genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79561195--79561301	24	4.4	24	88	9	164	28	20	19	31	1.97
79561202--79561299	47	2.1	47	92	5	162	28	19	20	31	1.97
79561354--79561396	20	2.2	20	95	0	77	32	18	13	34	1.90
79561433--79561482	25	2.0	25	88	0	73	26	20	24	30	1.98
79564671--79564701	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
79564668--79564707	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
79569641--79569789	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
79569682--79569789	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
79577760--79577908	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
79577801--79577908	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
79593975--79594143	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
79605941--79606069	40	3.3	38	79	13	136	23	25	25	25	2.00
79605939--79606122	40	4.6	37	76	10	125	24	26	24	24	2.00
79606474--79606502	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
79608088--79608116	13	2.1	14	93	6	51	41	6	34	17	1.76
79612488--79612547	27	2.2	28	81	3	68	26	11	20	41	1.86
79612500--79612568	28	2.5	28	95	2	122	18	10	26	44	1.81
79619656--79619760	48	2.2	48	85	0	138	29	16	25	28	1.97
79619795--79619947	42	3.6	42	76	3	112	26	17	27	28	1.98
79622020--79622090	32	2.2	32	80	5	81	29	4	15	50	1.63
79623474--79623511	14	2.7	14	91	0	58	36	13	7	42	1.73
79623478--79623522	14	3.1	14	87	3	54	35	17	11	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79626677--79626711	17	2.2	16	90	10	54	20	14	5	60	1.54
79626786--79626823	12	3.2	12	81	7	51	31	0	0	68	0.90
79634581--79634646	20	3.1	22	91	8	102	22	4	4	68	1.27
79635257--79635297	21	1.9	21	85	5	55	63	2	2	31	1.20
79636007--79636084	37	2.1	37	90	0	120	47	8	3	39	1.53
79636296--79636350	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
79639998--79640030	15	2.2	15	100	0	66	39	12	6	42	1.67
79641383--79641547	48	3.5	48	83	3	226	23	29	19	28	1.98
79641383--79641554	94	1.8	94	92	0	290	22	29	19	28	1.98
79641382--79641596	94	2.3	94	84	1	279	24	27	20	28	1.99
79646813--79647055	40	6.1	40	90	2	366	23	20	26	29	1.99
79654949--79655001	26	2.0	26	100	0	106	37	22	11	28	1.89
79656751--79656792	20	2.0	22	86	9	61	57	4	2	35	1.33
79664295--79664400	53	2.0	53	100	0	212	37	26	16	18	1.93
79676527--79676702	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
79676524--79676695	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
79683578--79683721	48	3.0	47	80	8	130	35	27	16	20	1.94
79685615--79685874	55	4.8	53	77	13	214	21	25	18	35	1.96
79690715--79690748	10	3.2	10	84	15	50	58	0	0	41	0.98
79690719--79690745	12	2.2	12	100	0	54	70	0	0	29	0.88
79697893--79697917	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
79697890--79697958	29	2.3	31	80	9	81	60	4	0	34	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79702277--79702627	176	2.0	176	99	0	693	18	23	19	39	1.93
79703720--79703779	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
79703741--79703802	33	1.9	32	83	3	79	37	20	20	20	1.95
79703820--79703871	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
79706907--79707104	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
79706973--79707090	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
79706941--79707104	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
79714470--79714667	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
79714536--79714653	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
79714504--79714667	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
79716334--79716478	54	2.7	54	92	3	229	18	24	22	34	1.96
79716337--79716496	27	5.9	27	80	12	168	20	25	20	34	1.96
79716337--79716496	81	2.0	81	85	7	218	20	25	20	34	1.96
79724025--79724154	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
