	0	0	53	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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