Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  274  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84996550--84996839
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2.5
117
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1
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29
22
18
1.97
84996912--84996993
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2.9
28
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0
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1.88
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0
0
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0.80
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19
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41
1.89
85027133--85027265
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2.1
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0
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1.8
108
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0
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1.92
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16
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0
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24
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2.3
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2.8
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20
22
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60
6
2
30
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1.8
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3.8
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216
20
21
29
28
1.98
85069609--85069780
93
1.8
93
96
0
317
20
21
29
27
1.98
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2.2
27
96
0
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1.87
85074915--85074970
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2.5
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32
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1
58
1.35
85080659--85080743
40
2.2
38
79
8
89
47
21
14
17
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85081354--85081433
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20
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6
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1
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85081403--85081458
14
3.9
14
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58
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0
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2.0
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0
20
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2.0
24
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1.76
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9
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0
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1.59
85091782--85091865
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2.6
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7
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60
1.56
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16
1.9
15
93
6
51
43
0
10
46
1.37
85122331--85122417
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2.0
42
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2
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25
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85128919--85128972
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2.1
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24
14
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5
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0
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100
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16
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70
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20
18
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2.3
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98
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20
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2.0
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25
6
35
1.81
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79
2.0
79
88
2
237
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22
18
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1.97
85173216--85173245
15
1.9
16
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6
53
20
20
33
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1.97
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2.0
26
100
0
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7
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2.4
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95
0
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15
22
20
1.88
85190107--85190154
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20
78
21
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43
16
22
16
1.87
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1.92
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48
2.0
48
82
6
115
28
14
28
27
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.74
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16
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26
1.99
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41
4.0
41
73
18
148
22
22
28
26
1.99
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2.1
32
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5
104
27
8
2
61
1.39
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3.0
24
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28
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1.52
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2.7
26
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0
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21
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1.97
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19
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1.97
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2.0
64
89
0
193
36
14
18
30
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85249665--85249697
17
1.9
17
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0
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1.30
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2.1
16
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50
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3
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1.42
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10
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85253189--85253244
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2.5
22
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21
1
10
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3
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1.47
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0
575
28
28
20
22
1.98
85257534--85257849
47
6.8
46
74
16
269
28
28
20
22
1.98
85262846--85262924
31
2.5
31
91
0
131
26
27
16
29
1.97
85262948--85263039
42
2.2
42
88
0
130
33
20
15
30
1.93
85263184--85263255
26
2.8
26
85
2
92
27
23
22
26
1.99
85265022--85265091
31
2.3
31
89
0
113
34
25
8
31
1.86
85265119--85265206
42
2.1
42
89
0
131
35
19
14
30
1.92
85265351--85265475
26
4.8
26
89
0
187
28
22
21
28
1.99
85265351--85265475
52
2.4
52
95
0
223
28
22
21
28
1.99
85266278--85266364
27
3.2
27
74
9
79
22
19
18
39
1.93
85266399--85266677
27
10.3
27
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6
145
35
8
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1.82
85266483--85266623
53
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54
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178
32
7
20
39
1.81
85266602--85266920
27
11.8
27
84
4
383
39
9
24
26
1.85
85266944--85267018
27
2.7
27
83
6
89
34
10
16
38
1.83
85272138--85272175
18
2.1
18
95
0
67
7
28
39
23
1.83
85273282--85273351
27
2.6
27
81
9
79
57
1
0
41
1.08
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85273770--85273916
49
3.0
49
91
3
226
23
21
16
38
1.93
85276168--85276206
18
2.2
18
90
4
62
12
25
15
46
1.81
85276833--85276866
17
2.0
17
100
0
68
35
11
11
41
1.78
85279495--85279683
48
3.9
48
86
2
254
34
25
17
21
1.96
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40
4.0
40
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7
166
25
21
28
24
1.99
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28
2.0
28
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0
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8
0
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1.29
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12
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4
0
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1.17
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14
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0
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0
0
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2.0
30
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1
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1.23
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2.0
22
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0
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20
2
2
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21
2.5
19
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20
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26
5
0
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1.13
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206
2.7
205
91
1
880
30
17
23
28
1.97
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22
2.0
22
90
0
68
20
2
2
74
1.04
85307501--85307557
5
11.2
5
74
10
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29
5
0
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1.15
85307500--85307557
10
5.7
10
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11
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29
5
0
65
1.14
85307501--85307564
15
4.2
15
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31
4
0
64
1.14
85309491--85309580
15
6.0
15
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0
144
13
34
26
25
1.93
85311103--85311149
16
2.9
16
83
0
58
10
14
0
74
1.07
85313074--85313567
131
3.8
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6
440
35
19
19
26
1.95
85314846--85314889
2
22.0
2
80
0
52
45
4
4
45
1.44
85314840--85314887
10
4.3
12
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15
68
43
6
6
43
1.54
85316452--85316694
132
1.8
132
87
2
362
30
22
18
27
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85328213--85328596
130
2.9
130
76
11
354
35
18
18
27
1.94
85328195--85328702
132
3.9
128
76
7
448
34
18
19
27
1.95
85329958--85329984
2
13.5
2
100
0
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0
0
51
1.00
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2.5
20
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54
1
0
43
1.11
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2.0
25
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0
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38
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49
4.9
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2
298
28
27
18
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27
2.0
27
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0
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38
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40
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7
100
0
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0
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77
29
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28
25
1.96
85352334--85352366
17
2.0
17
88
5
50
27
9
0
63
1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322   323   324   325