genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.273.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84643119--84643341	110	2.0	110	97	0	419	41	19	6	32	1.77
84646311--84646348	18	2.1	18	90	0	58	50	2	34	13	1.55
84648866--84648906	12	3.4	12	86	0	64	24	46	9	19	1.80
84648866--84648905	6	6.7	6	85	0	53	22	47	10	20	1.79
84648913--84648985	6	12.2	6	76	11	60	19	34	1	45	1.59
84658193--84658332	27	5.2	28	90	5	184	35	22	24	17	1.96
84659946--84660079	26	5.2	26	93	3	218	36	24	5	33	1.78
84659946--84660079	51	2.6	50	94	3	223	36	24	5	33	1.78
84664035--84664201	27	6.2	27	91	3	230	34	22	24	18	1.96
84664035--84664203	54	3.1	54	91	1	259	34	23	24	18	1.96
84665815--84665950	26	5.2	26	96	0	236	36	25	5	32	1.80
84666366--84666473	26	4.2	26	93	0	180	33	6	24	36	1.81
84670138--84670172	18	1.9	18	94	0	61	28	14	22	34	1.93
84670461--84670519	30	2.0	30	90	6	93	20	42	0	37	1.52
84671608--84671707	50	2.1	47	83	9	121	34	20	4	42	1.70
84675155--84675235	23	3.7	23	76	17	91	35	19	20	23	1.96
84678051--84678223	44	4.0	43	75	9	138	32	24	19	23	1.97
84684601--84684664	31	2.1	31	93	0	110	39	10	20	29	1.87
84685316--84685356	18	2.2	20	82	8	50	24	2	4	68	1.22
84686967--84687029	21	3.0	21	88	4	74	22	26	25	25	2.00
84688074--84688368	163	1.8	163	85	5	418	40	12	18	28	1.88
84689664--84689726	6	10.3	6	82	3	72	14	17	3	65	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84692071--84692640	48	11.8	48	80	0	611	26	28	17	27	1.97
84692071--84692640	96	5.9	96	89	0	825	26	28	17	27	1.97
84698586--84698630	18	2.5	18	92	0	72	28	26	13	31	1.94
84701901--84702013	56	2.0	56	98	0	217	38	15	14	32	1.87
84705370--84705399	15	2.0	15	100	0	60	66	0	0	33	0.92
84705383--84705428	19	2.4	19	76	20	51	63	4	2	30	1.26
84712663--84712694	5	6.2	5	92	7	55	75	0	3	21	0.95
84715278--84715433	79	2.0	79	98	0	303	43	22	10	23	1.84
84718193--84718285	39	2.4	39	92	0	150	22	29	20	27	1.98
84718945--84718979	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
84719442--84719513	2	36.0	2	83	5	83	47	4	2	45	1.36
84726140--84726194	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
84733178--84733212	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
84733771--84733840	12	5.8	12	72	12	63	55	0	1	42	1.08
84738032--84738109	36	2.2	36	90	0	120	14	8	25	51	1.71
84738993--84739035	15	2.6	16	78	14	52	48	16	18	16	1.81
84739002--84739032	15	2.1	15	100	0	62	48	12	19	19	1.81
84745829--84745862	17	2.0	17	88	0	50	14	17	26	41	1.88
84752154--84752193	15	2.7	15	80	0	53	27	12	2	57	1.48
84760751--84760775	13	1.9	13	100	0	50	80	0	20	0	0.72
84762396--84762563	40	4.2	40	79	6	162	23	26	22	27	2.00
84762412--84762561	80	1.9	80	83	8	198	22	26	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84770407--84770574	40	4.2	40	79	6	162	23	26	22	27	2.00
84770423--84770572	80	1.9	80	83	8	198	22	26	23	27	2.00
84773399--84773456	24	2.3	24	94	5	98	8	15	8	67	1.41
84773384--84773469	32	2.7	31	77	15	88	15	12	6	65	1.46
84773584--84773613	14	2.2	14	94	5	53	20	0	6	73	1.05
84775061--84775220	42	3.8	42	79	9	164	31	13	23	31	1.93
84775070--84775226	85	1.9	84	82	4	199	30	14	24	31	1.94
84781969--84782002	16	2.1	16	94	0	59	38	14	23	23	1.92
84784770--84784807	18	2.1	18	100	0	76	52	21	15	10	1.72
84787151--84787205	23	2.5	21	80	11	65	30	16	5	47	1.69
84787373--84787493	62	1.9	62	85	5	163	32	25	15	26	1.96
84794138--84794191	23	2.4	21	76	11	54	35	14	5	44	1.69
84794358--84794514	43	3.7	42	77	13	126	33	22	14	28	1.94
84803797--84803842	21	2.2	21	85	11	60	41	4	0	54	1.20
84803797--84803851	12	4.7	12	77	16	53	38	5	0	56	1.23
84810405--84810513	54	2.0	53	85	5	148	33	21	14	30	1.93
84810404--84810517	27	4.2	27	81	4	131	32	22	14	29	1.94
84810473--84810553	27	3.1	27	79	10	64	32	19	18	29	1.96
