genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58990080--58990349	95	2.8	96	84	7	318	28	29	17	25	1.97
59004128--59004372	130	1.9	129	91	2	402	24	19	31	24	1.98
59004128--59004372	87	2.8	86	92	2	402	24	19	31	24	1.98
59004128--59004372	43	5.7	43	94	1	402	24	19	31	24	1.98
59004768--59004818	21	2.4	21	76	0	57	3	49	17	29	1.65
59010452--59010668	9	23.4	9	80	5	184	38	1	13	47	1.52
59010452--59010669	27	7.9	27	81	8	222	38	1	13	46	1.52
59010774--59010829	15	3.8	15	76	21	64	51	0	1	46	1.11
59015320--59015370	12	4.3	11	79	16	57	39	1	0	58	1.09
59015359--59015390	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
59016410--59016604	41	4.9	41	86	9	278	19	23	24	32	1.98
59016410--59016604	76	2.5	78	89	5	277	19	23	24	32	1.98
59018923--59019016	18	5.4	18	92	3	131	36	25	9	28	1.87
59018923--59019003	9	9.0	9	70	0	54	34	27	9	28	1.89
59021382--59021470	21	4.1	21	84	5	90	53	10	23	12	1.68
59021382--59021450	21	3.3	21	87	2	95	55	8	24	11	1.64
59045149--59045300	27	5.6	27	78	1	144	34	11	21	32	1.88
59045149--59045300	81	1.9	81	81	2	189	34	11	21	32	1.88
59045417--59045454	19	2.0	19	100	0	76	21	15	21	42	1.89
59049057--59049259	38	5.2	38	79	5	183	32	25	21	20	1.98
59053397--59053505	57	1.9	58	84	1	148	26	27	20	25	1.99
59053659--59054009	43	8.2	43	88	1	479	33	32	21	12	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59055582--59055732	38	3.9	38	84	1	185	33	22	22	21	1.98
59055611--59055768	76	2.1	78	84	4	205	30	23	22	23	1.99
59055630--59055768	38	3.6	37	81	9	154	28	23	23	24	1.99
59058161--59058191	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
59065926--59065998	27	2.6	28	91	2	121	30	13	24	31	1.94
59071996--59072069	29	2.6	29	86	4	96	25	14	32	27	1.95
59080048--59080121	29	2.6	29	86	4	96	25	14	32	27	1.95
59082648--59082733	40	2.2	40	85	4	111	36	32	16	15	1.90
59082663--59082862	39	5.1	39	86	4	138	32	30	20	18	1.96
59082690--59082896	39	5.3	38	87	4	263	31	28	20	19	1.97
59090008--59090213	40	5.2	40	92	1	335	26	27	23	22	2.00
59096250--59096480	40	5.8	40	92	0	363	24	30	23	20	1.99
59098484--59098821	47	7.1	47	88	4	471	28	29	8	33	1.87
59098484--59098822	96	3.6	96	91	1	540	28	29	8	33	1.87
59098499--59098817	143	2.2	142	92	3	525	28	29	9	33	1.88
59101843--59102063	39	5.6	39	89	0	298	23	29	22	24	1.99
59101843--59102063	117	1.9	119	90	1	356	23	29	22	24	1.99
59109981--59110172	39	4.9	39	91	0	285	23	30	20	25	1.99
59109950--59110171	117	1.9	119	90	1	358	22	30	22	24	1.99
59117267--59117307	18	2.3	18	95	0	73	48	9	2	39	1.49
59123924--59123956	14	2.3	15	89	5	50	42	9	3	45	1.51
59124752--59124789	19	2.0	19	100	0	76	26	26	5	42	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59137925--59138126	42	4.8	43	71	12	141	25	16	25	32	1.96
59137929--59138036	44	2.5	44	81	3	139	24	16	27	31	1.96
59138017--59138120	40	2.6	39	80	7	118	27	18	24	29	1.98
59146664--59146866	40	5.1	40	85	4	198	24	22	27	26	2.00
59146664--59146866	80	2.5	80	87	2	266	24	22	27	26	2.00
59154665--59154870	40	5.2	40	88	1	290	23	22	27	26	2.00
59159973--59160080	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
59159932--59160080	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
59164503--59164710	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
59164503--59164708	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
59167283--59167410	54	2.4	54	84	5	152	42	21	7	27	1.80
59167283--59167407	27	4.6	27	85	5	137	44	21	7	27	1.78
59167392--59167596	27	7.6	27	80	4	234	36	18	19	26	1.94
59167309--59167433	54	2.3	54	80	6	137	42	20	9	28	1.83
59167338--59167596	81	3.2	80	78	9	267	37	18	16	28	1.92
59167388--59167615	81	2.8	81	82	7	268	35	17	19	26	1.94
59167942--59168000	22	2.7	22	81	0	64	22	25	22	30	1.99
