genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67300080--67300286	40	5.2	40	83	3	213	26	23	26	24	2.00
67304635--67304776	43	3.3	41	70	16	119	28	26	19	25	1.99
67304606--67304769	85	1.9	85	90	2	258	29	26	18	25	1.98
67304593--67304738	42	3.5	41	68	15	100	30	25	18	25	1.98
67309684--67309891	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
67309685--67309891	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
67317723--67317940	40	5.4	40	82	0	211	26	22	25	25	2.00
67317734--67317940	80	2.6	80	82	3	238	25	23	26	25	2.00
67323255--67323406	43	3.6	42	76	7	137	28	25	19	26	1.98
67341967--67342152	38	4.9	38	92	0	282	17	20	24	36	1.94
67341963--67342180	38	5.7	38	88	3	208	17	20	24	37	1.94
67345037--67345226	40	4.8	40	91	5	291	27	21	26	24	1.99
67345037--67345226	79	2.4	80	90	6	307	27	21	26	24	1.99
67345038--67345259	40	5.6	39	87	7	183	27	21	26	25	1.99
67353211--67353406	40	4.9	40	90	7	287	28	21	25	25	1.99
67353211--67353406	78	2.5	80	89	8	303	28	21	25	25	1.99
67353212--67353433	40	5.6	39	88	6	242	27	21	26	25	1.99
67353211--67353440	118	1.9	117	80	12	265	27	20	26	25	1.99
67356454--67356517	31	2.1	31	84	0	83	25	20	15	39	1.92
67356709--67356901	25	8.0	23	81	9	208	28	23	19	28	1.98
67356947--67357017	20	3.5	20	92	0	115	32	22	11	33	1.90
67356952--67357006	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67357054--67357101	25	1.9	25	86	0	69	25	14	22	37	1.92
67358259--67358336	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
67358354--67358632	27	10.3	27	76	6	143	33	8	19	37	1.83
67358467--67358605	54	2.6	54	80	5	165	31	7	20	39	1.82
67358646--67358728	38	2.2	38	80	2	94	37	7	30	25	1.83
67358584--67358692	27	4.0	27	89	0	155	38	9	23	28	1.86
67358628--67358751	65	1.9	65	85	3	169	34	8	29	27	1.86
67358684--67358751	27	2.5	27	90	0	109	33	5	32	27	1.81
67358592--67358778	92	2.0	92	80	2	205	35	8	26	28	1.86
67358757--67358846	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
67358740--67358846	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
67358757--67358861	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
67361969--67362193	40	5.6	40	83	5	258	25	24	27	23	2.00
67361969--67362229	80	3.3	80	83	3	312	25	24	26	23	2.00
67361969--67362229	120	2.2	120	83	6	325	25	24	26	23	2.00
67372914--67373102	39	4.9	39	92	3	310	24	22	31	21	1.98
67374812--67374881	27	2.5	28	93	2	115	30	28	14	27	1.95
67376925--67377115	43	4.5	43	84	3	251	25	19	26	28	1.99
67379191--67379239	24	2.0	24	96	0	89	36	18	18	26	1.94
67380606--67380699	23	4.0	23	76	4	80	27	22	19	30	1.98
67386669--67386778	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
67386669--67386818	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67393295--67393402	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
67399763--67399828	23	2.9	23	86	0	60	31	24	13	30	1.94
67399789--67399861	23	3.0	24	82	9	85	28	21	20	28	1.98
67403005--67403042	16	2.3	17	86	4	51	50	0	10	39	1.37
67403434--67403481	23	2.1	23	100	0	96	18	12	18	50	1.78
67405317--67405398	41	2.0	41	85	0	110	20	20	32	25	1.97
67408100--67408176	24	3.2	24	92	0	118	33	2	40	23	1.68
67409606--67409716	27	4.2	26	85	5	141	17	23	22	36	1.94
67410679--67410720	15	2.6	16	77	7	50	57	9	4	28	1.51
67410679--67410722	16	2.7	17	79	10	56	56	11	4	27	1.53
67415990--67416065	24	3.2	23	88	5	107	36	3	38	21	1.72
67417500--67417607	27	4.0	26	82	10	128	16	24	22	37	1.94
67417500--67417607	54	2.0	53	87	5	155	16	24	22	37	1.94
67420185--67420307	22	5.3	22	62	18	61	32	10	30	26	1.90
67420180--67420719	47	11.3	47	90	2	783	32	9	30	28	1.88
67430321--67430358	14	2.7	14	91	0	58	39	7	23	28	1.83
67430784--67430830	22	2.1	22	84	0	58	29	36	17	17	1.92