79728054--79728183	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
79728070--79728221	40	3.8	40	80	5	155	22	26	24	26	2.00
79728070--79728221	80	1.9	80	83	5	200	22	26	24	26	2.00
79735234--79735363	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
79735198--79735363	80	2.1	78	81	8	194	25	24	27	22	2.00
79743034--79743257	123	1.8	123	83	3	299	30	11	23	34	1.90
79743252--79743380	40	3.2	40	81	5	156	23	24	28	24	1.99
79747098--79747149	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79751058--79751281	40	5.6	40	92	2	353	26	27	21	24	1.99
79753823--79753851	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
79754977--79755149	43	4.0	43	75	16	153	25	17	26	30	1.98
79765518--79765573	28	2.0	28	100	0	112	25	17	14	42	1.87
79769855--79769925	35	2.0	35	100	0	142	35	11	16	36	1.85
79770137--79770292	43	3.6	43	80	11	176	26	17	27	27	1.98
79770133--79770292	86	1.9	86	85	5	225	26	18	27	28	1.98
79776819--79776924	55	1.9	55	82	0	131	28	30	23	17	1.97
79777438--79777483	23	2.0	23	82	0	56	23	32	8	34	1.86
79779970--79780097	65	2.0	65	90	0	202	26	14	15	42	1.86
79789417--79789585	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
79793211--79793340	43	3.0	44	79	13	144	23	18	25	32	1.97
79793386--79793445	30	2.0	30	96	0	111	23	26	21	28	1.99
79794459--79794493	10	3.4	10	92	7	61	28	20	20	31	1.97
79802310--79802349	21	1.9	21	94	0	71	30	17	15	37	1.90
79802310--79802348	10	3.8	10	90	6	60	30	17	15	35	1.91
79813329--79813536	40	5.2	40	83	4	213	25	25	22	26	2.00
79813329--79813498	80	2.1	80	85	4	236	24	27	22	25	2.00
79820626--79820833	40	5.2	39	82	3	220	25	25	22	26	2.00
79820626--79820832	80	2.6	80	84	2	254	25	25	22	26	2.00
79821374--79821407	17	2.0	17	94	0	59	2	11	0	85	0.71
79821923--79821981	29	2.0	29	100	0	118	32	16	13	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79822410--79822507	34	2.9	33	84	13	112	27	23	22	26	1.99
79827370--79827432	33	1.9	33	84	12	85	11	9	11	68	1.40
79828012--79828041	12	2.4	13	94	5	53	43	0	0	56	0.99
79830196--79830370	93	1.9	93	89	0	269	27	29	20	22	1.99
79830189--79830364	46	3.8	46	75	14	164	28	28	20	22	1.98
79830668--79830715	21	2.3	21	100	0	96	18	20	18	41	1.90
79834088--79834164	35	2.2	35	81	4	84	32	11	20	35	1.89
79835921--79836049	47	2.7	48	83	6	163	26	31	17	24	1.97
79835921--79836102	96	1.9	96	85	10	253	25	29	17	26	1.98
79837819--79837925	40	2.7	40	80	11	112	26	24	27	22	2.00
79842056--79842131	27	2.9	27	90	2	109	39	18	13	28	1.88
79846897--79847057	78	2.0	80	85	8	222	57	16	9	17	1.64
79855657--79855706	25	2.0	25	100	0	100	32	16	28	24	1.96
79857458--79857551	40	2.3	40	98	0	179	20	17	26	36	1.94
79858894--79859007	56	2.0	56	96	0	210	34	17	17	30	1.93
79861272--79861361	38	2.2	40	86	11	123	33	0	25	41	1.56
79861418--79861617	99	2.0	98	91	0	319	39	5	26	28	1.78
79864853--79864905	28	1.9	27	85	11	72	49	0	1	49	1.12
79867937--79868137	74	2.7	72	76	4	213	28	12	15	42	1.84
79870322--79870351	15	2.0	15	100	0	60	46	0	20	33	1.51
79872068--79872125	28	2.1	28	100	0	116	39	15	17	27	1.90
79875027--79875068	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79878621--79878654	6	5.7	6	92	0	59	82	0	2	14	0.79
79879424--79879461	14	2.5	16	91	8	62	34	18	0	47	1.49
79880307--79880369	30	2.1	30	93	0	108	30	25	23	20	1.99
79880316--79880377	30	2.1	30	90	0	97	30	25	22	20	1.98
79881293--79881380	40	2.2	40	91	0	140	34	20	2	43	1.64
79881309--79881371	27	2.4	27	82	12	78	36	20	3	39	1.69
79881292--79881390	13	7.5	13	70	17	62	32	19	2	46	1.61
79884223--79884285	29	2.2	29	79	0	72	50	9	7	31	1.64
79889561--79889632	11	6.2	12	77	18	73	50	0	0	50	1.00
79889561--79889632	34	2.1	35	89	7	112	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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