genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53453108--53453194	28	3.1	28	77	9	95	26	16	31	26	1.96
53453469--53453520	27	2.0	26	81	7	61	42	25	17	15	1.88
53468192--53468399	40	5.2	40	83	1	202	21	25	24	28	1.99
53468218--53468399	80	2.3	80	84	0	229	21	25	23	28	1.99
53470302--53470569	96	2.8	97	81	11	296	24	29	19	26	1.98
53470302--53470663	46	7.7	49	77	10	276	24	29	18	28	1.98
53470496--53470666	94	1.8	92	82	7	220	23	28	18	29	1.98
53477003--53477266	48	5.6	45	74	16	159	25	29	17	28	1.98
53476948--53477263	140	2.2	146	81	10	379	25	29	18	27	1.98
53479353--53479454	41	2.5	41	83	1	125	25	13	26	34	1.93
53479465--53479566	43	2.4	43	86	0	150	31	14	23	30	1.94
53479469--53479581	43	2.6	42	84	6	138	30	14	24	30	1.94
53480931--53481146	55	4.0	54	82	6	249	34	17	25	22	1.96
53480938--53481140	108	1.9	110	87	4	304	32	18	25	23	1.97
53490960--53491176	53	4.0	54	82	5	258	33	17	25	23	1.96
53490967--53491170	109	1.9	111	88	4	315	31	18	25	24	1.97
53498438--53498675	49	4.8	49	84	2	287	25	17	27	29	1.97
53498993--53499145	74	2.1	75	96	1	281	41	8	17	32	1.80
53506276--53506317	21	2.0	20	90	4	66	11	28	0	59	1.33
53509559--53509864	41	7.5	40	75	7	249	21	27	15	35	1.94
53509558--53509864	81	3.8	81	76	6	296	21	27	15	35	1.94
53516282--53516322	17	2.4	17	95	0	73	12	41	39	7	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53522967--53522997	11	2.8	11	100	0	62	32	9	19	38	1.84
53528673--53528803	29	4.5	29	92	4	203	25	25	14	34	1.94
53528673--53528803	59	2.3	57	92	5	210	25	25	14	34	1.94
53532622--53533627	530	1.9	530	99	0	2003	35	24	9	30	1.88
53541266--53541452	71	2.7	68	86	8	218	19	28	18	33	1.95
53541289--53541452	71	2.3	71	95	0	301	18	28	18	34	1.95
53541289--53541486	71	2.8	70	89	3	240	20	28	18	32	1.96
53544110--53544293	77	2.3	78	83	10	223	26	22	27	23	2.00
53544110--53544290	40	4.6	40	79	8	187	25	22	27	23	2.00
53552130--53552287	40	4.0	40	80	4	160	26	23	25	24	2.00
53553715--53553803	25	3.6	25	89	0	115	25	16	8	48	1.76
53553704--53553800	50	1.9	50	85	0	131	25	14	9	50	1.72
53554625--53554786	45	3.6	45	87	3	222	22	20	28	27	1.99
53565909--53566084	46	3.8	45	78	12	187	21	19	29	30	1.97
53565906--53566075	93	1.8	93	93	0	295	21	20	29	28	1.98
53580004--53580165	22	7.0	22	75	14	125	22	22	20	34	1.97
53586584--53586754	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
53594692--53594862	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
53596688--53596728	15	2.7	15	84	0	55	53	26	0	19	1.45
53600957--53601014	20	2.9	20	84	0	80	17	12	36	34	1.87
53601508--53601872	48	7.8	48	86	6	523	28	26	18	26	1.98
53601508--53601872	89	3.9	90	83	9	437	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53601508--53601859	184	1.9	188	89	4	550	28	26	18	26	1.98
53608207--53608320	42	2.7	42	79	6	140	24	17	26	31	1.97
53608166--53608323	43	3.7	42	79	7	149	24	18	27	30	1.98
53609695--53609737	21	2.0	22	81	9	52	34	2	11	51	1.51
53613247--53613281	17	2.1	17	100	0	70	22	22	34	20	1.97
53613810--53613873	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
53614066--53614234	24	7.0	24	89	8	254	27	20	20	30	1.98
53614288--53614387	20	5.0	20	95	0	182	33	20	12	35	1.89
53618398--53618498	44	2.3	44	85	6	127	21	17	24	35	1.95
53618398--53618536	44	3.2	43	79	9	115	25	17	24	32	1.97
53624771--53624835	27	2.4	27	92	5	105	20	7	27	44	1.78
53624783--53624836	27	2.0	27	100	0	108	18	7	25	48	1.74
53626464--53626501	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
53639785--53639877	29	3.2	29	87	0	123	33	16	27	22	1.95
53639785--53639890	29	3.7	29	82	5	115	30	16	31	22	1.95
53646485--53646529	18	2.6	17	80	16	56	80	2	13	4	0.97
53646475--53646528	17	3.1	17	82	10	63	79	1	12	5	0.98
53647685--53647776	29	3.2	29	87	1	123	33	16	28	21	1.95
53647685--53647789	29	3.7	29	82	6	115	30	16	31	21	1.95
