genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76177625--76177904	144	1.9	144	97	0	524	32	13	24	28	1.94
76180506--76180550	23	2.0	22	86	4	63	53	33	2	11	1.49
76185381--76185694	46	6.8	46	74	12	293	29	28	19	21	1.98
76185435--76185603	47	3.6	47	74	13	186	30	28	18	22	1.98
76185389--76185648	93	2.8	92	92	1	430	30	28	19	21	1.98
76188442--76188479	14	2.6	15	87	4	60	60	21	13	5	1.52
76188421--76188475	15	3.7	15	72	13	60	60	12	16	10	1.60
76189885--76189912	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
76191506--76191668	47	3.5	47	76	14	192	31	28	17	22	1.97
76191460--76191719	93	2.8	91	91	2	414	30	28	18	22	1.97
76191452--76191765	46	6.8	46	74	12	268	30	28	18	22	1.97
76196712--76196756	23	2.0	22	86	4	63	53	33	2	11	1.49
76198267--76198422	68	2.2	68	77	13	149	20	28	16	34	1.94
76205397--76205552	68	2.2	68	77	13	149	20	28	16	34	1.94
76207983--76208042	29	2.0	29	83	3	75	41	5	23	30	1.75
76219071--76219121	26	2.0	26	88	7	77	37	23	21	17	1.94
76221733--76221992	48	5.4	48	79	1	272	28	17	27	26	1.97
76221729--76222010	96	2.9	95	88	2	420	28	17	27	26	1.98
76223309--76223419	47	2.4	47	87	3	161	35	25	15	24	1.94
76223976--76224038	30	2.1	30	82	11	76	30	28	0	41	1.56
76230878--76231007	47	2.8	47	90	2	190	30	26	16	25	1.97
76233970--76234053	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76234290--76234328	15	2.6	15	95	0	69	35	12	5	46	1.65
76237412--76237469	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
76238950--76239002	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
76240420--76240526	26	4.2	26	93	2	189	31	7	24	36	1.83
76240420--76240526	51	2.1	52	96	1	198	31	7	24	36	1.83
76245835--76245959	63	2.0	64	98	1	243	28	11	25	34	1.90
76246284--76246387	26	4.0	26	89	2	165	32	5	24	37	1.79
76246284--76246380	51	1.9	51	95	0	176	34	4	24	37	1.75
76248960--76249023	28	2.3	28	94	0	110	15	23	32	28	1.95
76249553--76249631	28	2.8	28	77	11	81	54	2	12	30	1.51
76251809--76251848	20	2.0	20	90	5	62	85	0	12	2	0.71
76251808--76251848	12	3.2	13	82	10	57	82	0	14	2	0.76
76257170--76257202	10	3.5	10	88	12	52	69	0	0	30	0.88
76259568--76259685	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
76259536--76259699	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
76266673--76266790	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
76266641--76266804	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
76272579--76272627	16	3.0	17	82	5	57	36	0	2	61	1.08
76272584--76272633	16	3.1	15	82	5	55	32	0	2	66	1.03
76273052--76273078	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
76274888--76274951	23	2.8	24	78	9	69	60	4	0	34	1.17
76278575--76278630	18	2.9	18	79	10	58	12	8	3	75	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76278671--76278763	3	31.0	3	89	4	143	30	2	2	65	1.16
76284804--76284856	24	2.2	24	83	12	65	26	1	9	62	1.36
76284813--76284859	22	2.2	21	81	11	51	25	2	10	61	1.39
76284927--76284955	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
76285013--76285053	22	2.0	20	85	9	55	29	2	9	58	1.43
76285081--76285137	24	2.3	24	75	6	60	36	10	3	49	1.55
76297380--76297903	73	7.0	73	80	5	523	28	16	21	33	1.95
76298002--76298144	75	1.9	75	92	0	241	30	16	23	29	1.97
76297898--76298381	164	2.9	162	83	9	568	28	17	20	34	1.95
76298081--76298468	89	4.4	87	84	4	467	27	18	20	33	1.96
76297754--76298325	250	2.3	246	83	7	697	27	17	20	33	1.95
76298400--76298435	14	2.7	13	83	8	54	30	13	8	47	1.73
76298081--76298469	176	2.2	176	84	4	500	27	18	20	33	1.96
76300436--76300467	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
76300490--76300542	24	2.2	24	83	12	65	26	1	9	62	1.36
76300771--76300827	24	2.3	24	75	6	60	36	10	3	49	1.55
76307218--76307286	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
