genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  212  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65710429--65710526	45	2.2	45	98	1	189	41	6	11	40	1.65
65712309--65712466	39	4.0	39	91	0	235	24	21	30	23	1.99
65719818--65719974	39	4.0	39	92	0	233	26	21	30	22	1.98
65721030--65721170	27	5.3	26	85	1	129	42	19	6	31	1.76
65721047--65721198	27	5.7	27	88	2	209	42	20	6	30	1.78
65721047--65721270	81	2.8	79	77	8	218	40	20	8	30	1.82
65721182--65721256	27	2.8	27	87	4	107	38	24	10	26	1.88
65721248--65721645	27	14.8	27	86	2	507	28	23	8	39	1.84
65721235--65721689	81	5.6	81	84	3	263	29	23	8	38	1.85
65723037--65723100	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
65729312--65729395	25	3.4	24	82	9	71	26	22	21	29	1.99
65729325--65729397	25	2.9	25	85	2	101	26	21	24	27	2.00
65729451--65729507	9	5.9	9	80	15	69	38	21	7	33	1.80
65729443--65729529	20	4.3	20	94	2	149	35	19	10	34	1.86
65729429--65729528	40	2.5	40	87	9	125	36	19	11	34	1.87
65729443--65729518	11	7.5	11	71	16	74	35	19	10	34	1.86
65731862--65731951	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
65731862--65731967	54	2.0	53	81	9	126	38	19	10	31	1.86
65731957--65732165	27	7.8	27	87	1	262	29	23	8	39	1.83
65732063--65732367	27	11.2	27	78	10	115	37	20	8	34	1.83
65732144--65732367	54	4.1	54	76	12	181	40	20	8	31	1.81
65731903--65732202	81	3.7	82	75	6	229	32	22	8	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65732159--65732312	81	1.9	81	84	7	206	40	20	7	30	1.81
65732117--65732373	27	9.4	27	77	6	133	37	19	8	33	1.83
65732414--65732487	27	2.7	27	78	12	80	36	21	20	21	1.95
65733651--65733698	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
65733742--65733825	20	4.2	20	93	0	141	34	13	21	30	1.91
65733766--65733820	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
65733872--65734065	25	8.0	24	89	5	261	27	21	23	27	1.99
65734257--65734320	31	2.1	31	84	0	83	37	14	21	26	1.92
65737857--65737886	15	2.0	15	93	0	51	20	0	23	56	1.42
65741453--65741623	94	1.8	92	82	5	218	23	29	21	25	1.99
65748499--65748705	56	3.7	56	88	0	281	35	22	14	28	1.92
65748499--65748705	111	1.9	111	87	3	308	35	22	14	28	1.92
65756978--65757066	29	3.2	29	65	18	80	19	24	16	39	1.92
65757007--65757091	25	3.2	25	64	23	66	23	24	15	36	1.93
65756854--65757115	54	4.9	54	88	3	357	22	24	16	36	1.94
65757078--65757302	47	4.8	46	76	8	177	21	25	19	33	1.97
65757307--65757391	44	1.9	44	85	4	118	27	21	14	37	1.91
65757929--65757990	30	2.1	30	93	0	106	35	24	4	35	1.77
65760709--65760917	27	7.7	27	86	2	240	38	20	10	31	1.86
65760704--65760967	81	3.3	81	78	5	196	37	21	9	31	1.85
65760956--65761198	27	9.0	27	88	0	317	35	19	20	23	1.96
65763307--65763511	43	4.9	43	93	1	323	25	21	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65763317--65763537	40	5.4	40	91	3	302	25	22	28	23	2.00
65765106--65765296	39	4.9	39	94	0	319	21	31	23	24	1.98
65770115--65770184	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
65777744--65777948	43	4.9	43	94	1	332	24	21	28	24	1.99
65777751--65777958	40	5.1	40	93	2	310	24	22	28	25	1.99
65779356--65779548	6	31.3	6	67	20	69	21	15	11	51	1.74
65779366--65779414	25	2.0	25	87	0	71	24	14	10	51	1.73
65779384--65779460	37	2.1	37	85	4	102	22	12	12	51	1.74
65779374--65779548	62	2.8	62	83	7	205	21	14	12	51	1.75
65779440--65779515	37	2.1	37	84	0	98	19	15	13	51	1.76
65779455--65779525	37	1.9	37	85	0	97	19	15	12	52	1.75
65786728--65786965	49	4.8	49	80	5	271	29	25	17	27	1.97
65787199--65787252	27	2.0	27	88	0	81	40	14	5	38	1.70
65792357--65792424	28	2.5	28	92	4	113	19	10	26	44	1.82
65797045--65797211	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
65797061--65797211	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
65799623--65799664	18	2.2	20	83	8	52	50	21	4	23	1.68
