genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80411229--80411595	48	7.7	47	83	5	330	27	16	29	26	1.97
80411226--80411596	144	2.6	144	81	5	457	27	16	29	25	1.97
80411881--80411932	24	2.2	24	100	0	104	23	7	26	42	1.81
80417245--80417335	40	2.3	39	82	1	110	34	6	6	52	1.53
80425748--80425777	5	6.0	5	92	0	51	80	3	0	16	0.85
80428916--80428941	9	2.9	9	100	0	52	46	0	42	11	1.40
80428967--80428998	8	4.0	8	100	0	64	25	0	0	75	0.81
80428968--80429008	16	2.6	16	88	7	57	21	0	4	73	1.02
80429213--80429243	16	1.9	16	93	0	53	6	0	35	58	1.24
80443017--80443148	27	4.9	27	83	0	165	31	19	6	41	1.78
80442992--80443118	54	2.4	54	80	0	128	33	20	7	38	1.80
80443125--80443399	27	10.2	27	76	7	193	41	21	7	29	1.80
80443052--80443172	54	2.2	54	82	0	143	36	16	5	41	1.72
80443125--80443464	54	6.3	54	75	7	215	40	19	8	31	1.82
80442972--80443184	81	2.6	81	77	0	210	35	20	7	37	1.80
80443125--80443397	81	3.4	80	81	4	271	41	20	7	29	1.80
80443410--80443461	27	1.9	27	88	7	79	38	13	13	34	1.84
80443516--80443601	27	3.2	27	88	3	111	37	19	24	18	1.94
80444351--80444406	26	2.2	26	93	0	94	32	21	21	25	1.98
80446187--80446384	40	4.9	40	92	4	287	28	21	25	24	1.99
80446280--80446431	40	3.8	40	87	6	116	26	21	26	25	1.99
80446187--80446419	80	2.9	80	84	9	271	27	21	26	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80446187--80446419	120	1.9	120	81	10	280	27	21	26	24	1.99
80454357--80454546	78	2.4	80	85	11	291	27	20	26	24	1.99
80454357--80454546	40	4.8	40	90	7	275	27	20	26	24	1.99
80454357--80454580	40	5.7	40	86	9	193	26	21	26	25	1.99
80455959--80456035	25	3.0	25	90	1	118	27	22	22	28	1.99
80456180--80456271	42	2.2	42	90	0	139	28	14	21	35	1.92
80456295--80456373	31	2.5	31	95	0	140	30	18	24	26	1.98
80458639--80458685	24	2.0	24	87	8	69	74	2	0	23	0.93
80460640--80460743	42	2.4	43	84	4	131	25	16	25	32	1.96
80460581--80460752	43	4.0	44	73	10	149	24	17	25	32	1.97
80466819--80466884	30	2.2	30	100	0	132	18	30	30	21	1.97
80466827--80466876	15	3.3	15	69	20	50	14	26	32	28	1.94
80471356--80471675	27	11.9	27	88	3	394	27	23	9	39	1.86
80471177--80471792	27	22.8	27	82	4	197	33	21	8	35	1.85
80471343--80471700	54	6.6	54	81	5	249	29	22	9	38	1.85
80471745--80471800	27	2.1	26	83	9	69	37	10	12	39	1.78
80471853--80471918	27	2.5	26	80	11	80	36	19	22	21	1.95
80473076--80473123	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
80473167--80473225	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
80473276--80473394	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
80473276--80473394	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
80473590--80473649	31	1.9	31	96	0	111	36	16	20	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80474945--80475056	27	4.1	27	80	10	122	38	22	23	16	1.93
80478528--80478676	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
80478569--80478676	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
80485072--80485213	39	3.6	39	86	1	178	26	27	21	24	1.99
80485020--80485214	78	2.5	77	79	9	193	29	26	21	23	1.99
80493538--80493565	13	2.2	13	100	0	56	17	32	35	14	1.90
80499236--80499337	51	2.0	51	100	0	204	31	15	15	37	1.89
80500270--80500323	21	2.3	24	84	12	69	44	22	3	29	1.70
80508049--80508229	40	4.6	40	82	5	172	23	26	22	27	1.99
80516139--80516321	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
80519690--80519753	22	3.0	21	74	17	60	48	20	1	29	1.59
80519906--80519944	17	2.2	19	86	9	55	58	12	0	28	1.34
80520935--80521148	50	4.3	49	76	8	191	39	19	11	30	1.86
80520935--80521149	99	2.2	100	78	6	249	39	19	11	30	1.87
80525870--80525922	27	2.0	27	84	0	70	35	18	15	30	1.92
80526181--80526297	22	5.3	22	83	2	119	14	28	24	32	1.95