76308914--76308951	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
76315207--76315275	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
76316906--76316943	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
76317080--76317373	44	6.7	44	76	5	261	32	17	20	29	1.96
76317079--76317374	88	3.4	88	80	6	357	32	17	20	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76317080--76317328	133	1.9	133	80	3	295	32	16	20	30	1.95
76318666--76318841	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
76318662--76318833	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
76320182--76320302	45	2.7	43	74	5	116	33	14	23	28	1.94
76323015--76323043	14	2.1	14	100	0	58	20	6	20	51	1.70
76323029--76323467	29	15.1	29	85	3	497	21	26	14	37	1.91
76325883--76326054	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
76325875--76326050	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
76331438--76331484	20	2.3	21	78	10	53	31	0	23	44	1.54
76331662--76331745	5	16.4	5	95	4	150	39	1	0	59	1.05
76333329--76333378	20	2.4	22	80	12	61	36	2	20	42	1.63
76336938--76336989	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
76337364--76337453	45	2.0	45	97	0	171	53	12	2	32	1.50
76342245--76342352	26	4.2	26	95	0	198	35	25	7	32	1.84
76349409--76349450	21	1.9	23	85	9	61	26	0	14	59	1.35
76349945--76350032	43	2.0	44	84	4	115	39	18	7	34	1.80
76365798--76365826	12	2.4	12	100	0	58	51	20	17	10	1.74
76374313--76374573	44	5.9	44	71	10	176	28	16	27	27	1.97
76374219--76374649	178	2.4	178	85	3	566	29	17	25	26	1.97
76383612--76383665	22	2.5	22	96	0	99	44	18	9	27	1.80
76385868--76385922	27	2.0	26	83	13	67	25	3	18	52	1.61
76385895--76385955	32	1.9	32	93	0	104	26	3	18	52	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76387202--76387236	18	1.9	18	100	0	70	51	0	0	48	1.00
76387206--76387245	18	2.2	18	86	8	55	55	0	2	42	1.13
76399237--76399446	46	4.6	46	91	2	305	42	12	24	20	1.86
76399237--76399306	21	3.1	21	67	21	61	41	10	22	25	1.85
76403239--76403522	40	7.1	40	89	0	399	27	28	20	23	1.99
76409576--76409726	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
76409576--76409726	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
76419698--76419859	39	4.2	39	92	0	252	22	19	32	24	1.97
76419715--76419889	78	2.2	78	87	1	242	22	22	32	22	1.98
76423695--76423724	14	2.1	14	93	0	51	46	20	0	33	1.51
76423843--76423881	19	2.0	20	90	5	62	33	15	0	51	1.44
76424560--76424681	28	4.2	28	76	12	93	23	26	25	24	2.00
76424832--76424889	27	2.1	27	83	0	71	37	20	22	18	1.94
76424838--76424896	27	2.2	26	82	5	82	37	18	22	22	1.94
76425032--76425170	27	5.1	27	89	0	197	26	21	17	33	1.96
76427193--76427330	45	3.2	43	76	12	106	31	26	16	26	1.97
76427211--76427343	45	3.0	43	75	9	128	33	25	16	24	1.96
76430321--76430385	3	21.7	3	93	6	114	66	0	0	33	0.92
76430713--76430819	7	15.7	7	70	20	59	57	0	3	38	1.16
76430835--76430865	12	2.5	13	89	10	55	64	0	0	35	0.94
76430840--76430870	16	2.0	15	93	6	53	64	0	0	35	0.94
76431173--76431288	18	6.5	18	88	4	164	37	12	12	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76431173--76431297	35	3.5	35	90	3	178	37	12	11	38	1.79
76431173--76431297	53	2.3	53	87	6	180	37	12	11	38	1.79
76434386--76434531	41	3.4	42	76	12	111	28	28	17	26	1.98
76440216--76440245	13	2.2	14	94	5	53	43	0	13	43	1.43
76443004--76443043	19	2.2	18	90	4	62	45	10	5	40	1.60
76444234--76444295	17	3.6	17	72	8	54	67	6	3	22	1.28
76444284--76444322	12	3.2	12	82	13	53	71	5	5	17	1.23
76444293--76444338	20	2.4	18	82	7	56	73	2	4	19	1.10
76444289--76444490	12	16.5	12	69	19	66	65	2	4	26	1.25
76444359--76444513	3	51.3	3	75	6	143	63	1	5	29	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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