genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  96  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28167030--28167089	30	2.0	30	90	0	93	31	25	5	38	1.77
28174877--28174932	24	2.2	26	84	6	71	35	19	19	25	1.95
28175328--28175418	24	3.8	24	95	1	146	32	2	37	27	1.69
28176819--28176929	27	4.1	27	88	1	143	15	22	22	39	1.91
28177847--28177922	22	3.4	22	73	8	73	32	18	22	26	1.97
28179032--28179855	138	6.1	138	85	5	1140	40	8	5	45	1.59
28179032--28179855	266	3.0	269	85	6	1101	40	8	5	45	1.59
28186489--28186581	29	3.2	29	87	0	123	33	16	27	22	1.95
28186489--28186594	29	3.7	29	82	5	115	30	16	31	22	1.95
28194511--28194605	29	3.2	29	86	3	100	32	15	28	23	1.95
28194544--28194618	29	2.6	29	84	0	87	30	17	29	22	1.97
28199214--28199377	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
28199214--28199411	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
28203547--28203607	30	2.0	30	84	6	79	21	1	22	54	1.54
28212901--28213087	40	4.7	40	82	5	218	25	20	28	26	1.99
28212937--28213120	79	2.3	77	78	10	192	27	19	27	26	1.99
28220609--28220795	40	4.7	40	81	5	209	25	21	26	26	1.99
28222167--28222222	26	2.1	27	90	3	87	44	19	5	30	1.73
28231120--28231211	45	2.0	45	95	0	166	26	9	16	47	1.77
28235773--28235829	30	1.9	30	85	0	78	36	7	26	29	1.83
28236144--28236416	48	5.7	48	80	5	318	26	20	30	21	1.98
28236144--28236414	144	1.9	144	86	4	386	26	20	30	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28236141--28236417	96	2.9	99	87	5	397	26	20	30	21	1.98
28238990--28239293	55	5.8	53	77	11	274	36	17	24	21	1.94
28239431--28239459	14	2.1	14	100	0	58	20	13	13	51	1.75
28239490--28239529	20	2.0	20	90	0	62	40	0	20	40	1.52
28243856--28243910	27	2.1	27	80	16	62	43	10	12	32	1.78
28246768--28246952	55	3.4	53	81	8	212	34	18	25	22	1.96
28246775--28246975	108	1.8	110	84	6	275	33	17	25	23	1.96
28249687--28249732	17	2.9	16	84	12	60	32	2	4	60	1.28
28250103--28250156	27	2.0	28	85	7	76	42	0	5	51	1.25
28251838--28251901	31	2.1	31	93	0	110	29	15	25	29	1.96
28259579--28259729	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
28259616--28259745	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
28259578--28259745	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
28267566--28267716	40	3.8	40	78	6	155	27	23	27	21	1.99
28267603--28267732	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
28267566--28267732	80	2.1	79	82	7	205	26	23	27	22	2.00
28269970--28270052	29	3.0	29	80	5	109	40	22	15	20	1.90
28276804--28276849	22	2.1	22	88	4	67	19	30	28	21	1.98
28284080--28284457	189	2.0	189	94	0	657	33	14	26	25	1.94
28289823--28289875	26	2.0	26	96	0	97	20	7	24	47	1.76
28290467--28290570	42	2.5	42	93	0	172	28	15	25	29	1.96
28290467--28290592	42	3.0	42	88	5	159	28	15	26	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28291480--28291536	24	2.5	21	76	17	60	24	3	26	45	1.69
28298281--28298383	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
28306322--28306424	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
28325402--28325578	45	4.0	45	88	7	249	23	30	22	23	1.99
28337743--28337888	26	5.6	25	87	4	168	34	32	12	21	1.90
28337735--28337888	78	2.0	78	84	7	206	34	32	12	20	1.90
28337743--28337893	52	2.9	52	84	5	191	33	31	12	21	1.91
28337821--28337903	26	3.2	27	79	19	104	34	30	13	21	1.92
28343870--28343936	21	3.2	21	91	0	98	23	35	23	16	1.95
28346496--28346520	13	1.9	13	100	0	50	72	0	28	0	0.86
28355761--28355991	117	2.0	118	90	2	367	36	17	14	31	1.90
28361739--28361781	21	2.0	21	81	0	50	37	6	6	48	1.57
28365200--28365238	19	2.1	19	100	0	78	30	5	25	38	1.78
28367319--28367352	7	5.0	7	85	7	52	44	2	0	52	1.16
28367318--28367357	20	2.1	19	95	4	71	47	5	0	47	1.24
28368305--28368359	26	2.1	26	96	0	101	41	20	3	34	1.69