80528650--80528681	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
80530936--80531155	40	5.6	40	83	4	259	24	23	26	25	2.00
80534844--80535060	114	1.9	114	89	0	337	23	21	28	26	1.99
80540302--80540333	14	2.4	14	94	5	57	59	6	0	34	1.23
80542076--80542210	35	3.8	35	82	3	173	39	0	14	45	1.45
80542289--80542931	126	5.1	126	87	2	839	38	15	17	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80542287--80542931	251	2.6	249	86	2	864	38	15	17	29	1.90
80544458--80544586	46	2.8	44	84	11	172	24	30	19	25	1.98
80548593--80548632	21	1.9	21	89	0	62	15	27	15	42	1.86
80556086--80556192	42	2.6	42	83	4	119	19	25	15	39	1.91
80556139--80556207	21	3.3	21	70	8	59	15	26	20	37	1.93
80556116--80556213	42	2.3	42	85	0	124	15	26	18	39	1.90
80571849--80571878	15	1.9	16	93	6	53	33	3	26	36	1.73
80576467--80576666	47	4.2	47	90	1	274	28	32	8	31	1.87
80576517--80576595	25	3.3	24	67	22	67	31	29	5	34	1.79
80576599--80576740	74	1.9	74	100	0	284	28	29	9	31	1.89
80576673--80576843	49	3.5	49	99	0	333	31	29	8	30	1.86
80576553--80576789	123	1.9	121	97	1	447	29	30	9	31	1.88
80576511--80576838	172	1.9	168	94	2	575	29	29	9	31	1.88
80580160--80580203	23	2.0	21	82	8	52	18	2	29	50	1.59
80583648--80583674	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
80583635--80583663	9	3.3	9	90	9	51	34	0	10	55	1.34
80586025--80586144	60	2.0	60	100	0	240	35	16	23	25	1.95
80591505--80591635	40	3.3	40	86	3	122	25	30	20	22	1.98
80591505--80591689	79	2.3	80	81	8	216	25	28	21	23	1.99
80591533--80591689	40	3.9	39	82	7	174	26	27	21	24	1.99
80594180--80594225	20	2.3	20	88	0	65	36	21	2	39	1.66
80594187--80594226	20	2.0	20	95	0	71	35	22	0	42	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80594419--80594621	24	8.6	23	72	13	78	36	18	19	25	1.94
80594393--80594621	23	9.7	24	72	17	169	36	17	20	25	1.94
80594441--80594588	24	6.3	25	75	12	145	37	18	20	22	1.94
80594390--80594596	47	4.4	47	82	7	237	37	17	20	24	1.94
80594381--80594599	94	2.4	91	84	6	271	37	17	20	25	1.93
80597018--80597089	36	2.0	36	100	0	144	22	13	8	55	1.65
80601012--80601040	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
80601341--80601429	20	4.4	20	79	10	85	38	15	7	38	1.77
80601380--80601440	20	3.0	20	90	0	86	36	19	6	37	1.78
80601629--80601670	22	1.9	22	85	9	59	33	16	21	28	1.95
80601596--80601758	23	6.9	24	69	10	95	34	17	22	25	1.96
80601651--80601768	47	2.5	47	90	0	173	35	17	21	25	1.95
80601634--80601768	24	5.8	24	65	20	72	33	17	21	27	1.96
80602948--80602991	11	4.0	11	85	8	54	40	0	2	56	1.11
80605384--80605564	48	3.8	48	79	10	174	25	28	19	26	1.99
80605385--80605564	97	1.9	97	83	4	238	25	28	19	26	1.99
80605396--80605619	49	4.7	46	77	10	161	25	29	18	27	1.98
80608245--80608301	26	2.3	25	81	6	62	66	1	0	31	1.02
80609272--80609316	19	2.4	19	77	3	56	62	2	4	31	1.27
80609688--80609730	15	2.9	14	83	16	52	76	0	0	23	0.78
80609735--80609860	63	2.0	63	96	0	234	44	14	5	35	1.68
80610713--80610746	17	1.9	18	88	5	52	0	17	2	79	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80610713--80610746	18	1.9	17	88	5	50	0	17	2	79	0.86
80614759--80614793	18	1.9	18	94	0	61	42	45	5	5	1.51
80619175--80619213	21	1.9	20	94	5	69	30	0	23	46	1.53
80619175--80619221	21	2.3	21	85	10	62	31	2	21	44	1.64
80633769--80633805	18	2.2	18	90	9	60	64	2	10	21	1.37
80643594--80643704	37	3.0	36	80	16	122	51	2	4	41	1.36
80647066--80647373	48	6.4	48	73	9	207	28	18	27	25	1.98
80649638--80649776	27	5.1	27	84	0	170	34	20	20	24	1.96
80649638--80649776	54	2.6	54	88	2	199	34	20	20	24	1.96
80649921--80650000	27	3.0	27	75	14	83	25	21	18	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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