genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77487694--77487728	18	1.9	18	94	0	61	28	28	2	40	1.71
77488820--77488868	24	2.0	26	88	8	75	65	2	2	30	1.15
77491193--77491254	5	12.4	5	93	6	108	41	0	0	58	0.98
77491153--77491255	26	4.0	25	80	9	102	41	0	1	56	1.10
77492798--77492938	45	3.1	45	88	0	201	19	18	19	41	1.90
77493120--77493415	18	16.1	18	73	11	179	34	11	15	37	1.84
77493120--77493415	36	8.0	36	70	11	206	34	11	15	37	1.84
77504772--77504801	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
77506949--77507012	21	3.2	20	76	14	69	35	9	0	54	1.33
77507615--77507654	2	20.0	2	89	0	62	45	0	5	50	1.23
77507902--77508017	57	2.0	59	83	8	150	33	8	1	56	1.40
77509582--77509797	107	2.0	108	95	0	389	41	9	5	43	1.60
77520863--77520904	22	1.9	22	90	0	66	64	2	4	28	1.26
77521704--77521769	30	2.3	29	79	10	73	34	19	7	37	1.80
77521924--77521975	28	1.9	27	84	7	70	42	5	17	34	1.73
77526097--77526142	23	2.0	23	100	0	92	52	26	0	21	1.47
77533775--77533851	40	1.9	40	100	0	154	28	11	12	46	1.77
77539041--77539137	38	2.6	38	89	0	149	16	10	35	38	1.83
77545289--77545634	172	2.0	172	98	0	665	28	7	20	43	1.79
77546476--77546522	25	1.9	25	86	4	69	23	0	10	65	1.23
77548349--77548474	46	2.8	45	83	2	153	27	17	30	23	1.97
77548536--77548661	45	2.6	50	75	15	140	27	19	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77561501--77561662	43	3.7	43	74	13	152	27	22	19	29	1.98
77561501--77561664	86	1.9	87	85	6	226	28	22	19	29	1.98
77570927--77571057	30	4.5	30	86	8	171	29	25	13	32	1.94
77570926--77571057	58	2.3	58	85	4	176	28	25	13	31	1.94
77575075--77575243	40	4.2	40	84	4	216	21	28	24	25	1.99
77575075--77575243	79	2.1	80	84	3	216	21	28	24	25	1.99
77576980--77577080	43	2.3	43	96	3	184	34	23	18	22	1.96
77577067--77577197	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
77577066--77577197	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
77579735--77579800	20	3.3	20	73	10	64	13	27	19	39	1.89
77584331--77584538	29	7.2	29	84	6	262	37	13	26	21	1.91
77584331--77584540	58	3.6	58	88	2	307	38	13	26	21	1.91
77584331--77584528	87	2.3	87	91	1	308	38	12	27	21	1.89
77584331--77584629	58	5.1	59	86	4	236	38	14	25	22	1.92
77584488--77584629	30	4.8	30	87	4	198	37	15	24	22	1.93
77587889--77588045	43	3.7	43	77	12	153	32	25	17	24	1.97
77590328--77590457	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
77597422--77597551	40	3.2	40	83	4	165	22	23	29	24	1.99
77606282--77606445	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
77606282--77606479	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
77607921--77608033	55	2.1	55	84	3	147	15	26	29	29	1.96
77611863--77611893	16	1.9	16	93	0	53	77	6	6	9	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77617480--77617506	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
77626438--77626489	23	2.3	23	83	9	63	19	13	5	61	1.52
77635580--77635618	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
77643295--77643421	52	2.5	51	88	6	177	35	17	21	25	1.95
77643397--77643606	31	6.8	31	90	1	305	29	17	25	27	1.98
77643397--77643606	93	2.3	92	91	0	339	29	17	25	27	1.98
77648641--77648685	18	2.6	17	80	13	56	60	4	28	6	1.42
77654295--77654341	22	2.1	23	88	4	69	70	4	21	4	1.22
77654286--77654340	27	1.9	30	82	17	73	72	3	18	5	1.18
77655814--77655879	23	3.0	23	80	6	91	15	19	24	40	1.90
77658129--77658290	81	2.0	81	92	4	274	42	24	11	21	1.85
77660623--77660671	26	1.9	25	87	4	71	40	12	14	32	1.83
77666117--77666335	40	5.5	40	94	2	363	22	23	28	25	1.99
77667122--77667178	28	2.0	28	100	0	114	45	0	22	31	1.53
77674370--77674409	21	1.9	21	85	10	55	12	5	30	52	1.60
77674378--77674419	21	2.0	21	85	0	57	11	9	23	54	1.66