59168179--59168235	28	2.0	28	83	6	71	22	21	15	40	1.91
59169928--59170077	40	3.8	40	80	5	155	26	24	27	22	1.99
59177957--59178100	40	3.6	40	78	5	141	27	25	26	20	1.99
59177994--59178123	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
59179487--59179545	27	2.2	27	90	3	93	18	23	22	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59179663--59179787	6	20.3	6	69	16	69	21	17	12	48	1.81
59179663--59179727	25	2.6	25	82	0	85	23	18	12	46	1.82
59179685--59179778	37	2.5	37	82	0	107	22	18	11	47	1.80
59179694--59179760	19	3.6	19	74	11	66	20	17	13	47	1.81
59193965--59194003	20	1.9	21	89	5	62	15	5	0	79	0.90
59199347--59199439	47	2.0	47	91	0	150	24	15	11	48	1.78
59203467--59203496	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
59211440--59211487	21	2.3	21	81	0	60	39	12	16	31	1.86
59211533--59211590	25	2.4	25	78	16	68	31	24	22	22	1.99
59219577--59219651	10	7.1	11	71	7	57	37	13	16	33	1.87
59219577--59219634	21	2.8	21	84	5	73	37	12	18	31	1.88
59221937--59222020	39	2.2	38	86	2	114	42	11	9	35	1.74
59223621--59223748	49	2.6	49	85	2	168	21	28	21	28	1.99
59227057--59227088	14	2.1	16	88	11	50	28	18	25	28	1.98
59234557--59234665	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
59234815--59234961	50	3.0	50	91	3	235	29	23	8	38	1.84
59234920--59235064	47	3.1	47	90	2	222	26	29	11	32	1.92
59238598--59238765	48	3.6	47	75	6	169	24	28	19	27	1.98
59242934--59243036	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
59250947--59251049	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
59254978--59255033	29	1.9	29	85	7	78	39	5	3	51	1.42
59255269--59255316	25	1.9	25	100	0	96	33	8	0	58	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59256702--59256765	17	3.6	18	75	6	60	23	1	3	71	1.08
59256810--59256875	34	1.9	35	84	9	91	39	1	3	56	1.24
59256956--59257011	20	2.5	22	83	11	62	58	3	0	37	1.15
59257265--59257337	9	8.6	9	73	22	59	46	17	1	34	1.57
59257281--59257328	16	3.0	16	75	9	53	50	14	0	35	1.44
59257283--59257364	36	2.4	36	88	8	118	47	17	0	35	1.48
59259895--59259925	9	3.4	9	100	0	62	45	25	0	29	1.54
59260653--59260765	53	2.1	53	85	3	147	29	23	15	30	1.96
59260745--59260808	30	2.1	30	100	0	128	25	26	17	31	1.97
59264679--59264718	21	2.0	20	95	5	71	40	22	0	37	1.54
59269435--59269583	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
59269476--59269583	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
59277465--59277631	40	4.2	41	83	5	182	25	26	21	26	2.00
59278457--59278502	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
59280475--59280575	38	2.6	38	85	6	132	22	24	24	27	2.00
59285073--59285389	46	6.7	47	73	10	141	26	17	31	24	1.97
59285937--59285982	17	2.6	18	76	13	51	36	4	21	36	1.74
59286098--59286178	42	1.9	42	94	0	144	14	27	33	24	1.95
59293419--59293457	16	2.4	17	95	4	71	48	38	5	7	1.54
59295382--59295584	40	5.1	40	84	1	257	26	25	21	26	2.00
59298687--59298785	28	3.5	28	82	6	112	29	15	26	29	1.96
59306586--59306657	29	2.5	28	86	6	92	30	15	26	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59311967--59312081	29	4.0	28	76	4	95	30	13	26	29	1.94
59319505--59319550	17	2.6	18	76	13	51	36	4	21	36	1.74
59319742--59319881	70	2.0	70	95	0	253	33	22	22	20	1.97
59322274--59322422	44	3.5	41	74	13	131	32	25	18	23	1.97
59322266--59322423	43	3.7	42	76	10	142	32	26	18	22	1.97
59324874--59325079	40	5.2	40	83	1	254	26	26	21	24	2.00
59332925--59333130	40	5.2	40	84	2	256	26	27	22	23	2.00
59337566--59337638	24	3.2	24	64	18	64	31	17	13	36	1.89
59337537--59337669	45	3.0	45	90	0	212	27	14	19	38	1.91
59337574--59337647	21	3.2	25	64	18	68	32	16	13	37	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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