genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21582300--21582369	24	3.0	22	72	12	59	65	0	2	31	1.07
21589337--21589521	40	4.6	40	77	7	178	23	27	22	25	2.00
21597395--21597579	40	4.6	40	83	3	237	22	27	24	24	2.00
21603815--21603906	28	3.2	28	87	3	139	25	14	32	28	1.94
21603822--21603901	29	2.8	28	90	3	124	25	15	33	26	1.95
21606583--21606758	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
21606580--21606751	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
21614142--21614317	46	3.8	46	76	14	182	19	20	30	29	1.97
21614139--21614310	93	1.8	93	91	2	283	20	20	30	28	1.98
21617455--21617498	22	2.0	22	100	0	88	31	22	18	27	1.97
21618696--21618771	29	2.7	28	89	4	116	27	11	31	28	1.92
21619977--21620048	18	4.1	18	94	1	128	40	9	20	29	1.85
21630109--21630188	40	2.0	40	97	0	151	33	17	15	33	1.91
21632842--21632872	16	1.9	16	100	0	62	51	19	19	9	1.74
21633096--21633179	28	2.9	29	89	6	127	26	14	32	27	1.95
21633100--21633179	29	2.8	29	88	7	119	26	15	32	26	1.95
21634271--21634304	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
21637493--21637554	28	2.2	28	91	5	99	29	11	29	30	1.91
21638776--21638809	18	1.9	18	94	5	61	44	11	14	29	1.81
21642064--21642092	14	2.0	15	93	6	51	0	44	0	55	0.99
21643679--21643780	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
21651561--21651662	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21654683--21654846	43	3.8	42	75	10	152	25	18	26	28	1.98
21658722--21658792	15	4.7	15	76	11	74	11	18	12	57	1.64
21660719--21660894	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
21660716--21660886	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
21664541--21664666	46	2.8	44	81	16	141	26	19	26	26	1.99
21664543--21664708	46	3.6	45	75	11	140	27	18	27	26	1.98
21672195--21672318	53	2.3	55	81	5	146	34	17	25	22	1.96
21672517--21672553	18	2.1	18	100	0	74	35	5	16	43	1.71
21675699--21675768	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
21678311--21678477	46	3.6	45	75	10	149	28	17	28	25	1.98
21678405--21678517	46	2.5	44	85	7	138	25	16	31	25	1.97
21691799--21691828	14	2.1	14	100	0	60	60	13	13	13	1.60
21693366--21693454	28	3.1	28	76	14	92	33	3	26	35	1.73
21696547--21696816	47	5.8	45	75	11	208	27	19	29	23	1.98
21696592--21696816	91	2.4	95	79	10	257	28	19	30	22	1.98
21699046--21699097	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
21699027--21699167	70	2.1	67	85	6	185	18	28	21	31	1.97
21705207--21705430	40	5.7	40	86	6	296	24	21	27	26	1.99
21705207--21705428	78	2.8	79	85	8	290	24	22	27	26	2.00
21709659--21709925	47	5.7	46	72	10	184	27	20	29	22	1.98
21712878--21712957	30	2.5	31	82	10	99	17	7	21	53	1.68
21715983--21716043	28	2.2	28	84	0	77	27	22	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21716199--21716280	27	3.0	27	83	0	101	36	18	21	23	1.95
21717826--21718035	105	2.0	106	86	2	298	27	18	25	28	1.98
21717819--21718049	49	4.5	49	80	8	255	26	17	26	29	1.98
21720788--21720829	21	2.0	21	100	0	84	19	23	19	38	1.93
21720742--21720872	67	2.0	67	95	0	235	22	24	16	36	1.94
21720595--21720809	46	4.6	46	89	3	288	20	23	14	41	1.89
21723003--21723028	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21727275--21727366	27	3.4	26	75	7	76	36	19	21	21	1.95
21727501--21727567	27	2.5	26	80	7	80	25	16	16	41	1.88
21733076--21733110	15	2.3	15	90	0	52	37	20	0	42	1.52
21734274--21734357	5	16.8	5	100	0	168	59	0	0	40	0.97
21734349--21734418	37	1.9	36	82	5	88	41	2	1	54	1.24
21736737--21736794	26	2.2	26	84	0	71	41	10	15	32	1.81
21739368--21739400	11	2.9	11	95	4	57	9	18	9	63	1.49
21741871--21741906	18	2.0	18	88	0	54	44	16	8	30	1.77
21742692--21742755	22	2.9	22	76	4	76	42	20	25	12	1.87
21742892--21742936	21	2.1	21	87	0	63	33	20	0	46	1.51