77675654--77675683	15	1.9	16	93	6	53	73	16	0	10	1.09
77678584--77678635	20	2.5	20	84	3	68	25	11	11	51	1.71
77683684--77683727	22	2.0	22	100	0	88	31	0	40	27	1.56
77697681--77697709	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
77707962--77708012	11	4.7	10	86	13	66	27	33	0	39	1.57
77710275--77710770	130	3.9	130	88	7	732	35	4	3	56	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77710628--77710665	15	2.5	15	83	12	51	26	0	0	73	0.83
77710275--77710770	250	1.9	253	87	6	727	35	4	3	56	1.36
77712050--77712168	41	2.8	42	80	6	123	26	17	25	30	1.97
77717028--77717334	125	2.5	125	92	1	499	27	17	16	38	1.91
77717463--77717499	17	2.2	17	95	0	65	59	24	0	16	1.37
77719324--77719390	25	2.7	25	95	0	116	35	11	13	38	1.82
77722692--77722735	22	2.0	22	95	0	79	34	4	20	40	1.73
77724234--77724317	25	3.4	25	91	0	123	40	8	14	36	1.76
77728802--77728830	14	2.1	14	100	0	58	48	20	13	17	1.81
77733571--77733658	44	2.0	44	97	0	167	31	1	27	39	1.64
77734197--77734243	24	2.1	22	84	11	60	53	0	6	40	1.27
77737081--77737128	22	2.2	22	85	7	62	33	4	12	50	1.59
77739509--77739571	26	2.5	26	89	2	92	34	14	12	38	1.84
77739911--77739973	30	2.1	30	90	0	99	25	4	14	55	1.58
77740403--77740436	6	5.7	6	85	0	50	14	20	0	64	1.28
77741887--77741926	9	4.3	9	90	3	62	67	10	2	20	1.31
77744243--77744277	17	2.1	17	100	0	70	28	0	34	37	1.58
77744396--77744431	18	2.0	18	94	0	63	13	0	63	22	1.29
77749027--77749449	159	2.6	159	78	7	392	37	17	11	32	1.86
77749543--77749742	82	2.4	81	90	3	319	26	6	14	53	1.65
77749989--77750016	14	2.0	14	100	0	56	28	7	14	50	1.69
77751238--77751465	46	5.0	47	90	2	322	22	22	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77753599--77753650	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
77756541--77756588	24	2.0	24	87	0	69	45	8	27	18	1.78
77756680--77756833	42	3.7	42	80	10	156	15	18	18	47	1.83
77758293--77758321	9	3.3	9	90	9	51	79	0	0	20	0.74
77762991--77763066	4	19.0	4	72	20	61	71	2	23	2	1.12
77762999--77763074	22	3.4	21	80	12	73	69	2	25	2	1.14
77765389--77765440	27	1.9	27	96	0	95	30	3	30	34	1.76
77767237--77767262	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
77773142--77773248	42	2.5	42	95	0	187	23	33	14	28	1.93
77781072--77781178	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
77783330--77783359	8	3.8	8	100	0	60	50	0	0	50	1.00
77783417--77783497	4	20.0	4	74	18	62	69	3	24	2	1.17
77783427--77783494	27	2.4	28	80	14	77	67	4	25	2	1.23
77783792--77783904	37	2.9	40	71	14	108	25	18	21	34	1.96
77790730--77790802	36	2.0	36	97	0	137	13	13	12	60	1.60
77796114--77796405	160	1.8	160	82	4	383	41	11	14	32	1.82
77798021--77798473	62	7.3	62	80	0	458	27	25	24	22	2.00
77798021--77798460	124	3.5	124	82	0	513	27	25	24	23	2.00
77798021--77798489	186	2.5	186	83	2	557	26	25	24	22	2.00
77798806--77798862	30	1.9	30	89	7	89	22	31	28	17	1.97
77803371--77803409	20	2.0	20	90	10	62	25	58	5	10	1.51
77805080--77805120	21	2.0	21	90	0	64	21	17	34	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77805209--77805253	6	7.5	6	85	11	58	15	2	0	82	0.77
77805209--77805253	19	2.5	19	89	7	67	15	2	0	82	0.77
77814938--77815129	62	3.1	62	87	0	258	29	27	23	19	1.99
77815025--77815221	109	1.8	109	86	0	286	27	26	23	22	2.00
77815138--77815271	62	2.1	62	83	6	164	26	26	26	20	1.99
77826280--77826304	4	6.2	4	100	0	50	24	0	52	24	1.48
77856152--77856322	85	2.0	85	95	2	308	25	15	25	33	1.95
77868046--77868267	124	1.8	122	83	3	293	31	11	23	32	1.91
77868226--77868376	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
77868227--77868376	80	1.9	80	84	5	205	26	24	27	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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