genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70012456--70012497	21	2.0	21	85	0	57	2	28	2	66	1.16
70012506--70012557	13	4.1	13	78	14	63	13	11	0	75	1.06
70012548--70012580	8	4.1	8	96	0	57	33	0	0	66	0.92
70012494--70012570	38	2.1	37	82	7	93	16	10	1	71	1.20
70015039--70015068	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
70015783--70016008	40	5.7	40	87	4	242	24	22	26	26	2.00
70015783--70016008	80	2.8	80	87	4	305	24	22	26	26	2.00
70015783--70016008	120	1.9	120	83	5	296	24	22	26	26	2.00
70016777--70016996	110	2.0	110	99	0	431	42	10	18	28	1.84
70025852--70025903	25	2.0	26	85	10	72	15	15	19	50	1.79
70026187--70026300	29	4.0	29	83	13	130	29	28	15	26	1.96
70026180--70026288	57	1.9	57	86	5	157	28	28	16	26	1.97
70038426--70038485	30	2.0	30	93	0	102	36	20	11	31	1.88
70043013--70043170	24	6.6	24	93	1	237	34	25	18	21	1.96
70042991--70043170	48	3.8	46	86	5	177	33	24	18	23	1.97
70050704--70050862	24	6.6	24	91	0	237	33	25	19	21	1.97
70050682--70050862	48	3.8	47	86	4	188	33	24	19	23	1.97
70054039--70054210	43	4.0	43	75	10	163	25	20	24	30	1.99
70054065--70054224	85	1.9	86	81	3	198	23	20	25	31	1.98
70058542--70058798	40	6.5	40	75	14	205	24	24	28	23	2.00
70058582--70058804	79	2.8	80	82	3	254	24	24	27	23	2.00
70058542--70058765	119	1.9	120	83	4	283	23	24	28	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70063902--70063934	13	2.5	13	100	0	66	48	6	6	39	1.53
70064705--70064747	21	2.0	21	82	8	52	48	0	13	37	1.43
70065482--70065513	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
70065867--70065893	13	2.1	13	100	0	54	14	29	33	22	1.94
70066174--70066253	40	2.0	40	95	0	142	37	26	8	27	1.86
70071832--70071875	17	2.5	18	88	7	72	22	6	34	36	1.81
70072956--70072993	19	2.0	19	85	10	51	71	0	13	15	1.16
70076709--70076766	14	4.1	14	79	16	66	29	8	0	62	1.25
70076733--70076777	15	3.1	15	75	18	58	31	13	0	55	1.38
70076720--70076777	29	2.0	29	100	0	116	31	10	0	58	1.31
70081620--70081669	15	3.4	15	86	2	66	62	12	16	10	1.55
70081620--70081678	15	4.0	15	76	10	59	59	15	15	10	1.61
70088887--70088965	39	2.0	39	100	0	158	43	25	10	21	1.84
70091504--70091606	33	3.1	33	98	0	197	36	8	16	37	1.80
70097563--70097594	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
70106172--70106211	19	2.1	19	100	0	80	35	10	10	45	1.71
70110391--70110421	16	1.9	16	93	0	53	38	9	12	38	1.77
70119555--70119637	29	2.9	29	100	0	166	30	14	28	26	1.95
70119551--70119687	60	2.3	58	81	6	152	28	15	31	24	1.95
70127637--70127702	29	2.2	29	89	5	96	33	16	27	22	1.96
70135260--70135433	49	3.5	49	91	0	258	24	17	28	30	1.97
70138434--70138481	15	3.1	16	75	22	57	8	14	16	60	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70140617--70140840	49	4.5	49	88	2	315	25	17	27	29	1.98
70140610--70140840	99	2.3	100	88	2	333	25	18	27	29	1.98
70144438--70144735	49	6.1	49	94	0	515	27	26	12	33	1.92
70150270--70150307	19	2.0	19	89	0	58	47	26	7	18	1.76
70150289--70150447	33	4.8	33	90	3	248	41	33	10	14	1.79
70150289--70150447	66	2.4	66	94	0	273	41	33	10	14	1.79
70152528--70152816	39	7.4	39	79	2	285	33	15	32	18	1.92
70152530--70152816	78	3.7	78	82	2	335	32	15	33	18	1.92
70152535--70152816	118	2.4	117	82	2	316	33	15	32	18	1.92
70161685--70161722	20	1.9	20	94	0	67	42	18	0	39	1.50
70166493--70166562	28	2.5	28	88	4	97	28	28	15	27	1.96
70175270--70175294	10	2.5	10	100	0	50	20	28	0	52	1.47
70176189--70178950	966	2.9	964	97	0	5249	30	22	15	31	1.95
70179482--70179611	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
70179498--70179648	40	3.8	40	80	6	155	22	27	23	26	2.00
70179498--70179648	80	1.9	79	83	6	198	22	27	23	26	2.00
70187464--70187631	40	4.2	40	80	7	162	23	26	23	26	2.00
70187480--70187631	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
