genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28485698--28485780	21	3.9	22	68	16	57	26	21	33	18	1.96
28491724--28491755	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
28491721--28491953	50	4.6	50	80	4	245	25	16	26	31	1.97
28491772--28491961	101	1.9	101	92	0	317	25	19	25	29	1.98
28491780--28491999	101	2.2	101	84	0	251	26	17	26	28	1.98
28493815--28493856	20	2.2	20	87	8	61	23	30	33	11	1.91
28495679--28495771	28	3.3	28	93	0	159	34	27	7	30	1.85
28497273--28497439	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
28505266--28505432	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
28514788--28514871	27	3.1	27	96	0	150	34	25	8	32	1.85
28516126--28516159	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
28522365--28522396	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
28522647--28522731	27	3.1	27	93	3	143	34	25	8	31	1.86
28522643--28522734	28	3.3	28	93	3	159	34	26	7	31	1.84
28522850--28522929	27	2.9	27	81	5	97	22	26	18	32	1.97
28524955--28525030	38	2.0	38	100	0	152	34	7	18	39	1.80
28527594--28527646	26	2.0	27	96	3	99	28	3	7	60	1.41
28527602--28527659	26	2.2	26	84	6	73	29	3	8	58	1.44
28528450--28528501	14	3.7	14	81	0	68	55	3	11	28	1.53
28543787--28543980	40	4.8	40	84	1	210	24	22	26	26	2.00
28546883--28547076	39	5.0	39	94	0	316	23	28	25	22	1.99
28552360--28552465	40	2.7	40	81	8	117	25	23	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28560345--28560497	40	3.8	40	77	9	134	23	23	27	25	2.00
28569635--28569672	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
28571297--28571364	28	2.5	28	92	4	113	42	27	10	19	1.83
28577608--28577645	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
28579272--28579340	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
28587588--28588007	137	3.1	137	89	4	659	45	5	8	40	1.57
28595301--28595619	47	6.7	48	91	3	484	33	8	29	28	1.87
28595301--28595619	96	3.3	96	91	1	489	33	8	29	28	1.87
28597425--28597462	14	2.7	14	91	0	58	36	7	18	36	1.80
28599736--28599770	18	2.0	18	88	5	54	25	34	11	28	1.91
28601951--28602142	38	4.5	40	77	17	151	31	12	24	31	1.92
28601985--28602119	48	2.8	48	88	1	200	32	14	22	31	1.93
28602087--28602159	38	1.9	38	91	0	119	27	12	28	31	1.93
28605078--28605107	15	1.9	16	93	6	53	50	13	0	36	1.42
28614855--28614954	27	3.7	28	80	9	109	40	21	10	29	1.85
28614950--28615160	27	7.8	27	87	0	260	27	22	9	40	1.85
28615085--28615360	27	10.1	27	80	5	180	37	18	9	34	1.82
28615058--28615360	54	5.6	54	81	3	223	36	19	9	34	1.83
28615112--28615360	81	3.0	80	73	9	225	38	18	8	33	1.82
28615422--28615481	27	2.2	27	85	5	77	36	21	26	15	1.93
28615430--28615513	27	3.1	27	81	10	100	33	23	23	19	1.97
28616210--28616266	20	2.9	20	85	10	66	38	8	19	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28616316--28616491	26	6.8	26	88	1	257	26	23	23	26	2.00
28616316--28616491	52	3.4	52	95	2	311	26	23	23	26	2.00
28616636--28616727	42	2.2	42	94	0	157	27	10	21	40	1.87
28616751--28616829	31	2.5	31	97	0	149	26	18	26	27	1.98
28617902--28617935	17	2.0	17	88	11	52	32	8	17	41	1.80
28619148--28619358	27	7.8	27	89	2	280	27	23	8	39	1.84
28619048--28619558	27	18.8	27	79	7	104	35	19	8	35	1.83
28619080--28619475	54	7.3	54	78	2	168	34	21	8	35	1.85
28619337--28619504	54	3.1	54	79	10	148	39	20	7	31	1.81
28619620--28619711	27	3.4	27	89	3	123	33	21	25	19	1.97
28620408--28620464	20	2.9	20	85	10	66	36	10	19	33	1.86
28620514--28620636	52	2.4	51	95	2	221	26	23	22	26	2.00
28620514--28620642	26	5.1	26	85	1	174	28	22	21	27	1.99
28620782--28620872	42	2.2	42	95	0	164	26	12	21	39	1.89
28620896--28620970	31	2.4	31	93	0	132	26	17	26	29	1.97
28624769--28624820	23	2.3	23	100	0	104	21	36	9	32	1.86
28628929--28628996	27	2.6	27	88	6	95	45	23	10	20	1.81
28636731--28636804	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
