genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25048443--25048490	21	2.2	21	82	10	53	68	6	10	14	1.37
25048665--25048690	13	2.0	13	100	0	52	15	15	53	15	1.73
25053234--25053334	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
25061184--25061284	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
25063552--25063641	38	2.4	38	100	0	180	24	12	28	34	1.91
25064238--25064383	40	3.7	40	83	7	181	24	21	26	26	2.00
25064238--25064406	80	2.1	80	81	7	193	26	21	26	26	1.99
25068618--25068656	19	2.1	19	100	0	78	25	0	43	30	1.55
25071043--25071081	14	2.7	15	88	11	55	53	0	0	46	1.00
25076972--25077004	16	1.9	18	88	11	52	60	21	6	12	1.53
25077035--25077162	61	2.1	61	95	0	229	39	23	7	28	1.82
25083347--25083371	9	2.8	9	100	0	50	12	0	20	68	1.21
25084091--25084249	42	3.8	42	75	5	142	28	15	25	30	1.96
25084064--25084234	42	3.9	43	75	6	139	29	13	25	31	1.94
25092542--25092641	42	2.3	43	81	1	112	30	16	24	30	1.96
25095666--25095696	4	7.5	4	92	7	53	70	0	3	25	1.02
25095711--25095742	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
25104901--25104950	20	2.5	20	83	3	66	50	2	0	48	1.12
25105455--25105496	20	2.0	21	86	4	59	57	4	0	38	1.20
25105969--25106045	37	2.1	37	100	0	154	54	15	10	19	1.69
25110373--25110408	3	11.7	3	88	5	54	27	0	2	69	1.02
25111420--25111474	18	3.2	17	76	19	60	3	34	0	61	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25112698--25112778	28	2.9	28	87	1	110	22	24	17	35	1.95
25113720--25114035	43	7.4	43	70	9	261	26	25	19	29	1.98
25113690--25114087	85	4.7	85	92	0	661	27	24	19	28	1.99
25119914--25119963	25	2.0	25	100	0	100	36	16	16	32	1.90
25124216--25124264	19	2.5	19	80	3	53	53	4	2	40	1.32
25124906--25124936	7	4.4	7	95	0	53	45	22	0	32	1.53
25129531--25130132	139	4.2	140	84	9	642	59	7	3	30	1.41
25129743--25129780	18	2.1	18	85	9	51	55	5	0	39	1.23
25129898--25129935	2	19.0	2	88	0	58	52	2	0	44	1.14
25129750--25130075	155	2.1	154	93	2	546	60	6	2	30	1.35
25130098--25130494	3	134.7	3	73	13	276	63	2	3	29	1.25
25129964--25130330	180	2.0	180	91	1	592	61	4	3	31	1.32
25132109--25132215	28	3.7	27	71	21	74	25	28	20	26	1.99
25132244--25132299	20	2.8	20	83	2	69	33	23	16	26	1.95
25134217--25134256	20	1.9	22	85	10	57	42	10	0	47	1.37
25138532--25138607	22	3.2	22	78	14	73	32	7	1	57	1.36
25138433--25138568	25	5.4	26	68	16	81	30	7	2	59	1.37
25138471--25138606	26	5.5	23	71	18	80	30	8	2	59	1.38
25143034--25143093	21	2.7	23	80	14	65	58	5	1	35	1.30
25143034--25143101	31	2.3	30	84	5	84	57	4	1	36	1.28
25143879--25143914	18	2.0	18	89	10	56	38	5	2	52	1.39
25148931--25148959	13	2.2	13	100	0	58	62	17	6	13	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25152628--25152658	15	2.1	14	94	5	53	32	0	9	58	1.31
25154361--25154385	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
25155261--25155330	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
25162178--25162202	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
25163075--25163143	27	2.5	28	90	2	113	26	13	27	33	1.93
25164656--25164788	47	2.7	47	76	6	131	27	15	23	33	1.94
25164764--25164866	47	2.2	47	77	6	111	30	14	21	33	1.93
25168854--25169444	299	2.0	299	95	0	1056	30	14	23	31	1.94
25184879--25184919	13	3.2	13	86	6	57	75	0	4	19	0.98
25184879--25184925	17	2.7	18	86	6	69	74	0	6	19	1.03
25184879--25184930	9	5.9	9	80	13	54	73	0	9	17	1.09
25184956--25184989	4	8.2	4	87	6	50	70	0	29	0	0.87
25185342--25186735	469	3.0	467	97	0	2608	40	9	19	31	1.82
25187071--25187117	15	3.1	15	75	9	51	34	2	12	51	1.52
25187732--25187772	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
25191620--25191726	38	2.8	37	74	7	88	30	25	20	23	1.98