67431624--67431655	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
67434258--67434561	49	6.4	49	89	6	473	29	9	32	28	1.88
67434263--67434540	89	3.0	89	90	6	421	29	8	32	28	1.88
67434312--67434561	138	1.8	138	96	0	464	28	9	32	29	1.88
67434285--67434571	89	3.1	90	83	11	368	30	8	31	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67434663--67434747	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
67436565--67436769	40	5.1	40	93	0	293	27	20	26	24	1.99
67436943--67437135	29	6.7	29	96	0	341	26	16	32	24	1.96
67440512--67440815	49	6.4	49	89	6	473	29	9	32	28	1.88
67440517--67440794	89	3.0	89	90	6	421	29	8	32	28	1.88
67440566--67440815	138	1.8	138	96	0	464	28	9	32	29	1.88
67440539--67440825	89	3.1	90	83	11	368	30	8	31	29	1.86
67440917--67441001	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
67446045--67446142	42	2.3	42	87	6	137	33	21	12	32	1.90
67449986--67450032	21	2.2	21	92	0	76	12	29	27	29	1.93
67455776--67455877	34	3.2	34	66	25	105	50	10	15	22	1.75
67455764--67455885	60	2.0	60	100	0	244	50	11	14	22	1.75
67456450--67456491	22	2.0	21	86	13	61	47	2	9	40	1.49
67465669--67465734	31	2.1	31	88	5	98	39	12	9	39	1.74
67465746--67465793	24	2.0	23	84	12	60	68	4	0	27	1.07
67468926--67468985	30	2.0	30	93	0	102	58	15	1	25	1.46
67469842--67469882	14	2.9	15	82	10	50	60	2	2	34	1.23
67470799--67470842	22	2.0	22	82	13	54	38	4	20	36	1.73
67472687--67472845	43	3.7	42	77	13	164	31	27	16	25	1.96
67473481--67473505	13	1.9	13	100	0	50	60	16	0	24	1.36
67477715--67477876	42	3.8	42	82	4	200	32	14	23	29	1.94
67477722--67477876	85	1.8	84	83	4	204	32	14	23	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67477715--67477895	85	2.1	84	79	8	197	31	14	24	29	1.94
67485270--67485379	42	2.6	42	83	0	148	33	15	24	26	1.95
67486560--67486598	20	2.0	20	94	0	69	30	41	17	10	1.83
67489034--67489145	55	2.0	55	89	3	172	20	23	34	21	1.96
67490900--67491218	46	6.8	45	74	15	224	26	19	30	23	1.98
67492972--67493461	243	2.0	243	98	0	944	38	11	15	34	1.83
67495206--67495277	34	2.1	35	81	5	83	44	4	11	40	1.59
67495969--67496003	13	2.6	14	86	4	54	60	2	2	34	1.26
67495987--67496052	30	2.2	30	97	2	125	40	3	6	50	1.43
67498286--67498418	47	2.8	47	79	9	164	24	31	17	27	1.97
67500891--67500920	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
67501515--67501553	16	2.4	17	86	4	53	0	30	0	69	0.89
67526913--67527096	79	2.3	80	82	8	216	23	26	24	25	2.00
67526906--67527095	40	4.8	39	76	8	163	23	27	24	25	2.00
67529595--67529690	40	2.4	40	87	1	147	31	25	21	21	1.98
67535993--67536048	27	2.1	27	96	0	103	35	17	17	28	1.93
67541767--67541877	27	4.1	27	78	7	100	39	24	20	15	1.91
67541981--67542028	25	1.9	25	83	8	62	20	22	25	31	1.98
67549583--67549694	27	4.1	27	77	7	111	37	21	23	17	1.94
67549583--67549694	54	2.1	54	86	3	154	37	21	23	17	1.94
67549791--67549844	25	2.2	24	77	9	56	25	18	22	33	1.97
67551746--67551858	55	2.1	55	94	0	199	46	20	0	32	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67552629--67552685	16	3.9	14	74	17	53	57	0	5	36	1.21
67552615--67552658	23	2.0	21	82	8	52	56	0	6	36	1.26
67556762--67556921	43	3.7	43	85	3	198	26	15	25	32	1.95
67563299--67563399	40	2.5	41	84	10	129	24	26	29	18	1.98
67570408--67570591	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
67570448--67570636	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
67577007--67577071	30	2.2	30	85	0	85	23	32	29	15	1.95
67577509--67577551	18	2.3	19	84	4	61	0	30	0	69	0.88
67577770--67577822	21	2.5	21	84	9	63	32	1	3	62	1.24
67577782--67577829	12	4.1	12	78	5	53	25	4	4	66	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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