28636788--28636863	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
28644659--28644732	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
28644716--28644791	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
28646873--28647002	40	3.2	40	80	2	154	23	24	28	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28649429--28649466	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
28651077--28651141	28	2.4	28	92	5	107	44	26	9	20	1.81
28663543--28663658	41	2.9	40	87	3	108	25	19	25	29	1.99
28663566--28663788	41	5.5	41	85	3	263	25	16	26	30	1.97
28671577--28671728	43	3.6	42	72	10	139	28	25	18	27	1.98
28671577--28671745	43	4.0	44	69	18	133	29	25	17	27	1.98
28673384--28673438	25	2.2	26	90	3	85	34	9	21	34	1.85
28675214--28675320	56	1.9	56	88	0	160	28	14	26	31	1.94
28680035--28680076	21	2.0	21	95	0	75	23	7	14	54	1.64
28680095--28680133	19	2.1	19	85	9	53	35	2	10	51	1.50
28682222--28682285	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
28682498--28682617	23	5.1	23	92	4	186	27	21	22	28	1.99
28682477--28682617	47	3.0	47	90	6	205	26	22	22	27	1.99
28682477--28682618	24	6.0	24	90	5	200	26	22	22	28	1.99
28682669--28682728	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
28682669--28682723	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
28682771--28682818	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
28688928--28688988	30	2.1	30	93	3	106	22	21	14	40	1.90
28689197--28689312	24	4.9	24	93	4	191	25	22	23	28	1.99
28689174--28689311	46	3.0	45	87	8	179	25	23	23	28	2.00
28689363--28689416	11	5.4	11	70	20	55	31	20	11	37	1.88
28689363--28689421	19	3.0	20	95	5	111	33	20	10	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28689463--28689510	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
28691565--28691628	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
28691841--28691960	23	5.1	23	92	4	186	27	21	22	28	1.99
28691820--28691960	47	3.0	47	90	6	205	26	22	22	27	1.99
28691820--28691961	24	6.0	24	90	5	200	26	22	22	28	1.99
28692012--28692071	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
28692012--28692066	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
28692114--28692161	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
28698287--28698350	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
28698563--28698682	23	5.1	23	92	4	186	27	21	22	28	1.99
28698542--28698682	47	3.0	47	90	6	205	26	22	22	27	1.99
28698542--28698683	24	6.0	24	90	5	200	26	22	22	28	1.99
28698734--28698793	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
28698734--28698788	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
28698836--28698883	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
28701103--28701282	41	4.4	41	87	0	245	26	17	24	31	1.97
28703274--28703446	46	3.7	46	76	12	131	23	29	20	26	1.99
28706074--28706257	40	4.6	40	82	2	217	27	26	21	25	1.99
28714602--28714762	29	5.6	29	90	0	223	24	31	14	29	1.95
28714573--28714762	87	2.2	87	80	0	218	24	32	15	27	1.95
28718174--28718364	39	4.8	39	77	10	181	24	28	22	24	1.99
28720167--28721204	518	2.0	518	97	0	1977	30	22	15	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28722126--28722264	40	3.5	40	86	4	176	24	30	21	23	1.99
28729930--28730056	40	3.2	39	86	7	168	25	29	20	24	1.99
28732370--28732494	47	2.7	47	78	13	132	25	30	18	25	1.98
28735763--28735845	23	3.7	21	78	10	76	25	21	18	34	1.96
28735748--28735868	46	2.6	45	79	5	118	25	22	17	34	1.95
28743461--28743582	46	2.7	45	81	10	149	26	21	18	33	1.96
28743451--28743582	69	1.9	69	80	9	153	25	21	18	34	1.96
28743461--28743588	23	5.6	23	76	4	107	25	20	18	35	1.95
28744486--28744519	15	2.3	15	94	0	59	8	23	32	35	1.86
28747948--28748076	49	2.6	50	79	9	131	24	27	19	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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