53655910--53655979	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
53663832--53663901	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
53665817--53666083	46	5.8	46	85	9	355	20	20	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53667624--53667662	15	2.4	18	76	24	50	0	15	7	76	0.99
53668325--53668377	26	2.0	26	100	0	106	66	11	18	3	1.38
53671794--53671951	27	5.9	27	80	12	166	34	20	25	20	1.96
53671812--53671951	54	2.6	53	91	5	219	34	21	25	19	1.96
53679394--53679561	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
53681429--53681627	51	3.9	51	91	1	301	33	15	23	28	1.95
53682872--53683277	46	8.6	48	76	11	235	28	19	28	23	1.98
53682872--53683282	48	8.7	50	75	13	263	28	19	28	23	1.98
53686540--53686581	17	2.5	17	96	0	75	16	42	26	14	1.86
53687907--53687983	25	3.1	25	81	7	93	35	19	22	23	1.96
53688861--53688892	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
53692289--53692376	44	2.0	44	100	0	176	38	15	13	31	1.87
53694339--53694538	100	2.0	100	91	0	319	32	11	20	36	1.87
53707337--53707443	29	3.7	29	81	5	108	23	30	15	29	1.96
53711003--53711086	31	2.7	31	92	1	143	32	19	26	22	1.97
53717804--53718019	50	4.3	50	78	4	220	29	11	18	40	1.86
53717804--53718019	100	2.2	100	83	2	272	29	11	18	40	1.86
53721470--53721584	57	2.0	57	93	0	194	42	13	15	27	1.85
53727815--53728490	40	17.0	40	91	0	1077	29	28	20	21	1.98
53727815--53728490	239	2.8	239	95	0	1199	29	28	20	21	1.98
53730807--53730891	40	2.2	40	84	2	109	30	31	20	17	1.95
53734802--53735238	40	10.9	40	93	0	723	29	29	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53737550--53737634	40	2.2	40	84	2	109	30	31	20	17	1.95
53738109--53738140	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
53744104--53744315	50	4.3	49	75	9	191	30	11	18	40	1.86
53744131--53744315	96	1.9	96	86	2	264	30	10	17	41	1.84
53748094--53748124	16	1.9	16	93	0	53	19	25	19	35	1.95
53748497--53748816	47	6.8	46	71	12	204	26	19	30	24	1.98
53748497--53748717	94	2.4	91	81	6	250	26	19	30	23	1.98
53749697--53749740	19	2.3	19	96	0	79	22	43	29	4	1.73
53751380--53751468	44	2.0	43	93	2	151	19	20	24	35	1.95
53764317--53764503	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
53764340--53764503	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
53764340--53764537	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
53771874--53772036	70	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
53771874--53772070	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	33	1.95
53776159--53776478	47	6.8	45	72	15	204	26	20	28	24	1.99
53776159--53776379	94	2.4	91	80	6	241	25	18	30	25	1.98
53780980--53781013	14	2.3	15	85	10	52	5	11	0	82	0.83
53782150--53782194	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
53783553--53783584	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
53784368--53784528	67	2.4	64	81	12	191	40	4	14	40	1.65
53785015--53785220	94	2.2	92	85	1	277	40	7	16	35	1.77
53785221--53785348	69	1.9	67	85	9	179	38	5	21	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53785229--53785364	69	2.0	70	81	7	161	39	5	19	35	1.76
53787659--53787709	25	2.0	25	100	0	102	15	7	19	56	1.63
53788658--53788928	48	5.6	48	81	3	303	26	19	29	23	1.98
53788658--53788928	96	2.8	96	92	0	434	26	19	29	23	1.98
53788659--53788928	144	1.9	144	83	3	355	27	19	30	23	1.98
53790882--53791066	79	2.3	82	83	7	229	23	27	24	24	2.00
53790875--53791066	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
53797487--53797564	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
53805620--53805786	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
53813631--53813797	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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