28368965--28368990	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
28374533--28374639	33	3.2	33	86	0	124	40	30	13	15	1.86
28378445--28378899	27	16.9	27	88	0	615	39	20	8	31	1.82
28378451--28378952	27	18.6	27	82	4	496	39	21	8	30	1.83
28378997--28379236	27	8.9	27	86	2	313	36	18	21	24	1.95
28378997--28379236	81	3.0	81	88	1	349	36	18	21	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28379753--28379894	6	23.0	6	72	18	105	18	16	16	48	1.81
28379756--28379820	25	2.6	25	90	0	94	16	18	16	47	1.83
28379775--28379857	37	2.2	37	86	0	121	18	18	16	46	1.84
28379818--28379879	25	2.5	25	94	0	106	19	19	14	46	1.83
28379784--28379876	19	4.6	19	73	21	91	18	18	15	48	1.81
28379753--28379895	62	2.3	62	92	2	243	18	16	16	48	1.81
28382230--28382496	27	9.9	27	91	0	363	39	21	8	30	1.83
28382237--28382604	81	4.5	81	82	3	328	38	22	8	30	1.85
28382448--28382540	27	3.4	27	82	2	107	37	21	10	30	1.87
28382533--28382607	27	2.8	27	77	0	51	36	20	9	34	1.84
28382595--28382831	27	8.9	26	81	7	255	36	18	21	24	1.95
28382595--28382818	78	2.8	79	87	5	299	36	19	20	24	1.95
28382597--28382831	105	2.2	105	84	6	296	36	17	20	24	1.94
28383348--28383546	6	32.3	6	72	16	131	19	18	14	48	1.81
28383350--28383415	25	2.6	25	88	6	98	16	21	16	45	1.85
28383370--28383452	37	2.2	37	85	4	114	19	20	15	44	1.86
28383348--28383514	62	2.7	62	90	0	262	19	19	14	47	1.83
28383411--28383474	25	2.6	25	87	0	92	21	18	10	48	1.79
28383432--28383525	37	2.5	37	87	0	134	19	17	13	50	1.79
28383348--28383546	19	10.8	18	71	16	77	19	18	14	48	1.81
28387664--28387826	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
28395194--28395356	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28403420--28403574	26	6.0	26	73	11	122	59	3	5	32	1.35
28403677--28403800	60	2.1	60	95	0	221	53	6	12	28	1.62
28405707--28406420	205	3.5	204	90	1	1072	30	22	17	29	1.97
28416271--28416419	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
28416312--28416419	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
28424386--28424534	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
28424427--28424534	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
28428160--28428304	26	5.5	26	75	9	116	58	4	6	31	1.41
28428176--28428332	26	6.0	26	72	10	115	59	3	5	31	1.35
28428305--28428348	12	3.9	12	85	8	58	61	0	6	31	1.22
28428428--28428541	56	2.0	57	88	6	169	54	7	13	25	1.63
28435667--28435817	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
28435704--28435833	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
28439036--28439335	27	10.7	27	74	12	194	39	20	9	31	1.84
28439117--28439239	65	1.9	65	87	0	183	39	20	9	30	1.85
28439062--28439280	119	1.8	119	85	3	307	39	20	10	30	1.85
28439029--28439319	146	2.0	146	82	2	361	38	19	9	31	1.85
28439175--28439387	81	2.6	82	80	5	227	39	21	7	30	1.82
28439372--28439511	27	5.2	27	87	3	192	34	14	21	30	1.93
28439718--28439787	25	2.8	25	91	0	104	27	24	21	27	1.99
28442960--28442984	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
28452890--28453060	85	2.0	85	85	2	227	37	18	16	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28455353--28455412	23	2.4	25	75	18	61	41	0	21	36	1.54
28458687--28458771	44	1.9	44	100	0	170	32	5	18	42	1.75
28459567--28459599	12	2.8	12	100	0	66	0	15	45	39	1.46
28460925--28461037	43	2.6	44	75	8	108	26	15	22	36	1.93
28468598--28468704	39	2.7	39	83	2	142	26	20	28	25	1.99
28468604--28468730	40	3.2	40	86	3	168	23	22	29	24	1.99
28478769--28478802	8	4.1	8	88	3	50	14	0	20	64	1.28
28483732--28483817	37	2.4	37	84	2	111	13	10	31	44	1.78
28485689--28485758	21	3.3	20	66	18	52	20	22	35	21	1.96
28485669--28485800	42	3.1	42	80	6	158	23	21	36	18	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325