21748607--21748704	27	3.7	26	82	5	106	42	13	18	25	1.86
21748667--21748769	54	1.9	54	86	4	145	34	16	12	35	1.87
21748687--21748793	27	4.0	27	79	4	117	28	15	17	37	1.91
21749129--21749183	18	3.1	18	89	0	83	29	23	7	40	1.81
21754297--21754421	48	2.7	44	76	14	117	28	17	28	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21754294--21754564	92	2.9	95	77	9	247	25	18	29	26	1.98
21761626--21761813	45	4.2	45	90	0	241	25	20	11	43	1.85
21768007--21768326	46	7.0	46	93	0	516	38	15	23	22	1.92
21770030--21770094	27	2.4	27	77	10	69	15	24	21	38	1.92
21770168--21770342	45	3.8	45	78	5	190	24	22	10	42	1.84
21771744--21771768	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21780091--21780230	68	2.1	68	94	0	244	35	17	23	23	1.95
21785512--21785567	30	1.9	28	85	7	76	53	3	30	12	1.55
21791864--21791889	13	2.0	13	100	0	52	23	38	23	15	1.92
21793771--21793872	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
21801791--21801892	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
21809464--21809502	20	1.9	20	84	5	51	7	23	15	53	1.67
21815236--21815268	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
21819817--21819980	56	2.9	56	84	1	211	29	14	24	31	1.95
21821192--21821530	168	2.0	168	95	0	615	31	7	22	38	1.83
21834613--21834756	39	3.7	39	91	0	234	27	20	29	22	1.99
21834614--21834784	78	2.2	79	90	1	263	25	21	28	23	1.99
21841017--21841072	23	2.4	23	91	5	87	17	12	37	32	1.88
21846471--21846620	40	3.8	40	77	12	132	26	24	26	22	2.00
21846510--21846636	40	3.2	40	77	4	132	24	24	28	22	2.00
21854428--21854594	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
21854757--21854901	72	2.0	72	100	0	290	39	2	22	35	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21854755--21854865	36	3.1	35	65	23	95	38	2	20	37	1.67
21854785--21854899	36	3.2	36	66	22	105	40	1	24	33	1.66
21856019--21856050	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
21857516--21857548	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
21862931--21863012	6	14.3	6	81	7	91	17	3	1	78	0.97
21862930--21863019	17	5.3	17	77	18	71	18	4	1	75	1.03
21862939--21863027	38	2.3	38	83	7	101	17	5	1	75	1.06
21862933--21863025	44	2.1	44	82	4	107	18	5	1	75	1.05
21865913--21865945	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
21870293--21870400	55	2.0	55	83	0	135	16	28	26	27	1.97
21875686--21875717	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
21892025--21892107	6	12.3	6	74	20	67	22	2	0	74	0.93
21902146--21902191	22	2.1	22	84	4	58	23	4	2	69	1.17
21907586--21907676	44	2.1	44	100	0	182	32	17	14	35	1.90
21909816--21909923	42	2.6	42	78	0	126	31	14	26	26	1.95
21914886--21915091	27	7.7	27	85	2	220	32	23	5	38	1.78
21914899--21915091	80	2.4	80	83	1	244	33	22	5	38	1.77
21914896--21915120	107	2.1	106	80	8	242	33	22	7	36	1.81
21915080--21915209	54	2.4	54	82	7	149	40	20	10	29	1.86
21915113--21915236	27	4.7	26	81	5	131	42	20	7	29	1.79
21915113--21915281	54	3.1	53	80	8	155	43	18	7	30	1.77
21915247--21915298	27	1.9	27	84	7	70	40	13	11	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21915113--21915319	109	1.9	107	80	5	238	41	20	7	30	1.80
21916226--21916295	25	2.8	24	86	4	86	25	24	24	25	2.00
21916251--21916322	25	3.0	23	84	10	81	27	22	23	26	1.99
21916443--21916660	42	5.2	42	97	0	400	30	15	19	34	1.93
21916684--21916767	31	2.7	31	88	1	134	30	16	23	28	1.96
21919022--21919188	81	2.1	81	93	2	282	28	23	7	40	1.81
21919022--21919192	27	6.3	27	85	2	218	28	23	7	40	1.82
21919224--21919374	27	5.6	27	85	4	180	42	22	7	27	1.80
21919191--21919374	54	3.4	53	77	7	167	40	21	9	28	1.85
21919224--21919373	81	1.9	81	90	2	239	42	22	7	28	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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