genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.130.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39254943--39255136	87	2.2	89	86	6	261	46	12	2	38	1.53
39261061--39261142	31	2.5	33	80	7	105	14	1	19	64	1.35
39261217--39261381	42	4.0	42	87	6	246	21	33	18	26	1.96
39262411--39262456	21	2.2	21	88	0	65	10	30	36	21	1.88
39262546--39262690	54	2.7	54	83	7	188	40	15	9	35	1.80
39262547--39262677	27	4.9	26	82	6	165	39	16	8	35	1.79
39262678--39262747	27	2.6	27	90	0	104	32	17	25	24	1.96
39262916--39262966	26	1.9	27	84	4	68	21	21	25	31	1.98
39263134--39263225	33	2.8	34	78	6	100	26	20	25	28	1.99
39273301--39273351	27	1.9	26	84	4	66	37	11	1	49	1.51
39273934--39274053	26	4.6	26	78	4	125	40	25	11	22	1.88
39273916--39274053	52	2.7	52	78	4	143	39	26	10	23	1.88
39274442--39274482	21	2.0	21	85	9	57	53	9	2	34	1.47
39276070--39276118	23	2.1	23	92	0	80	34	14	20	30	1.92
39280089--39280115	12	2.2	12	100	0	54	59	7	25	7	1.51
39294021--39294223	39	5.2	40	87	0	196	24	31	19	24	1.98
39294051--39294223	39	4.4	39	90	0	256	25	31	18	24	1.97
39300285--39300469	39	4.7	40	88	0	205	24	31	21	23	1.98
39300315--39300477	39	4.2	39	91	0	254	25	31	19	23	1.98
39305124--39305148	11	2.3	11	100	0	50	52	0	20	28	1.47
39305801--39305867	34	2.0	34	82	5	82	44	1	19	34	1.60
39305953--39306016	21	3.0	21	73	17	69	17	20	25	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39311946--39312057	43	2.6	42	82	10	138	29	23	15	32	1.95
39321682--39321802	42	2.8	42	79	12	122	27	24	20	27	1.99
39321682--39321838	43	3.7	43	76	11	135	26	25	20	28	1.99
39321682--39321838	85	1.8	85	82	5	201	26	25	20	28	1.99
39322643--39322701	29	2.0	29	96	0	109	44	8	18	28	1.79
39325774--39325878	49	2.1	49	89	0	165	22	27	17	32	1.96
39325930--39326072	48	3.0	48	78	10	168	23	26	19	30	1.98
39325899--39326071	94	1.8	94	86	2	249	25	27	17	28	1.98
39327524--39327672	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
39327565--39327672	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
39335269--39335416	40	3.7	40	96	3	278	21	29	22	26	1.99
39340450--39340944	48	10.2	49	89	4	729	36	7	25	29	1.84
39340922--39340965	21	2.1	21	100	0	88	40	13	27	18	1.88
39340873--39341014	70	2.0	70	95	2	259	38	9	26	26	1.86
39342672--39342877	40	5.2	40	83	2	209	25	22	26	25	2.00
39342674--39342877	78	2.6	80	84	3	243	25	23	26	25	2.00
39350680--39350885	40	5.2	40	83	2	209	25	22	26	25	2.00
39350682--39350885	78	2.6	80	84	3	243	25	23	26	25	2.00
39352249--39352446	48	4.1	48	92	2	324	35	7	27	29	1.83
39352256--39352445	98	1.9	98	94	0	335	35	7	27	29	1.84
39354045--39354117	23	3.4	23	62	21	59	27	20	24	27	1.99
39353928--39354248	40	8.1	40	90	2	477	24	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39354283--39354383	28	3.6	29	75	9	91	21	15	29	32	1.95
39356452--39357203	48	15.4	48	92	3	1191	36	6	26	30	1.82
39356452--39357203	98	7.7	96	91	3	1191	36	6	26	30	1.82
39356452--39357202	146	5.1	146	95	1	1342	36	6	26	30	1.82
39361088--39361146	27	2.2	27	81	6	66	27	18	27	27	1.98
39361114--39361296	27	6.8	28	86	5	225	25	12	23	38	1.89
39361114--39361297	81	2.3	80	89	1	269	25	11	23	38	1.89
39361114--39361297	54	3.4	54	88	1	253	25	11	23	38	1.89
39361154--39361321	81	2.1	81	87	2	239	28	10	23	36	1.89
39361171--39361418	81	3.1	80	79	4	214	31	8	25	34	1.87
39361287--39361551	81	3.3	81	85	4	338	36	8	24	29	1.85
39361287--39361520	27	8.7	27	87	3	328	38	8	23	29	1.84
39366068--39366112	23	1.9	24	86	4	65	22	22	11	44	1.84
39366181--39366433	53	4.8	53	79	10	236	21	25	16	36	1.94
39366228--39366426	106	1.9	108	87	4	296	23	25	16	34	1.95
39373027--39373123	44	2.3	42	75	12	106	35	25	14	24	1.94
39373546--39373583	14	2.7	14	91	0	58	36	7	18	36	1.80
39373567--39373608	19	2.2	20	91	4	68	23	9	14	52	1.71