25192404--25192447	22	1.9	24	86	9	65	25	20	2	52	1.58
25192850--25192888	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
25194514--25194757	84	2.9	81	82	9	278	45	8	11	34	1.70
25194766--25195076	80	4.0	78	86	1	435	37	11	15	34	1.85
25197647--25197681	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
25197679--25197722	17	2.7	15	86	10	52	75	0	15	9	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25198566--25198590	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
25198621--25198737	47	2.5	47	88	2	173	16	16	23	44	1.86
25198725--25198755	6	5.2	6	92	0	53	16	19	16	48	1.81
25198865--25198932	18	3.7	18	76	3	73	29	8	13	48	1.72
25199787--25199830	13	3.4	13	77	0	52	36	22	2	38	1.67
25199913--25200224	46	6.7	46	89	2	419	18	23	15	42	1.88
25209035--25209112	33	2.4	33	86	4	104	21	17	17	42	1.89
25209588--25209708	43	2.8	43	85	0	152	33	21	16	28	1.95
25218716--25218740	13	1.9	13	100	0	50	16	32	32	20	1.94
25220526--25220604	22	3.5	22	75	3	86	37	8	11	41	1.72
25220519--25220604	45	1.9	45	92	0	145	41	8	10	39	1.69
25220920--25220944	11	2.3	11	100	0	50	40	0	20	40	1.52
25222813--25223017	42	4.9	42	88	0	266	16	19	15	48	1.82
25222859--25222924	21	3.1	21	68	0	69	15	18	15	51	1.77
25222931--25222997	21	3.2	21	70	16	57	14	16	16	52	1.75
25222823--25223042	42	5.2	42	83	2	253	15	19	16	48	1.81
25225313--25225410	49	2.0	49	97	0	187	41	16	6	35	1.73
25231478--25231525	25	2.0	24	87	4	69	62	4	0	33	1.14
25231604--25231685	39	2.1	39	100	0	164	53	4	2	39	1.35
25232564--25232637	37	2.0	37	100	0	148	21	5	27	45	1.73
25250142--25250174	13	2.4	14	90	5	50	69	3	0	27	1.03
25258392--25258521	42	3.1	42	85	2	172	21	25	34	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25263853--25263886	14	2.4	14	90	0	50	52	5	8	32	1.56
25263909--25264000	32	2.8	33	80	3	114	23	3	18	54	1.58
25264301--25264352	15	3.2	15	73	19	50	44	1	1	51	1.23
25264385--25264421	16	2.3	17	86	13	60	43	0	0	56	0.99
25264445--25264488	22	2.0	22	86	0	61	47	0	0	52	1.00
25265018--25265048	6	5.3	6	96	3	55	54	12	0	32	1.38
25268829--25268874	2	23.0	2	95	0	83	50	2	0	47	1.13
25269550--25269575	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
25271307--25271343	7	5.6	7	81	12	51	27	2	0	70	1.01
25271307--25271359	13	4.1	13	80	0	52	26	1	3	67	1.17
25272166--25272220	26	2.0	27	86	10	76	65	7	7	20	1.41
25272177--25272236	26	2.3	26	79	0	66	63	10	10	16	1.51
25277085--25277110	6	4.3	6	100	0	52	69	0	30	0	0.89
25277922--25277967	24	1.9	24	82	8	58	58	4	2	34	1.30
25285348--25285494	43	3.4	43	85	1	188	31	25	14	27	1.95
25292900--25293132	43	5.5	43	77	9	219	32	22	17	28	1.96
25292900--25293136	86	2.8	85	87	5	329	32	22	16	28	1.96
25303449--25303483	17	2.1	17	100	0	70	34	0	28	37	1.58
25309707--25309923	46	4.7	44	75	18	174	26	18	30	24	1.98
25312162--25312290	43	3.0	43	80	4	152	29	31	15	23	1.95
25319089--25319207	47	2.6	46	80	11	129	28	20	30	21	1.98
25355287--25355321	11	3.1	11	95	4	61	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25355734--25355958	109	2.1	112	81	9	277	45	8	8	38	1.63
25356295--25356371	27	2.7	29	80	9	95	54	5	3	36	1.41
25360456--25360512	29	2.0	29	96	0	105	15	36	21	26	1.93
25360569--25360656	42	2.1	42	86	0	122	17	34	25	23	1.96
25360941--25361909	483	2.0	483	95	0	1722	40	22	12	24	1.89
25370806--25370901	42	2.3	41	83	1	120	33	20	12	33	1.90
25374048--25374108	9	6.4	10	77	20	60	24	0	3	72	1.00
25374054--25374122	18	3.6	19	75	14	70	26	0	7	66	1.17
25374056--25374111	20	2.9	18	84	5	67	26	0	5	67	1.11
25374054--25374124	29	2.4	31	77	17	80	28	0	7	64	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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