65803023--65803064	21	2.0	21	85	0	57	19	40	16	23	1.91
65805849--65805873	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
65808805--65808971	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
65816741--65816868	39	3.2	40	80	7	138	25	28	22	23	1.99
65824748--65824914	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65824764--65824914	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
65826109--65826217	56	2.0	53	82	12	132	28	16	18	36	1.92
65829705--65829773	28	2.5	28	92	2	113	18	8	27	44	1.79
65831393--65831430	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
65833128--65833152	12	2.1	12	100	0	50	32	0	8	60	1.26
65833559--65833612	25	2.0	28	82	10	69	33	3	20	42	1.70
65841222--65841312	45	2.0	45	95	0	164	36	25	14	24	1.93
65841241--65841316	21	3.5	21	68	16	64	36	26	14	22	1.92
65850576--65850639	29	2.2	29	88	0	92	26	9	25	39	1.86
65853109--65853198	33	2.7	33	80	10	94	28	22	24	24	1.99
65855563--65855618	29	2.0	28	89	3	85	17	23	26	32	1.97
65857372--65857547	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
65857369--65857540	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
65861528--65861581	27	2.0	27	100	0	108	29	7	25	37	1.83
65863345--65863452	27	4.0	27	83	8	130	37	21	24	16	1.93
65863345--65863452	54	2.0	54	85	3	146	37	21	24	16	1.93
65864870--65864940	24	3.0	24	93	0	115	25	36	2	35	1.71
65869175--65869209	18	1.9	18	88	11	54	17	34	8	40	1.80
65871439--65871569	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
65871439--65871569	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
65879400--65879530	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
65879400--65879530	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65882333--65882411	27	2.9	26	80	9	86	41	20	22	15	1.89
65883684--65883856	46	3.7	46	73	14	176	23	19	26	30	1.98
65883682--65883851	93	1.8	93	91	2	279	22	20	27	30	1.98
65889231--65889448	46	4.7	46	80	9	246	22	21	27	28	1.99
65889227--65889397	93	1.8	93	91	0	279	22	20	27	29	1.99
65889511--65889542	13	2.5	13	94	0	55	9	9	25	56	1.61
65889641--65889747	40	2.7	39	88	5	153	23	26	23	27	2.00
65889526--65889979	154	3.0	154	93	2	740	28	20	20	31	1.97
65889795--65889898	40	2.6	40	89	1	147	29	22	17	30	1.96
65890568--65890723	6	25.8	6	75	18	146	48	14	17	19	1.81
65890568--65890723	54	2.8	53	87	7	177	48	14	17	19	1.81
65890841--65890906	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
65890841--65890914	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
65890865--65890922	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
65891078--65891136	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
65891223--65891305	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
65891504--65891698	27	7.3	27	86	1	239	25	20	18	35	1.95
65891703--65892026	27	12.2	27	87	5	473	39	10	22	26	1.87
65891693--65891992	107	2.9	104	89	6	398	39	11	22	27	1.87
65891703--65892025	79	4.0	81	88	5	446	39	10	22	26	1.87
65895724--65895880	6	25.8	6	70	18	103	50	13	15	19	1.77
65895724--65895880	55	2.7	56	86	7	201	50	13	15	19	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65895783--65895880	25	3.7	25	73	17	99	50	14	17	18	1.79
65896002--65896071	27	2.6	26	84	6	86	37	20	24	18	1.94
65896022--65896079	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
65896382--65896464	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
65896663--65896857	27	7.3	27	80	3	205	26	19	17	35	1.94
65896663--65896850	54	3.5	54	85	0	243	26	20	18	35	1.95
65896665--65896857	81	2.4	81	84	4	239	26	19	17	36	1.94
65896862--65897559	27	26.0	27	85	6	900	40	9	22	27	1.85
65899490--65899644	6	25.8	6	74	19	137	49	14	17	19	1.80
65899520--65899644	55	2.3	55	94	2	216	48	14	17	20	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325