39375398--39375588	58	3.2	59	93	2	312	36	14	24	25	1.93
39375428--39375588	88	1.8	87	97	1	304	37	14	24	24	1.92
39375428--39375588	29	5.5	29	97	1	304	37	14	24	24	1.92
39386605--39386629	10	2.5	10	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39390447--39390505	29	2.0	29	96	0	109	32	16	15	35	1.90
39399601--39399637	6	6.2	6	87	0	56	81	0	2	16	0.81
39404567--39404615	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
39405437--39405603	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
39412944--39413151	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
39412944--39413150	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
39420954--39421161	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
39420954--39421160	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
39422884--39422927	21	2.1	21	100	0	88	18	27	13	40	1.88
39422905--39423402	48	10.2	49	91	2	754	29	26	7	36	1.84
39422905--39423402	98	5.1	97	90	2	766	29	26	7	36	1.84
39427286--39427531	54	4.7	53	80	9	229	37	16	24	21	1.93
39427717--39427747	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
39428981--39429033	27	2.0	27	88	0	79	35	13	11	39	1.80
39428990--39429290	27	11.2	27	77	7	274	32	9	18	39	1.84
39429016--39429299	80	3.5	79	83	2	334	32	9	19	39	1.83
39429618--39429704	28	3.1	28	88	0	120	27	35	13	22	1.92
39433787--39433955	43	4.0	43	75	10	141	26	14	24	34	1.94
39433787--39433936	43	3.5	43	76	10	146	27	15	23	34	1.95
39435010--39435080	32	2.2	32	92	0	115	26	21	21	30	1.98
39444183--39444215	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
39449110--39449198	5	16.8	5	76	21	76	74	0	6	19	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39449130--39449199	6	11.5	6	77	8	61	75	0	7	17	1.01
39449110--39449199	12	7.9	11	79	13	76	74	0	6	18	1.03
39449110--39449198	31	2.9	30	82	12	94	74	0	6	19	1.04
39449135--39449196	11	5.6	11	87	12	83	75	0	6	17	1.00
39458921--39459092	46	3.7	43	76	16	125	26	22	28	22	1.99
39473376--39473424	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
39474246--39474412	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
39481363--39481411	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
39482232--39482397	40	4.2	39	77	9	158	25	21	27	24	1.99
39483939--39483968	15	1.9	16	93	6	53	3	23	0	73	0.98
39486323--39486423	51	2.0	51	98	0	193	36	4	17	40	1.72
39488314--39488344	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
39490424--39490482	29	2.0	29	90	6	93	30	1	13	54	1.49
39492385--39492534	42	3.7	38	82	11	167	24	22	26	27	2.00
39492385--39492548	82	2.1	77	82	11	188	23	22	26	28	1.99
39494579--39494684	37	2.9	36	88	5	158	22	29	23	24	1.99
39500655--39500823	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
39508686--39508854	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
39512161--39512284	52	2.4	52	95	1	221	53	8	20	16	1.70
39513529--39513782	39	6.5	40	86	4	315	23	21	29	25	1.99
39513529--39513782	79	3.2	79	85	5	311	23	21	29	25	1.99
39515336--39515405	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39523349--39523530	39	4.6	39	88	0	238	21	30	23	23	1.99
39523379--39523530	39	3.9	39	92	0	241	22	30	23	23	1.99
39526583--39526652	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
39529788--39529813	6	4.3	6	100	0	52	0	30	38	30	1.58
39535252--39535321	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
39548953--39548993	20	2.0	22	85	9	59	21	4	12	60	1.50
39553935--39553971	15	2.5	15	95	0	65	37	32	13	16	1.87
39556177--39556226	25	2.0	25	92	0	82	42	26	12	20	1.86
39558869--39558921	25	2.2	23	87	9	79	26	20	20	32	1.98
39561355--39561571	47	4.6	46	76	11	176	28	19	28	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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