70190341--70190365	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
70195133--70195191	30	2.0	30	89	0	91	27	13	15	44	1.84
70197191--70197458	39	6.9	39	95	0	466	22	30	26	21	1.99
70203547--70203737	39	4.9	39	96	0	337	21	30	26	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70208398--70208507	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
70216453--70216562	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
70221382--70221410	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
70223740--70223769	10	2.8	11	90	10	53	83	0	0	16	0.65
70228174--70228203	10	2.8	11	90	10	53	83	0	0	16	0.65
70230370--70230551	46	4.0	46	91	1	258	39	14	24	21	1.91
70236287--70236327	6	7.2	6	89	10	52	51	0	0	48	1.00
70238346--70238470	48	2.6	48	83	2	151	27	15	32	25	1.95
70240907--70241054	56	2.6	56	93	0	242	35	24	14	26	1.93
70241012--70241100	45	2.0	45	88	2	135	31	24	15	28	1.96
70241073--70241097	13	1.9	13	100	0	50	44	24	8	24	1.80
70240956--70241203	101	2.5	101	85	2	320	31	25	16	27	1.96
70247417--70247523	44	2.4	45	78	9	103	35	19	18	26	1.95
70247536--70247962	190	2.3	190	80	2	464	26	21	19	32	1.97
70250779--70250943	40	4.1	40	78	7	172	26	22	27	24	2.00
70256408--70256456	20	2.6	19	84	9	64	48	2	0	48	1.12
70257236--70257271	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
70260194--70260371	46	3.8	46	78	4	205	28	29	20	21	1.98
70260201--70260373	93	1.9	93	92	0	292	27	30	20	21	1.98
70263963--70264065	29	3.6	27	78	5	89	30	33	15	21	1.94
70265932--70265989	29	2.0	29	100	0	116	31	17	31	20	1.96
70268934--70268969	18	2.0	18	94	0	63	41	0	22	36	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70269673--70269717	20	2.1	22	84	8	58	17	0	31	51	1.46
70269830--70269874	21	2.0	21	83	8	54	42	4	4	48	1.43
70269997--70270066	34	2.1	33	89	2	104	22	14	14	48	1.79
70271003--70271041	17	2.3	17	100	0	78	20	5	5	69	1.28
70272732--70272808	35	2.2	35	95	0	136	27	6	27	38	1.81
70275338--70275504	40	4.2	40	80	5	169	23	27	22	25	2.00
70280276--70280319	18	2.5	18	85	10	56	50	6	4	38	1.50
70290870--70290979	46	2.4	46	85	7	145	25	29	19	26	1.98
70297180--70297217	18	2.1	18	100	0	76	52	21	5	21	1.66
70308488--70308526	20	2.0	20	85	5	53	23	2	20	53	1.57
70312008--70312148	40	3.5	39	81	6	133	27	25	27	19	1.99
70312042--70312171	40	3.2	40	81	4	156	23	24	28	23	2.00
70316609--70316795	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
70316632--70316795	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
70316632--70316829	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
70324146--70324332	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
70324169--70324332	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
70324169--70324366	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
70336046--70336102	6	10.6	5	80	12	53	77	1	5	15	1.03
70336070--70336107	14	2.7	14	92	8	60	78	0	2	18	0.86
70341407--70341439	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
70342838--70342869	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70355306--70355435	40	3.2	41	78	8	160	24	26	23	25	2.00
70355306--70355472	40	4.2	40	76	6	142	23	26	22	27	2.00
70355306--70355472	80	2.1	79	82	7	196	23	26	22	27	2.00
70358107--70358134	13	2.2	13	100	0	56	21	7	35	35	1.81
70360667--70360912	93	2.7	93	82	3	280	31	17	22	28	1.96
70360703--70360941	93	2.6	93	83	3	295	33	15	20	30	1.94
70362803--70362842	21	1.9	21	84	0	53	37	10	17	35	1.83
70365432--70365616	55	3.4	54	79	8	216	35	18	25	20	1.95
70367395--70367505	43	2.6	43	84	5	127	25	26	20	27	1.99
70377419--70377479	29	2.1	30	84	9	81	42	4	6	45	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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