84810510--84810554	23	2.0	23	95	0	81	24	24	24	26	2.00
84814232--84814382	42	3.6	42	78	7	162	30	15	23	29	1.96
84816220--84816253	17	2.0	17	100	0	68	11	0	23	64	1.26
84816221--84816254	8	4.1	8	92	7	59	14	0	23	61	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84816636--84816807	43	4.0	43	72	13	113	22	15	25	36	1.94
84828965--84828989	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
84837939--84838072	64	2.1	65	86	5	184	47	5	17	29	1.69
84838800--84839069	134	2.0	134	97	0	513	40	12	11	35	1.80
84840955--84841222	48	5.6	48	85	1	315	27	30	17	23	1.97
84840957--84841222	144	1.8	144	83	3	356	27	31	17	23	1.97
84843185--84843274	27	3.3	27	85	0	117	32	26	15	25	1.96
84843207--84843341	66	2.0	67	82	4	166	33	23	14	28	1.94
84843270--84843360	27	3.3	27	78	3	92	31	21	13	32	1.92
84843291--84843368	27	2.8	28	84	1	104	29	17	14	38	1.89
84843186--84843359	94	1.9	93	80	6	208	31	24	13	30	1.93
84849462--84849508	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
84849733--84849921	46	4.2	45	80	8	114	19	22	15	41	1.89
84849766--84850020	46	5.7	46	85	7	339	21	24	14	39	1.91
84849934--84850009	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
84861796--84861830	6	5.8	6	89	0	52	34	8	17	40	1.80
84861776--84861830	18	3.1	18	86	7	76	34	9	16	40	1.80
84876725--84876749	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
84883158--84883194	19	1.9	19	88	0	56	13	24	40	21	1.89
84886828--84886888	27	2.3	27	97	0	113	32	18	19	29	1.95
84891072--84891097	12	2.2	12	100	0	52	38	15	38	7	1.76
84891103--84891145	22	2.0	21	81	4	50	30	6	25	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84896185--84896247	25	2.5	26	80	10	69	71	9	4	14	1.28
84900543--84900616	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
84900600--84900675	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
84900543--84900675	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
84908415--84908488	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
84908472--84908547	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
84912460--84912517	25	2.3	25	85	8	73	51	0	0	48	1.00
84912824--84912883	23	2.4	25	78	8	70	53	1	10	35	1.44
84917656--84917920	68	3.9	66	81	4	228	38	15	20	26	1.92
84917686--84917920	67	3.5	67	79	7	226	37	14	20	27	1.91
84918908--84918998	41	2.2	41	80	3	103	16	17	17	48	1.82
84930989--84931018	5	5.8	5	96	4	51	20	0	0	80	0.72
84931661--84931690	15	1.9	15	93	6	51	60	0	0	40	0.97
84934311--84934413	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
84936781--84936993	46	4.6	46	74	12	163	23	28	18	28	1.98
84944363--84944582	46	4.8	44	77	10	174	24	28	19	28	1.98
84946297--84946338	22	1.9	22	90	0	66	54	4	7	33	1.49
84949785--84949995	64	3.2	64	62	20	142	29	26	18	26	1.98
84949751--84950037	137	2.1	137	96	0	529	31	25	19	24	1.98
84951819--84951927	26	4.2	26	96	1	184	36	24	4	33	1.76
84955722--84955932	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
84955688--84955974	137	2.1	137	98	0	556	31	25	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84957751--84957859	26	4.2	26	96	1	184	36	24	4	33	1.76
84986365--84986500	26	5.2	25	92	7	209	33	4	25	36	1.76
84989888--84989919	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
84990397--84990485	20	4.6	20	75	14	78	51	10	11	26	1.69
84990381--84990460	37	2.2	37	93	0	133	56	11	6	26	1.58
84991626--84991681	10	5.2	10	77	14	58	32	3	1	62	1.23
84991629--84991681	22	2.4	23	81	9	65	32	3	1	62	1.24
84991628--84991671	5	8.4	5	80	9	52	31	2	2	63	1.19
84991628--84991671	11	4.2	10	82	8	52	31	2	2	63	1.19
84996540--84996839	39	7.7	39	93	1	478	29	29	23	18	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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